22 июня 1941 года Шелленберг был официально назначен начальником VI управления РСХА — службы разведки за рубежом. Вскоре он получил возможность убедиться в том, что донесения немецкой разведки неправильно отражали военный и экономический потенциал и политическое положение в Советском Союзе, его способность к сопротивлению. Полной неожиданностью стала умело организованная партизанская война.
Взявшись за перестройку разведывательной службы, Шелленберг особое внимание уделил операции «Цеппелин» — массовой заброске агентурных групп из русских военнопленных на парашютах в глубокий тыл Советского Союза. Они проходили тщательную подготовку, всестороннюю проверку и подвергались идеологической обработке. «В конце концов, — признаёт Шелленберг, — большинство из них было захвачено НКВД».
Шелленберг привлёк к борьбе против Красной армии Власова и других лиц, перешедших на сторону немцев. В своих мемуарах он рассказывает о том, как боевая часть, составленная из военнопленных и носившая название «Дружина», под командованием полковника Родионова (кличка «Гиль») перебила отряд СС, сопровождавший колонну пленных, и перешла на сторону партизан. Вообще партизаны доставляли немцам немало неприятностей.
Гитлер хотел получать исчерпывающую информацию о русских партизанских соединениях, их организации, подчинении и задачах. Его удивляло, что советский народ встретил немецкую армию не «хлебом-солью», а широкомасштабной партизанской войной. Шелленберг дал этому своё объяснение: «Русские воспользовались жестокостью, с которой немцы вели войну, в качестве идеологической основы действий партизан. Так называемый „Приказ о комиссарах“, требовавший расстреливать всех комиссаров без исключения, пропаганда о „недочеловеческом“ в характере российских народов, массовые расстрелы… — были аргументами, способными вызвать неукротимый дух сопротивления». Его доклад был отвергнут фюрером и его окружением.
Точно так же был отвергнут и его доклад о необходимости пересмотра политической и военной стратегии в России, так как она строилась на неправильной оценке советского потенциала. Более того, Гитлер приказал арестовать по обвинению в пораженческих настроениях всех экспертов, принимавших участие в составлении доклада. Шелленбергу удалось отстоять своих сотрудников, но убедить в своей правоте ему не удалось ни Гитлера, ни Гиммлера.
Одним из направлений работы VI управления РСХА было получение информации от агентуры, находившейся в высокопоставленных советских штабах. Останавливаться на этом не будем, так как этот вопрос освещён в других очерках (о Судоплатове, Скорцени, Канарисе), из которых явствует, что гитлеровские спецслужбы в данном случае стали жертвой «игры», которую вела с ними советская разведка в операциях «Монастырь» и «Березино», а также в радиоиграх.
В 1942 году спецслужбы Германии разоблачили и ликвидировали крупномасштабную советскую разведывательную сеть, которой дали название «Красная капелла». По существу, таких сетей было две: одна в Берлине, которой руководили Шульце-Бойзен и Харнак, и вторая в Брюсселе, которой руководил Треппер. В разоблачении этих групп значительную роль сыграл Шелленберг. Захватив шестьдесят четыре радиопередатчика, немцы начали «радиоигру». Правда, Шелленберг признаёт, что «три месяца пришлось давать правдивую и ценную информацию, чтобы русские нам поверили». А потом… потом русские поняли, что с ними ведут «игру», и стали действовать соответственно обстоятельствам. Таким образом, если ликвидация «Красной капеллы» и была успехом, то дальнейшего развития этот успех не принёс.
Германия ещё была в зените своего могущества, когда Шелленберг начал задумываться об «альтернативном варианте окончания войны». В августе 1942 года у него состоялся на эту тему конфиденциальный разговор с Гиммлером, который после убийства в Праге Гейдриха стал его непосредственным начальником. Получив принципиальное согласие Гиммлера, Шелленберг заявил, что при условии отстранения Риббентропа сможет установить по линии полицейской разведки информационный контакт с западными державами.
После этого Шелленберг вышел в Швейцарии на «официальное лицо Британии», которое выразило готовность начать «предварительные беседы с авторитетным представителем Германии», а позднее даже получило полномочия Черчилля на эти «беседы».
Когда Шелленберг доложил Гиммлеру об этом, то по его реакции понял, что тот струсил. Гиммлер предложил обсудить этот вопрос с… Риббентропом, против которого недавно выступал.
План был доложен Риббентропу, а тот поделился им с Гитлером. Результатом стала записка от Риббентропа на имя Шелленберга: с англичанами можно обсуждать только вопрос об их капитуляции.
Гиммлер всё же разрешил Шелленбергу продолжать контакты с англичанами через нейтральные каналы, добавив при этом, что не хочет знать никаких деталей.
Вместо Гейдриха новым начальником РСХА был назначен старый соратник Гитлера обергруппенфюрер Эрнст Кальтенбруннер. Они с Шелленбергом ненавидели друг друга, но приходилось терпеть, и от этого, пишет Шелленберг, «последние ужасные годы войны были для меня сплошной мукой».
Одной из удач секретной службы стало дело «Цицерона», камердинера посла Великобритании в Анкаре, сэра Нэтчбулла-Хьюгессена. Этот камердинер в октябре 1943 года предложил за крупные суммы продавать документы английского посольства (об этом деле рассказывается в очерке «Цицерон»). От него были получены очень ценные материалы, которые постоянно докладывались Гитлеру. Примерно в феврале или марте 1944 года «Цицерон» прекратил свою деятельность, а в апреле Турция порвала отношения с Германией и перешла в лагерь западных союзников. Остаётся добавить, что деньги, которые получил «Цицерон», оказались фальшивыми.
В середине 1944 года, после смещения адмирала Канариса, Шелленберг возглавил Управление военной разведки. Теперь функции Шелленберга значительно расширились.
Наступал последний этап войны. Удары, которые были нанесены в 1943–1944 годы по немецкой армии (начиная от Сталинграда и Курска и кончая капитуляцией Италии и открытием второго фронта), подтвердили прогнозы Шелленберга. Теперь он был готов вести переговоры даже с русскими. Но первую встречу Шелленберг провёл в Стокгольме с американским дипломатом Хьюиттом, который обещал организовать официальные переговоры. Вернувшись в Берлин, Шелленберг доложил об этой беседе Гиммлеру. Тот пришёл в ярость и категорически запретил какие-либо контакты с противником.
Вместо этого Гиммлер предложил убить Сталина. С этой целью были завербованы двое бывших советских военнослужащих. Их снабдили радиоуправляемой миной и на самолёте доставили в советский тыл. Однако дальнейшей связи с ними не было. Видимо, вспоминая об этом эпизоде, Шелленберг имеет в виду «супругов» Шиловых. Они были арестованы в тот же день, и в дальнейшем от их имени велась радиоигра с немецкой разведкой, о чём Шелленберг, очевидно, запамятовал.
Именно в этот период Шелленберг был свидетелем нескольких заявлений Гитлера: «Если Германия проиграет войну, то немецкий народ докажет свою биологическую неполноценность и потеряет право на существование… Да, тогда он заслужит уничтожение… Конец Германии будет ужасным, и немецкий народ заслужит это… Однако ясно, что победителем будет не Запад, а Восток».
Шелленберг продолжал свои «миротворческие» попытки. В конце 1944 года ему удалось организовать секретную встречу Гиммлера с бывшим президентом Швейцарии Музи. Но разговор на ней ограничился обсуждением вопроса об освобождении из концлагерей и высылке в Швейцарию нескольких тысяч евреев в обмен на поставки тракторов, медикаментов, машин и других товаров, в которых нуждалась Германия.
Таким образом удалось спасти тысячу двести евреев. Позже Шелленберг добился от Гиммлера издания приказа о запрещении эвакуации концлагерей, которые могут быть захвачены союзниками.
Шелленбергу даже удалось подключить Международный Красный Крест к переговорам с Кальтенбруннером, благодаря чему было получено разрешение вывезти всех француженок, содержавшихся в лагере Равенсбрюк.
В феврале 1945 года в Германию приехал шведский граф Бернадот. Сначала с ним встретились Шелленберг и Кальтенбруннер, затем он отправился к Риббентропу. После этого Шелленберг организовал его встречу с Гиммлером (несмотря на запрет Гитлера). Договорились о том, что все находившиеся в лагерях датчане и шведы будут свезены в один лагерь на севере Германии. Для организации перевозок Шелленберг выделил своих людей.
Шелленберг и Бернадот теперь вместе вели дела, связанные с предстоящей капитуляцией Германии. Шелленберг был готов вместе с ним вылететь на встречу с Эйзенхауэром. Более того, он организовал тайную встречу Гиммлера с представителем Всемирного еврейского конгресса Мазуром, также втайне от Гитлера, который практически уже терял рычаги управления страной.
В последние дни существования Третьего рейха Шелленберг метался между Гиммлером, Бернадотом и представителями шведского правительства, между Данией, Швецией и Германией, пытаясь что-то спасти. Что? Скорее всего, себя.
30 апреля 1945 года Кальтенбруннер сместил Шелленберга со всех занимаемых им постов.
5 мая новый глава немецкого правительства адмирал Дёниц, сменивший Гитлера, назначил Шелленберга посланником в Стокгольм, куда он и прибыл 6 мая 1945 года. На этом его служба закончилась.
После падения Германии Шелленберг нашёл убежище у графа Бернадота, где сразу принялся за составление отчёта о переговорах, в которых он участвовал в последние месяцы войны. В скором времени союзники потребовали выдачи Шелленберга, и он в июне 1945 года вернулся в Германию, где должен был предстать перед судом в Нюрнберге.
Однако на суде над главными военными преступниками — Герингом, Риббентропом и другими (Гиммлер успел отравиться) — Шелленберг выступал лишь в качестве свидетеля. Суд над ним самим начался в 1947 году. С Шелленберга сняли все обвинения, кроме двух: он был членом СС и СД, объявленных Международным военным трибуналом в Нюрнберге преступными организациями, а VI управление РСХА, которым он руководил, было признано ответственным за казнь без суда и следствия ряда русских военнопленных, набранных для операции «Цеппелин». Суд заключил, что вина Шелленберга смягчается его попытками помочь пленным, находившимся в концлагерях на последнем этапе войны, каковы бы ни были причины, которыми он руководствовался. Он был приговорён к шести годам тюремного заключения, а в начале июня 1951 года после тяжёлой хирургической операции освобождён. Шелленберг поселился в Швейцарии и начал писать мемуары. Но вскоре швейцарская полиция попросила его покинуть страну.