Под руководством Предстоятеля Собор выработал и опубликовал декларацию о правах и достоинстве человека:
«Сознавая, что мир переживает переломный момент истории, стоит перед угрозой конфликта цивилизаций, по-разному понимающих человека и его предназначение, — Всемирный Русский Народный Собор от имени самобытной русской цивилизации принимает настоящую декларацию.
Человек как образ Божий имеет особую ценность, которая не может быть отнята. Она должна уважаться каждым из нас, обществом и государством. Совершая добро, личность приобретает достоинство. Таким образом, мы различаем ценность и достоинство личности. Ценность — это то, что дано, достоинство — это то, что приобретается.
Вечный нравственный закон имеет в душе человека твёрдую основу, не зависящую от культуры, национальности, жизненных обстоятельств. Эта основа заложена Творцом в человеческую природу и проявляется в совести. Однако голос совести может быть заглушён грехом. Именно поэтому различению добра и зла призвана содействовать религиозная традиция, имеющая своим Первоисточником Бога.
Мы различаем две свободы: внутреннюю свободу от зла и свободу нравственного выбора. Свобода от зла является самоценной. Свобода же выбора приобретает ценность, а личность — достоинство, когда человек выбирает добро. Наоборот, свобода выбора ведёт к саморазрушению и наносит урон достоинству человека, когда тот избирает зло.
Права человека имеют основанием ценность личности и должны быть направлены на реализацию её достоинства. Именно поэтому содержание прав человека не может не быть связано с нравственностью. Отрыв этих прав от нравственности означает их профанацию, ибо безнравственного достоинства не бывает.
Мы — за право на жизнь и против “права” на смерть, за право на созидание и против “права” на разрушение. Мы признаём права и свободы человека в той мере, в какой они помогают восхождению личности к добру, охраняют её от внутреннего и внешнего зла, позволяют ей положительно реализоваться в обществе. В этом свете нами уважаются не только гражданские, политические права и свободы, но также социальные, экономические и культурные права.
Права и свободы неразрывно связаны с обязанностями и ответственностью человека. Личность, реализуя свои интересы, призвана соотносить их с интересами ближнего, семьи, местной общины, народа, всего человечества.
Существуют ценности, которые стоят не ниже прав человека. Это такие ценности, как вера, нравственность, святыни, Отечество. Когда эти ценности и реализация прав человека вступают в противоречие, общество, государство и закон должны гармонично сочетать то и другое. Нельзя допускать ситуаций, при которых осуществление прав человека подавляло бы веру и нравственную традицию, приводило бы к оскорблению религиозных и национальных чувств, почитаемых святынь, угрожало бы существованию Отечества. Опасным видится и “изобретение” таких “прав”, которые узаконивают поведение, осуждаемое традиционной моралью и всеми историческими религиями.
Мы отвергаем политику двойных стандартов в области прав человека, а также попытки использовать эти права для продвижения политических, идеологических, военных и экономических интересов, для навязывания определённого государственного и общественного строя.
Мы готовы к сотрудничеству с государством и со всеми благонамеренными силами в деле обеспечения прав человека. Особыми областями такого сотрудничества должны стать сохранение прав наций и этнических групп на их религию, язык и культуру, отстаивание свободы вероисповедания и права верующих на свой образ жизни, противостояние преступлениям на национальной и религиозной почве, защита личности от произвола властей и работодателей, попечение о правах военнослужащих, охрана прав ребёнка, забота о людях, находящихся в местах заключения и социальных учреждениях, защита жертв деструктивных сект, недопущение тотального контроля над частной жизнью и убеждениями человека, противодействие вовлечению людей в преступность, коррупцию, работорговлю, проституцию, наркоманию, игроманию.
Мы стремимся к диалогу с людьми разных вер и взглядов по вопросам прав человека и их места в иерархии ценностей. Сегодня такой диалог, как ничто другое, поможет избежать конфликта цивилизаций, достичь мирного сочетания на планете различных мировоззрений, культур, правовых и политических систем. От того, насколько людям удастся решить эту задачу, зависит их будущее».
11 мая 2006 года на IV Всезарубежном Соборе Русской Православной Церкви заграницей подавляющим большинством голосов была принята положительная резолюция, касающаяся восстановления отношений между Московским Патриархатом и Русской Зарубежной Церковью.
3 июля Предстоятель Русской Церкви возглавил работу Всемирного саммита религиозных лидеров, который проходил в московском Президент-отеле. Инициатива проведения этого форума исходила от Алексия II. Первым её поддержал духовный лидер мусульман Кавказа Аллахшукюр Паша-заде. Во время саммита Святейший беседовал со всеми приехавшими представителями всех христианских Церквей, в том числе встретился с делегацией католиков во главе с председателем Папского совета по содействию христианскому единству Вальтером Каспером. Обе стороны говорили о падении религиозных чувств у народов Европы и о том, что настала пора сближения католиков и православных. Ватикан делал хоть и осторожные, но видимые шаги по преодолению разногласий и взаимного недоверия, накопленных во время долгого правления папы Иоанна Павла II (Войтылы).
Сразу после саммита в газете «Аргументы и факты» вышло интервью Святейшего Патриарха Алексия, хлёстко озаглавленное «Грех — смертельное заболевание». В нём он подвёл итоги грандиозного форума, поделился своими размышлениями о природе человека, о сегодняшнем состоянии нравственности и религиозности в мире:
— Соблазны всегда будут присутствовать в мире, но мы можем им противостоять. Человек, живущий с Богом, никогда не бывает одинок в борьбе с искушениями. Господь присутствует в нашей жизни и реально помогает каждому, кто сохраняет с Ним живую связь. Благодаря этому человек, несмотря ни на какие трудности, остаётся способным развивать свои духовные качества, уподобляться Богу и совершенствовать окружающий мир... Сегодня человек очень много слышит о грехе, но почти ничего о нём не знает. Современная массовая культура часто использует это слово не по назначению, и постепенно оно лишается истинного содержания. Грех сегодня подчас воспринимается как нечто запретное, но чрезвычайно привлекательное, а грешник, нарушая всё, что только можно нарушить, не только получает запретное удовольствие, но зарабатывает репутацию смелого и независимого человека. Однако Церковь из своего опыта знает, что грех — это смертельное заболевание. Шестой Вселенский Собор прямо определяет грех как болезнь души. Всякая болезнь причиняет страдание и, если не лечиться, разрушает человека и приводит к смерти. Бог дал человеку свободу воли и никогда не отнимал её у него. Господь терпеливо ждёт, когда человеку надоест калечить себя грехами. Если мы видим разрушительность греха и обращаемся к Богу за помощью, Он с радостью исцеляет раны, которые мы наносим себе. Но даже Бог не может нас спасти вопреки нашей воле... Церковь учит, что само по себе богатство не греховно, но только до тех пор, пока оно не мешает человеку совершенствоваться и служить ближним. Когда же получение земных благ превращается в самоцель, сопрягается с алчностью, с презрением к нуждам других, а люди в погоне за богатством теряют человеческий облик, то такой настрой, без сомнения, является греховным. Напомню изречение святого Иоанна Златоуста: не уделять из своего имущества есть также похищение. Христианин, имеющий возможность помочь ближнему, не вправе пройти мимо человека, который терпит нужду и не может сам заработать себе на хлеб... Православие — это не следование изменчивой моде, но сокровенная жизнь во Христе. При этом путь к Богу у каждого свой. Нельзя быть заранее уверенным, что человек, называющий себя православным лишь потому, что так делают окружающие, никогда в действительности не придёт к настоящей духовной жизни...
Освободившись от тяжкого бремени забот, связанных с прошедшим саммитом, Предстоятель отправился туда, где всегда отдыхал душою, — на дорогой его сердцу Валаам. Затем он побывал в Петербурге и вскоре отправился в Сэров, где проходили праздничные мероприятия, посвящённые 300-летию основания Саровской пустыни.
В сентябре в храме Христа Спасителя праздновалось сорокапятилетие епископского служения Алексия II. Торжества совпали с принесением в Россию с Афона частицы Честного и Животворящего Креста Господня и мощей святой равноапостольной Марии Магдалины. 9 сентября Святейший впервые прибыл с пастырским визитом в Калининград, где отмечалось шестидесятилетие создания области, присоединённой к России после победы над гитлеровской Германией. Долгое время здесь, в Восточной Пруссии, церковной жизни почти не было. За двадцать лет, прошедших с момента открытия первого храма, начали действовать десятки храмов, организованы воскресные школы, власть стала дружить с Церковью.
20 сентября в Свято-Даниловом монастыре Святейший встретился с мусульманскими духовными лидерами России во главе с верховным муфтием Центрального духовного управления мусульман России шейхом Талгатом Таджудцином, председателем Совета муфтиев России шейхом Равилем Гайнутдином, председателем Координационного центра мусульман Северного Кавказа муфтием Исмаилом Бердиевым, муфтием Татарстана Гусманом Исхаковым и др. Поводом стали недавние события в карельском городе Кондапоге. Впрочем, они носили не межрелигиозный, а межэтнический характер — банда чеченцев убила четверых русских юношей, в ответ начались беспорядки, едва не окончившиеся взаимной резнёй русских и выходцев с Кавказа. Тем не менее в воздухе вновь запахло уже, казалось бы, подзабытым запахом войны. Только верующие с обеих сторон могли совместными усилиями остановить новый кошмар.
— Мы должны вместе противостоять межнациональной вражде, которая поднимается в разных регионах. Сам факт нашей встречи должен стать примиряющим фактором. Люди привыкли к тому, что если духовные лидеры встречаются в братской атмосфере, то их примеру должны следовать и верующие, — сказал Святейший Патриарх Московский и всея Руси. — Нельзя решать проблемы через погромы. Россия всегда демонстрировала многовековой межрелигиозный, межнациональный мир, и она этим славилась. Мы, как религиозные лидеры, должны призвать наши народы и общины к решительному отказу от любого насилия, от вражды, оскорблений, нанесения взаимных обид.