На сторону Народной армии перешли практически все прибывшие в Казань слушатели младшего ускоренного курса – 73 человека из 75. Некоторые считались военнопленными и позднее смогли перебежать к красным. Кроме этой группы, несколько слушателей ускоренного курса, состоявших в подпольной организации К. Ю. Румши, остались в Екатеринбурге и в итоге поступили в Сибирскую армию. Всего на сторону антибольшевистских сил перешли 80 слушателей младшего ускоренного курса, 12 остались в РККА, 16 находились в отпусках, данными еще о 7 мы не располагаем. Следовательно, 69,6% слушателей младшего курса попали в антибольшевистский лагерь и только 10,4% остались в РККА. Процент перешедших к противникам большевиков ниже, чем в старшем классе, но тем не менее крайне высок.
Перешедшие в августе 1918 года настаивали на продолжении обучения в академии. Вопросов у слушателей было много, что они сами зафиксировали на совещаниях: «1) Будут ли слушатели арестованы? 2) Как будут власти считать слушателей – гражданами или военнослужащими? 3) Каково будет отношение властей к академии: как вообще к учебному заведению или [как к] военно-учебному?» К помощнику управляющего военным ведомством Комуча В. И. Лебедеву была направлена делегация из двух подполковников, которые должны были способствовать избавлению от тюрьмы и расстрела оставшихся слушателей-большевиков.
По некоторым данным, Андогский добился от Лебедева признания академии новыми хозяевами Казани «государственным экстерриториальным учебным заведением». Также были получены заверения в том, что репрессий не будет, однако всех слушателей младшего курса по политическим мотивам отчислили из академии и по приказанию управляющего военным ведомством Комуча от 7 августа 1918 года откомандировали в части Народной армии.
Занявшие Казань силы Народной армии раздали персоналу академии оружие (каждый получил трехлинейную винтовку со штыком, две патронные сумки, шашку солдатского образца и наган). По устному приказу В. И. Лебедева вечером 8 августа академии надлежало погрузиться на пароход для отправления в Самару в распоряжение Комуча. Лошадей перевозили на барже, которая не была пришвартована к борту, а соединялась с пароходом буксирным тросом. На всякий случай пароход был вооружен двумя пулеметами (на носу и на корме), а личный состав академии Андогский разделил на два взвода со старшими во главе, причем намечено было нести шестичасовые дежурства и находиться в постоянной боеготовности. Слушатели младшего ускоренного курса утверждали, что вооружены были только старшеклассники.
9 августа академия на пароходе «Амур» прибыла в Симбирск и в тот же день отправилась далее в Самару, куда прибыла на следующий день. Всем было предписано оставаться на борту до распоряжения управляющего военным ведомством Комуча полковника Н. А. Галкина. Андогский переход от красных к эсерам прокомментировал следующим образом: «Думаю, что это все же лучше. По крайней мере, жизни нашей не будет грозить ежеминутной опасности, и мы будем сыты». Тогда же была отправлена успокоительная телеграмма в Екатеринбург, прояснившая оставшимся там судьбу казанской части академии.
Постановлением Комуча академия получила наименование «Всероссийской академии Генерального штаба», что было объявлено в приказе 15 августа 1918 года. Накануне, на заседании Комуча, помимо переименования академии было вынесено постановление «принять меры к тому, чтобы личный состав академии и имущество ее были задержаны на территории Комитета членов Учредительного собрания». Академическое начальство встречалось с руководителями военного ведомства Комуча и представителями чешского командования. Быть может, под давлением чехословацкого командования, с которым контактировал Андогский, Комуч не стал задерживать академию у себя, расставшись с ней довольно быстро и без сожаления.
С 7 августа 1918 года офицеры вернули себе прежние, упраздненные большевиками чины – всем надлежало «именоваться теми чинами и званиями, кои они имели до большевистского переворота».
В Самаре состоялось заседание конференции, на котором обсуждались текущие события. Среди прочего, был затронут вопрос о поведении ординарного профессора А. Ф. Матковского, который не выполнил постановления конференции о выезде из Екатеринбурга и подверг академию опасности. Матковскому было предложено оставить академию, он был исключен из состава конференции, а впоследствии отчислен и с должности профессора.
Большинство членов конференции не стремились сотрудничать с Комучем, предпочитая вернуться в Екатеринбург. Из Екатеринбурга планировали ехать в Омск, но никакой определенности не было даже у вездесущего Андогского. В знак благодарности за спасение от красных часть дефицитных офицеров Генштаба необходимо было оставить Комучу. Решили оставить в Самаре семь младших членов конференции – генерал-майора В. И. Сурина, полковников В. Н. Касаткина, Г. В. Леонова, А. П. Слижикова, полковника Н. И. Коханова, подполковников А. Д. Сыромятникова и В. И. Оберюхтина. Сурин и Коханов отправились за семьями в Екатеринбург. 14 августа Слижиков, Леонов, Касаткин, Оберюхтин и Сыромятников поступили в распоряжение управляющего военным ведомством Комуча, а с 16 августа получили ответственные назначения: Слижиков – начальником Генерального штаба, Сурин – главным начальником снабжений, Леонов – начальником отдела формирований ГУГШ, Сыромятников – начальником оперативного отдела, Касаткин – помощником начальника главного управления военных сообщений, Оберюхтин – исполняющим должность начальника канцелярии военного ведомства. В Самаре предполагалось оставить и около трети слушателей. Но так как последние оставаться не хотели, вопрос решили жеребьевкой.
Управляющий военным ведомством Комуча Н. А. Галкин впоследствии вспоминал:
В аппарат военного ведомства влилось очень много кадрового офицерства, которое было взято в плен при взятии академии. Эта публика не одобрила ни одно из мероприятий, которые были проведены до их прихода. Андогский, Иностранцев, Сыромятников – целый ряд бывших офицеров перешли на сторону белых после взятия Казани. Они нашли, что мы неправильно построили армию, что у нас неправильный устав, что мы не сумеем создать дисциплинированную армию и, конечно, оказывали известное влияние на меня. Это вполне было естественно, когда аппарат, на который опираешься, влияет на руководителя.
По словам Галкина, в устав под влиянием представителей академии внесли изменение в отношении наименования «господин» вместо прежнего «гражданин». «Может быть это и не имеет особого значения, но в тот период имело значение, потому что „гражданин полковник“ или „гражданин капитан“ звучит совершенно иначе, чем „господин полковник“». Андогский при захвате академии в Казани, как вспоминал Галкин,
чувствовал себя несколько неважно, потому что не знал, как его примут в Самаре, и потрухивал основательно, ибо думал, что могут расправиться с ним. А когда он приехал, то его приняли довольно хорошо. И так как был большой недостаток в кадрах офицерских, то ему предложили самому остаться. Он отказался под предлогом того, что очень устал, хочет поработать позднее, и вместе с ним отказался от участия его помощник генерал Иностранцев. И оба они уехали в Сибирь.
По свидетельству Галкина, появление в Самаре кадровых офицеров из академии привело к изменению военной политики Комуча:
С появлением мощной группы кадровых офицеров с Андогским во главе (академия Генштаба) эти элементы объединились и повели форменную атаку на все прежние более или менее демократические установки. Эту борьбу по линии оперативной работы штаба вел Сыромятников, а по устройству армии – дежурный генерал Леонов. Они взялись за пересмотр и исправление прежних положений и уставов Нар[одной] армии в духе старорежимных традиций. Всякий неуспех армии они объясняли этими якобы неудачными экспериментами, новшествами и требовали их отмены. Постепенно автор уступил их влиянию, вносились разные мелкие технические коррективы, которые постепенно стали извращать прежнее лицо Нар[одной] армии.
Еще 11 августа Андогский телеграфировал в Екатеринбург о прибытии в Самару и о том, что у «казанской» части академии все благополучно. По получении известий о переходе академии на сторону антибольшевистских сил Христиани направил радостную телеграмму командующему Сибирской армией: «С особым удовольствием доношу Вашему превосходительству, что эшелон академии в полном составе был задержан Казани при взятии города, настоящее время доставлен водою Самару для дальнейшего следования железной дороге Екатеринбург».
12 августа коменданту Екатеринбурга курсовику Н. Г. Сабельникову Андогский телеграфировал: «Благодарю за приветствие, рад, что удалось сохранить в рядах старшего курса 160 человек. Сейчас два-три месяца все идем работу созидания армии. Прошу срочно телеграфировать через штарм Самаре судьбу академии и семей. Ответа от Христиани нет. Наш отъезд задерживается еще на три дня». В тот же день Андогский телеграфировал в Екатеринбург заведующему хозяйством академии Наумову: «Прошу телеграфировать Самару штаб судьбу академии, семей, где они. Наш выезд задержится еще на три дня».
В дальнейшем переписка руководителей двух частей академии, Андогского и Христиани, наладилась и осуществлялась через штаб Чехословацкого корпуса в Челябинске.
13 августа от Сабельникова была направлена телеграмма Андогскому о том, что в Екатеринбурге побывал военный министр Временного Сибирского правительства генерал А. Н. Гришин-Алмазов и что академию планируют эвакуировать в Сибирь (в Омск или Томск). В тот же день Христиани сообщил, что академия направится, скорее всего, в Томск. Андогскому Временным Сибирским правительством предписывалось ехать со всем составом в Екатеринбург.
Конфликта интересов между самарским и омским правительствами не произошло, так как командующий Народной армией счел положение на Волге неустойчивым и санкционировал отправку Андогского с академией в Екатеринбург еще 12 августа. Как уже отмечалось, свою роль в этом, вероятно, сыграли чехословаки. То, что академия не отправила в строй несколько сотен слушателей и не сформировала собственную дивизию «с исключи