В сентябре 1919 года Балтийский флот направил в распоряжение 8-й армии Южного фронта 1-й экспедиционный отряд в пятьсот матросов, который сразу же «с колес» вступил в боевые действия с деникинцами.
К весной 1919 года, получив на некоторое время выход к берегу Черного моря, Советская власть начала воссоздание Черноморского флота. Разумеется, серьезных задач этот импровизированный флот выполнять не мог, но прикрыть берега от противника был уже ограничено способен. В его состав входили Севастопольской и Одесский порты, бригада и дивизион тральщиков, суда морской обороны побережья Крыма, в составе нескольких вооруженных шхун), вооруженные катера и транспортная флотилия, а также вспомогательные подразделения в Севастополе, Одессе, Николаеве и Очакове, а также несколько вооруженных пароходов составлявших Нижне- Днепровскую флотилию. Береговые части Черноморского флота составлял сводный отряд морских команд (до ста человек) и 4-й Очаковский черноморский полк (до 500 человек). При общей численности флота свыше 3200 человек, только 1700 человек являлись кадровыми офицерами и матросами. Однако существование этого Черноморского флота было недолгим. Уже в июне белая армия развернула наступление с Керченского полуострова в глубину Крымского полуострова и при поддержке английских кораблей заняли ряд пунктов на побережье. Части Красной армии 26 июня оставили Севастополь, Одессу и Очаков. Лишившись баз, Черноморский флот снова прекратил свое существование.
Как и раньше, в 1919 году матросские отряды активно использовались в карательных акциях. Так в середине марта 1919 года, для подавления мятежа казаков в верхнедонских станицах в тылу войск Южного фронта РККА, был привлечен 3-й отдельный батальон морской пехоты. В апреле этот матросский батальон вошел уже в состав экспедиционных войск 9-й армии. До конца мая батальон действовал против мятежников как самостоятельная боевая единица Южной группы экспедиционных войск 9-й армии. Затем вместе с интернациональным батальоном был сведен в 1-й сводный стрелковый полк и участвовал в боевых действиях на левом берегу реки Хопер В подавлении вооруженных выступлений противников Советской власти в тылу частей Южного фронта отводилась и десантным отрядам моряков Волжско-Каспийской военной флотилии, которые входили в состав Экспедиционного корпуса 11-й армии. Так, первая группа, в состав которой входили 4-й отряд и часть 1-го отряда, кавалерийский дивизион и отряд моряков-разведчиков, в зимних условия продвигалась через калмыцкие степи из района Енотаевска по направлению Ставрополя, успешно ликвидировала отряды казаков, дезертиров и калмыцких националистов. В освобожденных районах, после ликвидации выступлений на Каспийском побережье в районе Черного Рынка и Кизляра, моряки проводили большую агитационно- пропагандистскую работу среди населения, создавали органы власти. На территории Вятской губернии против мятежников в августе-сентябре действовал продовольственный отряд из 200 балтийских моряков.
В районе Верхнего Дона, с апреля 1919 года действовал карательный отряд моряков в составе 155 человек, а также отдельная рота матросов в количестве 30 человек, входившие в состав экспедиционной дивизии 8-й армии. 6 мая из- за огромных потерь 8-й армии сорвалось наступление красных на Донском повстанческом фронте. В тот день восставшими казаками у Хутора Климовка был полностью разгромлен 3-й Кронштадтский матросский полк. В ходе этого боя донской казак Харлампий Ермаков лично зарубил шашкой 18 матросов. Этот бой донских казаков с балтийскими матросами увековечен в романе М.А. Шолохова «Тихий Дон». Главный герой романа Григорий Мелехов так же рубит шашкой революционных матросов, хотя и не в таком количестве, как его реальный прототип.
Во время подавления антисоветского мятежа в августе 1919 года большую роль сыграл, укомплектованный матросами-балтийцами 1-й революционный полк имени товарища Ленина, ранее участвовавший в обороне Баку. После падения Советской власти в Баку полк эвакуировался в Астрахань «для оказания вооруженной помощи органам власти в городе и некоторым сельским районам Астраханского края». В ночь на 16 августа одна из рот батальона участвовала в штурме штаба мятежников и аресте их руководителей.
В южных районах страны против восставших действовали различные сухопутные формирования моряков, о которых в архивах сохранились лишь разрозненные сведения. Так, весной 1918 г. в Воронеже дислоцировался отряд балтийских моряков под командованием М. Пантюхова. Моряки несли службу по охране порядка в городе, а 14 апреля подавили мятеж анархистов. Летом и осенью 1918 года в ликвидации вооружённых выступлений противников Советской власти на юге Тамбовской губернии участвовал Кирсановский морской батальон, сформированный как местное воинское подразделение, который к 15 сентября насчитывал уже 165 человек.
К сожалению, на юге России в 1919 году матросами совершалось и немало уголовных преступлений. Из отчета комиссии отдела пропаганды особого совещания при Главнокомандующем Вооруженными Силами на Юге России. Сводка сведений о злодеяниях и беззаконии большевиков от 17 апреля 1919 года, город Екатеринодар: «14 февраля 1919 года банда матросов и красноармейцев, человек пятьдесят, частью пьяных, прибыли вместе с подводами к лазарету № 1, где лежало около ста офицеров и партизан, тяжело раненных и больных. Большевики ворвались в палаты и, нанося раненым оскорбления, начали выносить их на носилках в одном нижнем белье на улицу и грубо сваливать друг на друга в сани. День был морозный и ветреный, раненые испытывали холод и просили позволить им одеться, но большевики, глумясь, заявили: «Незачем, все равно расстреляем», – причем ударили одного раненого по переломленной ноге шиною. По уходе большевиков в лазарете было обнаружено пустыми 42 койки. Часть больных скрылась, откупившись у большевиков за деньги, а остальные в тот же день были заколоты, изрублены и застрелены за городом и брошены без погребения… В последних числах марта, в один из приездов в город Таганрог большевистского «главверха» Южного фронта Антонова-Овсеенко, последний на вопрос Родионова, что ему делать с генералом Ренненкампфом, выразил удивление, что он до сих пор жив, и приказал расстрелять его… Во время занятия Новочеркасска большевиками архиепископ Донской и Новочеркасский Митрофан оставался в своих покоях. На другой день, 13 февраля, к нему ворвались четверо вооруженных матросов. Не снимая шапок, с папиросами в зубах, угрожая револьверами, они заявили в самой грубой форме, что должны произвести обыск. На предложение предъявить соответственное полномочие один из матросов подал удостоверение своей личности. Когда ему заметили, что в удостоверении не говорится о праве обыска, матросы заявили, что по такой бумаге они везде обыскивают. Войдя в кабинет и спальню архиепископа, матросы перерыли все. Ничего не обнаружив, они обратились к архиепископу и бывшему с ним протоиерею Артемьеву со словами: «Вы, товарищи, скажите по совести: есть у вас оружие или нет». Получив отрицательный ответ, они удалились. Через несколько часов явилась новая группа матросов, человек пятнадцать. На этот раз во время обыска матросы взяли все более или менее ценные вещи, вплоть до очков в золотой оправе. После обыска матросы заявили, что архиепископ арестован. Когда архиепископ, выходя из дому, перекрестился, по его адресу посыпались насмешки: «Молиться стал; думает, Бог ему поможет; хотя и не молись, какой там еще Бог». На извозчике архиепископ Митрофан был отвезен на вокзал в штаб. В штабе выразили удивление по поводу ареста. Когда же матросы заявили, что архиепископ проклинал большевиков, решили, что «это дело нужно разобрать», и архиепископа повели в Атаманский дворец. Его сопровождали те же матросы и толпа народа. Толпа и конвоиры требовали, чтобы арестованный, несмотря на преклонный возраст и высший сан, шел в город по грязи пешком. «Будет тебе в карете ездить, походи-ка пешком, раздавались возгласы, – новочеркасского бога ведут», «вот ему чего надо», кричал народ, потрясая кулаками. Когда утомившийся архиепископ попросил разрешения отдохнуть, ему предложили сесть в грязь, а когда он отказался, матрос воскликнул: «А, ты, буржуй, в креслах привык сидеть. Не хочешь на землю садиться, так иди». В Атаманском дворце допроса не состоялось, и архиепископ на этот раз был отправлен на гауптвахту, где его заключили в грязную одиночную камеру вместе с войсковым атаманом генералом Назаровым и еще одним офицером. Спать приходилось вдвоем на голой лавке, которая днем служила сиденьем. Через маленькое отверстие камеры все время раздавались брань и угрозы. Сначала к архиепископу беспрепятственно пропускали посетителей, затем эта льгота была прекращена; свободно допускались лишь те, кто являлся с явным намерением глумиться. Лишь через десять дней это заключение окончилось после приговора военно- революционного суда, признавшего архиепископа невиновным…»
Отдельный след в 1919 году оставили матросские подразделения находившиеся в Советской Одессе в 1919 году. Почти весь 1918 год в Одессе хозяйничали интервенты и белогвардейцы. 6 апреля 1919 года в Одессу вошли войска красного атамана Н.А. Григорьева. Накануне этого французские интервенты покинули город на кораблях и судах, а белогвардейские части и польские легионеры, бросив артиллерию, ушли в сторону Румынии.
Наиболее многочисленным подразделением, разместившимся в отбитой у французов и белогвардейцев Одессе, являлся т. н. революционный Черноморский полк матроса Стародуба – разношерстное сборище анархиствующих матросов бывшего Черноморского флота и примкнувших к ним местных люмпенов.
Поначалу матрос-анархист Стародуб командовал небольшим отрядом матросов-анархистов, дислоцировавшимся у Большого Фонтана. Однако со временем этот отряд стал ядром Черноморского батальона, во главе все с тем же Стародубом, состоявшим из пятисот матросов. Затем батальон пополнили и реорганизовали в полк. Что касается личности самого Стародуба то, к сожалению, о нем известно лишь то, что он был черноморцем.