Но когда воцарился Понятовский, в Новогрудке собрался трибунал; к этому же времени, как будто для свидания с князем Каролем Радзивиллом приехал туда же виленский епископ князь Мосальский. В это же время стоял в Новогрудке королевский полк, которым командовал брат епископа. Положено было расправиться с Володковичем.
Один из майоров полка, переодевшись евреем, отправился в Несвиж к Радзивиллу – уверить князя, что полк Мосальского готов пристать к конфедерации, и просил только, чтобы Радзивилл отпустил с ним Володковича, как самого деятельного её члена, к которому королевские солдаты окажут всего более расположения. Володкович согласился и пред самым рассветом приехал в Новогрудок, прямо на квартиру майора. Едва успел Володкович осмотреться вокруг, как целый полк Мосальского окружил дом, в котором остановился Володкович. Он увидел западню, ему приготовленную, но уже было поздно. Однако он успел выбить дверь и кинулся в сад, думая пробраться в поле между деревьями; но все дороги были пресечены, куда ни кидался он, всюду встречал ряд штыков; солдаты не стреляли в него, им было приказано взять его живым, и 100 червонцев было обещано тому, кто исполнит это. Несмотря на неравный бой, Володкович, одарённый необыкновенной силой, успел пробиться через несколько рядов; смельчаки подступили было в нему, стараясь схватить его, но он или убивал их, или наносил им тяжёлые раны. Противникам Володковича хотелось взять его живым, чтобы придать этому делу не вид насилия, но законного суда.
Наконец силы Володковича истощились; он спустился в яму, бывшую в саду, и оттуда продолжал обороняться чем ни попало. Любопытные евреи, которым, надо сказать правду, крепко доставалось от Володковича, толпами бежали смотреть на его схватку с целым полком. Уй! ой! вай! и прочее слышались во всём Новогрудке; но никто не догадывался, как овладеть Володковичем без новых потерь в людях. Тогда один из евреев подал следующий совет: бросать в яму, в которой укрылся Володкович, разный хлам; все жиды от малого до великого кинулись за работу: кто тащил ломаный стул, кто стол, кто доску, кто полено, кто ведро, кто лохань, кто перину, и всё это летело в яму, где отбивался Володкович. Тесно в ней стало молодцу, и он сдался.
Тогда его взяли, связали, отнесли в суд и там прочитали ему декрет, обвиняя его во множестве преступлений. Менее чем через час Володкович был уже расстрелян, вследствие приговора суда. Спустя шесть часов, Радзивилл, узнавший о бедственном положении своего друга, пришёл в нему на выручку, но уже было поздно, и он в отмщение за смерть Володковича разбил на голову полк князя Мосальского.
Со смертью Володковича значительно ослабела разгульная деятельность албанской банды.