За пределами академии учебный план «в соответствии с новыми условиями жизни и устройства армии» пересматривался смешанной комиссией из трех представителей наркомата: начальника Латышской стрелковой дивизии И. И. Вацетиса, представителей Всероссийского главного штаба А. С. Белого и Ю. С. Лазаревича; трех представителей преподавательского состава академии, комиссара и начальника академии, а также правителя дел И. И. Смелова с правом совещательного голоса. К членам комиссии присоединился представитель ГУВУЗа Н. С. Беляев.
Комиссия пришла к выводу, что
академия Генерального штаба должна давать не только высшее военное и исчерпывающее специальное, но и по возможности широкое общее образование, дабы лица, окончившие ее, могли занять штабные и командные должности и являлись людьми, способными откликнуться на все вопросы политической, общественной и международной жизни.
Комиссия отмечала, что Первая мировая война дала колоссальный новый опыт, который необходимо учитывать при подготовке специалистов-практиков. Планировалось изучать стратегию, тактику, военную администрацию, военную географию, военную топографию, военную историю мировой войны, инженерное дело, службу Генштаба, военную психологию. Поскольку офицерство считалось узко образованным, в курс обучения вводились и общественные науки: государствоведение, социология, политэкономия, логика и метод научного исследования, военная философия, сравнительная история цивилизации России, Германии, Франции, Англии, Америки и Японии. Решено было активизировать изучение иностранных языков. Кроме того, слушатели должны были, как и до войны, разрабатывать самостоятельные темы. Вопросы всеобщей военной истории переносились в дополнительный класс. Впрочем, подобная программа в условиях Гражданской войны отличалась утопичностью и реализована не была.
Самое деятельное участие в организации подготовки слушателей принимал А. И. Андогский. Предназначение академии он видел в том, чтобы «подготовлять не только деятелей Генерального штаба, но и военно-научно образованных лиц командного состава, способных руководить боевыми действиями крупных войсковых соединений».
Управление внутренней жизнью академии осуществлял комитет из трех представителей преподавательского состава, трех представителей старшего курса, трех – младшего, комиссара и начальника академии, а также правителя дел с правом совещательного голоса. Учебными вопросами ведала конференция.
По данным на май 1918 года, комиссаром академии значился С. Ф. Басков, остававшийся при здании уже эвакуированной в Екатеринбург академии в Петрограде. Именно его хотел видеть комиссаром и в Екатеринбурге Андогский, но получил отказ Троцкого. Уральским областным военным комиссариатом был назначен новый комиссар, которым стал совсем еще молодой человек, 21-летний В. П. Матвеев. Преподаватели позднее отмечали, что новый комиссар мало интересовался академией и вскоре уехал.
Отчислялись с курса без права вновь быть принятыми на него не исполняющие правила внутреннего порядка, замеченные «в неодобрительном для гражданина и воина поведении», неисправно посещающие занятия или небрежно выполняющие их. Отчисление проводили комитет или конференция академии.
Перемены в Красной армии влияли и на академию. 5 мая 1918 года был издан приказ по академии о ликвидации комитетов (за исключением хозяйственного). Специальная комиссия должна была разработать вопрос о новых формах представительства слушателей. 22 мая 1918 года для управления внутренней жизнью конференция избрала комитет представителей профессорско-преподавательского состава. Слушателям было предложено избрать по три представителя от каждого курса в комитет и столько же в конференцию. В комитет – с правом решающего голоса, в конференцию – с правом совещательного голоса. На общем собрании слушателей старшего курса всех очередей 22 июня были избраны представители в конференцию академии. Управляющим органом со своим президиумом являлось общее собрание слушателей 3‑й очереди.
Руководил академией в тот период Андогский, правителем дел был И. И. Смелов, преподавали ординарные профессора: А. К. Байов, В. В. Витковский, Б. В. Геруа, А. Г. Елчанинов, М. А. Иностранцев, Б. М. Колюбакин, А. Ф. Матковский, А. И. Медведев, В. Ф. Новицкий, Д. Д. Сергиевский, Д. В. Филатьев, Г. Г. Христиани; экстраординарные профессора: А. И. Андогский, Г. Г. Гиссер, Н. И. Коханов; штатные преподаватели: А. Т. Антонович, К. П. Артемьев, Б. П. Богословский, Н. Я. Капустин, В. Н. Касаткин, Г. Т. Киященко, Г. В. Леонов, В. И. Оберюхтин, П. Г. Осипов, П. Ф. Рябиков, А. П. Слижиков, И. И. Смелов, Г. В. Солдатов, И. И. Сторожев, В. И. Сурин, А. А. Сурнин, А. Д. Сыромятников, В. Л. Томашевский. Костяк профессорско-преподавательского состава прошел в Гражданскую войну с академией весь путь от Петрограда до Владивостока.
Некоторые антибольшевистски настроенные офицеры стремились укрыться в академии от службы в РККА. Так, А. Т. Антонович вспоминал:
Назначение мое состоялось при следующих обстоятельствах: по возвращении с фронта (Украины) с офицерами и делами штаба 25 ар[мейского] корпуса, начальником которого я состоял… в преддверии скорой ликвидации штаба, не имея, кроме содержания, посторонних средств и не желая принимать какое-либо участие в работе с советскою властью, был озабочен подысканием места.
В это время мне стало известно, что академия открывается в Екатеринбурге – эвакуированная из Петрограда, что вызываются на старший класс офицеры, прошедшие ускоренные курсы во время войны, т[о] е[сть] кадровые, которые ухватились за эту командировку не только для пополнения своих знаний, но и как средство избежать порядков советской власти, выиграв время, все уверены были, что большевизм падет скоро и во всяком случае в течение времени, которое будет проведено в стенах академии.
Андогский заверил Антоновича, что академия аполитична и что это единственный путь ее сохранить. С 17 июля 1918 года Антонович стал заведующим слушателями.
Профессор М. А. Иностранцев вспоминал о положении и настроениях преподавателей:
Генералы Христиани и Медведев… совершенно определенно стремились лишь к заслуженному ими покою и тихому благополучию.
Огромное остальное большинство членов конференции составляли уже не профессора, а преподаватели академии и штаб-офицеры, заведующие обучающимися офицерами. Это все были люди еще молодые, не имевшие ни научного, ни педагогического опыта и авторитета, и не могли импонировать ни большевикам, ни тем властям, которые могли бы, в случае чего, их сменить. Молодых же профессоров в составе конференции академии было всего два: генерал Матковский и пишущий эти строки.
22 мая после двух месяцев отлучки Андогский вернулся в Екатеринбург. Белому следствию его отсутствие позднее объясняли хлопотами по укладке оставшегося имущества и выделению под него эшелонов. На самом же деле он занимался подготовкой открытия академии в тесном сотрудничестве с Троцким. Уже 27 мая Андогский вместе с правителем дел И. И. Смеловым опять отправился в Москву для испытания лиц, командируемых в младший класс. Временно исполняющим должность начальника академии остался профессор Г. Г. Христиани, временно исполняющим должность правителя дел – заведующий слушателями Г. В. Леонов.
В июне 1918 года были составлены новые штаты. Начальник академии непосредственно подчинялся народному комиссару по военным делам. Ординарных профессоров предусматривалось 15, экстраординарных – 5 (12 по военному искусству, 1 по военно-инженерному искусству, 2 по военной статистике, 2 по военной администрации, 3 по астрономии и геодезии). В документах июня 1918 года академия именовалась уже просто академией Генерального штаба. 14 июня был издан приказ Наркомата по военным делам о переименовании ее в Военную академию РККА.
Вокруг поступления на курсы, как и до Гражданской войны, наблюдался ажиотаж. Возможно, кто-то пытался таким путем уклониться от попадания на фронт или отдалить момент выбора. К 1 июля 1918 года на ускоренный курс прибыл только 81 человек (начиная с 1 июля с опозданием прибыли еще 33, а всего ожидались 190), в старшем классе налицо имелись 204 слушателя. 4 июля Андогский телеграфировал в ГУВУЗ: «В срок начаты занятия быть не могли ввиду прибытия 60 из 190 слушателей. Оттягивать долее нельзя, начинаю 8 июля наличными слушателями».
Занятия в старшем классе 3‑й очереди начались в июне–июле 1918 года. Академия задерживала у себя более двухсот квалифицированных военспецов из кадровых офицеров. Лекции читались с 1 по 18 июля. Началась учеба и на младшем ускоренном курсе, на который к августу были зачислены 113–115 слушателей.
Профессура имела основания опасаться преданных красным слушателей младшего ускоренного курса, лишь частично состоявшего из бывших офицеров и включавшего целый ряд членов партии большевиков. По воспоминаниям генерал-майора П. Ф. Рябикова, «сравнительно небольшое их число имело вид типических большевиков, увешанных оружием, большинство же были настоящие офицеры, которые, поймав кого-либо из нас в коридоре наедине, тихо докладывали, что они не большевики, а настоящие дисциплинированные офицеры…» Слушатели заполняли анкеты, где уже присутствовали пункты о партийности, принадлежности к активным членам партии, вопрос о том, в чем это выражалось и «в чем выражается Ваше активное содействие советской власти со дня революции (подробно)».
Некоторые новые слушатели успели принять участие в Гражданской войне на стороне красных (что осложняло в будущем их переход к белым), но считать весь курс большевизированным было бы неверно. К примеру, среди слушателей оказался герой Первой мировой войны, участник конных атак, кавалер ордена Святого Георгия 4‑й степени, бывший сотник 3‑го Оренбургского казачьего полка П. Н. Крылов, прибывший в академию после пребывания в лазарете по ранению. Крылов вошел в подпольную антибольшевистскую организацию слушателей и при эвакуации академии остался в Екатеринбурге; уже в августе 1918 года он служил у белых.