Ведущую роль в репрессиях играла армия. Были учреждены военные трибуналы, заменившие гражданские суды. Создается несколько концентрационных лагерей для политзаключенных, в том числе в Нисагуа и Чакабуко в пустыне Атакама на севере страны. Значительную роль в первые месяцы репрессий играли военные разведслужбы: армейская разведка, военно-морская разведка, разведка военно-воздушных сил и разведка корпуса карабинеров. Позднее специальная рабочая группа Комиссии ООН по правам человека установила, что сотрудники этих органов активно применяли физические пытки и психологическое давление к политзаключенным: лишали их еды, сна, имитировали расстрелы и пр. Однако вскоре для вождей режима становится ясно, что органы военной разведки не справляются с поставленными перед ними задачами.
В начале 1974 года начинает создаваться единый национальный разведывательный орган. Вначале был образован Национальный исполнительный секретариат по делам заключенных, а летом того же года — Управление национальной разведки (ДИНА). В число ее задач входил сбор и анализ информации, необходимой для обеспечения национальной безопасности, но вместе с тем ДИНА получила право осуществлять репрессивные акции. Руководителем ДИНА стал полковник Мануэль Контрерас Сепульведа, заместителем — Хорхе Эспиноса. К середине 70-х годов ДИНА насчитывала до пятнадцати тысяч сотрудников, многие из которых прошли подготовку в «Школе Америк» в Форт-Гулике.
Мишенью секретной службы генерала Пиночета становятся находившиеся в эмиграции противники военного правительства. По некоторым сведениям, был разработан специальный план под кодовым названием «Проект Андреа», предусматривавший убийство политических противников режима, находившихся в эмиграции. Первой жертвой стал генерал Карлос Пратс, проживавший в Аргентине. 30 сентября 1974 года вместе с женой он был взорван в собственном автомобиле прямо в центре Буэнос-Айреса.
Затем началась охота за бывшим министром обороны в правительстве Альенде, социалистом Орландо Летельером, который открыто из-за рубежа критиковал политику военного режима. 11 сентября 1976 года он был объявлен «врагом нации» и лишен чилийского гражданства, а ровно через десять дней убит агентами ДИНА в Вашингтоне. «Подвиги» ДИНА, видимо, превратили ее в одиозную организацию, и генерал Пиночет в августе 1977 года издает указ о ее роспуске. Вместо ДИНА создается Национальный информационный центр (СПИ). Первые три месяца председателем его являлся все тот же полковник Контрерас, затем его сменил генерал Одланьер Мена. Как и ДИНА, новый орган подчинялся непосредственно Аугусто Пиночету.
В 1978 году генерал Пиночет провел референдум и получил 75 процентов голосов в свою поддержку. Объективные обозреватели назвали это крупной политической победой Пиночета, чья пропаганда умело использовала антиамериканизм чилийцев, их приверженность таким ценностям, как достоинство нации и суверенитет. Впрочем, не исключалась и возможность фальсификации со стороны режима.
В августе 1980 года состоялся плебисцит по проекту конституции. «За» было подано 67 процентов голосов, «против» — 30 процентов. С марта 1981 года Конституция вступила в силу. Однако осуществление ее основных статей — о выборах, конгрессе и партиях — откладывалось на восемь лет. До тех пор полномочия конгресса осуществляла военная хунта. Аугусто Пиночет без выборов был объявлен «конституционным президентом на 8 лет с правом переизбрания на последующие 8 лет».
В 1985-м — начале 1986 годов после кратковременного подъема экономическая ситуация в стране вновь ухудшилась. Тогда же генерал Пиночет отказался ассматривать «Национальное соглашение о переходе к демократии». Два эти обстоятельства породили новый всплеск оппозиционного движения. В начале июля 1986 года в Чили прошла всеобщая забастовка. А 7 сентября все мировые телеграфные агентства передали из Чили сообщение о покушении на диктатора. Пропустив эскорт мотоциклистов, боевики перекрыли дорогу лимузину президента грузовиком с прицепом и открыли огонь. Пиночета, похоже, спасло чудо — террористов подвело оружие. Вначале гранатомет дал осечку, затем после второго выстрела граната пробила стекло, но не взорвалась.
В ходе нападения погибли пятеро охранников генерала. Сам он назвал «перстом всевышнего» то, что ему удалось невредимым вырваться из рук террористов. «Бог спас меня, — заявил Пиночет, — чтобы я мог и дальше бороться во имя отечества».
По его приказу разбитые и обгоревшие автомашины президентского кортежа были выставлены на всеобщее обозрение. Генерал подтвердил: «Твердая рука — вот единственное средство, годное в нынешней ситуации. Те, кто рассуждает о правах человека, будут выдворены из страны или отправлены за решетку».
В области экономики Пиночет выбрал наиболее жесткий и радикальный путь «чистой» транснационализации. «Чили — страна собственников, а не пролетариев», — повторял диктатор. Вокруг генерала Аугусто Пиночета сложилась группа чилийских экономистов, многие из которых учились в Чикагском университете под руководством Нобелевского лауреата профессора Милтона Фридмэна и профессора А. Харбергера.
«Чикаго бойз» («Чикагские мальчики») разработали применительно к Чили программу перехода к свободной рыночной экономике. Сам Фридмэн придавал большое значение чилийскому эксперименту и несколько раз посещал страну.
Модель свободной экономики, разработанная на основе неомонетаристских идей «чикагцев», базировалась на отказе от всех форм государственного регулирования, предоставлении свободы действий частному национальному и иностранному капиталу, либерализации импорта и активном привлечении внешнего финансирования.
Реализовывать рекомендации «Чикаго бойз» начал министр экономики Ф. Денис, бывший до этого генеральным директором газеты «Меркурио».
В марте 1987 года принимается закон о политических партиях, что еще более улучшило имидж военного режима за рубежом. После этого часть оппозиции перешла на сторону режима.
На 5 октября 1988 года был назначен промежуточный плебисцит, предусмотренный Конституцией 1980 года.
После объявления о предстоящем плебисците глава хунты заверил будущих избирателей, что все политические силы, включая оппозиционные, получат право контролировать ход голосования. Власти отменили чрезвычайное положение, разрешили возвратиться в страну бывшим депутатам и сенаторам, руководителям некоторых левых партий, вожакам профсоюзов, объявленным ранее «государственными преступниками». Было разрешено возвратиться на родину и Ортенсии Бусси — вдове последнего законного президента Чили Сальвадора Альенде.
30 августа члены хунты после недолгих дебатов единогласно назвали кандидатом на пост президента страны Аугусто Пиночета. Самому Пиночету осталось лишь согласиться. «Править этой страной — удел, уготованный мне свыше» — эту точку зрения диктатора чилийцы не раз слышали в предвыборных выступлениях Пиночета в радио и телепрограммах.
Назначение главаря хунты единственным кандидатом, хотя и ожидавшееся, вызвало взрыв возмущения в самых широких кругах Чили. По всей стране прокатились стихийные манифестации и митинги. В столкновениях с карабинерами три человека погибли, 25 — получили ранения, 1150 демонстрантов подверглись аресту. Выдвижение кандидатуры диктатора отметили и его сторонники, которые собрались на площади у дворца «Ла Монеда».
Оппозиционные силы страны к моменту проведения плебисцита консолидировались, действовали более решительно и организованно. На заключительный митинг на Панамериканском шоссе собралось более миллиона человек — это была самая массовая манифестация за всю историю Чили. 16 оппозиционных партий призвали сказать «нет» Пиночету.
Предвыборная кампания ни в чем не изменила характер генерала: поездки по стране, встречи с толпами поддерживающих его кандидатуру. «Чили не есть и никогда не будет страной пролетариев!» Поддерживающие Пиночета владельцы поместий и предприятий ставили в известность своих рабочих о том, что, если Пиночет не пройдет на выборах, трудящиеся окажутся на улице.
Когда же опросы общественного мнения стали предсказывать победу оппозиции с преимуществом в 30 процентов, Пиночет стал проявлять явные признаки беспокойства. В ход пошли подачки и громкие обещания. Он объявил о повышении зарплаты служащим и пенсий по старости, снизил цены на хлеб и сахар. Выступая в Тальке, на юге страны, пообещал раздать крестьянам те земли, которые пока еще принадлежат государству.
5 октября 1988 года, как показали подсчеты, около 55 процентов избирателей подали свои голоса против диктатора. За предоставление возможности Пиночету находиться во главе Чили еще восемь лет высказалось тоже немалое количество избирателей — свыше 43 %. Однако этот в другой ситуации отрадный факт (поддержка со стороны более чем 3 миллионов чилийцев!) на этот раз не удовлетворил диктатора. Уже ночью с 5 на 6 октября во дворце «Ла Монеда», приостановив тревожную информацию о ходе плебисцита, члены хунты провели двухчасовое совещание по обсуждению случившегося. Но не призвать перевеса голосов в пользу оппозиции уже было нельзя.
Через две недели после плебисцита был смещен со своего поста близкий друг и соратник Пиночета — Фернандес. Теперь уже Серхио Фернандеса считают чуть ли не главным виновником потери победы. Вместе с Фернандесом глава хунты сместил еще восемь министров, проведя таким образом крупную «чистку» в правительственном кабинете. По мнению диктатора, эти люди были во многом «виноваты» в неблагоприятном исходе голосования. Выступая по радио и телевидению, Пиночет оценил итоги голосования как «ошибку чилийцев», однако заявил, что признает вердикт избирателей и будет уважать результаты голосования. Важно подчеркнуть, что, формируя новый кабинет министров, Пиночет не ввел в него ни одного представителя военно-воздушных сил и карабинеров.
В конце 1989 года в Чили состоялись президентские и парламентские выборы. В преддверии их была создана коалиция «Согласие во имя демократии», в которую вошли 17 оппозиционных партий от социалистов до консерваторов. Кандидатом в президенты от коалиции стал председатель ХДП Патрисио Эйл