На второй день работы Собора Патриарший Экзарх Западной Европы митрополит Ростовский и Новочеркасский Владимир в своём докладе обрисовал современную жизнь Церкви на фоне совершающихся перемен в обществе, приветствовал деятельность правителей страны по прекращению гонений на Православие.
Председатель Отдела внешних церковных сношений митрополит Минский и Белорусский Филарет прочитал доклад о внешних связях Русской Православной Церкви. Самые волнующие слова в нём были произнесены о том беспокойстве, которое русский верующий человек всегда испытывает за весь мир, за спасение всего человечества, а не только русского народа.
После этого митрополит Филарет Украинский оповестил собравшихся о возвращении Церкви части Киево-Печерской лавры. Собравшиеся стоя рукоплескали, радуясь новому светлому событию.
Митрополит Ленинградский и Новгородский во время всех заседаний сидел рядом с Патриархом Пименом по правую руку. По регламенту там должен был сидеть Харчев, но председатель Совета по делам религий присутствовал в президиуме только в начале и в конце Собора, и так получилось, что правой рукой всегда был владыка Алексий. 7 июня он выступил с докладом о миротворческой деятельности Русской Церкви.
8 июня на Поместном Соборе приняли разработанный архиепископом Кириллом новый устав. В нём было утверждено, что власть в Церкви принадлежит Поместному Собору, Архиерейскому Собору и Священному Синоду, а Патриарх обладает всей полнотой власти в межсоборное время. Таким образом, подчёркивалось постановление Патриарха Тихона, что «Российский Патриарх это не римский папа и даже не Патриарх в византийском смысле слова, а только председатель Синода».
В новом уставе наконец было уничтожено наследие хрущёвских времён — положение о приходах. Отныне приходы возвращались под каноническое управление епархиальных архиереев, а во главе каждого прихода становился священник-настоятель. Приходская община становилась субъектом договора с властями на бессрочное, безвозмездное пользование храмом и церковной утварью. Таким образом, приход определялся как каноническая единица епархии.
На вечернем заседании Собора 8 июня были приняты «Обращение к чадам, не имеющим канонического общения с Матерью-Церковью», «Обращение ко всем, держащимся старых обрядов и не имеющим молитвенного общения с Московским Патриархатом», «Послание боголюбивым пастырям, честному иночеству и всем верным чадам Русской Православной Церкви». В первом обращении звучало приглашение Русской Православной Церкви за границей к диалогу: «Такой диалог, милостью Божией, мог бы привести нас к столь желаемому восстановлению церковного общения, помог бы разрушить разъединяющие ныне нас преграды. Заверяем вас, что никоим образом мы не хотим ни стеснить вашу свободу, ни получить господство над наследием Божиим (1 Пётр. 5. 3), но всем сердцем стремимся к тому, чтобы прекратился соблазн разделения между единокровными и единоверными братьями и сёстрами, чтобы мы могли в единомыслии единым сердцем возблагодарить Бога у единой Трапезы Господней».
В другом обращении деятели Церкви взывали к старообрядцам: «Поместный Собор Русской Православной Церкви... с глубокой болью вспоминает возникшее в XVII веке разделение чад церковных... Мы молитвенно уповаем, что изменившиеся условия религиозной жизни в нашем Отечестве позволят всем нам вновь почувствовать наше духовное родство... Вы, наши единокровные и единоверные братья и сёстры, хотя и не находитесь в молитвенном общении с Московским Патриархатом, но разделяете с нами общие труды, направленные на благо нашего земного Отечества, на сохранение и упрочение мира между народами. Духовное сокровище “древлего благочестия” ныне открывается не только тем, кто исповедует спасительную веру Христову, но и тем, кто ценит в древних памятниках проявление нашей национальной культуры».
Заседания Поместного Собора продолжались до 9 июня. В итоговых определениях было объявлено, что Церковь отныне станет стремиться к распространению религиозного образования, веры и катехизации верующих, она перейдёт к открытой благотворительности и будет создавать фонды милосердия. Таким образом, в Советской стране Русское Православие впервые за семьдесят лет объявило о своём выходе из полуподпольного существования и переходе к полноценной активной деятельности.
К лету 1988 года Русская Церковь имела 6893 прихода, 67 внутренних и 9 зарубежных епархий, 74 епископа, 7 из которых несли служение за рубежом, 6674 священника и 723 диакона, 22 монастыря, в которых проживали 1190 насельников и насельниц. Торжества, проведённые Московской Патриархией, впечатлили и весь мир, и правителей страны. Если с января по июнь было открыто 60 храмов, то с июня по декабрь 1988 года власть возвратила Церкви около тысячи. Правда, здесь был один странный нюанс — наибольшее количество новых приходов появилось на Украине, а из этой тысячи только 176 были зарегистрированы на территории Российской Федерации. Чем руководствовались Горбачёв и его окружение?..
Поместный Собор стал важнейшим явлением в жизни Церкви, он окрылял, давал новые силы для дальнейшей борьбы за Русь Святую! Вернувшись в свою епархию, митрополит Алексий вновь взялся допекать власти «города трёх революций». И власти уже совсем иначе относились к деятелям Церкви.
На фоне стремительного распада экономики, науки, образования, армии и флота лишь Церковь выглядела возрождающейся. Сельский пейзаж до Горбачёва: коровники, свинарники, колосящиеся поля и — разорённые храмы. Сельский пейзаж после Горбачёва: восстановленные храмы и — разорённые коровники и свинарники, поля сорняков. Словно осуществлялся какой-то сатанинский замысел: хотите вновь иметь Церковь? Вы её получите, но всё остальное у вас отнимется.
12 июня 1988 года на площади восстановленного Свято-Данилова монастыря митрополит Алексий участвовал в литургии, которую совершали сразу шесть патриархов — Московский и всея Руси Пимен, Антиохийский Игнатий IV, Иерусалимский Диодор I, Румынский Феоктист, Болгарский Максим и Грузинский Илия II.
Документальный 68-минутный фильм «С нами Бог» о Поместном Соборе 1988 года мастерски сделал уже упоминавшийся режиссёр Борис Карпов. Он начал с того, что в нашей истории бывали времена отступничества, приносившие разорение и страдания, но всякий раз русский народ возвращался к вере во Христа и тем объединялся для новой жизни. Показ хроники событий Собора сопровождался обвинительными кадрами о том, что творили с Церковью безбожники-большевики. Лаконично, но точно рассказывалось о новопрославленных святых. Митрополиту Алексию в фильме уделено особое внимание, его речь на Соборе показана в большом отрывке, гораздо большем, нежели речи других.
Любопытные кадры донёс до нынешнего зрителя фильм Карпова: вот при завершении Собора всех участников обносят крестом, и все прикладываются. Кроме Харчева. Он единственный чужой на этом истинном празднике Жизни! Впрочем, в 1990 году его отправят послом в Арабские Эмираты, подальше от надоевших русских попов.
Представители Зарубежной Церкви не только не участвовали в Поместном Соборе 1988 года, но и не признали никаких его решений, по-прежнему настаивая на том, чтобы Московская Патриархия публично принесла покаяние за сотрудничество с советской властью. Призыв Поместного Собора к единению зарубежники отвергли. После кончины митрополита Филарета (Вознесенского) в январе 1986 года первоиерархом Русской Зарубежной Церкви с титулом митрополит Нью-Йоркский и Восточно-Американский стал Виталий (Устинов), державшийся самых строгих воззрений на историю Православной Церкви в России в XX столетии. До конца своих дней он останется непримиримым обвинителем Московского Патриархата, противником объединения.
Во время Поместного Собора митрополит Алексий высказал предложение, чтобы с него постепенно слагались обязанности Эстонского архиерея, поскольку руководить такими огромными епархиями, как Эстонская и Ленинградская, всё же было очень трудно. На вопрос, кого он видит там вместо себя, назвал своего друга детства — Вячеслава Якобса. Отец Вячеслав после условно-досрочного освобождения из лагерей в 1960 году служил настоятелем храма Иоанна Предтечи в таллинском пригороде Нымме, был возведён в сан протоиерея, награждён митрой, избирался председателем приходского совета. В 1974 году он овдовел, и теперь ничто не мешало постричь его в монахи, кроме одного обстоятельства — его до сих пор не реабилитировали. Он всё ещё оставался «врагом народа», сыном белогвардейского полковника, расстрелянного большевиками. Но Патриарх Пимен взялся уладить это дело, и уже 14 октября 1988 года митрофорный протоиерей отец Вячеслав получил полную реабилитацию, его дело признали ложно сфабрикованным, а его самого — невинно пострадавшим от репрессий.
Осенью 1988 года митрополит Алексий по-прежнему служил в многочисленных храмах своей обширной епархии — в Ленинграде, Новой Ладоге, Комарове, Ломоносове, Мариенбурге, Новгороде, Таллине, Пюхтице, Олонце. В его служебном дневнике бисерным почерком записано 198 богослужений. В сентябре он был в Германии, в октябре — в Финляндии, в ноябре — в Греции, на Крите. Но главной его поездкой в тот год стало путешествие на Валаам. Почти полвека минуло с тех дней, когда он в последний раз был здесь десятилетним мальчиком. И вот теперь душа его содрогнулась от увиденного — мерзость запустения! Монастырь был похож на тяжелобольного, который вдруг стал подавать первые признаки грядущего выздоровления.
22 августа владыка Алексий обратился в Совет по делам религий с просьбой о передаче части монастырского комплекса Русской Православной Церкви. Призыв владыки не остался без внимания, и в сентябре комплексная экспедиция Советского фонда культуры объездила весь Валаам. Ленинградский митрополит лично всё показывал представителям Академии наук, Министерства культуры и Совета по делам религий, убеждая их в необходимости срочно выполнять расписанную им программу. И убедил. Синод получил сообщение правительства о возможной передачи Спасо-Преображенского Валаамского монастыря Церкви. 27 декабря на очередном заседании Синода было принято постановление о том, чтобы в случае такой передачи «поручить преосвященному митрополиту Ленинградскому и Новгородскому Алексию организацию возобновления монастырской жизни и ремонтно-восстановительных работ, а также духовное окормление обители».