Во время войны академию бомбили, и на одной из лестниц возникли трещины. И вот на Пасху 1947 года лестница не выдержала большого скопления народа и рухнула. Погибших не оказалось, но пострадало тридцать два человека, один сильно — перелом позвоночника, другие отделались переломами ног, рёбер, вывихами, ушибами. Ответственность взял на себя ректор протоиерей Иоанн Богоявленский, его уволили, а в июне того же года он принял монашеский постриг под именем Исидора и рукоположение во епископа Таллинского и Эстонского.
Академией и семинарией руководил митрополит Ленинградский и Новгородский Григорий (Чуков) — человек, пострадавший за веру во Христа. Его несколько раз арестовывали, в 1922 году приговорили к смертной казни по делу Петроградского митрополита Вениамина, но затем заменили казнь лагерем, после освобождения снова арестовывали, высылали... «Блаженны вы, когда будут поносить вас и гнать и всячески неправедно злословить за Меня», — говорит Спаситель (Мф. 5, 11), — «...и будете ненавидимы всеми за имя Моё, но и волос с головы вашей не пропадёт, — терпением вашим спасайте души ваши» (Лк. 21, 17—19).
В 1943 году Патриарх Сергий поручил Григорию, тогда ещё архиепископу Саратовскому и Сталинградскому, разработать проект воссоздания духовного среднего и высшего образования, а в 1946-м назначил председателем учебного комитета при Священном Синоде.
— В возрождённые духовные академию и семинарию в послевоенные годы он сумел привлечь кандидатов и магистров богословия дореволюционной духовной школы, которых знал и с которыми работал на ниве богословского образования и тем обеспечил преемство богословского образования в Русской Православной Церкви. Разработанная им система богословского образования выдержала испытание временем и позволила подготовить большое количество священно- и церковнослужителей, — вспоминал о нём Святейший в 2005 году.
Митрополит Григорий набрал в качестве преподавателей людей старой дореволюционной школы, они воспринимали возрождение духовных училищ как некое нежданное чудо, будто среди зимы повеяло весною. Все они понимали, что чудо может продлиться недолго, и старались использовать предоставленную возможность в полной мере.
Курс Нового Завета преподавал профессор-богослов в области патристики Александр Иванович Сагарда. До революции он читал лекции по истории Антиохийской богословской школы и древнецерковной сирийской литературы, переводил творения Иоанна Дамаскина. После революции где только не работал — в земельном отделе, на молочном заводе, в трамвайном ведомстве, в банно-прачечном комбинате, в коммунальном банке, в отделе снабжения Черноморского пароходства... Словом, микроскоп, которым забивают гвозди! И вот — чудо! Его вновь вернули преподавать то, что он знал лучше всего.
— Как же он переживал, когда кто-то из семинаристов оказывался неспособным достойно ответить на его вопросы!.. Помню, как однажды профессор взял в руки Евангелие и, показывая нам, произнёс, вкладывая всю свою душу в слова: «Вы должны полюбить эту книгу!» А когда Александр Иванович рассказывал о мучениках, волнения педагога достигали наивысшего градуса и были настолько сильны, что ему приходилось выходить из аудитории, чтобы успокоиться. Сколько лет миновало — десятилетия! — только эти картины до сих пор перед глазами, и убедительный трогательный голос Александра Ивановича Сагарды я слышу... — со слезой в голосе вспоминал о нём Святейший.
Патрологию, учение об Отцах Церкви, преподавал профессор Лев Николаевич Парийский, долгие годы вынужденный зарабатывать себе на жизнь одним только регентством и чтением в ленинградских храмах и лишь в 1944 году получивший должность секретаря и бухгалтера при Патриархе Алексии I.
Литургику, учение о церковном богослужении, преподавал выдающийся музыковед, специалист в области церковной истории, древнерусского церковно-певческого искусства, восточно-христианской гимнографии, преподаватель полифонии в Ленинградской консерватории Николай Дмитриевич Успенский. Будучи директором музыкального училища, он отказался от эвакуации из блокадного Ленинграда, чтобы только остаться со своими учениками, был сильно контужен во время очередной бомбардировки. А в богоборческую хрущёвскую оттепель перед ним строго поставят ультиматум: либо работай в консерватории, либо в Духовной академии, нечего и там, и там! И Николай Дмитриевич, не раздумывая, выберет второе. Впрочем, то же самое произойдёт с ним и позже, когда Успенский вернётся преподавать в консерваторию, а перед ним снова поставят подобные условия, разве что в более мягкой форме.
Недолгое время на кафедре Священного Писания Нового Завета читал лекции автор одной из лучших книг об Апокалипсисе Иоанна Богослова Василий Васильевич Четыркин. Он скончался в январе 1948 года, и семинарист Ридигер был одним из тех, кто провожал его в последний путь.
Греческий, латинский и еврейский языки, историю Русской Православной Церкви, библейскую историю и катехизис преподавал Дмитрий Дмитриевич Вознесенский.
Курс гомилетики, богословской науки, излагающей правила церковного красноречия или проповедничества, читал Сергей Алексеевич Купресов.
— Единственный сын Купресова был психически больным, и все мы изо дня в день наблюдали, как мужественно Сергей Алексеевич переносил личную беду, как истово молился на хорах семинарского храма или перед Царскосельской иконой Божией Матери «Знамение». Этот человек являл для нас пример молитвенного подвига, — вспоминал о нём Святейший. — Многие наши преподаватели прошли лагеря, имея высшее духовное образование, долгие годы зарабатывали себе на кусок хлеба в ремесленных училищах, а то и вовсе прозябали на подённой работе. Но все невзгоды они мужественно перенесли, не растеряв ни собственного достоинства, ни уникального интеллектуального багажа. И теперь, приступив к обучению, эти педагоги, случалось, до слёз переживали какие-то наши промахи или просто плохие ответы.
Кроме изучения богословских наук учащиеся академии и семинарии получали и иные, светские знания. К примеру, они изучали стенографию, их водили на концерты и в оперу, устраивали киносеансы. Характеры у семинаристов были самые разные. Кто-то тихоня, а в ком-то вовсю играет удаль молодецкая. Играли в волейбол, приударяли за стенографистками и поварихами, кидали друг в друга поленьями.
Попадались и проходимцы, которые в голодное время пристраивались ненадолго к семинарии, где кормили. А при случае, отыскав хлебное место, уходили без сожаления из учебного заведения, где им надобно было изображать, что они верующие.
Но в основном были настоящие православные ребята. И те, кто окончил семинарию и академию, до конца дней своих сохранили верность Церкви Христовой.
Учащиеся внимательно следили за всем, что происходило в мире, в стране и в Церкви. После войны Патриарх Алексий I стал решительно добиваться устранения раскола между нашей и Зарубежной Церковью. В 1945 году к Московскому Патриархату, вопреки желанию большинства своей паствы и клира, присоединился экзарх Западной Европы митрополит Евлогий (Георгиевский). Спустя год он скончался, и делегацию от Русской Православной Церкви выпустили в Париж для участия в его похоронах. Отпевание совершал митрополит Григорий (Чуков). Он пытался закрепить Западноевропейский экзархат в юрисдикции Московской Патриархии, но ничего не вышло. Столь же безрезультатно окончились его усилия по принятию в лоно Московской Патриархии Североамериканской митрополии, возглавляемой митрополитом Феофилом (Пашковским). Зарубежники оставались непоколебимы в своём неприятии существования Церкви в безбожной Советской стране.
Словом, у владыки Григория дел всё прибавлялось и прибавлялось, и после увольнения и перевода в Таллин Иоанна Богоявленского нужно было подыскать другого человека на должность ректора. Такового быстро отыскали органы безопасности. Александр Александрович Осипов вот уже несколько лет являлся их тайным осведомителем. Уроженец Ревеля, он в тридцатые годы преподавал в Тарту, был изгнан из университета во время очередной вспышки эстонского национального самосознания, женился на дочери священника, сам стал священником и, вероятно, был завербован органами НКВД. Во время войны служил в тыловой части Красной армии, затем вернулся к священнослужению, усыновил мальчика, оставшегося сиротой. Если в тридцатые годы в Эстонии он писал антисоветские статьи, то в сороковые стал ярым поборником советской власти.
В 1946 году, когда возрождались ленинградские духовные училища, митрополит Григорий пригласил Осипова как одного из лучших специалистов по истории Ветхого Завета. А через год Александр Александрович сделался ректором. По его собственным признаниям, он уже тогда возненавидел Бога.
Спасённый Ридигерами из концлагеря Василий Ермаков, став в девяностые годы почтенным старцем, протоиереем Василием, вспоминал об Осипове: «...уже кончая семинарию, мы увидели, что он ломается. Первое — то, что он, посещая ремонт здания, куда попала бомба, оступился, болела нога, он отошёл от литургии. И мы уже чувствовали — не тот стал, у батюшки нет благодати. Отошёл от литургии, отошёл от храма. И здесь уже назревало, так сказать, время пятидесятых годов, время, когда уже советская власть готовилась нанести ещё страшный удар по Православию и выдающимся священникам... Он начиная с 1949 года предательски писал на профессоров и на нас, в том числе и на меня, я знаю, там есть в архивах. Потому что, придя в семинарию, им надо знать было, советской власти, кто учится, кто какой. И таких, так сказать, ярких верующих, я знал, их на карандаш и — доносительство. Я это сам ощутил впоследствии. И он писал об этом. Поэтому, я скажу, он променял нас на чечевичную похлёбку. И стал, отрёкшись от Бога, поносить в своих статьях своих собратьев-профессоров, с кем учился... И когда Священный Синод в лице Патриарха Алексия Первого отлучил его от храма, они знали, что делают... Почему он предал не нас, духовенство, а русский народ? Потому что, находясь на Западе, он был тогда ещё экскурсоводом Вышгорода, я знал ещё, он не любил Россию, он не любил русский народ. Он жил по времени. Время наступило другое, я пошёл в сторону, а он далее пошёл. Мне очень жаль его, он многое мог бы сделать».