А в это время бывший главный бухгалтер фанерной фабрики Лютера Михаил Александрович Ридигер уже полностью посвятил себя служению Богу в храме Святителя Николая в Таллине. Рукоположение состоялось 18 февраля 1940 года. Никольский — старейший православный таллинский приход. Первый деревянный храм, по преданию, был заложен ещё Ярославом Мудрым, когда город носил младенческое имя Колывань, что по-древнерусски означает «Колыбель». Новый каменный храм, существующий и по сю пору, построен на месте прежних, освящён в 1827 году и стоит на улице Вене, что по-эстонски — «Русская». В основании церкви похоронен сосланный Екатериной II в Ревель митрополит Ростовский и Ярославский Арсений (Мацеевич), который выступал против секуляризации церковных земель, за что и пострадал. В пору патриаршего служения Алексия II он будет причислен к лику святых как священномученик.
С весны 1940 года храм Святителя Николая стал родным для семьи Ридигер. Отныне в нём служил дьякон Михаил, а одиннадцатилетний Алёша прислуживал. Настоятелем был молодой тридцатилетний священник Александр Киселёв, ставший новым духовным наставником будущего Патриарха.
Александр Николаевич родился в 1909 году в Тверской губернии, мальчиком его вывезли в Эстонию во время революции, здесь он окончил духовную семинарию и был рукоположен митрополитом Александром (Паулусом). В Никольской церкви стал настоятелем в 1938 году.
Впрочем, общение Алёши с ним оказалось недолгим. После провозглашения Эстонской ССР отец Александр эмигрировал в Германию, спасаясь от арестов, коим подверглись все активные члены РСХД. В Берлине он служил в соборе Святого Владимира, а когда началась война, много уделял внимания работе в лагерях для советских военнопленных, организовывал помощь вещами и продуктами. В своих воспоминаниях он напишет: «Сколько заботы и любви вкладывали прихожане в помощь этим несчастным. Собирали старую одежду — стирали, перешивали. Особенно трудно было с едой, ибо её было очень мало у всех. Покупать на чёрном рынке из-за высокой цены было невозможно. Выручал чеснок — немцы его не любят. Сытому трудно понять, но в те времена ломоть хлеба, головка чеснока спасали подчас человеку жизнь».
На некоторое время судьба сведёт его с генералом Власовым, отец Александр станет вице-президентом общества «Народная помощь» при Комитете освобождения народов России, председателем которого как раз и являлся Власов. Но генерал, имя которого стало синонимом предательства, в итоге разочаровал отца Александра, ибо был верующим только напоказ, никогда не исповедовался и не причащался, личную жизнь вёл далеко не такую, как подобает православному человеку.
После войны, уже в сане протоиерея, отец Александр переедет в США, где станет секретарём епископа Сан-Францисского и Западно-Американского Иоанна (Шаховского), организатором РСХД в Нью-Йорке, настоятелем Свято-Троицкой Асторийской церкви в Нью-Йорке, а затем основателем и настоятелем храма на западной стороне Манхэттена.
Но с Алексеем Ридигером ему суждено будет встретиться уже только через сорок лет после бегства из Эстонии. А тогда, в 1940-м, для семьи Ридигер снова наступили тревожные времена. Сразу же покатились аресты тех, кого новые власти могли счесть неблагонадёжными. Особенно это касалось деятелей РСХД, к которым принадлежал и отец Михаил. Со дня на день ожидали, что за ними придут. И за ними пришли. Но вновь произошло чудо! Вот как о нём рассказывал сам Святейший:
— В это непростое время к нам приехали родственники отца. Мы жили в пригородном районе Таллина, в местечке Нымме — в небольшом деревянном двухэтажном доме, окружённом ветвистыми деревьями. В садовой тени ещё притаился сарайчик, с виду совсем неказистый, но там была комната, которую родители обустроили под вполне сносное жильё, и небольшой закуток, где я играл в церковь... Гостей мы разместили в доме, а сами переселились в сарай, туда же забрали и своих собак — я с ними в детстве не расставался. И вот как-то ночью только уснули, вдруг слышим — кто-то ходит по саду. В доме свет, оттуда доносятся громкие незнакомые голоса. У ворот, на улице, военный автомобиль с невыключенным мотором. Стало ясно: пришли по наши души. Что делать? Решили притаиться и полушёпотом стали молиться. А собаки тут же, с нами — глазами сверкают, но тоже молчат. Так ни разу и не тявкнули, хотя непоседы были известные... Лучи фонарей долго шарили по деревьям, несколько раз скользнули по нашему убежищу, но, видимо, никто не мог поверить, что в таком убогом сарае могла расположиться семья священника. Солдаты так и уехали ни с чем, а наша семья с тех пор и до немецкой оккупации в 1941 году в доме более не жила, только в сарайчике.
В этом рассказе самое невероятное — поведение собак, которых, как известно, весьма трудно, да что там трудно, невозможно заставить молчать и сидеть тихо. Они обязательно начнут рваться, лаять, а зажмёшь пасть — будут громко скулить. И то, что четвероногие ограничились одним сверканием глаз — настоящее чудо!
Менее невероятно то, что люди, приезжавшие арестовывать Ридигеров, больше не заявлялись. Если где-то шли повальные аресты, часто не хватало чекистов. Известно много случаев, когда, отсутствуя некоторое время в собственном жилье, люди избегали арестов. К примеру, человека должны арестовать. Он, зная об этом, берёт билет на теплоход и плавает по Волге до Астрахани и обратно. Или уезжает в Среднюю Азию и отсиживается там, пока не кончатся деньги. За ним приходят раз, другой, третий, решают отложить, мол, успеется, а потом забывают про него, и он, вернувшись из круиза, живёт себе дальше. В преступном мире такой приём известен как «лечь на дно». Случалось, он помогал и во времена сталинских репрессий. Слишком много было арестов, у мрачного ведомства рук не хватало всех скрутить и посадить!
Но так всё же спасались единицы, а сотни и сотни попадали в лагерное рабство. Вот почему ещё раз следует подчеркнуть: тогда, в 1940 году, произошло чудо, Господь отвёл семью Ридигер от несчастья так же, как не дал сесть когда-то беременной Елене Иосифовне в злосчастный автобус. Михаила Александровича могли потом арестовать и в церкви. Однако почему-то не арестовали. Загадка, на которую может звучать всё тот же ответ: рук не хватало. Но, с другой стороны, даже нынешняя эстонская комиссия по преступлениям «советских оккупантов» отмечает не такое уж огромное число арестованных: в 1940 году — тысяча человек, в 1941 году — шесть тысяч. Вполне возможно, обязательному аресту подвергались только самые отъявленные враги СССР, открыто заявлявшие о своей враждебности.
Осенью 1940 года Алёша пошёл в пятый класс, уже в советскую школу. В советской школе ему суждено будет проучиться в пятом, а затем в девятом и десятом классах, остальные классы — в несоветской!
Летом 1941 года органами НКВД проводилась депортация граждан Эстонии, которой подвергались лица, отказавшиеся принять советское гражданство, уголовный элемент, проститутки, бывшие жандармы, охранники, руководящий состав полиции, тюрем и рядовые полицейские и тюремщики, крупные помещики, торговцы, фабриканты и крупные чиновники буржуазных правительств вместе с членами их семей, бывшие белогвардейские офицеры и члены контрреволюционных антисоветских организаций. За Урал было депортировано более десяти тысяч человек, из них треть помещены в лагеря. В их число могли попасть и Ридигеры. Елена Иосифовна как дочь расстрелянного белогвардейского офицера, Михаил Александрович как член РСХД, которое было отнесено к антисоветским организациям. Но и теперь чаша сия миновала их.
Через два месяца после начала Великой Отечественной войны Таллин оказался под властью Гитлера. Его оборона продолжалась три недели, из них несколько дней шли бои в предместьях и в самом городе, но после переноса штаба обороны в Кронштадт удерживать Таллин перестали, и 28 августа войска вермахта вошли в город.
В шестой класс Алексей Ридигер пошёл уже в несоветскую школу. Начались три года оккупации Таллина фашистами.
Ещё в марте 1941 года экзархом Латвии и Эстонии стал митрополит Виленский и Литовский Сергий (Воскресенский). Пользуясь тем, что за время советской власти на Псковской земле не осталось ни одного действующего прихода, Гитлер и Розенберг разработали план восстановления здесь православной жизни. С тем, чтобы народ на оккупированных землях не роптал против захватчиков, а, напротив, восхвалял гитлеровскую власть. В то же время Сталин и Берия выработали свой план, по которому на оккупированных территориях православные священники и монахи должны были вовлекаться в борьбу с фашистскими оккупантами. Основная ответственность легла на главного организатора разведывательно-диверсионной работы на оккупированных территориях Павла Анатольевича Судоплатова.
Главным действующим лицом и с той, и с другой стороны стал митрополит Сергий (Воскресенский). Когда наши войска покидали Ригу, Судоплатов лично спрятал его, чтобы сотрудники органов не увезли митрополита вместе с отступающими. Далее, как утверждает в своих воспоминаниях Судоплатов, экзарх должен был действовать по плану, разработанному НКВД. Оставшись в Риге, он приветствовал вступление немцев в Прибалтику. Он же стал и организатором Псковской православной миссии, которая явно защищала оккупационную власть, а тайно поддерживала разведывательно-диверсионную работу.
Православные священники, с одной стороны, вынуждены были в своих проповедях призывать народ к смирению и хвалить немцев за то, что они способствуют возрождению христианства на Псковской земле. С другой стороны, те же священники прятали у себя партизан, людей, разыскиваемых гестаповцами, в том числе и евреев. В Псково-Печерском монастыре людей прятали под куполами. Никто не мог догадаться, что там можно кого-то скрывать. Все привыкли, что могут быть подпольщики, а что бывают и подкупольщики, не могло прийти в голову!
Одновременно с этим православные священники принимали в свои семьи или пристраивали в семьях своих прихожан многочисленных беженцев, сирот, детей, на долю которых выпало страшнейшее испытание. В 1943 году благодаря стараниям митрополита Сергия были отпущены и отданы на воспитание в православные семьи и в семьи священников дети из концлагеря Саласпилс.