С первых дней в загородной переделкинской резиденции сложился ритм жизни, о котором он сам говорил:
— Встаю я в половине восьмого. После молитвы и завтрака сразу уезжаю в Москву. Рабочий день у меня ненормированный и расписан по минутам. Главное в нём — встречи с людьми. В перерывах, если удаётся, читаю почту, подписываю бумаги. Когда не успеваю заняться документами, беру их с собой в качестве домашнего задания. Вдобавок — освящение храмов и часовен, практически ежедневные богослужения, в том числе по субботам и воскресеньям. Они у нас не бывают выходными. Иногда моё окружение, видя, что я устал, настаивает на отдыхе в середине недели. Но чаще всего, оставаясь в Переделкине, не позволяю себе часов, не занятых трудами. И потом, надо успеть прочитать текущую церковную периодику: «Журнал Московской Патриархии», другие издания... Раньше часу ночи лечь спать не удаётся... Безусловно, сложные обстоятельства жизни отражаются на настроении. Но утро надо встречать в бодром состоянии духа. И этому способствует келейная молитва... Не всегда высыпаешься. День накануне нередко насыщен разными тяжкими проблемами. Они бесконечно крутятся в голове, словно долгоиграющая пластинка. Выключишь свет, а сна мучительно долго нет. Одно время я принимал снотворное, но потом отказался: нельзя... У нас есть хозяйство, где держим коров, кур, коз. Порой, когда на душе пасмурно, я люблю там бывать. Пообщаешься с братьями меньшими, покормишь их — помогает. Да и козье молоко вещь полезная, советую. А баранов не держим. От них только мясо — не станешь же есть своих подопечных. Так что на вертеле баранов не жарим... Порой так хочется пригласить в резиденцию не только официальных лиц, ради которых перекрывается трасса, но и самых обыкновенных гостей — тех, кто симпатичен, вызывает дружелюбный интерес, желание поговорить, пообщаться. Но день до того спрессован, что, когда возвращаюсь домой, уже не до товарищеских разговоров. Что же касается друзей, то большинство из них остались в Санкт-Петербурге. Приезжая туда, я всякий раз стараюсь встретиться со своими соучениками по ленинградским духовным семинарии и академии...
Загородная резиденция расположена рядом с железной дорогой, но Святейший давно уже привык к грохоту вагонных колёс, шуму поездов.
— Иной раз, когда его нет, словно чего-то не хватает, — признавался он.
Страстным книгочеем Святейший никогда не был, просто любил прочесть хорошую книгу.
— Библиотека в резиденции большая, но сколько томов — признаться, не считал. Пополняется она, в частности, за счёт подарков. Писатели присылают свои книги, историки. Беда — не успеваю читать. Дважды в году стараюсь вырваться в отпуск, тогда беру с собой стопку книг. Для души перечитываю духовную литературу, Чехова — он меня как-то успокаивает, даёт психологическую разрядку. Люблю Тургенева, Лескова, а к Достоевскому, которого в своё время всего прочитал, нет желания возвращаться. У него произведения, ещё больше утяжеляющие груз, который несёшь. То же могу сказать об Александре Исаевиче Солженицыне. Его «Раковый корпус» впервые прочитал за границей, когда у нас он был запрещён. Талантливая повесть, но морально тяжёлая.
К телевизору он долго привыкал, но новые времена рождали множество новых ежедневных событий, о которых теперь он, как Предстоятель, должен был знать, чтобы мгновенно уметь дать оценку, и Святейший стал приучать себя смотреть программы новостей, сначала по вечерам, а потом и по утрам после молитв, потому что многое успевало произойти за истекшую ночь. Ведь уже наступили лихие девяностые!..
21 июня 1990 года Патриарх Алексий II провёл свой первый официальный приём. К нему прибыл только что назначенный на пост председателя Совета министров РСФСР Иван Степанович Силаев, тогда человек Ельцина, но пройдёт время, и он, как противник развала СССР, выйдет из свиты «царя Бориса». Беседуя с ним, Святейший говорил об опасности утраты добрых традиций во взаимоотношениях между людьми, которые сложились при советской власти, как бы к ней ни относиться; он предупреждал о том, что при насаждении свобод не следует забывать о милосердии, о христианской добродетели, о трудовой морали, ибо сейчас утверждается пагубная для души человека мысль о возможности лёгкого зарабатывания больших денег, воспитывается презрение к людям, в поте лица добывающим хлеб свой насущный.
Об этом же он говорил и в одном из своих первых интервью в качестве патриарха, отвечая на вопросы журналиста Юрия Лепского:
— Печально, что сегодня один ложный идеал подменяется другим — «идеалом» прагматического, житейского материализма. Наше общество отказалось от извращённых представлений об уравнительной «справедливости», пришло к осознанию того, что за достойный созидательный труд полагается достойное воздаяние. Однако новые положительные ценности ещё не укрепились в народе, и если материальное созидание и стяжание земных благ станет единственной заботой людей — они потеряют себя. Я как христианин и пастырь убеждён: подлинное обретение личностью смысла своего бытия возможно лишь в общении с Богом — Источником духовной жизни. Но и тем, кто продолжает считать себя неверующим, не надо забывать о нравственном законе, заложенном Господом в сердце каждого человека, даже нерелигиозного. Только тогда, когда нравственные нормы реализуются и в политике, и в экономике, и в личной жизни людей, мы сможем преобразовать общество, причём сделать это без насилия и принуждения.
С 23 июня, завершив все дела по вселению в московскую рабочую и загородную резиденции, Святейший вновь начал совершать богослужения в Елоховском соборе, в Донском монастыре, побывал в Новгородской епархии, а в начале июля отправился в Эстонию. Отслужил панихиду на могиле родителей, ведь он должен был приехать к месту их упокоения в новом своём патриаршем обличье. Много общался со своим старым другом священником Вячеславом Якобсом, фамилия которого недолго уже будет оставаться без скобок — в августе в Псково-Печерском монастыре Вячеслава Васильевича постригут в монахи под именем Корнилий. В 1974 году он стал вдовцом, можно и принимать монашество.
Далее Святейший совершил пастырскую поездку в Киев, Чернигов, Житомир, Луцк, Ровно. Его патриаршее служение началось с улаживания дел на Украине и окончится тем же. В середине сентября Святейший вновь побывал в Эстонии, где в своём родном таллинском соборе Александра Невского рукоположил архимандрита Корнилия (Якобса) во епископа Таллинского, с назначением его патриаршим викарием. Хороших, задушевно своих людей он оставлял в покидаемых епархиях: Иоанна — в Северной столице, Корнилия — в Эстонии. А в Новгороде поставил епископом архимандрита Льва (Церпицкого), бывшего некогда личным секретарём митрополита Никодима (Ротова) и остроумно прозванного в те годы «аэромонахом», поскольку он постоянно летал с поручениями из Ленинграда в Москву и обратно. В его присутствии на приёме у папы римского митрополит Никодим и скончался. В 1990 году владыке Льву исполнилось сорок четыре года.
23 сентября состоялось новое знаменательное событие. Впервые после марта 1918 года ожил Кремлёвский Успенский собор — главный храм Московского государства. Святейший Патриарх Алексий II совершил в нём Божественную литургию — то, ради чего, собственно говоря, и строятся храмы по заповеди Христа Спасителя. С этого дня Успенскому собору возвращён статус Патриаршего кафедрального.
Выйдя после литургии из Кремля, Святейший вновь, как весною, совершил крестный ход от сердца Москвы к храму Большого Вознесения, уже отреставрированному и готовому к первому богослужению. Сентябрьский, холодный и волнующий воздух, развивающиеся хоругви и трёхцветные знамёна, бело-сине-красные и чёрно-золото-белые, многоголосое пение «Спаси, Господи, люди твоя» и «Боже, царя храни!», зачем-то — толпы милиции... А впереди он — Патриарх Алексий II. Когда дошли до Большого Вознесения, он произнёс речь о начавшемся православном возрождении русского народа, и, помнится, кто-то воскликнул:
— Это наш Патриарх!
И с того дня он навсегда запечатлелся в сознании как наш Патриарх.
Прекращение гонений на Церковь могло окончиться столь же неожиданно, как и началось, и Святейший спешил вернуть верующим как можно больше храмов.
Покровский собор, известный также как храм Василия Блаженного, — безусловно, один из главных символов Москвы и России. Необыкновенный, нарядный, олицетворяющий многоцветную старину нашу. Подумать только, но в октябре 1917 года большевики цинично расстреливали его из пушек и сильно исковеркали, а в середине тридцатых он едва не разделил участь взорванного храма Христа Спасителя! Его спасло личное мужество выдающегося русского архитектора Петра Дмитриевича Барановского, человека, который боролся против уничтожения архитектурных святынь Руси, а когда не мог их спасти, накануне разрушения успевал произвести все замеры и оставить чертежи для будущего восстановления. Он спас Коломенское, устроив там музей народного зодчества. Он был последним, кто находился в Чудовом монастыре перед его уничтожением, и успел вынести оттуда мощи святителя Алексия Московского. Он спас Андроников монастырь, создав там музей древней живописи, спас храм Василия Блаженного. За это упорство Петра Дмитриевича арестовали и отправили в ссылку, но уникальный храм, превращённый в музей, уцелел. 7 ноября 1941 года мимо него шли полки, отправляясь на фронт. Перед собором поставили, переместив с другого места Красной площади, памятник Минину и Пожарскому.
И вот теперь, в праздник Покрова Богородицы 1990 года, Патриарх Алексий II добился разрешения совершить здесь первую после революции Божественную литургию. Началась борьба за возвращение собора, в 1991 году Святейший добьётся того, что храм Василия Блаженного станет считаться в совместном пользовании Церкви и Государственного исторического музея.
В те октябрьские дни президент СССР Горбачёв и Верховный Совет издали, наконец, закон о свободе совести и религиозных организациях, в разработке которого Святейший принимал самое деятельное участие и как Предстоятель Церкви, и как народный депутат, коим он по-прежнему оставался, несмотря на своё отрицательное отношение к участию религиозных деятелей в политике.