Явлению Девы Марии обязаны своим возникновением и другие места паломничества, такие как базилика Нотр-Дам де ла Салет, расположенная на высоте 1770 метров в окружении поразительно красивых гор неподалеку от Гренобля, где каждый год сотни тысяч пилигримов приходят на то место, где в 1846 году Дева Мария явилась двум местным детям. Между тем у подножия Баварских Альп в Штейнгадене в Вискирхе находится статуя бичуемого Спасителя: вырезанная из дерева фигура Христа, которая в июне 1738 года во время вечернего богослужения будто бы стала мироточить; ныне статуя является частью главного алтаря и привлекает к себе миллион посетителей в год. (Широкая известность центров паломничества не всегда радует местных жителей. В Пюимуассоне, на самом юге Французских Альп, там, где горный хребет сворачивает в сторону Прованса, есть церковь, которой некогда владели рыцари-госпитальеры, члены ордена святого Иоанна Иерусалимского. В XVI веке в церкви обнаружили останки двух святых, и сюда потянулись паломники, но нескончаемый поток надоел местным жителям, их терпение лопнуло, и они в конце концов тайно перезахоронили мощи — место погребения и по сей день держится в секрете.)
Реформация, импульсом к которой послужили революционные доктрины таких деятелей, как Мартин Лютер и Жан Кальвин, всю Европу обрекла на несколько веков религиозных раздоров. Тем не менее радикальные идеи, связанные с новым религиозным учением, и вызванные им политические перемены исходили главным образом из городов; отдаленные и обособленные районы континента, наподобие Альп, не испытывали такого давления, как равнинные области с их многочисленным населением, сосредоточенным в крупных населенных центрах; последнее и обусловило возможности быстрого распространения новых идей и сопротивления существующему порядку.
Хотя Альпы по большей части оставались во время Реформации католическими (и в наши дни этот регион в значительной степени по-прежнему католический), два города на окраине гор, Цюрих и Женева, прославились как основные центры протестантской идеологии в начале XVI столетия. В Цюрихе священник Ульрих Цвингли (1484-1531) выступил против целибата духовенства и власти папы; его идеи получили распространение в Берне и Базеле, но нашли слабый отклик в сельских швейцарских кантонах (сам Цвингли был убит в сражении при Каппеле, в ходе недолгой войны, разгоревшейся на почве религиозных разногласий). После гибели Цвингли звание ведущего религиозного диссидента перешло к Жану Кальвину — изгнанный из Сорбонны, он перебрался в 1533 году в свой родной город Женеву, который превратил в «протестантский Рим». На протяжении десяти лет новое религиозное течение неспешно продвигалось вдоль северного берега Женевского озера к Лозанне: в этом городе в 1540 году был основан новый университет, вскоре снискавший славу центра радикального протестантизма, и тогда же великолепный кафедральный собор Лозанны лишился своего скульптурного убранства, икон и витражей — что ознаменовало начало эры, когда множество церквей по всей только что принявшей протестантизм Европе утратили пышный католический антураж.
К середине XVI века новая вера получила широкое распространение среди представителей деловых и политических групп многих альпийских городов, особенно на территории Швейцарии и Австрии. Открыто исповедовать протестантизм в городах равнинных районов Швейцарии, таких как Базель, Шаффхаузен или Берн, новообращенным никто особенно не препятствовал, но во многих других городах правящие власти отнюдь не приветствовали инакомыслие, и с протестантами расправлялись быстро и жестоко. В Тироле рудокопы, трудившиеся на серебряных рудниках Шваца, на недолгое время приняли протестантское учение, и в 1525 году религиозные разногласия, подкрепленные также политическим недовольством владычеством Габсбургов, вылились в восстание. Для подавления мятежников эрцгерцог Фердинанд I был вынужден обратиться за помощью к наемникам; лидер восстания Михаэль Гайсмайр бежал в Венецию, и Фердинанд быстро очистил Тироль от протестантов. В настоящее время этот регион известен в Австрии как один из самых прокатолически настроенных.
Швац тем не менее стал исключением, и большинство горных районов оставались главным образом католическими, а в коммунах отдаленных поселений испытывали естественную подозрительность ко всем новым веяниям. И все же альпийские долины оказались идеальным убежищем для инакомыслящих, желающих укрыться от длинных рук католического закона. Возле Бадгаштайна в Альпийских Альпах местные протестанты некогда собирались для тайных собраний в пещере Натурэле; зал, где они молились, был известен как Флидермаусдом, что переводится как «Мышиный собор». Похожие тайные убежища можно отыскать во многих альпийских долинах. Но в высокогорной части Альп нет места, в большей степени связанного с религиозным расколом, чем окрестности Ла-Валлюи, удаленной долины возле Безансона. В XII веке в этой малонаселенной и изолированной области нашли прибежище вальденсы (или водуазы), приверженцы религиозного течения, отколовшегося от официальной церкви. Его основатель, торговец по имени Пьер Вальдо (или Во), считал, что спасения можно достичь отказом от мирского имущества, отречением от собственности. Католические власти неодобрительно восприняли идеологию группы, ив 1184 году Пьер Вальдо был заклеймен как еретик и отлучен от церкви. Но его последователи продолжали жить в своем отдаленном убежище вплоть до обрушившихся на них в 1488 году репрессий: во главе развязанной кампании стояли католики Гренобля, и в результате община вальденсов была уничтожена. Особенному опустошению подверглась долина Жиронды, получившая название Валь Пют, или Проклятая долина. Позже весь район стал называться Валюиз (Валь Луи) — в честь французского короля Людовика XI, который положил конец гонениям, хотя в XVII веке район вновь проявил себя центром инакомыслия, став убежищем для французских гугенотов. (К тому времени существовала тайная сеть протестантских общин, обосновавшихся в отдаленных уголках по всем Альпам. Группа итальянских протестантов, укрывшихся в отдаленной долине Валь Пел-лис возле Турина, даже сумела наладить контакты с Оливером Кромвелем, который прислал общине денег на возведение плотины для защиты от наводнений.)
Как ни старались сильные мира сего, правившие сугубо католическими областями, такими как Бавария и Тироль, сколь бы ревностно ни искореняли они протестантизм, тот глубоко проник в европейскую религиозную жизнь, а так как из-под печатных станков Женевы выходили все более и более радикальные тексты (среди них — и выпущенная в 1560 году первая методически упорядоченная английская Библия), то католическая церковь решила нанести ответный удар. Начало Контрреформации было положено чередой собраний в период между 1545 и 1563 годами в красивом, возведенном в романском стиле кафедральном соборе города Тренто в Доломитовых Альпах. Дискуссии на так называемом Тридентском соборе подтолкнули к действиям европейских правителей, и многие, как, например, герцоги Баварские Альбрехт V (1550-1579) и Вильгельм Благочестивый (1579— 1597), сыграли ведущую роль в подавлении новой веры во второй половине XVI века. Но Контрреформации требовался авангард, и в роли передовых бойцов выступили иезуиты — члены религиозного ордена, основанного святым Игнатием Лойолой в 1530-х годах специально для миссионерской деятельности и обучения. Иезуитов благосклонно принимали правители во многих частях Альп, в том числе в Савойе и габсбургской Австрии, где они укореняли католичество среди простого народа, внедряя развивающие духовные упражнения и насаждая католические религиозные обряды. Традиционной стала, в частности, привитая миссионерами-иезуитами практика изготовления богато украшенных рождественских ясель и сложных композиций, представляющих библейские сцены рождения Христа; картину довершали пейзаж и разрисованный задник, который был придуман в Тироле. Как считалось, подобная смесь театральности и яркой красочности придаст привлекательности в противовес аскетичной суровости и мрачности протестантизма. (Обычай получил широкое распространение, и ремесло изготовления картин-яслей дожило в деревнях до наших дней, например, им славится Таур под Инсбруком.) Иезуиты также оказали существенное влияние и на моду на церковную архитектуру и убранство храмов. Домкирхе (городской собор) в столице Каринтии Клагенфурте внешне представляет собой сурового вида сооружение, лишенное всяких украшений, что не удивительно, так как заложена церковь была в начале XVI века, когда большинство правителей города были протестантами; но внутри собор радует взор богатым многоцветным барочным убранством — иезуиты XVII столетия прибегали к нему как к способу и средству укрепления традиций старой веры. В 1612 году в рамках рекатолицизации император Фердинанд II передал иезуитам относящееся к XI веку бенедиктинское аббатство, расположенное в том же регионе, у Милыптатта; здешняя церковь обильно украшена в стиле барокко — вдохновителем такого убранства интерьера был религиозный орден.
Католическая церковь прибегала и к другим способам вдохнуть новую жизнь в прежние религиозные обряды и вновь привлечь к себе народы Европы после Реформации, в частности поощряла различные инсценировки крестных мук Христа и связанных с этим событий — так называемые страсти Господни. Самой известной среди подобных театрально-религиозных представлений является постановка страстей Господних в Обераммергау в Баварских Альпах — ее показывают (приблизительно) каждые десять лет начиная с 1634 года, когда в ознаменование избавления города от Черной смерти состоялось первое представление. Драматическое представление рассказывает о страстях Христовых, и в эпической постановке участвуют свыше двухсот пятидесяти исполнителей, взрослых и детей, а идет она весь день. С течением веков пьеса претерпевала изменения: сцены, где евреев изображали рогатыми чертями, выкинули, не поднимая особой шумихи; в 1990 году женщинам впервые дозволили исполнять роли в спектакле (до того в образе Девы Марии выступал мужчина). До 2000 года в представлении участвовали исключительно немцы и католики, поскольку все прочие были изгнаны из деревни Обераммергау. В настоящее время инсценировки страстей Господних осуществляют на сцене огромного современного театра, частично находящегося под открытым небом. (Если не считать того времени, когда идут представления страстей, то Обераммергау — тихий городок, где стены магазинчиков для туристов и жилых домов разукрашены сценками из сказок, например, на одной фреске Гензель и Гретель погружаются в безмятежный альпийский сон.)