Союз католических стран в то время фактически возглавляла Испания и Папа Римский. Некоторое время между шотландским и испанским дворами шли переговоры о возможном браке между Марией и наследником испанского престола доном Карлосом. Однако Карлос медлил с ответом, а Елизавета между тем всячески стремилась помешать этому браку. Она отлично понимала, что такое замужество усилит позиции католицизма в Шотландии. Она допускала и возобновление притязаний Марии Стюарт на английский престол в этом случае. Поэтому королева Англии сама решила подыскать жениха «любимой сестре», как в письмах она называла Марию.
Первой кандидатурой стал Роберт Дадли. Трудно сказать, почему Елизавета решилась предложить этот скандальный вариант. Дадли не принадлежал к королевскому роду. Он был обыкновенным дворянином, которого срочно возвели в ранг графа Лестерского, к тому же Дадли слыл любовником Елизаветы. Стюарт с возмущением отказалась.
В это время в Шотландии находился один из английских принцев крови — Fенри Дарили, который по материнской линии был правнуком Генриха VII, то есть кузеном Марии, и к тому же католиком. Дарили был молод, красив, прекрасно держался в седле и танцевал. Жених, правда, не отличался умом, но шотландская королева страстно влюбилась. Против этого брака выступил Меррей. Он понимал, что этот союз означал реставрацию католицизма в Шотландии. Сильно встревожилась и Елизавета. Она приказала Дарили вернуться в Англию, пригрозив конфисковать все земли его отца. Но тот не послушался. Тогда Елизавета предложила Марии сделку. Она выразила готовность признать права Марии Стюарт на английский престол в случае своей смерти, если та откажется от брака. Но для влюбленной женщины трон Англии уже не имел цены. Ранним утром 29 июля 1565 года венчание состоялось.
Тогда Елизавета решила организовать в Шотландии мятеж. Она не жалела денег для подкупов. Однако мятежные бароны в конце концов покорились своей государыне, а Меррей был вынужден бежать в Англию.
Но брак Марии оказался очень неудачным. Когда очарование первых месяцев замужества прошло, королева увидела рядом с собой тщеславного юнца, глупого и заносчивого, который сорил деньгами и упивался обретенной властью. Тогда Мария лишила мужа всех привилегий и перестала приглашать на заседания государственного совета. Супружеские отношения тоже были прерваны. Как только Мария узнала, что беременна, она отказала Дарили в супружеской близости, якобы для того, чтобы не навредить ребенку.
Дарили был в ярости. Его только поманили властью и теперь отбросили, как ненужную вещь. Он везде и всюду жаловался вельможам на королеву и в конце концов произошло невозможное — он согласился возглавить заговор против своей жены, королевы шотландской.
Особенную ненависть у вельмож-протестантов вызывал личный секретарь королевы пьемонтец Риччо. Бывший певчий, он за свою верную службу удостоился покровительства и дружбы королевы. А протестанты считали его папским агентом и хотели уничтожить. Муж королевы согласился возглавить заговор с целью устранения Риччо, заранее даровав убийцам свое прощение, о чем они и заключили письменное соглашение, так называемый бонд.
9 марта 1566 года вечером во время ужина в королевских покоях, куда ворвались заговорщики, они убили Риччо, а королеву фактически посадили под домашний арест — заперли в спальне и даже не допускали к ней ее слуг. Мария Стюарт решила действовать хитростью: она прикинулась испуганной и умоляла супруга помочь ей. Слабохарактерный и недалекий Дарили согласился обмануть своих недавних сообщников и вместе с королевой бежал из замка Холируд. Оказавшись на воле, Мария поклялась отомстить.
Первым делом она объявила народу, что Дарили не причастен к заговору и внешне изменила свое отношение к мужу. Супруги вернулись в Холируд в полном согласии. 19 июня 1566 года у них родился сын, будущий король Англии Иаков I. Елизавета поздравила родителей и на крестины подарила новорожденному золотую купель, украшенную драгоценными камнями.
Королева Мария очень изменилась. Несмотря на счастливое разрешение от бремени, она была мрачна и часто плакала. Она снова влюбилась. Ее избранником на сей раз стал верховный адмирал и главнокомандующий вооруженными силами Шотландии Джеймс Хепберн, граф Босвел. Это был сильный и смелый воин авантюрного склада. Хотя Босвел был женат, а Мария Стюарт замужем, все равно они стали любовниками. Однако Босвел вскоре охладел к королеве. Она понимала: единственное, чем она может привязать его к себе, это корона Шотландии. Она могла сделать его королем. Конечно, королева могла развестись с мужем, но это плохо отразилось бы на ее сыне, его стали бы считать незаконнорожденным. И, по-видимому, Мария решилась на преступление. В стремлении избавиться от никчемного короля ее поддерживали многие лорды.
В это время Дарили, который как будто бы что-то предчувствовал, уехал в свой родовой замок, где перенес оспу. Мария поехала за ним и уговорила вернуться в Холируд — она сама заманила его в ловушку. Но Дарили отвезли не в королевский замок, а поместили в небольшом одиноко стоящем доме за городской стеной Эдинбурга, так как якобы опасались распространения оспы. Мария часто навещала мужа. 9 февраля она как обычно появилась в домике, но вскоре ушла, так как спешила в замок на свадьбу слуг. А в два часа ночи страшный взрыв разнес в щепки дом, где находился король и его слуги. Их трупы нашли в саду; поговаривали, что их задушили.
Поведение королевы после смерти мужа многим казалось странным. Она не соблюдала траура и ничего не сделала, чтобы разыскать и наказать виновных. Правда, тем, кто назовет имена убийц, была обещана награда в две тысячи шотландских фунтов. Однако желающие так и не объявились, а на рыночной площади появились афишки, где убийцей называли Босвела и его слуг. Тем не менее Мария приняла его в замке лорда Сентона, куда вместо приличного для нее уединения отправилась погостить.
Теперь даже Папа Римский, ее всегдашний покровитель, гневно обличал королеву. Елизавета настойчиво советовала ей не бояться задеть тех, кто ей близок, но виновен, то есть Босвела. Однако Мария потеряла всякую осторожность. Тогда отец Дарили, граф Ленокс, потребовал ареста Босвела. Королеве пришлось дать согласие на суд над дорогим ей человеком. Однако Босвел не растерялся. В его руках была армия. Он явился в зал заседаний с мечом на боку и в окружении вооруженного отряда. Граф Ленокс, опасаясь за свою жизнь, на суд не явился, а судьи по той же причине вынесли обвиняемому оправдательный приговор.
Елизавета направила Марии второе письмо. Она писала: «Даже если бы Вы не ведали за собой вины, однако такого попустительства было бы достаточно, чтобы Вас лишили королевского сана и отдали на поругание черни. Но чем быть подвергнутой такому бесчестию, я бы пожелала Вам честно умереть».
Однако вопреки здравому смыслу Мария решила обвенчаться с Босвелом. К тому времени его брак был расторгнут. Предлогом послужило близкое родство супругов. Мария понимала, что такой мезальянс вызовет страшное возмущение в королевских домах Европы. Она рисковала стать изгоем. Тогда Босвел придумал план. Он должен был инсценировать похищение королевы. В таком случае ее честь могла быть восстановлена только заключением брака с похитителем. 21 апреля 1567 года план был приведен в исполнение. И уже 15 мая королева тайком обвенчалась с любовником по протестантскому обряду.
Однако расчеты Марии и Босвела не оправдались. Ни в Европе, ни в Шотландии никто не верил в похищение. Все были уверены в том, что оно было совершено с согласия королевы. Елизавета перестала отвечать на письма Марии. Не было известий и из Франции. Чувствовалось осуждение и со стороны придворных.
Результатом опрометчивого поведения шотландской королевы стал мятеж шотландских лордов. Их войско захватило Эдинбург и двинулась на крепость Бортуик, где в это время Мария и Босвел пытались переждать бурю. Силы были слишком не равными. Королеве поставили условие: она должна отказаться от брака с Босвелом и вместе с войском лордов вернуться в Эдинбург. Ей пришлось согласиться, а Босвел вынужден был спасаться бегством.
Королеву везли в столицу в окружении солдат, что само по себе было для нее унижением. Потом ее заключили в замок Лохливен, который находился посреди озера и был отрезан от суши. Под угрозой обвинения в убийстве Дарили Марию заставили отречься от престола в пользу Иакова. Регентом при малолетнем короле стал Меррей.
В Европе по-разному отнеслись к заключению королевы. А в Шотландии ее стали считать особой, которая недостойна королевского венца. Однако неожиданно на ее сторону встала Елизавета. Английская королева понимала, что, защищая Марию, она защищает собственную королевскую власть. Королевскому совету Шотландии Елизавета написала несколько писем. В одном из них она увещевала мятежников: «Вашего обращения с королевой Шотландии мы не можем ни одобрить, ни стерпеть. Велением Божьим вы — подданные, а она ваша госпожа, и вы не вправе приневолить ее к ответу на ваши обвинения». Однако лорды не вняли письмам королевы соседнего государства, и Елизавете пришлось отступить.
Босвел был далеко. Он бежал в Данию, но прислал в Эдинбург слугу, который должен был выкрасть из его дворца ларец с важными бумагами. Посланца схватили и подвергли пыткам. Не выдержав их, слуга выдал тайник. Ларец был найден и открыт в присутствии шотландских лордов. В нем находились бумаги Босвела, письма и сонеты королевы и другие важные документы. Они свидетельствовали о причастности королевы к убийству Дарили. В шотландском парламенте «письма из ларца» были зачитаны вслух. Их содержание стало широко известно и в Европе. Однако уже тогда многие считали эти письма подделкой. В наши дни ученые тоже разделились на два лагеря: одни считают их фальсификацией, другие убеждены в их подлинности.
Казалось, Марии не на что надеяться. Но она продолжила борьбу. 2 мая 1568 года ей с помощью Джорджа Дугласа, одного из лордов-католиков, удалось бежать из Лохливена. Мятежный лорд сумел собрать под ее знамена 6 тысяч воинов. Однако 13 мая Меррей разбил это войско. Марии пришлось бежать в Англию и обратится за помощью к Елизавете. С этого момента фактически и начинается история суда, а точнее, судов над шотландской королевой.