Слушатели прерванного старшего класса ускоренных курсов 3‑й очереди рассчитывали на завершение обучения. Однако, поскольку к осени 1918 года они уже оказались распределены по различным штабам, продолжить учебу было невозможно. Необходимо было заново собирать как преподавателей, так и слушателей. В академию посыпались запросы, но и сами преподаватели и даже руководство академии не могли ответить, когда продолжатся занятия.
В Томске академия расположилась в Доме науки (ныне в здании на Соляной площади, 4 расположен Театр куклы и актера «Скоморох» имени Р. Виндермана). Это здание было предоставлено академии П. И. Макушиным – видным томским меценатом и просветителем, инициатором его постройки в 1912 году. Иностранцев вспоминал:
«Дом науки», отведенный академии, был довольно большим двухэтажным зданием темно-серого цвета, находившимся недалеко от железнодорожной станции и отличавшимся довольно оригинальным видом, т. к. на крыше его, наверху особой небольшой башенки, помещался стеклянный земной шар.
Внутри «Дом науки» был довольно поместителен, имел прекрасный, большой зал, несколько аудиторий, и академия со своею обширною библиотекою и музеями уместилась в нем.
В здании имелось восемь аудиторий на 960 человек, помещения для библиотеки, кабинеты для преподавателей и лекторов, столовая, комнаты для служащих.
Томский период оказался, пожалуй, самым политизированным в истории академии. Андогский в сентябре уже налаживал контакты в руководящих кругах Омска. 5 сентября он уехал в Омск (его заменял Колюбакин), а 21 сентября вернулся. В тот же день он провел заседание конференции в некогда лучшей томской гостинице «Европа», теперь пребывавшей в ужасающем виде (именно там разместились служащие академии). Андогский рассказал о задачах академии – учебных, научных, консультативных, а также корпоративных – по объединению офицеров Генерального штаба. Учебная задача академии была одна: ускоренная подготовка кадров для младших должностей Генштаба. Выполнять ее следовало, несмотря на ослабление преподавательского состава. Научной задачей Андогский видел продвижение военной науки по пути прогресса, а консультативной должна была стать «посильная помощь в разработке оперативных вопросов».
Академия готовилась к возобновлению занятий на курсах 3‑й очереди, не завершенных из‑за драматических событий лета 1918 года. Решались различные организационные вопросы. Были утверждены новые штаты. Академия теперь включала административную, учебную и санитарную части.
В октябре–ноябре 1918 года на заседаниях конференции шли выработка и согласование учебных планов будущих курсов, а также распределение предметов между преподавателями. Из нововведений на курсах планировали начать преподавание международного и государственного права. Социологию вводить опасались, поскольку офицеры могли ею увлечься, а наличие подобного курса могло быть превратно понято в белом лагере. В программу обучения решили включить следующие предметы: тактика – общая (полковник И. И. Смелов, подполковник А. Д. Сыромятников), пехоты (полковник А. П. Слижиков), артиллерии (генерал В. Л. Томашевский), конницы (полковники Г. В. Леонов и И. И. Сторожев), технических войск (Г. В. Леонов), воздухоплавания (И. И. Сторожев); история военного искусства общая (генералы М. А. Иностранцев, Б. М. Колюбакин, подполковник П. Г. Осипов); служба Генерального штаба (генералы А. И. Андогский, П. Ф. Рябиков, полковник В. Н. Касаткин (отдел связи), подполковник Г. В. Солдатов (разведка местности)); мировая война в отдельных операциях (М. А. Иностранцев (причины войны), Б. М. Колюбакин, А. И. Андогский, полковники Б. П. Богословский, И. И. Смелов); сведения по инженерному искусству (полковник Н. И. Коханов); военная администрация (генерал В. И. Сурин); сведения по артиллерийской части (генерал В. Л. Томашевский); военная статистика России (генерал А. И. Медведев); военная статистика иностранных государств (генерал Г. Г. Христиани); теория съемки (полковник Г. Т. Киященко); военно-топографическая разведка (Г. В. Солдатов); практические занятия по тактике (руководители: генералы М. А. Иностранцев, П. Ф. Рябиков, В. Л. Томашевский, полковники А. Т. Антонович, Г. Т. Киященко, И. И. Смелов, подполковники П. Г. Осипов, Г. В. Солдатов).
25 октября 1918 года было принято решение вызвать в старший класс оставшихся слушателей 1‑й и 2‑й очередей. Приоритет отдавался тем, кто до войны держал экзамены в округах или конкурсные. Вторым важным признаком намечали боевую службу и старшинство баллов. Ранения и георгиевские награды теперь критерием не являлись. Вторую смену старшего класса намечали открыть 1 мая 1919 года, также фигурировал иной срок обучения – с 1 июня по 1 ноября. 30 октября 1918 года все окончившие подготовительные курсы 1‑й, 2‑й и 3‑й очередей были переведены в старший класс академии. С 1 декабря предполагалось вызвать преподавателей и слушателей старшего класса.
Подготовка к открытию курсов в целом завершилась к концу ноября 1918 года. Академия могла принять половину всех офицеров старшего курса и 150 слушателей в младший класс. Но к этому времени все слушатели старшего курса уже были задействованы в штабах, и учеба в нем возобновлена не была.
Академическая группировка в борьбе за власть и влияние
Политические амбиции начальника академии Андогского были велики, а свои люди в лице преподавателей и слушателей, разбросанные по различным штабам, имелись у него буквально во всех значимых военных структурах антибольшевистского лагеря на Востоке России. По существу, это была разветвленная агентурная сеть. Поскольку слушатели не завершили обучение на курсах, они по-прежнему зависели от академического начальства. Благодаря этому начальник академии был неплохо информирован о событиях и использовал соратников в своих интересах. Сотрудники имели от Андогского инструкции по лоббированию назначений представителей академии на ответственные посты как в Поволжье, так и в объединенном командовании Поволжья и Сибири.
Андогский и его окружение стремились если не официально, то кулуарно сосредоточить в своих руках рычаги управления военной машиной антибольшевистских сил Востока России. Возможно, это бы им удалось, если бы не сильная оппозиция в лице генштабистов Сибирской армии, с которой академия столкнулась осенью 1918 года. В Самаре среди генштабистов ходили слухи, что после объединения антибольшевистских сил Востока России именно Андогский будет кандидатом на пост военного министра единого всероссийского правительства.
Борьба военно-политических группировок была неотъемлемой частью истории антибольшевистского лагеря на Востоке России. Неоднородность военного руководства антибольшевистским движением порождала конфликты и столкновения интересов разных групп офицерства. Одна часть военной элиты антибольшевистских сил Востока России летом–осенью 1918 года служила в Сибирской армии, другая – в Народной армии Комуча. Противоречия усугублялись разницей во взглядах на широкий спектр вопросов, включая отношение к чехословакам, социалистам-революционерам, перебежчикам от красных и даже к персональным назначениям во главе войск, вызывавшим личные обиды и соперничество. Представители академии во главе с Андогским составляли самостоятельную и сплоченную офицерскую группировку.
По итогам сентябрьского Государственного совещания в Уфе возникло Временное Всероссийское правительство (Директория), объединились и вооруженные силы Народной и Сибирской армий. Верховным главнокомандующим всеми сухопутными и морскими вооруженными силами России (реально – антибольшевистскими силами на Востоке России) стал генерал-лейтенант В. Г. Болдырев. Он был профессором академии, прекрасно знал и понимал значение этого высшего военно-учебного заведения, был знаком с профессорско-преподавательским составом академии и решил на него опереться в своей кадровой политике. Тем более что опасался назначений из враждовавших друг с другом Народной и Сибирской армий. Требовалась нейтральная группа генштабистов, какой и являлись представители академии. Неудивительно, что в конце сентября они стали получать приглашения на службу в Ставку.
Курсовик К. В. Семчевский вспоминал:
После «уфимских» выборов Директория прибыла в Омск, привезла с собой «самарский» штаб, состоявший почти исключительно из профессоров академии и слушателей, эвакуировавшихся из Екатеринбурга в Казань, и сделала этот штаб «Ставкой» Верховного главнокомандования. Началась глухая борьба между «Ставкой» и штабом Сиб[ирской] армии, фактически имевшим все нити управления войсками и всем тылом… «Ставка», переняв постепенно управление от штаба Сиб[ирской] армии, решила ликвидировать штаб Сиб[ирской] армии, а нас, как свидетелей их странного поведения в Екатеринбурге, «обезвредить», послав нас куда-нибудь на самые захолустные должности.
О масштабном привлечении личного состава академии к формированию Ставки в Уфе вспоминал и полковник К. Я. Гоппер. По его свидетельству, Ставка,
правильнее говоря, приехала в почти готовом виде с большим по числу наличным составом, чем требовалось обстоятельствами. Это была академия Генерального штаба… Главные роли в Ставке были распределены между профессорами полковниками Слижиковым, Леоновым, Сыромятниковым и Касаткиным[9], остальные должности – между курсовыми офицерами, причем генеральские должности замещались сравнительно молодыми капитанами. Так как Ставка этого состава сыграла видную роль в последовавших событиях, то крайне интересно было бы выяснить все обстоятельства, почему было допущено формирование Ставки из состава академии, все это время остававшейся на службе у большевиков… Мне кажется, что здесь большая ошибка была сделана генералом Болдыревым, нарушившим одно из основных правил стратегии о формировании штаба главнокомандующего. Главнокомандующий должен выбрать себе ближайшим помощником своего начальника штаба – человека одного с ним образа мыслей, на которого может положиться, как на самого себя, даже во всех мелочах. Насколько мне потом удалось выяснить, генерал Болдырев и его начальник штаба генерал