Накануне в Ленинграде появился новый властный руководитель — Анатолий Собчак. Он стал председателем Ленсовета, а через год сделается мэром города. Именно с его нелёгкой руки возник миф о сапёрных лопатках, которыми звероподобные русские солдафоны убивали в Тбилиси утончённых грузинских красавиц.
20 июля 1990 года архиепископ Иоанн станет митрополитом Ленинградским и первым делом вступит в борьбу за возвращение городу исторического названия Санкт-Петербург. Собчак будет яростно сопротивляться уговорам владыки, но когда большинство жителей города проголосуют за переименование, Анатолий Александрович с ловкостью переменится и присвоит себе заслугу возвращения исторического имени Петербургу.
Вернувшись в Москву, Святейший начал обживать Патриаршую резиденцию в Чистом переулке.
В этом великолепном московском особняке Патриархия разместилась в сентябре 1943 года. Вопрос о резиденции Патриарха встал ещё во время знаменитой встречи Сталина с митрополитами Сергием (Страгородским), Алексием (Симанским) и Николаем (Ярушевичем). Архиереи просили «вождя народов» передать им игуменский корпус Новодевичьего монастыря, но Сталин сказал, что это здание уже было осмотрено, но найдено неблагоустроенным, ибо в нём сыро, холодно и темно.
— Вам завтра правительство предоставит благоустроенное и подготовленное помещение — трёхэтажный особняк в Чистом переулке, который раньше занимал бывший немецкий посол Шуленбург, — заявил руководитель страны.
Когда-то, до Петра, у Патриархов в самом Кремле имелся свой Патриарший двор рядом с царским дворцом и Успенским собором. Здесь скончался последний досинодальный Патриарх Адриан. Великолепное белокаменное здание сохранилось, но разместить в нём резиденцию Патриарха Сергия Сталин не захотел.
После восстановления Патриаршества в 1917 году Святейший Тихон жил сначала в архиерейском доме на подворье Свято-Троицкой Сергиевой лавры, а потом под домашним арестом в стенах Донского монастыря. Местоблюстители Пётр (Полянский) и Сергий (Страгородский) жили в обычных московских квартирах. На Троице-Сергиевом подворье разместились учреждения, митрополичий дом в Сокольниках взяли себе кожно-венерологический институт и больница имени Короленко.
И вот, согласно указу Сталина, в 1943 году Патриаршая и Синодальная резиденция разместилась в доме 5 по Чистому переулку. Домовладение здесь в XVIII веке основал капитан Артемий Алексеевич Обухов. По его фамилии переулок до 1922 года именовался Обуховым. В XIX веке участком городской территории владели дворяне Офросимовы, в частности — генеральша Анастасия Дмитриевна Офросимова, выведенная Грибоедовым в «Горе от ума» под именем Хлестовой, этакий Фамусов в женском обличье: «Пора, мой друг, тебе перебеситься!» Здание строилось и перестраивалось и в своём нынешнем виде оформилось уже к концу XIX столетия.
В начале XX века было произведено описание усадьбы, согласно которому на первом этаже насчитывалось тринадцать светлых комнат, четыре тёмных чулана и коридор; деревянная лестница вела в мезонин, в котором имелись три светлые комнаты и одна тёмная, балкон. В каменном подвальном этаже находились помещения людской, кухни, столовой и поварской. За главным зданием располагались небольшой сад и хозяйственный двор с двумя каменными амбарами и служебными постройками — конюшнями, погребами, кладовыми, сторожками и дворницкими. Правый деревянный флигель состоял из шести комнат на первом этаже, двух светлых комнат в мезонине и четырёх в антресолях. Дом был оснащён печным отоплением, водопроводом и канализацией.
Накануне революции дом уже значился как усадьба Протопоповых, в 1918 году он был реквизирован, в нём разместились различные учреждения. Кстати, здесь же, в Обуховом, жил персонаж повести Булгакова «Собачье сердце» профессор Преображенский. В 1922 году по неизвестным причинам переулок переименовали в Чистый, а дом 5 передали в ведение Наркоминдела для сдачи в аренду главе дипломатической миссии Германии в Москве. Здесь стали жить германские послы Ульрих фон Брокдорф-Ранцау, затем Герберт фон Дирксен, а с 1934 года — граф Фридрих Вернер Эрдманн Маттиас Иоганн Бернхард Эрих фон дер Шуленбург. Этот человек любил Россию, не хотел войны и даже сообщал о готовящемся нападении... Когда же 22 июня Шуленбург вручил Молотову телеграмму с нотой об объявлении войны, то сказал, что считает решение Гитлера безумием. Вскоре его и всё германское посольство вывезли из Москвы и на советско-турецкой границе обменяли на наше посольство в Берлине. В 1944 году граф Шуленбург оказался причастен к покушению на Гитлера, и его повесили.
Дом в Чистом переулке с 1941 по 1943 год оставался опечатанным вместе со всей мебелью. И в таком виде достался Церкви. Любопытно, что на фасаде дома красовался вензель, оставленный последней владелицей дома купчихой Марией Протопоповой — «МП», и теперь его можно было читать иначе: «Московская Патриархия».
8 сентября 1943 года именно здесь состоялся Архиерейский Собор, избравший митрополита Сергия (Страгородского) двенадцатым Патриархом Московским и всея Руси. В тот же день состоялось освящение храма в честь Владимирской иконы Божией Матери, устроенного в главном доме усадьбы. Затем были обустроены Красный зал заседаний Синода и другие представительские помещения, рабочие комнаты персонала учреждений Московской Патриархии и личные покои Святейшего Патриарха Сергия. Московское епархиальное управление, синодальные отделы и хозяйственные подразделения поселились в одноэтажном дворовом корпусе.
Ранним утром 15 мая 1944 года в доме 5 от кровоизлияния в мозг на почве атеросклероза скончался Патриарх Сергий. Митрополит Крутицкий Николай совершил у одра почившего литию. Затем покойника обрядили, положили в гроб и митрополит Ленинградский Алексий (Симанский) отслужил панихиду. На другой день тело перевезли в Богоявленский Елоховский собор, где совершилось отпевание и где в левом приделе Патриарх Сергий упокоился.
2 февраля 1945 года на Поместном Соборе, проходившем в здании храма Воскресения Христова в Сокольниках, тринадцатым Патриархом избрали митрополита Алексия (Симанского). Вскоре он вселился в Чистый переулок. При Патриархе Алексии 1 в храме появился иконостас, а в бывшей келье Патриарха Сергия разместилась библиотека. На территории усадьбы располагались обширные складские помещения и конюшни, которые были перестроены в служебный дом, вместивший в себя Управление делами Московской Патриархии, Отдел внешних церковных сношений, хозяйственное управление и комнаты для гостей. Впрочем, затем часть этих служб перебралась в Лопухинский корпус Новодевичьего монастыря.
Патриархом Пименом ризница была перестроена в гостиную, получившую название «Белый зал». Здесь в закрытых шкафах хранились патриаршие облачения. В мезонине Пимен разместил коллекцию орденов и подарков своего предшественника.
Патриарх Алексий (Симанский) отошёл к Господу в Переделкине. Двое Патриархов — Сергий (Страгородский) и Пимен (Извеков) скончались в Чистом переулке.
И вот теперь сюда вселился пятнадцатый Патриарх Алексий II. Какие чувства он испытывал? Какие мысли посещали его? Дом, бывший московской дворянской усадьбой, купеческим владением, посольством Германии и, вот уже почти полвека, — гнездо Патриаршества Московского...
Ещё Патриарх Алексий I, человек разносторонне и глубоко образованный, утончённый эстет, украсил Красный зал резиденции картиной русского художника Петра Геллера, имеющей огромный смысл именно для зала приёмов Предстоятеля Русской Церкви. Когда Патриарх заседает в Красном зале, он обычно сидит так, что картина отчётливо видна у него за спиной. Как своеобразный герб. История этого полотна по-своему удивительна. Художник Пётр Исаакович (Песах Ицкович) Геллер происходил из местечковой еврейской семьи и в своём творчестве немало показал жизнь евреев в царской России. Но при этом он увлекался и сюжетами из древней русской истории. Один из таких и использован в работе, висевшей за спиной у Патриарха. Вот только до сих пор искусствоведы спорят, что именно изображено, и картина в разных источниках подаётся под двумя разными названиями: «Патриарх Иов отказывается признать в Лжедимитрии сына Ивана IV» и «Патриарх Гермоген отказывается подписать грамоту о роспуске народного ополчения».
Но и в том, и в другом случае яркое и талантливое полотно отчётливо провозглашает, что в сотрудничестве между церковными и политическими властями есть грань, за которую Церковь не может перейти. Нельзя Иову, первому Патриарху Московскому, признать притязания на трон самозванца, давшего клятву польскому королю уничтожить Православие и насадить в России католичество. Нельзя Гермогену, второму Патриарху, вдохновившему народ на ополчение против врагов Отечества, своей же рукой это ополчение распустить и позволить полякам дальше хозяйничать в сердце России.
И каждый Патриарх, сидящий пред своими гостями или сотрудниками, имея за спиной такое полотно, тем самым утверждает: есть пределы, за которые я никогда не переступлю, даже если мне придётся повторить изгнание Иова и мученическую смерть Гермогена!
Дом в Чистом переулке двадцать лет не ремонтировался, и, осмотрев его, Святейший распорядился о ремонтных работах, а сам отправился вселяться в загородную резиденцию.
Древнее село Лукино, имение бояр Колычевых, из которых родом святитель митрополит Московский Филипп. В XVII веке здесь был построен каменный храм Преображения Господня, а рядом возникло село Переделка, впоследствии превратившееся в знаменитый писательский посёлок Переделкино. В 1952 году Патриарх Алексий попросил у Сталина старинную усадьбу Лукино для устройства здесь загородной Патриаршей резиденции. Начиная с шестидесятых годов будущий Патриарх Алексий II нередко бывал здесь в гостях у Алексия I и впоследствии вспоминал:
— Сейчас от старинного имения Колычевых остались только въездные ворота. В маленькой пристроечке к ним жил Патриарх Алексий I. Мы, которые были его ближайшими помощниками, часто ездили в Переделкино с докладами и всегда ощущали трогательную нежность Патриарха к здешним местам. Перед старыми постройками на территории резиденции нынче стоит стела. На каждой из её сторон высечены имена тех бояр Колычевых, что погибли в различных сражениях за веру, царя и Отечество.