Новая информация о Шухевиче у органов госбезопасности появилась во второй половине 1944 г., когда после освобождения Красной армией Волынской и Ровенской областей советскими спецслужбами был арестован член Центрального провода ОУН М. Степаняк («Лекс») и другие видные участники националистического движения. На допросах в НКВД они дали подробную информацию о положении в ОУН, о деятельности членов Центрального провода организации, в том числе и Романа Шухевича. Так, чекистам стало известно, что именно Шухевич возглавляет Украинскую Повстанческую армию, совершающую диверсии в советском тылу и нападения на небольшие подразделения красноармейцев.
На основании полученных данных 2 октября 1944 г. в НКГБ УССР заведено групповое агентурное дело на членов Центрального провода ОУН под кодовым названием «Берлога».
Дело на Романа Шухевича выделили в отдельное производство, и 31 октября 1944 г. в рамках агентурного дела «Берлога» на него было заведено розыскное дело под кодовым названием «Волк».
Розыскные дела под кодовыми названиями были открыты и на других членов Центрального Провода ОУН. Под кодовым названием «Крыса» было заведено дело на Д. Клячкивского («Клим Савур»), под названием «Барсук» — на В. Кука («Лемиш»), под названием «Бегемот» — на Р. Кравчука («Пётр»), под названием «Шакал» — на П. Федуна («Полтава») и под названием «Крот» — на В. Галаса («Орлан»). Важнейшие материалы из розыскных дел направлялись в центральный аппарат НКГБ, а УНКГБ-УМГБ западных областей имели их дубликаты. В розыскных делах накапливались донесения агентов, информационно-аналитические материалы, освещавшие тактику националистического подполья, подробности деятельности и личной жизни руководителей ОУН, плановые и отчётные документы о ходе их розыска, задержания или ликвидации.
В сентябре 1945 г. украинские чекисты информировали руководство НКВД СССР о результатах операций по розыску Шухевича: «Данные о его пребывании на территории Западной Украины… подтверждаются показаниями бандитов из его личной охраны, захваченных во время операций. Так, например, участник охранной боёвки Шухевича, бандит по кличке "Чад", захваченный нами в средних числах сентября 1945 г. в Бережанском районе, Тернопольской области, на допросе показал: "В конце 1944 г. "Белый" проживал в схроне, находившемся в лесу близ сёл Ольховец и Лопушно, Бобркского района, Львовской области. С января по май 1945 г. он находился в с. Августовка, Козовского района, Тернопольской области. В мае-июле месяцах с.г. "Белый" проживал в с. Заболотовка, Ягольницкого района, а с 1 августа 1945 г. находился в с. Рай, Бережанского района, Тернопольской области". Показания "Чада" подтверждает бандит по кличке "Артём", бывший руководитель охранной боёвки Шухевича, который в течение двух лет безотлучно находился при нём, и его личная связная, по кличке "Наталка"… Находясь на территории западных областей Украины, "Белый" имел при себе личную охрану, состоящую из 10 бандитов, которые неотступно сопровождали его при передвижениях и охраняли на местах стоянок. Операцией, проведённой в сентябре 1945 г., почти полностью ликвидирована личная охрана "Белого" и порваны каналы связи, через которые он связывался с членами Ц.П., оставшимися на территории, и осуществлял руководство организацией. "Белый", лишившись связных, охраны и места укрытия… уведён к месту нахождения "Шелеста", где он, по-видимому, и находился до восстановления связи с членами Центрального провода ОУН, подбора связных и личной охраны, после чего перешёл в Рогатинский район и скрывается в схронах, вырытых для него бандитами из личной охраны, посланными им в мае 1945 года».
Чекисты установили, что руководители ОУН «скрываются рассредоточено, на хуторах и сёлах по два-три человека, под видом рядовых бандитов», «в дневное время никому из местных жителей не показываются, а выходят из укрытий только в ночное время», «обеспечиваются продуктами питания районными проводниками, пользующимися у них абсолютным доверием», «места укрытия своих проводников… знают только руководители-коменданты… боевок» личной охраны, а связные Центрального провода поддерживают с ними контакт через «мёртвые пункты связи». Было установлено также, что Центральный провод ОУН базируется в этих районах «вследствие наличия в них большого количества кулацкого элемента, являющегося надёжной бандпособнической базой, активно содействующей оуновцам в проведении их вражеской работы против СССР». Такие «изощрённые методы конспирации не позволяли агентуре органов НКВД определить места вероятного нахождения руководящего состава Центрального провода ОУН и не позволяли окончательно ликвидировать руководящее ядро оуновского подполья».
В июле 1945 г. органам госбезопасности удалось задержать жену Романа Шухевича Наталью Березинскую. После её ареста сотрудники НКВД устроили инсценировку с нападением на чекистский конвой, сопровождавший Наталью Шухевич-Березинскую, группы «повстанцев» ОУН и её «освобождением». Инсценировка не принесла ожидаемых результатов. Пока возле машины, на которой перевозили Наталью, сотрудники МГБ «истекали» куриной кровью из мешочков, спрятанных под формой, «бандоуновка едко смеялась, держась за трупы убитых». Её провели по легендированным связям от бункера до бункера. Однако никаких существенных данных о местопребывании её мужа она не дала. В итоге Н. Шухевич-Березинская была вновь «отбита» у «повстанцев» и водворена в камеру.
На допросе 12 ноября 1945 г. она дала показания о муже:
«Вопрос: Вы напрасно стараетесь скрыть свою связь с Романом Шухевичем и получение от него материальной помощи. Следствию точно известно, что, начиная с июня месяца 1944 г., вы… непосредственно сами поддерживали связь с Романом Шухевичем, получали от него материальную помощь и встречались лично. Вы это подтверждаете?.. Почему вы так неискренне ведёте себя на допросах?
Ответ: Боясь ответственности перед советской властью за связь с Шухевичем, я на протяжении всего следствия давала неправдивые показания. Убедившись, что дальнейшее скрытие своих преступных действий усугубляет моё положение, я буду теперь рассказывать только правду. Прежде всего, я должна заявить, что со своим мужем — Романом Шухевичем поддерживала связь до дня своего ареста, т. е. до июля 1945 г. через связных…
Вопрос: На предыдущих допросах Вы показали, что, не желая дальше проживать с Шухевичем, в 1943 г. взяли с ним официальный развод. Из показаний, изложенных Вами сегодня, видно, что не только не прекращали связи с Шухевичем после развода, а продолжали с ним встречаться и находились на его иждивении до дня ареста. Объясните, с какой целью вы разводились с Шухевичем, и имело ли это место в действительности.
Ответ: Факт развода с Шухевичем Романом имел действительно место. Убедившись ещё в период оккупации, что за националистическую деятельность мужа я буду подвергаться репрессиям, я решила развестись, чтобы не носить его фамилию, но по существу, это не имело никакого значения, т. к. и до развода мы почти всё время жили врозь. Когда я рассказала об этом Шухевичу, он отнёсся к моему сообщению безразлично».
В июле 1946 г. министром внутренних дел Украины Строкачем был утверждён план розыска и ликвидации членов Центрального провода ОУН. Роман Шухевич в этом плане был под номером один. Планом предусматривалось создание оперативной группы для проведения агентурно-оперативных мероприятий по розыску и ликвидации членов Центрального провода ОУН на территории Западной Украины. В группу включались по три опытных оперативных работника из каждой области, которым разрешалось вербовать агентуру из членов Центрального провода ОУН. Для связи опергруппе придавалась радиостанция, обеспечивающая круглосуточную связь. Для розыска и ликвидации членов Центрального провода ОУН оперативная группа должна была проводить глубокую агентурную разработку связных, курьеров и бойцов из охранных боёвок руководителей подполья. Опергруппа могла «производить в случае целесообразности оперативные комбинации, под видом СБ, как-то секретные съёмки (задержания. — В.И.), допросы и по возможности вербовки для использования источников "в тёмную"»… «Там, где будет позволять обстановка, оперативная группа может выступать под видом боёвки Центрального провода ОУН»… «Наряду с этим необходимо практиковать секретные съёмки и вербовки на основании получения тех или иных данных в процессе работы опергруппы».
Оперативной группе придавалась спецгруппа из перевербованных боевиков. В неё включались бывшие сотрудники службы безопасности ОУН, пропагандисты, санитары и проводники, хорошо знавшие националистическое подполье на территории своих областей. В спецгруппу отбирались боевики из действующих областных спецгрупп, сформированных ранее органами НКВД в западных областях Украины.
Московское руководство подкорректировало план Строкача. Для успешной работы МВД Украины предлагалось создать одну центральную и 11 районных опергрупп. При центральной оперативной группе создавались две квалифицированные спецгруппы из перевербованных боевиков и подвижной войсковой резерв. К проведению операций рекомендовалось привлекать также дислоцированные в районе подразделения внутренних войск. По прибытии на место опергруппам предлагалось тщательно изучить обстановку, уточнить полученные от Управления по борьбе с бандитизмом данные о вероятных местах укрытия членов Центрального провода, после чего разработать конкретные планы агентурно-оперативных мероприятий по розыску и ликвидации главарей ОУН-УПА. Розыск оперативные группы должны были вести путём глубокой агентурной разработки всех выявленных деловых и родственных связей.
С конца осени 1946 г. Шухевич скрывался в населённых пунктах в специально подготовленных для него проверенными боевиками убежищах. В домах, выбранных под убежища, оборудовались схроны для его укрытия в случае возникновения опасных ситуаций. Вместе с Шухевичем в убежищах находились боевики охраны, лица, обеспечивающие его прикрытие, и личные связные. Все они, кроме охраны, имели фиктивные документы, и, как правило, выдавали себя за переселенцев из Польши. Сам Шухевич и боевики в дневное время на людях не появлялись и выходили из дома и приходили в дом только в ночное время. Одно из таких убежищ находилось в доме в селе Княгиничи Букачевского района Станиславской области. В качестве убежища использовалась также квартира в доме священника в селе Гримное Комарновского района Дрогобычской области.