Союз Марго и Генриха Наваррского стал настоящим событием для Франции. «Наша свадьба, — писала невеста в своих мемуарах, — совершалась с таким триумфом и великолепием, как никакая другая, король Наварры и его свита были в богатых и красивых одеяниях, а я — по-королевски — в бриллиантовой короне и горностаевой пелерине, трен моего голубого платья несли три принцессы. Свадьба совершалась по обычаю, предусмотренному для дочерей Франции». Придворный праздник по этому случаю удался на славу. Казалось, ничто не могло омрачить всеобщего ликования и состояния какой-то надежды на будущее, конец гражданской войны и распрей среди членов правящей династии. Но в ночь с 20 на 21 августа 1572 г. разыгралась страшная трагедия, вошедшая в историю под названием Варфоломеевской ночи — кровавая расправа католиков над прибывшими на свадьбу вместе с Генрихом Наваррским гугенотами. Своего мужа и его приближенных Маргарита спрятала в покоях и тем самым спасла их жизни.
Семейная жизнь королевы Марго с первых дней складывалась неудачно. Политические интриги сделали ее титул чисто номинальным. «Королева без королевства», — часто с горечью думала Маргарита, понимая, что Екатерина Медичи проиграла эту партию и замужество не принесет никаких политических выгод. Это лишь угнетало молодую королеву — брак, заключенный по расчету, не давал никакого удовлетворения и не оправдывал себя. Отсутствие любви и какого бы то ни было влечения к мужу сделали пыткой исполнение супружеских обязанностей. Маргарита никому не признавалась в своих страданиях и в условиях невозможности развода пыталась как можно лучше играть роль супруги. С каждым днем эти бесплодные отношения между Генрихом и его молодой женой ухудшались. Нет, между ними не было ненависти, но чувство безысходности и ощущение того, что рядом — абсолютно чужой человек, которому никогда не стать близким и любимым, не покидало супругов. Они решили положить конец своим страданиям и не стеснять друг друга в выборе любовников. Каждый вечер чета отправлялась вместе в королевскую опочивальню и укладывалась спать в разные кровати, думая о своем. Наконец, между ними установились деловые и даже дружеские отношения. Супругов объединяли интересы страны и народа, они могли часами обсуждать политические вопросы, но сердца их принадлежали другим. У Генриха появились многочисленные фаворитки, а Маргарита продолжала блистать при дворе, участвовать в многочисленных балах и маскарадах. Ею любовались, восхищались ее красотой и манерами. Мужчины стремились завоевать ее расположение, поэтому выбрать нового любовника не составляло для королевы труда. Предпочтение она отдала Жозефу Бонифацио сеньору де Л а Молю, красивому и статному провансальцу, блестящему поклоннику и дамскому угоднику. Когда он впервые увидел ее на балу в элегантном платье, то сразу влюбился. На его страстный взгляд Маргарита ответила ослепительной улыбкой, подошла и взяла за руку. Через некоторое время у придворных появился очередной повод для сплетен — новая любовная связь королевы. Любовники не стеснялись в проявлении своих чувств, и часто Екатерина Медичи, проходя мимо комнаты Маргариты, откуда доносился шум, только осуждающе качала головой.
Любовь приносила Марго колоссальное удовлетворение. Она была достаточно изобретательна и проявляла в постели все свое мастерство, лишая рассудка своих поклонников. Утонченным ласкам королева училась у астрологов, изучала древние книги. Для всех любовников она заказывала у придворного повара остро приправленные блюда, разжигающие желание и повышающие мужскую силу. Желая похвастаться белизной кожи, королева велела горничной застилать постель черным муслином. Ла Моль был настолько опьянен ее ласками, что совершенно потерял голову и однажды поведал своей любовнице о заговоре, в подготовке которого помогал Генриху Наваррскому. Маргарита, помня о своем долге, обо всем рассказала Екатерине Медичи. Через некоторое время Ла Моля казнили и Марго осталась в одиночестве.
Но пылкая королева и не помышляла о том, чтобы проводить свои дни в горьких раздумьях. В ее жизни появлялись все новые и новые любовники, как правило, бравые красавцы, славившиеся неистощимой мужской силой. В их объятиях она забывала о сложных взаимоотношениях в семье — с Генрихом Наваррским возникли новые проблемы. Отвергнутый супруг, который проводил время не хуже Маргариты и, казалось, соперничал с ней в количестве внебрачных связей, вдруг заговорил о необходимости иметь наследника. Свободная любовь, которую исповедовала королева, никоим образом не была совместима с материнством. Но Маргарита всерьез задумалась о ребенке — под угрозой находилось ее положение королевы. Однако приговор придворных врачей был неумолим: Маргарита бесплодна и никогда не подарит королю наследника. Ранее поощрявшая супруга на любовные приключения, Маргарита стала ненавидеть всех его любовниц, которые могли родить и подталкивали Генриха на развод с бесплодной женой. Королева не только стала участвовать в придворных интригах, но и сама частенько разжигала новые дворцовые войны. Но судьба уже готовила новый удар — Генрих Наваррский бежал из Лувра, оставив жену в качестве заложницы в родной семье. Проведя два года в столь шатком положении и досыта насладившись своими поклонниками, Маргарита отправилась к супругу в Нерак.
Старый замок Генриха Наваррского не отличался уютом и роскошью, которые так любила Марго, поэтому она с воодушевлением принялась за благоустройство своей обители. Королева привлекла в замок весь цвет протестантской интеллигенции. В ее салоне собирались известные поэты и философы, дипломаты и певцы. Очень скоро люди, окружавшие Генриха Наваррского, — некогда строгие и суровые в проявлениях своих чувств, вошли во вкус веселых балов и свободной любви, проповедуемой Маргаритой. Маскарады, пикники и литературные вечера стали привычными в замке короля Наварры, а у королевы появился новый любовник — герцог Булонский. Развлечения, которые устраивала молодая пара, требовали больших денежных затрат, но Маргарита не собиралась обращаться за средствами к мужу, предпочитая одалживать необходимые суммы у бесчисленных поклонников, причем некоторые из них из-за непривлекательной внешности или в силу своего возраста не подходили на роль любовников. В то время как королева развлекалась с молодыми мужчинами, более пожилым поклонникам приходилось разоряться, втайне надеясь на взаимность и понимая, что этой мечте не суждено осуществиться. Один из них, вконец обиженный таким положением вещей, отправился в Лувр и рассказал брату королевы, Генриху III, о разврате, царящем в замке наваррца.
Маргарите было приказано срочно вернуться в Париж. Королева не без сожаления рассталась с любовниками и отправилась домой. Ее встретили холодно и, спустя некоторое время, снова решили отправить к мужу. Однако Генрих Наваррский попытался извлечь из этой ситуации максимум выгоды: он требовал компенсации за прием Маргариты, заставляя ее пребывать в унизительном ожидании окончания переговоров. Но она не поддавалась унынию и, бросив вызов противоборствующим сторонам, устремилась в Ажан, в стан противников обоих королей. С этого момента начался новый этап в жизни Маргариты Валуа — этап долгих скитаний из одного замка в другой. Генрих III разгромил мятежников, а свою сестру, словно преступницу, доставил в замок в Уссоне.
За спиной Маргариты в это время плелись многочисленные интриги, Генрих Наваррский, подстрекаемый своими фаворитками, стремился оформить развод, Екатерина Медичи подумывала о том, чтобы заточить дочь в монастырь. Но судьба распорядилась иначе — свое заключение в замке Уссон Маргарита превратила в настоящий праздник. Однажды утром она попросила передать маркизу де Канильяку, губернатору Уссона, что желает поговорить с ним. Придя в покои королевы, де Канильяк застал ее в постели почти обнаженной. Маркиз был сражен наповал столь дерзкой выходкой очаровательной пленницы, влюбился в нее и стал для Марго не только любовником, но и преданным рабом. Он выполнял малейшие прихоти своей возлюбленной. Маргарита со всей страстью отдалась любовным забавам, не забывая о творчестве. В короткий период ей удалось преобразить мрачный замок. Обожавшая чтение, она пополнила библиотеку сочинениями известных писателей и превратила свою обитель в новый Парнас, приглашая в созданный ею салон поэтов, философов и художников. Излюбленной темой бесед стала природа любви, которая всегда интересовала королеву. Она активно защищала единство души и тела, полностью отрицая невинную любовь.
В Уссоне Маргарита узнала о смерти своей матери и об убийстве брата, Генриха III. К престолу уверенно шел ее муж, который для достижения своей цели не брезговал и вероотступничеством. Маргарита, умудренная жизненным опытом, поняла, что борьба окончена и нет смысла сражаться с более сильным противником. Она немедленно дала согласие на развод и объявила себя сторонницей нового короля. В благодарность за это Генрих IV изъявил желание стать настоящим покровителем для бывшей жены — ей были оставлены все титулы и земли, а также пожалован приличный пенсион. Кроме того, Маргарите предоставили право построить свою резиденцию напротив Лувра. Ее двор по-прежнему привлекал к себе поэтов и музыкантов, а также философов, которые посвящали королеве свои труды. Но, увлекаясь науками и искусством, она не забывала, впрочем, и о плотских наслаждениях. В объятиях стареющей королевы оказывались то страстные пажи, то влюбленные певцы.
Годы изменили Маргариту, превратив эту некогда красивую женщину в грузную даму. Только прекрасные карие глаза и привычка роскошно одеваться выдавали в ней бывшую красавицу.
В последние годы жизни Маргарита Валуа много внимания уделяла посещению церкви и благотворительности. Предметом ее особой заботы стали обитатели тюрем и госпиталей. Она никогда не отказывала людям, нуждавшимся в помощи, оставаясь для всех милостивой и доброй королевой.
В конце 1613 г. Маргарита заболела воспалением легких и уже не смогла оправиться. Через полтора года — 27 мая 1615 г. королева умерла.