Василий Прончищев был назначен в экспедицию в январе 1733 года одновременно с Д. Л. Овцыным, Д. Я. Лаптевым и другими офицерами.
Сведений о его деятельности до экспедиции почти не сохранилось. Известно лишь, что он участвовал в Персидском походе Петра I в 1722 году, а затем плавал на судах в Балтийском море. В связи с назначением в экспедицию Прончищев был «написан» из штурманов в лейтенанты.
В далекое и утомительное путешествие по Сибири Прончищев отправился вместе со своей женой. Мария Прончищева не побоялась трудностей и лишений тяжелого пути. Она была единственной женщиной, участвовавшей в плавании кораблей Великой Северной экспедиции.
Осталось неизвестным, когда Прончищев получил предписание быть начальником отряда, занимавшегося картографированием берега от устья Лены до устья Енисея. Перед отъездом участников экспедиции из Петербурга Адмиралтейств-коллегия вручила Берингу инструкции для начальников всех отрядов, причем инструкции эти были безымянными, предназначенными «офицеру, который пошлется…», и далее следовало упоминание начального и конечного пунктов движения отряда. Берингу давалось право самому назначать начальников отрядов, а, следовательно, офицеры не могли заранее знать, какой отряд они будут возглавлять. Факт назначения Василия Прончищева начальником самостоятельного отряда свидетельствует о том, что он был волевым командиром и прекрасным моряком.
В октябре 1734 года путешественники достигли Якутска, где еще весной была заложена дубель-шлюпка, предназначенная для отряда, на который возлагалось картографирование морского берега между устьями Лены и Енисея.
Весна 1735 года прошла в деятельной подготовке к плаванию. К концу июня все работы были завершены, и дубель-шлюпка «Якутск» отправилась в путь. Одновременно с нею вышел бот «Иркутск»; на борту его находился отряд, которому предстояло нанести на карту побережье к востоку от Лены. Вместе с морскими судами шли дощаники с дополнительным запасом провианта.
23 мая 1735 года, после ледохода на Лене, дубель-шлюпка «Якутск» длиной 70 футов, шириной 18 футов и углублением 6,5 фута была спущена на воду. На этом судне он вышел 30 июня 1735 года из Якутска вместе с лейтенантом Лассиниусом. С ними также были: подштурман Семен Челюскин, геодезист Никифор Чекин, иеромонах, подлекарь и до 50 человек команды. Экспедицию сопровождала молодая жена Прончищева — первая европейская женщина, участвовавшая в полярной экспедиции.
Среди этих людей особенно выделялся Семен Иванович Челюскин — опытный моряк, прекрасный штурман, пытливый исследователь. Биографические сведения о нем необычайно скудны. Известно лишь, что 26 февраля 1728 года Челюскин был произведен в подштурманы, а пять лет спустя, 17 апреля 1733 года, — в штурманы. Глубокие познания Челюскина в морском деле, по-видимому, и явились причиной назначения его в начале 1733 года в Великую Северную экспедицию. С первых дней формирования отряда Челюскин был ближайшим помощником Василия Прончищева.
Суда благополучно спустились по Лене и 2 августа достигли острова Столб, от которого начинается Ленская дельта. Отсюда на восток, север и запад расходятся протоки. Прончищеву выгоднее всего было пройти Крестяцкой протокой, которая вела на запад, но поиски фарватера в ней из-за спада воды не увенчались успехом, поэтому он решил вести дубель-шлюпку Быковской протокой на юго-восток. 7 августа судно стало на якорь в устье этой протоки, ожидая благоприятного ветра.
Здесь провиант и прочие припасы были перегружены с дощаников на «Якутск». На шестые сутки погода улучшилась, и Прончищев повел судно в обход Ленской дельты. Встретившийся на пути мелкобитый лед не препятствовал плаванию, однако обход всей дельты Лены от ее юго-восточной части до юго-западной значительно удлинил путь и потребовал довольно много времени. Но плавание это не осталось бесследным для науки: Прончищев нанес на карту Ленскую дельту в ее истинных очертаниях.
Когда «Якутск» заканчивал обход дельты, погода резко ухудшилась: наступили морозы, пошел снег. Такелаж обледенел. Но, несмотря на это, Прончищев повел дубель-шлюпку вдоль берега на запад и 25 августа подошел к устью Оленека. Прончищев решил зимовать; к этому его вынуждало и то обстоятельство, что в корпусе судна открылась довольно сильная течь.
После промера глубин в протоках дельты Оленека, Прончищев ввел судно в реку и направился к небольшому селению Усть-Оленек, находящемуся и ныне на правом берегу реки, в том месте, где она разветвляется на протоки.
Но едва «Якутск» приблизился к селению, его жители немедленно скрылись. Высадившиеся на берег моряки нашли только одного человека и уговорили его прийти в гости на дубель-шлюпку, чтобы убедиться в мирных целях отряда. Житель полярного поселка объяснил исчезновение своих земляков тем, что они боялись заразиться от пришельцев оспой. Прончищева не удовлетворили эти объяснения, он понимал, что истинная причина крылась в другом В своем рапорте Адмиралтейств-коллегии Прончищев написал, что жители покинули селенье потому, что «от нападения или разорения страх имели».
Усть-оленекский житель вернул своих односельчан в их дома. Видя, что население живет в тесноте, отряд построил для себя из плавника две избы. Погода стояла пасмурная и ветреная; часто шел снег, морозы крепчали. 20 сентября сильным северным ветром с моря нагнало лед, который быстро смерзся. Река стала.
Отношения с местным населением с самого начала установились дружественные. Прослышав о приезжих и желая посмотреть на них, к устью Оленека приезжали эвенки и якуты. Прончищев старательно собирал у них сведения о прибрежной полосе, о населении, об ископаемых.
Приезжие охотно отвечали на вопросы, в частности, они рассказали Прончищеву о руде на реке Анабаре.
Зима прошла благополучно, но весною несколько человек, в том числе и сам Прончищев, заболели цингой.
В 1736 году Оленек вскрылся в обычное время — в июне, но до начала августа выйти в море не удалось, так как у самых берегов стоял сплошной лед. Только 3 августа «Якутск» вышел из устья Оленека, взял курс на запад и в тот же день достиг устья реки Анабар. Здесь Прончищев отправил на берег геодезиста Чекина, поручив ему картографирование реки и поиски руды, о которой рассказывали местные жители.
Чекин возвратился через неделю. Привезенные им образцы горных пород позднее были доставлены в Якутск, где академик Гмелин подверг их исследованию и выяснил, что в образцах нет металлов, а «явилась сера горючая».
Миновав устье Анабара, дубель-шлюпка вошла в лед. Пробираясь в нем «с великою опасностию», «Якутск» 13 августа достиг входа в Хагангский залив. Перед этим дубель-шлюпка, идя вдоль кромки неподвижного льда, прошла мимо восточного входа в пролив, отделяющий остров, известный ныне под названием острова Бегичева, от материка.
Пролив был забит льдом, и с большого расстояния его нельзя было заметить; поэтому Прончищев на своей карте показал, что Хатангский залив с восточной стороны ограничивается длинным полуостровом, вытянутым далеко на север. Надо сказать, что ошибку Прончищева повторяли все последующие исследователи вплоть до нашего века, и только в советское время появились карты, на которых остров Бегичева отделен от материка.
На западном берегу Хатангского залива виднелось одинокое строение. Прончищев послал на берег своих людей, которые, вернувшись вскоре, доложили, что в доме никого нет, около него находятся лишь собаки, а в самом доме лежит хлеб. В одном из своих рапортов Челюскин писал, что подобные зимовья, встречающиеся на берегу Хатангского залива, летом обычно стоят пустыми, люди живут в них только зимой, в сезон пушного промысла. В то время постоянные населенные пункты располагались на самой Хатанге, верстах в полутораста от ее устья.
От Хатангского залива отряд направился на север вдоль восточного берега полуострова Таймыр. Ветер был попутный, но слабый, льда встречалось мало. 17 августа «Якутск» проходил мимо островов Петра; между ними и берегом материка стоял невзломанный лед. Туман помешал Прон-чищеву определить количество и размеры островов.
Миновав острова, судно повернуло на запад. Вдоль берега тянулась полоса неподвижного невзломанного льда — припая. Дальше в море был «носячий» лед, в котором «Якутск» шел «через великую нужду» иногда по узким каналам всего по нескольку саженей ширины.
18 августа дубель-шлюпка достигла залива Фаддея, покрытого неподвижным гладким льдом. Далее на западе, за входом в залив, виднелся тянувшийся на север берег; в том же направлении поворачивал и край припая, заполнившего все пространство до островов Самуила (ныне острова Комсомольской Правды). Прончищев повел судно на север вдоль кромки льда. Находясь далеко от входа в залив Фаддея и не видя его южного берега, Прончищев и Челюскин посчитали, что перед ними устье реки Таймыры. Челюскин, отчитывавшийся после смерти Прончищева о работе отряда, в рапорте Берингу писал, что судно подошло к реке, «которая по слуху тамошних жителей может быть Таймурою». На основании этого рапорта Беринг в своем отчете указал, что отряд прибыл к устью Таймыры.
Севернее залива Фаддея в сушу далеко вдаются еще два залива — Симса и Терезы Клавенесс. В течение нескольких последующих лет, до работы Лаптева, ошибка Прончищева не могла быть раскрыта, и эти три залива поочередно считались устьем Таймыры. Но можно ли подобную ошибку ставить в вину морякам, плывшим без всякой карты вдоль совершенно безлюдного и неизвестного берега? Единственным руководством для них служили сбивчивые рассказы жителей, которые здесь не бывали и не знали этой части побережья полуострова Таймыр.
Находившийся на дубель-шлюпке лоцман, якутский казак, также не знал берега севернее островов Петра. Продвигаясь вдоль берега, моряки не видели на нем ни одного строения, ни одного человека. В тех редких случаях, когда высаживались на берег в поисках дров, они с трудом находили плавник — единственный вид топлива и строительного материала на безлесных берегах полярных морей и рек.