На рассвете 18 февраля корабли начали бомбардировку французских береговых батарей. К 11 часам утра удалось подавить большинство орудий на острове Видо и был подан сигнал к высадке 2-тысячного десанта. К 2 часам дня российским и турецким солдатам удалось полностью захватить Видо. Из 800 защитников острова почти половина погибла, а 422 человека были пленены. Потери русских убитыми и ранеными составили 125 человек, а турок— 180 человек.
На Видо тотчас установили батареи, которые подвергли интенсивному обстрелу Новую и Старую крепости на Корфу. Затем туда был высажен десант, после упорного боя овладевший передовыми укреплениями новой крепости. Видя безнадежность дальнейшего сопротивления, французский комендант генерал Л.Ф.Ж. Шабо 20 февраля капитулировал.
По условиям капитуляции, французы беспрепятственно покидали Ионические острова, обязуясь в течение 18 месяцев не воевать против стран коалиции. Союзникам досталось 635 пушек и мортир, 1 линейный корабль, 1 фрегат и несколько других судов. На Ионических островах под протекторатом России и Турции была образована Республика Семи Островов.
Французы были вытеснены и с Мальты. В сентябре 1798 года на острове вспыхнуло антифранцузское восстание. Затем на Мальту высадились англичане и осадили французский гарнизон в крепости Ла-Валетта. Исчерпав все запасы, французы, которыми командовал генерал Клод Анри Вобуа, капитулировали 5 сентября 1800 года.
На Рейнском фронте Журдан в марте 1799 года вторгся в Германию с 40-тысячной армией. Противостоявший ему эрцгерцог Карл располагал 80 тысячами солдат. 25 марта 46 тысяч австрийцев сошлись с 38 тысячами французов в битве при Штоккахе. Хотя французские потери были меньше австрийских — 3,6 тысячи против 6 тысяч, Журдан вынужден был отступить перед лицом превосходящих сил неприятеля.
Успешнее стали действовать и союзные войска в Италии, ранее терпевшие неудачи. Здесь армия французского генерала Жубера в ноябре 1798 года захватила Пьемонт. Неаполитанская армия под командованием австрийского генерала Карла Макка фон Лайбериха 29 ноября 1798 года отбила у французов Рим, но уже 15 декабря была изгнана оттуда войсками французского генерала Жана Этьена де Шампионне.
Приход русской армии изменил ситуацию. Союзники располагали 300-тысячным контингентом на всех фронтах, не считая 60-тысячной неаполитанской армии. У французов было только 200 тысяч. Правда, неаполитанцы вскоре вышли из игры, подняв мятеж. Макк, опасаясь за свою жизнь, предпочел 11 января 1794 года сдаться французам при Капуе.
24 января Шампионне взял Неаполь. Королевский двор бежал на Сицилию под защиту пушек адмирала Нельсона. Ситуация изменилась в худшую для французов сторону, когда в Италию была переброшена русская армия под командованием фельдмаршала Суворова. Он возглавил объединенные русско-австрийские силы на этом театре военных действий. Им противостояли армии французских генералов Б.Л.Ж. Шерера и А. Макдональда. Планы союзников заключались в том, чтобы, разбив неприятеля в Северной Италии, осуществить вторжение во Францию.
Еще до прибытия русских, 25 марта 1799 года 46 тысяч австрийцев под командованием генерала Края фон Крайова разбили 41-тысячную армию Шерера у Маньяно. После этого Шерер на посту главнокомандующего был заменен молодым и энергичным генералом Ж.-В. Моро. Тем временем в Италию прибыл Суворов с 60-тысячной армией, из которой около половины составляли русские войска.
16 апреля союзные войска под его командованием разбили на реке Адца силы Моро и двинулись против 30-тысячной армии Макдональда. Последний попытался разбить двигавшиеся ему навстречу войска по частям. 17 июня Макдональд атаковал авангард, которым командовал австрийский генерал П.-К. Отт. Австрийцы смогли продержаться до подхода главных сил, и Макдональд отступил к реке Треббия. Он надеялся, что в тылу неприятеля вскоре появится армия Моро, и рассчитывал на успех. Суворов тоже помнил о Моро и поэтому спешил. Утром 18-го австрийские и русские войска атаковали позиции армии Макдональда. Суворов наносил главный удар против левого фланга неприятеля, рассчитывая прижать французов к реке По. Начав наступление в 10 часов утра, союзники к 2 часам дня сбили со своих позиций авангардную дивизию генерала Домбровского, но главные силы французского левого фланга под командованием В.-К.-П. Виктора удержали фронт до вечера, когда отступили к Треббии. Отряд русского генерала Розенберга смог форсировать реку. Утром 19-го французы попытались охватить правое крыло неприятеля. Осуществлявшая обход дивизия Домбровского попала под удар войск русского генерала П.И. Багратиона и отступила. Однако при этом между дивизиями Багратиона и Швейковского образовался разрыв, в который Макдональд бросил дивизию Виктора. Суворову с большим трудом удалось остановить отступавшие русские войска.
Подошедшие резервы помогли союзникам отбросить французов на исходные позиции. Вечером в тылу войск Суворова были замечены разъезды армии Моро. Понимая, что у него осталось очень мало времени, русский полководец приказал утром 20-го перейти в наступление по всему фронту и любой ценой форсировать Треббию. Однако раненный в сражении накануне Макдональд ночью отвел свою понесшую большие потери армию к Тоскане. Из 35 тысяч солдат он потерял 16 тысяч убитыми и ранеными.
После победы при Треббии Суворов обратился против Моро, который поспешно отступил в Генуэзскую Ривьеру. Австрийское командование настояло, чтобы армия Суворова, прежде чем осуществить вторжение во Францию, овладела крепостями Северной Италии, где остались французские гарнизоны. Это было ошибкой, так как данные гарнизоны не представляли большой опасности. Будучи изолированы друг от друга и испытывая недостаток снабжения, они не могли представлять угрозы тылу союзных войск. Но Суворов был вынужден подчиниться требованию австрийцев. Сильнейшая из этих крепостей, Мантуя, была взята австрийским генералом Краем фон Крайова только 28 июля.
Моро получил время для усиления своей армии, но Директория заменила его генералом Б. Жубером. Новый главнокомандующий решил перейти в наступление. Это наступление вполне отвечало планам Суворова, предполагавшего выманить неприятеля с гор на равнину. 14 августа французы заняли город Нови и приблизились к позициям союзной армии. Австро-русские войска насчитывали 65 тысяч человек, а французские — всего 38 тысяч. Жубер не знал, что неприятель имеет столь значительный перевес, и предполагал добиться победы путем стремительного наступления. Однако первыми в атаку перешли союзники.
В 5 часов утра австрийские войска под командованием австрийского генерала П. Края потеснили французскую дивизию левого фланга и заняли деревню Пастурано. Прибывший к месту боя Жубер восстановил положение, но был смертельно ранен. «Наступайте, всегда наступайте!» — были его последние слова. В командование вновь вступил Моро, который, усилив свой левый фланг, приказал перейти к жесткой обороне.
Край продолжал безуспешные атаки, чем отвлек на себя до половины всех французских сил. В 9 часов утра Суворов приказал стоявшим в центре дивизиям Багратиона и Милорадовича атаковать Нови. Два раза русские войска доходили до каменной стены, окружавшей город, и два раза французы отбрасывали их штыковыми атаками. Суворов бросил на помощь Багратиону и Милорадовичу дивизию Дерфельдена, но и эта атака была отбита. В поддень наступило затишье.
Французы удерживали свои позиции вплоть до 3 часов дня, когда в атаку двинулся левый фланг союзников под командованием австрийского фельдмаршала-лейтенанта барона М. Меласа. Одновременно возобновили наступление Край и русские дивизии центра. Резервов у Моро не было, и он не смог подкрепить противостоявшую Меласу немногочисленную дивизию генерала Л.Г. Сен-Сира. Она была разбита, и Мелас обошел Нови с тыла. После этого французы начали покидать город, и на его улицы ворвались дивизии Багратиона и Дерфельдена. В 6 часов вечера Моро отдал сильно запоздавший приказ об отступлении. К тому времени французы уже обратились в беспорядочное бегство. Левое крыло, отходившее через Пастурано, оказалось под перекрестным огнем войск Края и занявших Нови русских дивизий. Большинство французских солдат в панике разбежалось. Генерал Э. Груши пытался с одним батальоном удержать деревню, но был ранен и взят в плен. К 8 часам вечера, с наступлением темноты, союзные войска прекратили преследование. Французы потеряли 7 тысяч убитыми и 3 тысячи пленными и лишились 37 пушек. В рядах союзников было убито и ранено около 7 тысяч человек.
Кампания 1799 года в Италии была проиграна французами из-за того, что они так и не смогли соединиться под единым командованием. В результате австро-русские войска получили возможность бить армии Макдональда и Моро поодиночке и во всех сражениях имели значительный численный перевес. В последнем сражении при Нови сыграла свою роль и ошибка Моро, не имевшего ясного представления о силах противника и не воспользовавшегося паузой в боевых действиях для организованного отвода войск.
В Неаполитанском королевстве вспыхнуло восстание против французов. 30-тысячная повстанческая армия, возглавляемая кардиналом Руффо, при помощи английского флота в сентябре освободила Неаполь. Тогда же русский десант с эскадры Ушакова вступил в Рим. Французы были изгнаны из всей Италии, за исключением Генуи, где засел сильный гарнизон.
После побед в Италии австрийское командование настояло на том, чтобы русские войска под командованием Суворова направились в Швейцарию на помощь союзной армии под командованием русского генерала Римского-Корсакова и австрийского генерала Готце, а затем, соединившись, вторглись бы во Францию. Австрийская армия фельдмаршала Меласа в Италии должна была овладеть французскими крепостями, а потом также идти во Францию. Армия эрцгерцога Карла должна была двигаться на Нижний Рейн для соединения с высадившейся в Голландии англо-русской армией герцога Йоркского, а затем вторгнуться во Францию с востока. Однако все эти планы полностью провалились.
В Швейцарии французская армия генерала Массены, насчитывавшая 45 тысяч человек, в мае 1799 года вынуждена была отступить к Цюриху, преследуемая 50-тысячной австрийской армией эрцгерцога Карла и генерала Фридриха Готце. 7 июля французам пришлось оставить Цюрих. Затем Массене удалось потеснить неприятеля, и 14 августа он атаковал Цюрих, но неудачно. Часть австрийских войск из Швейцарии была переброшена с армией эрцгерцога Карла к Майнцу для похода в Нидерланды. Оставшийся 20-тысячный русско-австрийский корпус под командованием Римского-Корсакова был наголову разбит Массеной 25 сентября 1799 года у Цюриха. Генерал Готце в этом сражении погиб. Русские и австрийцы потеряли 8 тысяч убитыми, ранеными и пленными и 100 орудий, потери французов не превышали 4 тысяч человек.