Деятельность ЧК на фронтах и в армиях встречала подчас возражения со стороны комиссаров, создававшихся в тот период армейских политических органов. В таком реагировании сказывались в определенной мере последствия и отзвуки необъективных суждений о чекистской работе в ходе дискуссии о ВЧК. Так, деятельности Кедрова противостояли с одной стороны враги, а с другой — свои.
В первый период своего руководства Особым отделом ВЧК Кедрову пришлось столкнуться с открытым саботажем медицинских работников. В начале 1919 года по всей стране была объявлена мобилизация медицинского персонала для отправки на фронт. Эту мобилизацию некоторые медицинские работники встретили в штыки. Под разными предлогами они не являлись на медкомиссии для освидетельствования или предъявляли «документы», освобождающие от призыва в армию за «непригодностью». Такой «документ» в те времена нетрудно было купить на Сухаревском рынке. В середине мая 1919 года группа работников Особого отдела ВЧК во главе с М. С. Кедровым была направлена в Петроград, с заданием обезвредить силы внутренней контрреволюции, связанной с иностранными миссиями. Незадолго до этого были подавлены восстания на фортах Серая Лошадь и Красная Горка. Для проведения этих операций Кедров имел мандат от Дзержинского, дававший ему широкие полномочия. В состав группы входили работники следственного органа Особого отдела ВЧК Владимир Дмитриевич Фельдман, Иоган Фридрихович (Иван Федорович) Тубала, старший сын Кедрова Игорь Михайлович и несколько латышских стрелков. Позднее в Петроград приехал заместитель Кедрова по особому отделу Иван Павлович Павлуновский. Вся работа группы осуществлялась через Петроградскую ЧК, которую возглавлял тогда Филипп Демьянович Медведь (все вышеуказанные чекисты в конце тридцатых были расстреляны).
М. С. Кедров разработал остроумный и весьма эффективный план вылавливания Петроградских контрреволюционеров. Идея плана основывалась на том, что многие иностранные посольства и миссии в Петрограде превратились в своеобразные центры контрреволюции. Для врагов советской власти они стали местом явок. Здесь они получали оружие и продовольствие, информацию. По всему городу одновременно были произведены массовые обыски в буржуазных кварталах, в пустующих зданиях, подвалах и на чердаках. Операция была неожиданной для контрреволюционных заговорщиков, и это способствовало ее успеху. Иностранные посольства и миссии в обычных условиях пользуются правом экстерриториальности. Но в данном случае иностранные послы и консулы столь грубо попирали все нормы международного права, так нагло и открыто вмешивались во внутренние дела нашей страны, что выход оставался единственный. Решено было одновременно занять все без исключения иностранные миссии и посольства и устроить там засады, задерживая всех приходящих. Расчет оказался правильным. За несколько суток удалось захватить большое количество бывших офицеров, членов знатных фамилий и других лиц, участвовавших в подготовке контрреволюционного выступления в Петрограде.
Кедров сам участвовал в организации засад, а затем и в допросе арестованных. При этом Михаил Сергеевич строго следил за тем, чтобы в отношении кого бы то ни было не допускались грубость и насилие. Сам Кедров по отношению к арестованным держался очень корректно.
— Моя группа стала производить обыск в доме номер четыре по Строгановской улице, в особняке швейцарской миссии, — вспоминал впоследствии Кедров. — В кладовках у «нейтральных» швейцарцев оказалось шестьдесят девять револьверов разных систем, один маузер, четыре охотничьих ружья, много опечатанных в ящиках патронов и снаряженных обойм…
Группа Кедрова уже в другом месте обнаружила замурованные в подвале двести с лишним ящиков и сейфов с серебряными изделиями фирмы Фаберже и несметное количество часов разных марок, сданных на хранение питерскими капиталистами.
— Оружие и боеприпасы пошли на дело обороны. То, что принадлежит местным коммерсантам, передадим Госбанку, а все остальное — на усмотрение Народного комиссариата иностранных дел, — говорил Кедров.
Проверка задержанных во время обысков, расследование дел участников офицерской заговорщической организации в Кронштадте дали массу ценных данных о подрывной работе контрреволюционеров на Петроградском фронте, что способствовало последующему разоблачению Петроградского отделения монархической организации «Национальный центр».
Чекисты ликвидировали ряд вражеских гнезд. Входе обысков было изъято 6625 винтовок, 644 револьвера, станковые пулеметы, более 140 тысяч патронов, ручные гранаты, взрывчатка. Вражеский замысел взорвать Петроградскую оборону изнутри провалился.
Обстановка в те напряженные дни 1919 года и тактика вражеских шпионов требовали усиления контроля за передвижением в прифронтовой зоне. На это М. С. Кедров обращал особое внимание военных чекистов. Проверка подозрительных лиц, а при необходимости и их обыск давали положительные результаты. В середине июня недалеко от Луги близ линии фронта красноармейский наряд попытался задержать неизвестного в военной форме, который пробирался в сторону противника. Тот, отстреливаясь, бросился бежать. Однако был поражен метким выстрелом. У убитого обнаружили документы на имя Александра Никитенко и пачку дорогих папирос. При их тщательном осмотре в одном из мундштуков была найдена записка с зашифрованными шпионскими сведениями, адресованными одному из сподвижников Юденича, белогвардейскому генералу Родзянко. Записка имела подпись «Вик». Через несколько дней близ линии фронта были задержаны двое, пытавшихся нелегально пробраться в Финляндию. У них нашли шпионские донесения с подписью «Вик».
Кедров лично руководил розыском «Вика». И они увенчались успехом. Им оказался крупный деятель кадетской партии, бывший член Городской Думы, глава патентной фирмы «Фосс и Штейнингер» Вильгельм Иванович Штейнингер. Являясь членом руководства Петроградского отделения контрреволюционного «Национального центра», он направлял действия заговорщиков, при этом ловко заметал свои следы. В засаду, оставленную на квартире Штейнингера, вскоре попался бывший генерал Махов. При допросе 30 июля Штейнингер показал: «…генерал Махов Михаил Михайлович — представитель Юденича». Кроме того, Штейнингер выдал и ряд других лиц, что дало возможность и дальше разматывать клубок шпионских организаций.
В шифровальном письме от 14 июля 1919 года Штейнингера имелись указания на существование белогвардейской организации в Москве. Произведенные в Москве обыски и аресты обнаружили существование двух организаций белогвардейцев: политической, возглавлявшейся кадетами, и военно-технической, вербовавшей своих сторонников из старого офицерства. Весомые результаты дал обыск, произведенный у известного московского кадета, бывшего члена Государственной Думы III и IV созывов, крупного домовладельца Н. Н. Шепкина, у которого на дворе в деревянной стене в жестяной коробке были найдены собственноручное донесение Деникину о дислокации наших войск, шифры, различные удостоверения.
Большое внимание Михаил Сергеевич Кедров уделял укреплению кадрового состава особых отделов. Не заслуживающие доверия лица отсеивались.
27 марта 1919 года на заседании СНК М. С. Кедров был утвержден членом комиссии Народного комиссариата внутренних дел. Таким образом, на Кедрова была возложена вся полнота ответственности за положение дел в особых отделах.
Михаил Сергеевич был обаятельным человеком. Простой и скромный, он все время ходил в гимнастерке и сапогах. Никогда не кичился своими заслугами. Так говорили о нем те, кто работал с ним в двадцатые годы. За честность, прямоту и удивительное трудолюбие Кедрова очень уважал и любил Дзержинский. Не имея собственной жилой площади в Москве, Михаил Сергеевич скитался по городским гостиницам. И когда он обратился к Дзержинскому за помощью, Феликс Эдмундович написал записку: «Дать тов. Кедрову квартиру. Она ему нужна не столько для проживания, сколько для работы».
М. С. Кедров с первых шагов деятельности особых отделов отводит подобающее место правовым вопросам. Он стремится к максимально возможному в условиях Гражданской войны использованию права для борьбы с контрреволюционным подпольем и шпионажем. Ему всегда было чуждо сухое, бездушное, формальное отношение к делу, каким бы оно ни являлось. Везде он искал новых путей, новых интересных форм работы, отдавая ей свой блестящий организаторский талант, ум и горение. Работу чекиста, беспощадного к врагам, Михаил Сергеевич удивительно умел сочетать с решением высокогуманных задач борьбы за жизнь и счастье людей, ради чего он не щадил самого себя. За борьбу с контрреволюцией Кедрову было присвоено звание Почетного чекиста и выдан ценный подарок — рояль лучшей марки, на котором он играл многие годы. Деятельность Кедрова за годы Гражданской войны была высоко оценена советской властью. В декабре 1927 года он награжден орденом Красного Знамени.
Кедров сумел, преодолевая противоречивые мнения военных авторитетов, выбрать и предложить Ф. Э. Дзержинскому, коллегии ВЧК единственно правильное решение в организации военной контрразведки Красной армии. Немногим более полугода возглавлял он советскую военную контрразведку, но за это короткое время она превратилась в четко функционирующий боевой орган. В успешном выполнении задач ограждения Красной армии и флота от происков контрреволюции и иностранных шпионов в годы Гражданской войны, которое обеспечивали особые отделы, есть несомненная заслуга их первого руководителя.
В 1921–1922 годах М. С. Кедров выполнял поручения Совета Труда и Обороны, а также ГПУ — ОГПУ на Южном Каспии, в Закавказье и на Нижней Волге. Знакомясь с работой Азербайджанской ЧК, председателем которой был Багиров, а его заместителем — Берия, Кедров обнаружил грубейшие нарушения революционной законности и произвол со стороны Берии. Принципиально оценив конкретные факты, Кедров решил сообщить о них специальным письмом на имя Ф. Э. Дзержинского в Москву. В письме указывалось, что Берия арестовывал и привлекал к уголовной ответственности невиновных людей по явно непроверенным, а иногда и сфальсифицированным материалам и в то же время необоснованно прекращал уголовные дела на лиц, в отношении которых имелись неопровержимые доказательства их враждебной деятельности