Несмотря на то что «Марат» перестал существовать как линейный корабль, было очень заманчиво использовать то, что от него осталось (три башни главного калибра), в качестве мощной плавучей батареи. К концу октября 1941 г. кормовую часть «Марата» частично осушили и отремонтировали, а башни главного калибра № 3 и № 4 ввели в строй. 31 октября корабль открыл огонь 305-мм снарядами по позициям противника на южном побережье Финского залива. 120-мм орудия сняли с корабля и отправили на сухопутный фронт. К концу 1942 г. ввели в строй и вторую башню главного калибра; таким образом, вооружение «Марата» состояло из трех 305-мм башен и восьми зенитных орудий. Последний раз корабль открывал огонь 17 января 1944 г.
Одной из целей пикировщиков был крейсер «Киров», стоявший в Средней гавани. Но атаковавший корабль Ю-87 с 1000-кг бомбой был сбит зенитчиками крейсера. 100-мм орудия «Кирова» выпустили 693 дистанционные гранаты — свыше 115 на орудие, 45-мм пушки — 827 и 37-мм автоматы — 370 снарядов. В этот день в 14.30 корабль все-таки получил два прямых попадания 250-кг бомб. Одна бомба попала в палубу полубака правого борта и взорвалась при прохождении через каюты начсостава. Вторая, пробив верхнюю палубу, упала на нижнюю броневую палубу и не взорвалась. Погибли 3 моряка, 12 — ранены. Возник пожар, но его удалось быстро ликвидировать. После отбоя тревоги в одной из кают была обнаружена неразорвавшаяся авиабомба, матросы открыли иллюминатор и выбросили ее за борт.
Шесть Ю-87 в 11.15 одновременно атаковали лидер «Минск», маневрировавший малым ходом. В корабль, только накануне завершивший ремонт, попали три бомбы. Через пробоины корабль начал заполняться водой. «Минск» потерял ход, накренился на 8º на левый борт и стал медленно дрейфовать в направлении Ленинградского маяка. Около 13 часов корабль сел кормой на мелководье вблизи берега. Водоотливных средств оказалось недостаточно, к тому же все котлы были выведены из рабочего состояния. Подошедшие буксиры сняли лидер с мели и через час ввели его в Военную гавань к Южной стенке. Здесь продолжились попытки откачать воду. В 21.30 последовал новый налет пикирующих бомбардировщиков, и вновь 250-кг бомба разорвалась в 40 м от поврежденного «Минска». При подводном взрыве была разрушена наружная обшивка борта, в ней образовались новые пробоины. Корабль залило образовавшейся от взрыва волной. Лидер начал погружаться и, оборвав заведенные концы, затонул на глубине 8 м.
В линкор «Октябрьская Революция» попали две бомбы, но корабль серьезных повреждений не получил.
В доке рядом с «Грозящим» опять разорвалась бомба, осколки которой пробили топливную цистерну, в которой находилось 200 т мазута. Вытекшее топливо загорелось, и вскоре пожар охватил всю кормовую часть корабля. Чтобы потушить пожар, командир эсминца принял решение заполнить осушенный док водой. Вода сбила огонь, после чего док вновь осушили. Были попадания в Морской завод, ночью от полученных повреждений затонула подводная лодка М-74.
После этого налета командование флотом решило усилить ПВО Кронштадта 24 августа на аэродром Бычье Поле перелетел 71-й истребительный полк, в воздухе над Кронштадтом теперь постоянно патрулировали 9 истребителей. 26-го на Котлин из Ораниенбаума прибыл 6-й полк зенитной артиллерии.
Поэтому атаковавшие 26 августа с западного направления 12 «юнкерсов» были встречены таким плотным огнем, что, поспешно сбросив бомбы, ушли.
Последний массированный налет немецкие самолеты нанесли 27 сентября. В нем участвовали 42 самолета, которые зашли, как и 23-го, с юга. В результате попадания 500-кг бомбы была выведена из строя 2-я башня линкора «Октябрьская Революция», а от разрывов бомб у борта были затоплены 8 бортовых отсеков.
Именно в этот день, 27 сентября, германское командование отказалось от штурма Ленинграда. Ставка делалась на блокаду города. Пикировщики Ю-87 были переброшены из-под Ленинграда.
За эти дни флот лишился линкора «Марат», лидера «Минск», эсминца «Стерегущий», сторожевого корабля «Вихрь», канонерской лодки «Пионер», подводной лодки М-74. Линкор «Октябрьская Революция», крейсер «Киров», три эсминца, минный заградитель и еще ряд кораблей получили повреждения. Из трагических событий сентября 1941 г. командование сделало соответствующие конструктивные выводы. За все оставшиеся годы блокады Ленинграда на Неве и в Кронштадте ничего подобного советская ПВО противнику уже не позволила, хотя скученно стоявшие без движения корабли представляли собой идеальные мишени.
Что касается потопленных кораблей, напомним, что «Марат» уже с осени 1941 г. использовался как плавучая батарея, «Минск» и «Стерегущий» были подняты, восстановлены и вступили в строй.
Задача уничтожить корабли Балтийского флота с воздуха оказалась непосильной для немецкой авиации.
Одновременно с ударами авиации по нашим кораблям фашистское командование сосредоточило в устье Финского залива эскадру крупных кораблей. Гитлера преследовала навязчивая идея (выраженная уже в директиве № 21). Она состояла в том, что крупные советские корабли попытаются пробиться в шведские порты, чтобы там интернироваться. Фюрер приказал не допустить этого любыми средствами. В соответствии с данным приказом 20 сентября, когда немецкая армия достигла уже предместьев Ленинграда, был сформирован «Балтийский флот». К Аландским островам пришли под командованием вице-адмирала Цилиакса линейный корабль «Тирпиц», тяжелый крейсер (карманный линкор) «Адмирал Шеер», легкие крейсера «Кельн», «Нюрнберг» с эсминцами Z-25, Z-26, Z-27, 2-й флотилией миноносцев (в составе 5 единиц) и 3-й флотилией ТКА. Южная группа — легкие крейсера «Эмдси», «Лейпциг» и торпедные катера — передислоцировалась в Либаву.
Это был единственный случай, когда немцы вывели в Балтийское море свои крупные надводные корабли в таком количестве, намереваясь использовать их против советского флота.
Несколько дней спустя выяснилось, что советские линкоры и крейсера стоят в Ленинграде и Кронштадте, ведут огонь но немецким войскам и никуда прорываться не собираются. После этого «Балтийский флот» был расформирован. «Тирпиц», «Адмирал Шеер», два эсминца и пять торпедных катеров вернулись в Германию.
25 сентября командующий группой армий «Север» генерал-фельдмаршал фон Лееб отдал приказ о прекращении наступательных действий. 27 сентября фронт под Ленинградом стабилизировался.
Немцы и финны просматривали рейды и гавани Кронштадта с обоих берегов, держать там крупные корабли было крайне опасно. Военный совет КБФ принял решение перевести корабли, в первую очередь поврежденные, в Ленинград, а в Кронштадте держать часть сил, обеспечивающих боевую деятельность.
В ночь с 23 на 24 сентября крейсер «Киров» перешел в Ленинград и встал к правому берегу Невы у 19-й линии Васильевского острова. 30 сентября в Ленинград ушли эсминцы «Гордый» (на Балтийский завод для ремонта) и «Сильный», 1 октября — «Суровый», а затем и отряд заграждения. 3 октября был отбуксирован в Ленинград к Балтийскому заводу «Грозящий».
Стоянка в блокированном городе не лучшим образом действовала на экипажи кораблей. В приказе комфлота № 05 от 18 октября по результатам проверки кораблей отмечалось, что на ряде кораблей личный состав находится в грязном обмундировании, небрит и нестрижен, помещения не убираются, окурки по всему кораблю, боевая подготовка не проводится. Этим же приказом поручалось сформировать и обучить строевые подразделения из расчета: линкор «Октябрьская Революция» и крейсера — по батальону, «Марат» — две роты, лидеры и эсминцы — по одной роте.
23 октября ушел в Ленинград линкор «Октябрьская Революция». До 22 октября корабль, находясь в Кронштадтской гавани, провел 110 стрельб, выпустив 880 снарядов главного калибра. По целям в районе Нового Петергофа были выпущены 133 120-мм снарядов. По оценкам армейского командования, линкор уничтожил несколько батарей (в том числе три — тяжелых орудий), бронетанковых и автомобильных колонн, много живой силы.
Для упорядочения организации и наилучшего содействия Ленинградскому фронту приказом командующего КБФ от 29 сентября МОЛ и ОР была расформирована и создана Ленинградская военно-морская база, в которую вошли Отряд кораблей р. Нева, ОВР Невской губы, отряд особого назначения (12 транспортов и 5 ледоколов), дивизион железнодорожной артиллерии, Укрепленный сектор р. Невы, НИМЛП и другие подразделения. Командиром ВМБ назначен контр-адмирал. Ю.А. Пантелеев.
Не сумев штурмом овладеть Ораниенбаумским плацдармом, противник продолжал обстреливать позиции наших войск и особенно Ораниенбаумский порт, через который шла эвакуация 8-й армии и снабжение защитников плацдарма. Порт, находившийся недалеко от линии фронта, хорошо просматривался немецкими артиллеристами. 30 сентября в результате попадания множества снарядов, получив 2 подводные и 6 надводных пробоин, затонул и сел на грунт в Ораниенбаумской гавани крейсер «Аврора». 1 октября от огня немецкой полевой артиллерии затонули два транспорта.
Восстановление сухопутных коммуникаций вдоль южного побережья значительно улучшило бы положение войск на Ораниенбаумском плацдарме. Командование Ленинградским фронтом планировало операцию по деблокированию 8-й армии и всего плацдарма. Ее войска должны были ударить вдоль побережья из района Петергофа. Навстречу им от Лигово должны были наступать войска 42-й армии. 1 октября корабли и береговые батареи, поддерживая наступление 8-й армии на Петергоф, в течение полутора часов выпустили 1192 снаряда калибра 100 — 305-мм, на следующий день еще 433 снаряда. Но операция была неудачной.
Десанты в район Стрельна и Новый Петергоф позволили бы выбить противника с южного побережья и содействовать наступлению. Поэтому перед флотом была поставлена задача — высадить тактические десанты в районе Петергофа.
Наступление 42-й армии должно было начаться 3 октября. В ночь на 3 октября в районе стрельнинского завода «Пишмаш» силами ОВРа Ленинградской военно-морской базы была высажена усиленная рота 6-й отдельной бригады морской пехоты (225 человек). После высадки связь с ней прекратилась — по-видимому, все десантники погибли. Но операция продолжалась, и в этот же район были высажены новые десанты.