1990, январь — участие, а по сути дела руководство митрополита Алексия на Архиерейском Соборе.
23 марта — митрополит Алексий возглавил первый крестный ход по Москве.
3 мая — кончина Святейшего Патриарха Пимена.
7 июня — в 22 часа 20 минут на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий избран пятнадцатым Патриархом Московским и всея Руси.
10 июня — Патриаршая интронизация в Богоявленском Елоховском соборе Москвы. Вселение в загородную патриаршую резиденцию в подмосковном Переделкине.
Июль — первый пастырский визит на Украину, начало борьбы с украинским расколом.
23 сентября — первое богослужение Патриарха в Успенском соборе Московского Кремля.
25 октября — постановление Синода о восстановлении Соловецкого монастыря.
25—27 октября — первый Архиерейский Собор, проходивший под руководством Патриарха Алексия II.
4 ноября — закладка Казанского собора на Красной площади.
5 ноября — Патриарх впервые дал резко отрицательную оценку революции 1917 года.
25 ноября — благословил начало восстановления храма Христа Спасителя.
1991, весна — паломничество Патриарха на Святую землю.
Лето — перенесение мощей Серафима Саровского в Дивеево.
19—21 августа — неудавшийся путч, призывы Патриарха не допустить братоубийственной войны. Развал СССР.
Осень — поездки Святейшего по Ближнему Востоку, в Европу и США.
1992, 31 марта — 5 апреля — Архиерейский Собор, канонизация святых и споры о расколе на Украине.
6—7 мая — на заседании Синода временное отлучение Украинского митрополита Филарета (Денисенко).
Май — паломничество Патриарха Алексия II на Святую землю.
11 июня — Архиерейский Собор, окончательное отлучение Филарета (Денисенко).
Июнь — паломничество Патриарха в Грецию и на Афон, посещение Оптиной пустыни.
Июль — поездки на Валаам и в Дивеево.
Август — поездка на Соловки.
Октябрь — поездка в Астрахань.
1993, 23 марта — выступление Патриарха по телевидению с призывом не допустить гражданскую войну в России.
26 мая — I Всемирный Русский Народный Собор под председательством Патриарха Алексия II.
Лето — поездки по стране с призывами не допустить кровопролития.
Сентябрь — визит в США, прерванный досрочно в связи с событиями вокруг Белого дома в Москве.
29 сентября — выступление Патриарха Алексия II «Россия — на краю пропасти!».
1—4 октября — переговоры в Свято-Даниловом монастыре под руководством Святейшего Патриарха.
3—4 октября — кровопролитие в Москве; у Патриарха — тяжелейший сердечный приступ.
4 ноября — освящение Казанского собора на Красной площади в Москве.
1994 год, май — прибытие в Сербию; награждение Патриарха орденом Саввы Сербского; посещение Боснии и Герцеговины, Черногории, Косова.
Осень — начало работ по ликвидации бассейна «Москва» и строительству храма Христа Спасителя.
13 октября — обретение мощей святителей Филарета (Дроздова) и Иннокентия (Вениаминова), а также архимандрита Антония (Медведева). На Архиерейском Соборе святитель Филарет причислен к лику святых.
26 декабря — в своём воззвании Патриарх тщетно призывает власть избежать войны на Кавказе.
1995, 7 января — закладка храма Христа Спасителя в Москве.
1 февраля — II Всемирный Русский Народный Собор.
3 мая — освящение храма-памятника на Прохоровском поле.
9 мая — участие Патриарха Алексия в торжествах по случаю пятидесятилетия Победы.
Июнь — визит в Казахстан. Кровавые события в Будённовске (Святой Крест), после которых у Патриарха произошло обострение болезни сердца.
Конец июня — визит в Швейцарию, богослужение у памятника А. В. Суворову.
Июль — визит в Белоруссию.
Начало августа — визит в Краснодар, посещение госпиталей с раненными в Чечне воинами.
19 августа — первый молебен в нижнем приделе строящегося храма Христа Спасителя.
26 октября — освящение Иверской часовни на Красной площади Москвы.
4 декабря — на III Всемирном Русском Народном Соборе Патриарх Алексий критикует политику властей в России.
1996, февраль — начало враждебной политики Константинопольского Патриарха Варфоломея по отношению к Московскому Патриархату. Апрель — участие в торжествах, посвящённых возвращению Церкви Александро-Невской лавры в Санкт-Петербурге.
14 апреля — первая пасхальная вечерня под сводами храма Христа Спасителя.
Май — накануне президентских выборов Патриарх Алексий выступает с критикой дел президента Ельцина.
Июль — посещение возрождающихся Валаама и Оптиной пустыни.
Осень — первосвятительский визит в Среднюю Азию.
Вторая половина декабря — тяжёлая болезнь Патриарха Алексия.
1997, конец февраля — Патриарх проводит очередной Архиерейский Собор. Объявлено об издании многотомных «Истории Русской Церкви» и «Православной энциклопедии». Заявлен курс на размежевание с мировым экуменическим движением. Анафема бывшему митрополиту Филарету (Денисенко) за его раскольническую деятельность на Украине.
5 мая — резкая критика политики властей в России Патриархом на IV Всемирном Русском Народном Соборе.
Июнь — паломничество Патриарха Алексия на Святую землю, празднование 150-летия Русской духовной миссии в Иерусалиме.
Конец июня — визит в Австрию. Разногласия с президентом Ельциным, отклонившим закон «О свободе совести и о религиозных объединениях».
Июль—август—сентябрь — поездки в Прибалтику, Ярославскую епархию, Одессу; переговоры с Константинопольским Патриархом Варфоломеем.
Сентябрь — под давлением Патриарха Ельцин подписал закон «О свободе совести и о религиозных объединениях».
1998, весна — резкая критика Патриархом Алексием ситуации в стране. Разногласия с Ельциным по поводу принадлежности останков, найденных под Екатеринбургом.
Август — посещение Валаама и Саввино-Сторожевского монастыря.
Сентябрь — визит в Белоруссию.
Октябрь — посещение Оптиной пустыни.
Ноябрь — визит в Воронежскую и Липецкую епархии.
1999, 19 февраля — награждение Патриарха Алексия орденом Андрея Первозванного.
23 февраля — семидесятилетний юбилей Святейшего Патриарха Алексия II.
11 марта — заявление Патриарха с призывом положить конец преступной деятельности чеченских бандитов, наладивших целую индустрию работорговли на Северном Кавказе.
20—22 апреля — Святейший Патриарх находится в блокадном и обстреливаемом Белграде.
Май — канонизация праведной Матроны Московской; визит Патриарха Алексия в Японию.
22 июня — заявление Патриарха по поводу неприятия им независимости Косова.
Июль — паломничество на Валаам.
Осень — ряд поездок Патриарха по многим епархиям России.
12 ноября — заявление Патриарха о том, что Церковь поддерживает контртеррористические операции на Северном Кавказе.
Декабрь — поездка в Восточную Сибирь и работа V Всемирного Русского Народного Собора.
2000, январь — паломничество Патриарха Алексия на Святую землю.
7 мая — впервые после 1917 года нового главу государства — президента России В. В. Путина — перед вступлением в должность благословил Предстоятель Русской Православной Церкви, и впервые после 1682 года — Патриарх Московский и всея Руси.
10—12 мая — поездка Святейшего на Дальний Восток.
13—18 мая — поездка в Японию.
10 июня — десятилетие интронизации Патриарха Алексия.
Июль — поездка на Валаам.
Август — Архиерейский Собор, на котором Предстоятель выступил с фундаментальным докладом о деятельности Церкви в минувшем столетии.
Осень — поездка на Урал.
2001, лето — поездки Патриарха по Поволжью, в Чувашию, Мордовию, канонизация адмирала Фёдора Ушакова в лике святых. Посещение Западной Сибири.
20—22 августа — паломничество на Соловки вместе с В. В. Путиным.
3 сентября — сорокалетие архиерейского служения. Патриарх Алексий выступил с осуждением действий террористов после событий 11 сентября в Нью-Йорке.
Октябрь — смена руководства Русской Зарубежной Церкви, начало медленного её сближения с Русской Православной Церковью Московского Патриархата.
13 декабря — появление В. В. Путина на VI Всемирном Русском Народном Соборе.
2002 — экспансия Ватикана в России, вызвавшая решительные протесты Патриарха Алексия.
14 марта — окончание строительства храма Христа Спасителя.
Май — визит в Белоруссию.
7 июня — начало постоянного сотрудничества с Высшим религиозным советом народов Кавказа и лично Патриарха Алексия с председателем Управления мусульман Азербайджана и Кавказа Шейх-уль-исламом Аллахшукюром Паша-заде.
Июнь—июль—август — пастырские визиты в Рязанскую епархию, в Санкт-Петербург, на Валаам, в Тамбовскую и Костромскую епархии. Конец октября — посещение Астраханской епархии, резкое ухудшение состояния здоровья. До конца года Святейший Патриарх находится на излечении.
2003, 26 марта — открытое письмо Патриарха Московского и всея Руси Генеральному секретарю ООН с осуждением агрессии США против Ирака.
Июль—август — торжества в Сарове по поводу столетия прославления преподобного Серафима Саровского.
Сентябрь — посещение Эстонии.
Ноябрь—декабрь — первый обмен официальными делегациями с Русской Зарубежной Церковью. Создание комиссии по обсуждению вопросов, касающихся восстановления канонического общения двух Церквей.