В течение 1941–1942 гг. Арсенич занимался формированием органов СБ ОУН на территориях, где действовало подполье. В это время были созданы областные, надрайонные и районные референтуры и низовые боёвки СБ численностью 5-10 человек. Была создана система баз, явок и схронов. Как руководитель СБ Арсенич лично занимался подготовкой личного состава и формированием боевых групп. Под его руководством была создана мощная разветвлённая сеть осведомителей среди населения, что позволяло руководителям ОУН получать объективную и своевременную информацию об основных мероприятиях оккупационной власти.
В феврале 1943 г. Николай Арсенич принимал активное участие в организации Украинской повстанческой армии, в частности, в создании в ней системы внутренней безопасности. Все бойцы и командиры УПА были обязаны сотрудничать со Службой безопасности. Командиры, принимавшие новых бойцов УПА без предварительной проверки их сотрудниками СБ, приравнивались к «явным врагам». Николай Арсенич со своей охраной в 20 боевиков перемещался по региону, оказывая помощь в формировании территориальных структур СБ и осуществляя контроль за их деятельностью. Созданная Арсеничем организация превратилась в эффективную контрразведывательную и разведывательную структуру в системе ОУН, которая без изменений просуществовала до начала 1950-х гг.
Служба безопасности ОУН боролась с агентурой противника, укрепляла дисциплину организации и способствовала её эффективному функционированию. Эсбисты не подчинялись региональным политическим и военным лидерам, а лишь своим непосредственным начальникам. Такая структура управления приводила к конфликтам, но была наиболее эффективной.
Современники описывали Арсенича как человека низкого роста, хорошего, спортивного телосложения с худощавым продолговатым лицом. Он был прекрасным и вежливым собеседником, тактичным, с чувством юмора. Умел положительно настраивать к себе совершенно разных людей. Непосвящённым трудно было поверить, что перед ними грозный руководитель СБ. Известно его наставление подчинённым: «Учитесь узнавать душу человека, умейте выслушать мнения других. Не лелейте ненависть, ибо ненависть лишает логического образа мышления. Будьте врачами, задача которых — лечить свой народ перед моральной гнилью, перед духовным упадком».
В письме-инструкции к одному из своих подчинённых М. Козаку Арсенич писал: «Не уничтожать агентуру, а ограничиваться лишь только расконспирированием. Полная ликвидация внешней агентуры способствует вербовке на её место новой агентуры, с которой можно по-доброму договориться, перевербовать против врага и держать её, как наших информаторов в агентуре противника. Прежде всего, не уничтожать ту внешнюю агентуру, что завербована из числа наших членов, из числа наших сторонников, завербованных под принуждением компрометирующих материалов». Лиц, заподозренных в связи с органами МГБ-МВД, Арсенич предлагал отсеивать из организации и использовать для индивидуального террора над руководителями партийно-советских органов, а также для сбора и заготовки продуктов и денег для нужд ОУН. Приведём характеристику, которую дал Николаю Арсеничу член Центрального провода ОУН, создатель и руководитель УПА-Запад Александр Луцкий.
Допрошенный в Киеве 19–20 июля 1945 г. Луцкий показал: «…После конференции, состоявшейся в феврале 1940 г. в гор. Кракове, Бандера назначил Арсенича руководителем военной разведки Главного Провода ОУН, а после второго конгресса ОУН, состоявшегося в марте 1941 г., он был назначен руководителем СБ. Считаю, что Бандера назначил Арсенича на эту работу не случайно, потому что, наблюдая его на протяжении ряда лет, я, да и другие активные деятели ОУН, убедились в том, что Арсенич — националист до фанатизма, исключительно непримирим с врагами ОУН и так называемыми "предателями" и "изменниками". Из всех известных мне членов Главного Провода ОУН он является наилучшим конспиратором и в этом направлении сумел организовать всю работу СБ сверху донизу. Зная, насколько хорошо поставлена и организована разведка в ОУН и, особенно, в СБ, должен сказать, что всё это является делом рук Арсенича…Внешне Арсенич в беседах с людьми вежлив, умеет располагать людей к себе. При встрече с ним трудно поверить, что он является руководителем СБ, снискавшим своими кровавыми делами репутацию палача…Протокол допроса записан с моих слов, верно, мной прочитан. Луцький Ол[ександр] А[ндрійович]. Допросили: Нач. след. части НКГБ УССР полковник Павловский Старший следователь следственной части НКГБ УССР лейтенант Погребной. Стенограф Кулагина».
Один из коллег охарактеризовал «Михайло» как «самого жестокого бандеровца, не считающегося ни с какими обстоятельствами и не знающего иных мер влияния, кроме физического уничтожения».
Как гласит специальное сообщение НКГБ УССР от 1944 г., «следственная и карательная практика "Службы Безопасности", являясь одним из видов террора, проводимого ОУН-УПА, носит характер, превосходящий по своей мерзости средневековье. Так называемое "цуркування" когда допрашиваемому связывают голову тонким ремнём или крепкой бичевой, а затем постепенно накручивают палкой до тех пор, пока череп не даст трещин, прижигание пяток, избиение — таков метод следствия "Службы Безопасности" ОУН-УПА. Повешение, убийства заподозренных людей и их семей, в том числе, матерей, жён и детей топором, перепиливание пилой — так обычно выполняются приговоры, выносимые следователями полицейско-исполнительных органов "Службы Безопасности" ОУН-УПА».
Жестокости сотрудников руководимой Арсеничем СБ, в том числе и с использованием «цуркування», описаны не только в советских источниках. Карательная деятельность подчинённых Арсенича отражена, например, в работе Александра Ищука и Валерия Огородника «Генерал Микола Арсенич. Жизнь и деятельность шефа СБ ОУН». Книга издана как проект Українського визвольного руху и СБУ на основе архивных документов и воспоминаний очевидцев. Подчёркивая своё в целом позитивное отношение к бандеровцам, авторы тем не менее отразили причастность Арсенича как руководителя СБ к репрессиям. Приведём выдержку из этой книги, описывающую «технологию» допросов и казней: «За столом сидів допитуючий, а перед ним допитуваний, якому заздалегідьбув накинутий на шию шнурок з деревяним зашморгом, якого держав у руці есбіст. Після допиту на знак допитуючого, цей есбіст, що тримав шнурок, моментально його закручував перериваючи горло допитуваного. Тоді його тягнули в сусідню кімнату, де на одну купу скидали голих допитуваних, а на другу купу одяг і речі допитуваних. На другу ніч їх вивозили й таємно в лісі чи в полі закопували».
Авторы книги отмечают, что необоснованные репрессии СБ существенно ослабили националистическое подполье и нанесли ему вред: «Слід констатувати, що "чистки" дуже сильно послабили націоналістичне підпілля, а головне — підірвали моральний дух рядових націоналістів. Лише взимку — навесні 1945 р. у низці райреферентур ОУН(б) було ліквідовано близько 200–300 підпільників. Керівництво СБ насаджувало безпідставну думку про численність агентів у середовищі підпілля. "Без особливого слідства проводилася ліквідація людей, — ішлося в одному зі звітів про роботу СБ на території Рівненської обл., - як серед організованих, так і серед самого населення». Дійшло того, що близько 50 % у Корецькому та Костопільському р-нах і майже 85 % у Сарненському р-ні підозрювали в таємній співпраці з чекистами. Надзвичайно високою була й частка смертних вироків під час розслідування ймовірної причетності підпільників до агентурного апарату противника… Така боротьба зі своїми знекровлювала організацію, не давала можливості СБ зосередитися на протидії реальним агентурним ударам НКВД-НКГБ».
Факты жестокого обращения СБ со своими жертвами приводят и историки украинских спецслужб Д. Веденеев и Г. Быструхин. В сборнике документов «Повстанська розвідка діє точно й відважно…» они привели сводку МГБ от 4 августа 1948 г., в которой значилось: «Были захвачены и зверски замучены работавшие на территории Станиславской области геологи Балашова Наталья, 1921 г. рождения, уроженка и жительница города Москвы, член КПСС и Рыбкин Леонид, 1925 г. рождения, уроженец и житель города Москвы, член ВЛКСМ»…Трупы захваченных в июне 1945 г. боевиками УПА двух советских активистов «носили следы садистских издевательств над ними», руки и ноги — «были выкручены и переломаны, глаза выколоты, волосы на голове вырваны». (Одной из убитых таким образом активистов была женщина)…Ещё одна женщина умерла 7.8.1948 г. после трёхдневного допроса «о горизонтальном и вертикальном строении партии и комсомола», отказавшись отвечать.
Органы безопасности СССР вели розыск руководителя СБ Николая Арсенича более пяти лет. Место его укрытия выдала Стефания Галушка, личная связная проводника Центрального провода ОУН Романа Шухевича. В июне 1945 г. она была арестована Бережанским райотделом НКВД и завербована опытным контрразведчиком майором госбезопасности A.M. Соколовым под оперативным псевдонимом «Наталка».
О том, как проходила вербовка Стефании Галушки Соколов изложил в своём донесении начальнику Первого отдела ГУББ генерал-майору А.Р. Горшкову. Донесение было написано Соколовым собственноручно. В документе излагается также история создания Соколовым спецотряда «Быстрый» в Тернопольской области в 1945 г. и его «операции» по уничтожению руководителей и членов оуновского подполья.
Приведём текст донесения, касающийся вербовки Стефании Галушки:
«Совершенно секретно Генерал-майору товарищу ГОРШКОВУ…В это время Бережанским РО была задержана связная "Наталка", которая на допросе показала, что она связная областного проводника ОУН "Нестера", она пыталась убежать из КПЗ — пристрелила из пистолета милиционера, её охраняющего, и, как видно из информации, фигура была интересная. Я вместе с подполковником т. МАТВЕЕВЫМ — выехали в Бережаны её посмотреть. Когда мы приехали в Бережани, то её допрашивал сотрудник ОББ НКВД УССР подполковник КАГАНОВИЧ. Она так ставила свои показания, что по ним никаких оперативных мероприятий провести было нельзя. Ясно было, что она всё равно врала, скрывая что-то крупное. Я своё мнение сказал т. МАТВЕЕВУ, который со мною согласился, и мы решили её взять в Чертков.