8-тысячный отряд французского генерала Лекурба смог удержать перевал Сен-Готард против 20-тысячной армии Суворова до тех пор, пока Массена не разбил Римского-Корсакова. Сбивший в конце концов французов с Сен-Готарда, Суворов оказался в очень опасном положении против вдвое превосходящей неприятельской армии. Однако русский полководец смог нанести ряд поражений отдельным французским отрядам и пробиться в Италию, выйдя 7 октября к городу Иланц. Он потерял при этом только 5 тысяч из 20 тысяч своих солдат. За успехи в Италии и Швейцарии Суворов был удостоен звания генералиссимуса, однако в целом швейцарская кампания была союзниками проиграна.
Неудачно для коалиции сложилась и экспедиция в Голландию, хотя сначала ее ожидал большой успех. 30 августа 1799 года голландский флот сдался британской эскадре. 16 сентября у Бергена сошлись 35-тысячная англо-русская армия герцога Йоркского и 22- тысячная франко-голландская армия под командованием французского генерала Гийома Мари Анна Брюна. Французские потери составили 3 тысячи человек, а потери союзников — 4 тысячи. Второе сражение у Бергена произошло 2 октября. На этот раз обе стороны потеряли по 2 тысячи солдат и офицеров, и союзникам удалось потеснить французов и голландцев. Однако следующее сражение при Кастрикуме 6 октября закончилось победой получивших подкрепление французов. Союзники потеряли 3,5 тысячи, а франко-голландская армия — 2,5 тысячи человек.
Герцог Йоркский отступил на север. Он понял, что сил для завоевания Голландии у него недостаточно. Основная же задача по нейтрализации голландского флота была уже выполнена. Поэтому 18 октября 1799 года был заключен Алкмаарский договор с Батавской республикой, по которому союзники покинули территорию Голландии.
В тот же день император Павел I, считавший, что англичане и австрийцы намереваются заставить русских таскать каштаны из огня, вышел из 2-й антифранцузской коалиции. Более того, через год, в декабре 1800 года, был фактически заключен русско-французский союз против Англии, и император Павел в январе 1801 года предписал корпусу донских казаков отправиться на завоевание британских владений в Индии. Наполеон обещал русскому императору Мальту (Павел являлся гроссмейстером Мальтийского ордена), но для этого еще нужно было изгнать с острова англичан.
Индийский поход изначально был авантюрой, обреченной на провал. При движении через среднеазиатские пустыни подавляющая часть армии неминуемо погибло бы от голода, жажды и лихорадки. До Индии не добрался бы никто. Это подтвердили и позднейшие экспедиции русских войск в Хиву. Но главной причиной убийства Павла группой заговорщиков в ночь с 23 на 24 марта 1801 года стало опасение, что сближение с Францией приведет к прекращению русско-английской торговли, от которой очень зависела экономика России. Ведь на Британские острова шла значительная часть вывозившегося из России продовольствия и сельскохозяйственного сырья, а оттуда поступали промышленные товары. Да и морская торговля с другими странами осуществлялась в значительной мере на английских судах. После гибели Павла планы франко-русского союза были похоронены.
В Италии союзникам и после ухода армии Суворова первое время сопутствовали успехи. Положение изменилось, когда на Апеннинском полуострове со свежими силами появился Первый консул. Наполеон решил нанести главный удар в Италии, где он сам встал во главе армии. Одновременно он распустил слухи, что генеральное наступление предпримет в прирейнских областях другая армия, под командованием Моро. Новую армию для Италии Бонапарт тайно формировал в Дижоне вблизи швейцарской границы.
8 мая 1800 года Первый консул прибыл в Женеву. 14 мая он повел армию через Альпы. Бонапарт рассчитывал пройти через Сен-Готардский перевал и ударить в тыл австрийской армии генерала Меласа, действовавшей в Италии. 24 мая французский авангард под командованием генерала Ж. Ланна разбил австрийский заслон у Ивре. 2 июня армия Бонапарта без боя вошла в Милан. Мелас решил дать генеральное сражение французам. 14 июня 45-тысячная австрийская армия атаковала неприятеля у деревни Маренго, накануне занятой французами. Корпус генерала Виктора занимал сильную позицию у ручья Фантаноне и успешно отражал натиск австрийцев. Наконец, австрийская дивизия генерала Отта форсировала ручей и ворвалась в Маренго. В этот момент подошел Бонапарт с резервными частями и остановил дальнейшее продвижение неприятеля. Первый консул ввел в бой 800 солдат своей гвардии, которые стойко сопротивлялись атакам австрийской пехоты и кавалерии. В три часа французские войска не выдержали натиска превосходящих сил противника и стали отходить под прикрытием корпуса Ланна и Консульской гвардии. Против гвардии австрийцы выставили 24 орудия. Ядра пробивали бреши во французских каре, но гвардейцы сохраняли строй и медленно отходили. За 3 часа войска Ланна отступили только на 4 км.
Мелас был уверен в победе и послал в Вену бодрую реляцию. Австрийцы стали устраивать лагерь на оставшемся за ними поле боя, когда сюда вернулась французская дивизия Л. Дезе, ранее посланная Бонапартом на разведку к Нови. Она атаковала не ожидавшего нападения неприятеля. Сам Дезе пал в первые же минуты возобновившегося сражения, но пример его дивизии воодушевил остальные французские войска. Кавалеристы Келлермана смяли французских драгун, а корпус Ланна опрокинул австрийскую пехоту в центре. К 5 часам вечера австрийцы в беспорядке отступили за реку Бормида. Они потеряли 12 тысяч человек убитыми, ранеными и пленными и значительную часть артиллерии. Мелас, потрясенный тем, как казавшаяся уже достигнутой победа обернулась сокрушительным поражением, начал переговоры о перемирии.
9 февраля 1801 года между Францией и Австрией был заключен Люневильский мир. Австрийцы уступили французам всю Северную Италию вплоть до реки Минчино. Оставшись в одиночестве, Англия 25 марта 1802 года заключила с Бонапартом Амьенский мир, оказавшийся на деле лишь коротким перемирием.
В мае 1803 года англичане, рассчитывая на поддержку со стороны России, Австрии и Пруссии, вновь объявили Франции войну. В декабре 1804 года на сторону Франции встала Испания. В том же месяце Наполеон Бонапарт принял титул императора, но лишь четыре года спустя объявил Францию империей, до этого оставаясь «императором республики». Он решил попытаться разбить английский флот и высадиться на Британских островах.
В Булони на Атлантическом побережье император сосредоточил большую армию для будущего десанта. Наполеон надеялся, что соединенный франко-испанский флот, насчитывавший 85 линейных кораблей, сможет если не разгромить, то хотя бы нейтрализовать 105 кораблей британского флота. Однако французские и испанские корабли были рассредоточены на двух театрах — в Средиземноморье и Атлантике. Англия, контролируя Гибралтарский пролив, могла без труда предотвратить соединение неприятельских военно-морских сил. Британский флот блокировал главные французские и испанские базы на атлантическом и средиземноморском побережье. Когда к концу августа стало ясно, что перебросить корабли из Средиземного моря к Ла-Маншу не удастся, Наполеон двинул войска из Булонского лагеря в Германию, чтобы разгромить австрийские и русские войска. Тем не менее он приказал франко-испанской эскадре французского адмирала Вильнёва, блокированной в Кадисе, идти к блокированной англичанами Картахене и постараться разбить британский флот, а затем высадить 10-тысячный экспедиционный корпус для усиления корпуса Сен-Сира в Калабрии.
Вильнёв располагал 18 французскими и 15 испанскими линейными кораблями, а в противостоявшей ему английской эскадре адмирала Нельсона было 27 кораблей. Англичане построились в две колонны. Главный удар наносили 15 кораблей младшего флагмана Коллингвуда. Они должны были прорезать неприятельский строй между 12-м и 13-м кораблем с конца кильватерной колонны и окружить арьергард противника. Одновременно 12 кораблей самого Нельсона должны были атаковать франко-испанский центр. Британский адмирал рассчитывал, что авангард Вильнёва не успеет вернуться на помощь своим главным силам, и не стал отряжать против него корабли.
Оба флота встретились 21 октября 1805 года у мыса Трафальгар, в 10 милях от Кадиса. Вильнёв, сознавая, что его моряки подготовлены гораздо хуже английских, увидев английскую эскадру, повернул к Кадису. Он хотел дать сражение как можно ближе к этому порту, чтобы в случае поражения укрыться в его гавани. Неуверенность Вильнёва в своих силах облегчила реализацию плана Нельсона. Поворот союзной эскадры на обратный курс занял около двух часов. Из-за слабого ветра и неумелых действий экипажей кильватерный строй при повороте нарушился. Нельсон сразу же стал сближаться с противником. Его эскадра шла по океанской волне, имея в парусах слабый вест-норд-вест. Испано-французская эскадра вынуждена была принимать волну бортом, что затрудняло ход и прицельную стрельбу, а в парусах почти не было ветра. Правда, в период сближения англичане могли использовать лишь незначительную часть своей артиллерии, тогда как их флагманским кораблям пришлось выдержать сосредоточенный огонь почти всего неприятельского флота. Однако скверная подготовка испанских и французских комендоров не позволила Вильнёву воспользоваться уязвимым положением англичан в период сближения. «Виктори», на котором находился Нельсон, и «Ройал-Соверен» Коллингвуда не получили повреждений.
В половине первого пополудни Коллингвуд прорезал неприятельский строй, но по ошибке отсек не 12, как планировалось, а 16 кораблей союзников. При прорезании строя английские корабли давали мощные залпы обоими бортами с дистанции в несколько десятков метров, причиняя противнику тяжелые потери в людях и нанося повреждения судам союзников. Английская артиллерия стреляла втрое быстрее, чем испанская и французская, что решило исход боя.
В час дня колонна Нельсона прорезала вражеский центр. «Виктори» дал продольный залп по флагманскому кораблю Вильнёва «Бюсантор», но вскоре оказался под огнем сразу нескольких неприятельских судов. Нельсон был смертельно ранен и умер еще до окончания сражения. Но на его исход смерть адмирала не повлияла.