В 18 часов 50 минут 14 декабря на КП бригады приняли радиограмму с подводной лодки. Командир С-117 докладывал, что вышел из строя правый дизель и лодка продолжает движение в назначенный район под вторым.
В 20 часов 25 минут оперативный дежурный штаба флота сообщил на корабли и суда об обнаружении в районе Холмска плавающей якорной мины. Дрейфующую мину заметили с берегового поста наблюдения.
В 20 часов 30 минут командующему флотом доложили об обнаружении плавающей мины и о местонахождении кораблей 90-й бригады в море. О том, что 90-й бригадой подводных лодок получены телеграммы от ПЛ С-117, в штаб флота доложено не было.
В 21 час 55 минут начальник оперативного управления штаба флота принял решение: в связи с невозможностью выхода кораблей из Корсакова и Советской Гавани из-за опасной ледовой обстановки для поиска плавающей мины в районе Холмска с рассветом 15 декабря использовать ЦЛ-27, находящийся в этом районе.
В 0 часов 25 минут 15 декабря оперативный дежурный передал на корабли и суда уточненные координаты мины.
В 1 час 06 минут от командира С-117 было получено подтверждение на переданную радиограмму.
В 3 часа 15 минут командир «сто семнадцатой» доложил в штаб бригады о введении в строй правого дизеля и продолжении выполнения задачи.
Согласно плану учений, корабль-цель должен был покинуть Холмск около 17 часов. Именно в это время на КП бригады и ждали донесения капитана 2-го ранга Красникова об обнаружении выходящего корабля. Но донесения не последовало. С-117 молчала. Особого беспокойства на КП, впрочем, это сначала не вызвало. Ведь возможно, что лодка просто не заметила выходящий корабль, или что-то случилось с аппаратурой связи, или оборвало антенну. К тому же штаб бригады был полностью поглощен учениями.
В 19 часов комбриг капитан 1-го ранга Прокофьев запросил С-117, требуя усилить бдительность, а также сообщить свои координаты. Подводная лодка по-прежнему не отвечала. Тогда-то у командования бригады и возникла тревога.
Наступило 16 декабря. В течение всей ночи штаб бригады неоднократно продолжал вызывать С-117. Но эфир молчал.
В 19 часов 16 декабря подводной лодке С-117 передали очередное приказание включить ходовые огни и немедленно возвращаться на базу. На радиограмму не ответили.
В 0 часов 30 минут 17 декабря Командующий флотом вице-адмирал Холостяков дал указание командиру 90-й бригады прекратить учения. ЦЛ-27 приказали следовать в район Холмска на поиск ПЛ С-117
В 4 часа 00 минут 17 декабря поступил приказ начать поиски.
В 7 часов 17 декабря по приказанию начальника штаба флота для передачи телеграмм на С-117 десять раз запускался мощный передатчик. Однако подводная лодка молчала по-прежнему.
Как же осуществлялся поиск пропавшей подводной лодки? Первая партия тральщиков ТЩ-524, ТЩ-588, вышедших из Советской Гавани 19 декабря к Холмску, начала обследование металлическими и придонными тралами района, где 15 декабря ЦЛ-27 наблюдал силуэт подводной лодки.
Осмотр западного побережья острова Сахалин от Холмска на Север до Томари и на юг осуществляли армейские части и пограничники. Кроме этого, поиск осуществляли до 20 декабря эсминец «Верткий», спасатель «Золотой», подводные лодки С-119 и С-120.
21 декабря к ним присоединились три тральщика 29-й дивизии ОВР, два тральщика 113-й бригады ОВР. К 22 декабря в район Холмска прибыл спасатель «Тетюхе», а 23 декабря — еще два тральщика 6-го ВМФ.
С воздуха поиск С-117 вели два самолета, один из Советской Гавани, один из Корсакова. Указания по поиску были даны и местным рыбакам.
Учитывая возможность случайного тарана С-117 каким-либо судном гражданского министерства, 18 декабря были даны указания командиру Южно-Сахалинской военно-морской базы, а 19 декабря была передана просьба командованию 5-го ВМФ осмотреть все суда, прибывавшие в порты из района Холмска и находившиеся в районе Холмска 14—17 декабря.
С 19 декабря все суда, прибывавшие из района Холмска в Корсаков, Владивосток и Находку, тщательно осматривались водолазами, команды опрашивались, результаты осмотров и опросов сообщались в штаб 7-го ВМФ.
В течение 19—24 декабря пограничниками было осмотрено все западное побережье острова Сахалина от мыса Крильон до мыса Яблочный, а солдатами Дальневосточного округа — от мыса Кузнецова до города Чехова. Никаких предметов с ПЛ С-117 не обнаружено.
Из воспоминаний капитана 1-го ранга в отставке А.В. Тисленкова:
«Когда все случилось, вспомнили, что и командир лодки Красников и командир бригады Прокофьев не хотели, чтобы С-117 участвовала в учениях. Они просили для нее оргпериод, чтобы восстановить боеготовность, чтобы люди немного переключились с ремонтных дел на боевую учебу. Но начальник штаба флота контр-адмирал Радионов и слушать их не захотел. То, что С-117 пошла в море, вина только его. Однако ни в какие материалы расследований это не попало, ведь Радионов отдавал приказания устно…
Все мы были потрясены известием о трагедии со «сто семнадцатой». В том, что с лодкой случилась именно трагедия, сомнений ни у кого не было. И в это время начальник политотдела капитан 1-го ранга Бабушкин ни с того ни с сего заявил во всеуслышание, что, по его мнению, наша лодка ушла в Америку, что весь экипаж С-117 оказался негодяями и изменниками. Почему он так сделал, я не понимаю. Может, хотел подстраховаться на всякий случай? Боялся возможных обвинений в свой адрес в потере бдительности? Но ведь всему же есть предел? Когда он обозвал экипаж «сто семнадцатой» изменниками, жены офицеров с нее чуть было Бабушкина не убили. Да и все мы были очень возмущены его непорядочностью».
Тем временем в Москву военно-морским министром Н.Г. Кузнецовым были вызваны для разбирательства по обстоятельствам гибели С-117 командующий 7-м флотом вице-адмирал Холостяков, командир 90-й бригады капитан 1-го ранга Прокофьев, начальник управления кадров флота капитан 1-го ранга Дьячков и начальник управления разведки флота капитан 1-го ранга Мельников. Председателем комиссии по расследованию дела «Щуки» был назначен адмирал Андреев, который немедленно вылетел на Дальний Восток из Москвы…
А через несколько дней Сталину был представлен документ следующего содержания:
«Товарищу Сталину И.В. Докладываем об обстоятельствах гибели подводной лодки С-117 Седьмого военно-морского флота. В период 14—16 декабря 1952 г. 90-я бригада подводных лодок, базирующаяся на Советскую Гавань, проводила тактическое задание по атаке группой подводных лодок во взаимодействии с разведывательной авиацией условно изображаемого конвоя.
Учение проводилось в районе Татарского пролива к югу от Советской Гавани. Руководил учением командир 90-й бригады подводных лодок капитан 1-го ранга Прокофьев. План учения был рассмотрен и утвержден Командующим флотом т. Холостяковым…
Подводная лодка С-117 вышла из Советской Гавани в 11 часов 35 минут 14 декабря по местному времени с расчетом быть на позиции в районе Холмска к 8 часам 15 декабря.
Вопреки установленному в Военно-Морских силах порядку донесения кораблями при нахождении в море своего места не реже двух раз в сутки руководителем учения капитаном 1-го ранга Прокофьевым, с одобрения командующего флотом вице-адмирала Холостякова Г.Н. и начальника штаба флота контр-адмирала Радионова А.И., было запрещено подводным лодкам доносить о своих местах как при переходе на позицию, так и в ходе учения. Командармам подводных лодок было дано указание доносить только об обнаружении и об атаке конвоя.
В результате этого руководитель учения и штаб флота не могли знать точного места подводных лодок при их переходе, а также не знали времени занятия подводными лодками своих позиций.
Подводная лодка С-117 также не доносила о своем месте при переходе из Советской Гавани в район порта Холмск.
Командир подводной лодки С-117 сделал два донесения в адрес командира бригады лодок: первое донесение в 18 часов 10 минут 14 декабря о поломке и выходе из строя правого дизеля и второе донесение в 3 часа 15 минут 15 декабря о том, что дизель введен в строй. При этом в обоих донесениях о месте подводной лодки указано не было.
Подводная лодка С-117 должна была донести об обнаружении корабля цели ЦЛ-27, который в 15 часов 15 декабря вышел из порта Холмска, но этого и других каких-либо донесений от подводной лодки не поступило.
Это обстоятельство позволяет считать, что подводная лодка С-117 погибла в период от 3 часов 15 минут до 15 часов 15 декабря, при этом наиболее вероятное время гибели подводной лодки между 3 часами 15 минутами и 8 часами 15 декабря, когда лодка при подходе к району разведки в темное время суток должна была погрузиться, с тем чтобы с рассветом быть в подводном положении.
В 3 часа 15 минут 15 декабря подводная лодка С-117 находилась, как указано на прилагаемой схеме, в 43 милях на северо-запад от Холмска с глубинами моря в этом районе до 1000 метров. К 8 часам лодка должна была войти в район своей позиции, нарезанной в виде прямоугольника со сторонами 19 и 16 миль с центром почти на параллели Холмска, в 10 милях от него.
В этом районе подводная лодка должна была находиться до обнаружения цели ЦЛ-27. Глубина моря в районе от 100 до 500 метров и в узкой полосе прибрежной части меньше 100 метров.
Этот район был тщательно осмотрен, при этом на поверхности не было обнаружено ни сигнальных буев, выпущенных подводной лодкой, которые могли оказаться на поверхности моря при глубинах до 100 метров, ни других предметов, принадлежащих подводной лодке С-117. Сигналов о бедствии подводная лодка не имела. Это дает основание полагать, что подводная лодка погибла на больших глубинах.
Ввиду того, что достоверных данных о причинах гибели подводной лодки нет, об обстоятельствах гибели подводной лодки можно только предполагать.
Учитывая все ранее имевшие место случаи гибели подводных лодок, наиболее вероятно, что гибель подводной лодки С-117 могла произойти при следующих обстоятельствах: неправильное управление подводной лодкой при погружении и при маневрировании под водой; неисправность материальной части лодки; столкновение с надводным кораблем.