Но городок над рекой не сдавался, само его расположение стягивало к нему людей, которые упорно и терпеливо рубили на пепелищах новые хоромы, сквозь бор прокладывали дороги, заселяли окрестности… Много сделал для Москвы князь Андрей Боголюбский — сын Юрия Долгорукого. Он не поехал в Киев сесть на престол отца и деда, а заставил признать себя князем всей Русской земли. Некоторые ученые даже предлагают считать его основателем Москвы, другие же считают, что он был только исполнителем работ, задуманных его отцом.
В 1272 году в городище над холмом поселился удельный князь Даниил Александрович — сын Александра Невского. Над частоколом засверкал крест небольшой церквушки, над крутым берегом реки Неглинной поднялись жилые терема. В грубом, но прочном доме князя Даниила разместились низенькие горницы и клети, под ними — в амбарах и ледниках — хранились всевозможные припасы. В Кремле разместилась и ближняя дружина князя, на береговых пристанях год от года ширился торговый и ремесленный посад, лепившийся поближе к крепости. А на площади, где сейчас стоят кремлевские соборы, паслись коровы и росла репа.
В смутное время феодальной раздробленности и иноземных нашествий вокруг Москвы стало складываться централизованное русское государство, ибо не было другого княжества, которое располагалось бы так выгодно и удобно. На окраинных землях жить опасно, каждый час можно ожидать набегов, пожаров, смерти. На западных границах Руси крепнет литовский князь, в юго-восточных степях — жестокая и дикая Орда. Далеко на север тоже забираться опасно — неприютен суровый край, поэтому охотнее всего переселенцы тянулись к Москве-реке: соседние княжества, леса и болота, кольцом окружавшие Москву, сдерживали врагов. Богатейшие заливные луга обеспечивали скот кормами, реки изобиловали рыбой, леса давали хороший строительный материал, да и зверья в них много…
При Иване Калите московская крепость становится уже тесной для двора князя и двора митрополита Петра, который в 1328 году перенес свою резиденцию из Владимира в Москву. Поэтому решено было снести старые стены, возведенные из смолистой горючей сосны, и в 1339 году был заложен «град Москвов дубов». Иван Калита отдал свой дворец митрополиту, а для него поставили новый деревянный дворец — по соседству с нововоздвигнутыми храмами. Из аршинных дубовых брусьев строители возвели новые стрельницы и стены, Кремль раздался в ширину (в сторону нынешней Красной площади), и теперь в крепости сидела уже не ближняя княжеская дружина, а большой гарнизон: лучники, пушкари метательных машин, оружейники для починки «ратного сосуда» и прочий военный народ.
Всего за пять месяцев при Иване Калите возвели мощные дубовые стены, быстро строился и укреплялся новый город, но от пожаров он также быстро превращался в золу и пепел. Чуть больше 30 лет простоял дубовый Кремль, а в княженье Дмитрия Ивановича, которого впоследствии назовут Дмитрием Донским, от церкви Всех Святых на Черторьи (Кропоткинские ворота) начался пожар невиданной силы. В лето 1365 года огненный смерч обрушился на скученные строения Кремля, и за два часа гибельный пожар уничтожил все до основания, остались только уныло торчащие обугленные кремлевские стены с выгоревшими навесными бойницами.
После такого бедствия молодой князь Дмитрий Иванович созвал бояр и князей на совет о новых укреплениях города, потому что негоже было Москве впредь обходиться деревянными стенами, как деревне. Все лето и зиму заготовляли белый камень в селе Мячково, а весной 1367 года собрали со всех русских земель мастеров каменного дела, которые и стали выкладывать первые каменные стены Кремля. Но старые дубовые стены снесли не сразу, так как нельзя было даже на короткий срок оставлять Москву без укреплений. На смену «великой тишине», которую оставил своим преемникам искусный правитель Иван Калита, пришло время военных столкновений с Золотой Ордой и с соседями. Москве по-прежнему угрожали тверские князья, все еще добивавшиеся великокняжеского престола. На западе вставала могущественная Литва, поддерживавшая в своих интересах воинственные устремления Твери, со всех сторон и в любой час великокняжеский стольный град ожидало внезапное нападение.
При возведении белокаменных стен Кремля трудилось более 2000 строителей — неслыханные по тем временам масштабы. Каменные стены ставили вне деревянного Кремля, местами отдаляясь от старой линии на 35 и более метров. Крепость росла быстро, и работы в основном были закончены к началу 1368 года. Над Москвой засияли белоснежные каменные стены, и башни, и новый Кремль расширился почти до размеров нынешнего. Он был опоясан глубоким рвом и имел железные ворота; на его высоких стенах грозно ощетинились каменные зубцы, пространство между которыми забиралось толстыми досками для защиты от стрел нападавших.
Население посадов при нападении врага укрывалось за кремлевскими стенами, принимая самое активное участие в обороне. А таких случаев в то тревожное время было немало, и не зря спешили москвичи с возведением каменных стен. Едва успели строители покинуть места работ, как примчался в Кремль гонец: литовский князь Ольгерд «тихим обычаем» перешел русский рубеж и перебил пограничный сторожевой пост. Узнав, что князь в Москве и почти без рати, литовцы поспешили сюда. На разбогатевший город, который за 40 лет мира будто бы отвык воевать, Ольгерда натравливали тверские князья, пуще всего боявшиеся возвышения Москвы. Когда литовское войско, одетое в звериные шкуры, подошло к Кремлю, он был готов к обороне. Мосты над рвами были подняты, ворота наглухо заложены камнями и бревнами, над башнями зловеще поблескивали щиты и копья…
Окружив Кремль, литовцы занялись грабежом близлежащих сел, но князь Ольгерд видел уже, что здесь он напрасно теряет время. А тут еще из дома пришла тревожная весть, что в Литву пожаловали тевтонцы, и через три дня литовцы сняли осаду Кремля.
Несмотря на победу русских войск в знаменитой Куликовской битве, в 1382 году хан Тохтамыш решил отомстить Москве за разгром Мамая. При пособничестве рязанского князя Олега он с огромными силами внезапно обрушился на город. Москвичи заперлись в белокаменном Кремле, и все попытки татар взять его штурмом окончились полной неудачей. Три дня кремлевские стены осыпались тучами стрел, приступ за приступом следовали беспрерывно, но осажденные мужественно выдерживали натиски врага, обливая его со стен Кремля горячей водой, осыпая градом камней и скатывая толстые бревна. Только обманом татарам удалось захватить Кремль: у них в плену находились нижегородские князья, которые торжественно поклялись, что хан не причинит никому никакого вреда, если его впустят в Кремль и в знак уважения поднесут дары. Защитники доверчиво поверили нижегородцам и открыли городские ворота. Русский историк Н.М. Карамзин писал по этому поводу:
«Сие злодейство было началом ужаса: по данному знаку, обнажив мечи, тысячи монголов в одно мгновение обагрились кровью россиян безоружных… хотевших спастись бегством в Кремль; варвары захватили путь и вломились в ворота; другие, приставив лестницы, взошли на стену… Неприятель в остервенении своем убивал всех без разбора, граждан и монахов, жен и священников, юных девиц и дряхлых старцев, опускал меч единственно для отдохновения, а потом снова начиналось кровопролитие.
Многие укрывались в церквах каменных. Татары отбивали двери и везде находили сокровища, свезенные из менее укрепленных городов. Кроме богатых икон и сосудов, они взяли несметное количество золота и серебра в казне великокняжеской, у бояр старейших и купцов знаменитых — наследие их отцов и дедов, плод бережливости и трудов долговременных. К вечному сожалению потомства, грабители предали огню множество древних книг и рукописей…»
Через 13 лет после нашествия хана Тохтамыша на Москву двинулась новая гроза — полчища Тамерлана, разгромившего могущественного турецкого султана. Но Тамерлан не пошел дальше Оки, а разбойный набег свирепого хана Тохтамыша уже не мог сломить возвышавшуюся Москву. И хотя ей снова пришлось спешно восстанавливать кремлевские укрепления и соборы, она быстро оправилась при Василии Дмитриевиче — сыне Дмитрия Донского.
Наступило время правления Ивана III — период создания единого Русского государства, которое проходило в непрерывной борьбе с татарами, Литвой и Польшей, Ливонским орденом и Швецией. Все они стремились ослабить Русское государство, не допустить его к Балтийскому морю и изолировать от Западной Европы. Но именно тогда, как писал Карл Маркс в «Секретной дипломатии XVIII века», «изумленная Европа, в начале царствования Ивана едва замечавшая существование Московии, стиснутой между татарами и литовцами, была ошеломлена внезапным появлением на ее восточных рубежах огромного государства, и сам султан Баязет, перед которым Европа трепетала, впервые услышал высокомерную речь московитов».
Во второй половине XV века белокаменный Кремль уже ни своим внешним видом, ни внутренним состоянием не соответствовал международному и политическому положению московского государя. Утратил он и свою оборонительную мощь: белый известковый камень не обладает достаточной прочностью, поэтому кремлевские стены и башни к этому времени уже сильно обветшали. Кроме того, после многочисленных пожаров они были настолько сильно залатаны деревом, что в 1470-х годах показались итальянскому путешественнику Контарини деревянными. Не в лучшем состоянии был и деревянный Кремлевский дворец, некогда великолепно украшенный, сильно пострадали от пожаров и каменные храмы.
Внутри Кремль, за небольшими исключениями, представлял собой «городок» всевозможных деревянных построек — жилых и служебных домов. Кроме великокняжеской семьи, бояр, высшего духовенства и многочисленной придворной челяди, в Кремле проживал еще самый разнообразный люд. Неприглядные домишки обывателей заполняли все пространство в границах кремлевских стен и лепились по склонам холма.
Иван III задумал перестроить Кремль, сделать его достойной резиденцией правителя могучей державы и неодолимой твердыней, чтобы в случае необходимости отразить натиск любого врага. А вместе с тем и украсить Кремль величественными зданиями, которые олицетворяли бы мощь Русского государства. В 1480 году сносятся обветшавшие стены и башни, а на их месте закладываются новые. Первыми были заложены башни, прикрывавшие равнинную тыловую площадку — «приступ» — и речную полосу; крепятся сваями крутые берега, в реку выводятся подземные ручьи. Надо было укреплять и грунт, чтобы он надежно держал каменные громады.