Конференция сочла, что выпады против академии связаны с деятельностью ее представителей в Ставке. Поскольку Андогский был вынужден оставить академию, конференция приняла следующую резолюцию:
Подчиняясь печальной необходимости временно расстаться с нашим начальником академии г[енерал]-м[айором] Андогским по случаю отъезда его в дальнюю и продолжительную командировку, конференция академии единогласно постановляет заявить ему следующее:
Многоуважаемый Александр Иванович, вся Ваша деятельность по отношению к академии оценивается конференцией с глубокой благодарностью как бесценные заслуги перед госуд[арственным] учреждением, во главе которого Вы стоите.
Мы неизменно сохраняем чувства живейшей признательности за Вашу самоотверженную деятельность. Конференция академии с нетерпением будет ждать Вашего скорейшего возвращения.
Тем временем Андогский затянул свой отъезд в Иркутск до начала марта сначала под предлогом сдачи дел преемнику, а затем – ссылаясь на отсутствие мест в поездах. Генерал А. П. Будберг откровенно писал 16 июня 1919 года:
В Омск вызван бывший начальник Военной академии генерал Андогский, сосланный зимой в Томск (правильно: в Иркутск. – А. Г.), как говорят, за то, что хотел сковырнуть Лебедева и сесть на его место; он стал пользоваться уже известным влиянием на адмирала, но на чем-то поскользнулся; тогда вытащили на расследование то, что он был начальником академии у красных, назначили следственную комиссию, а самого Андогского отправили в почетную ссылку.
Иронизировавший над своим положением Андогский по приезде в Иркутск явился к начальнику Иркутского военного района полковнику Е. Г. Сычеву (младше по чину), вытянулся по уставу и отрапортовал: «Под надзор прибыл». Сычев освободил его от унизительной ежедневной явки на перерегистрацию, а уже в конце апреля с разрешения командующего войсками Иркутского военного округа Андогский вернулся для проживания в Томск.
Полковник Г. И. Клерже вспоминал о положении академии в Сибири:
В составе учебного и административного персонала Военной академии было достаточное число старших и опытных офицеров Генерального штаба, из которых можно было смело сорганизовать полный штат главнейших высших военных учреждений, таких, как штаб Верховного главнокомандующего, штабы армий, Главный штаб и штабы тыловых военных округов.
По своему непререкаемому авторитету и имея в своем непосредственном распоряжении несколько десятков офицеров – слушателей академии, которые проходили, как говорится на походе, «школу колонновожатых», эти опытные в большинстве генералы Генерального штаба могли бы в короткий срок взять, по крайней мере, на первое время, в свои руки бразды правления во всей военной организации в Сибири и на Волге.
По странному, однако, «предубеждению» к этому вопросу со стороны некоторых ответственных по своему влиянию в окружении адмирала Колчака лиц, вся академия все же оказалась… не у дел. В таком печальном и угнетаемом состоянии ее держали на протяжении… всей сибирской эпопеи.
Почему-то признано было необходимым «продолжать обучение» слушателей академии для подготовки их к занятию будущих должностей Генерального штаба, тогда как вопросом о том, хватит ли для этого времени и возможности, т[о] е[сть] позволит ли вообще военно-политическая обстановка такую роскошь, как нормальные академические занятия, никто, по-видимому, серьезно не задумывался… только младенцу можно было бы не понять, что тут вопрос стоял вовсе не в том, что «надо было обучать» молодых офицеров военному искусству (это было явно бесполезно по той неустойчивой обстановке), а в том, что некоторым лицам, уже получившим «тепленькие местечки», не хотелось их уступать более достойным и знающим свое прямое дело генералам.
Больше всего почему-то неистовствовал в этом вопросе начальник Главного штаба генерал Марковский, поддержку в котором он видел при этом от военного министра адмирала Колчака генерала Н. А. Степанова.
Следственное дело
23 января 1919 года Колчак через военного министра поручил организовать расследование деятельности академии. Эта ответственная работа была доверена исполняющему должность председателя соединенного присутствия главного военного и морского судов военному юристу генерал-майору М. К. Менде, который выехал в Томск и приступил к следственным действиям.
Основное внимание следственная комиссия уделяла действиям начальника академии, что отразилось и в перечне вопросов, которые должны были прокомментировать члены конференции (сохранился список, направленный П. Ф. Рябикову):
1. С какого года служите штаб-офицером в академии?
2. Выборы А. И. Андогского в начальники академии.
3. Давались ли расписки в лояльности большевикам?
4. Эвакуация в Петроград (видимо, из Петрограда).
5. Поездка Андогского в Брест-Литовск.
6. Прибытие академии в Екатеринбург.
7. Командировки офицеров в красные штабы.
8. Назначение генерала Б. П. Богословского командующим армией.
9. Слушатели академии.
10. Эвакуация академии в Казань и события в Казани.
11. Следование академии в Самару.
12. Всероссийская академия.
13. Оценка действий генерала Андогского.
Преподаватели поддержали своего начальника. В частности, П. Ф. Рябиков прямо указал в своих ответах:
Относительно деятельности ген[ерала] Андогского могу доложить, что, по моему глубокому убеждению, он за время своего начальствования, безусловно, никогда не был преданным большевикам и их холуем, а принимал все меры, входя по необходимости в общение с различными деятелями большевизма, к сохранению академии как учреждения, когда же явилась возможность спасения, ген[ерал] Андогский целым рядом своих распоряжений и ходов (посылка слушателей к чехам, тайное соглашение со Стоговым[18]…) прилагал все усилия, чтобы спасти акад[емию] от большевиков и вывести ее в возрождающуюся Россию для работы на пользу Родины и армии… Как организатор и руководитель учебной деят[ельности] ак[адемии] ген[ерал] Андогский зарекомендовал себя как выдающийся профессор и лектор и весьма умелый руков[одитель] ученой и учебной деятельности.
25 января 1919 года Андогский в рапорте военному министру, касаясь предполагаемого расследования, писал, что оно должно проводиться при наличии серьезных обвинений и фактов, однако новых данных о деятельности академии не было, тогда как оскорбительные для достоинства академии статьи в печати продолжали выходить. Далее генерал отмечал:
Появлявшиеся в печати статьи оскорбительного для достоинства академии содержания создали для нее [академии] тяжелую атмосферу, и в этой атмосфере подозрения академии приходится работать.
Конференция академии в своем заседании 21‑го сего января постановила вновь обратиться к Вашему превосходительству с просьбой или о назначении расследования о деятельн[ости] академии, или, если для того не находится оснований, то о пресечении оскорбительных выступлений путем издания правительственного акта.
Следственное дело только по Андогскому заняло 165 листов. К сожалению, оно, по всей видимости, утрачено. Помимо поведения Андогского расследовалась и работа академии при большевиках. Были выдвинуты обвинения по одиннадцати пунктам, однако итоги работы Менде, подведенные весной 1919 года, оказались благоприятными для академии. Выводы в докладе Менде по результатам расследования были следующими:
1) Травля против Андогского базируется на ложных сведениях, и есть сведение личных счетов.
2) Все обвинения, кои возводились на Андогского, совершенно не основательны.
3) Преподавательский персонал ни разу не выступал с открытым протестом против советской власти.
4) Тот же персонал постоянно заставлял Андогского соприкасаться с этой властью, сам оставаясь за его спиной.
5) Если судить Андогского, то, прежде всего, надо судить весь преподавательский состав.
Доклад Колчак запер в сейф и не принял по нему решения, причем судьба этого документа была неизвестна уже в 1919 году. Имена обвинителей Андогского и академии так и остались нераскрытыми.
После комиссии Менде расследованием деятельности Андогского занималась еще одна комиссия во главе с престарелым генерал-лейтенантом Г. Е. Катанаевым. С 15 мая 1919 года Катанаев возглавил Центральную следственную комиссию при военном министре для расследования деятельности лиц, «прикосновенных к советской власти и иным мятежным и противогосударственным организациям». В рамках работы комиссии он расследовал дело о причастности Андогского и подведомственных ему чинов академии к «противогосударственным (большевистским) организациям». Зачем понадобилось повторное расследование после работы генерала Менде, сказать сложно. Однако министр иностранных дел 17 апреля 1919 года получил от посла в Париже В. А. Маклакова секретную телеграмму. В ней для передачи военному министру сообщались мнения авторитетных генералов Д. Г. Щербачева и Н. Н. Головина: «О деятельности академии нам неизвестно. Считаем, что расследование необходимо». Возможно, врагам академии требовалось затянуть пребывание Андогского не у дел (хотя он вернулся к активной работе уже в разгар второго следствия).
Сохранился экземпляр опросника, рассылавшегося слушателям академии председателем Центральной следственной комиссии при военном министре в июне 1919 года:
Ввиду возникших в Военном министерстве вопросов по выяснению положения и деятельности академии Генерального штаба как таковой и чинов административного, преподавательского и слушательского ее состава, в частности за революционно-большеви