28 сентября казаками был взят Орск. Таким образом, территория Войска была на некоторое время полностью очищена от красных. Этот успех во многом принадлежал самому Атаману Дутову, который, несмотря на сильную оппозицию, сумел удержать единоличную власть в своих руках и подчинить себе прежде независимые отряды, приведя их к традиционному виду казачьих частей. В то же время по освобождении территории Войска большинство казаков посчитало свою задачу выполненной и стремилось разойтись по станицам и заняться своим хозяйством.
За взятие Орска Дутов по решению Войскового Круга 1 октября был произведен в генерал-лейтенанты; официально производство было осуществлено «за заслуги перед Родиной и Войском», а 4 октября оно было утверждено Верховным Главнокомандующим генералом Болдыревым.
Отход белых из Поволжья превращал территорию Оренбургского Казачьего Войска в прифронтовую полосу. В Ставке было принято решение о преобразовании имевшихся в этом районе казачьих и армейских формирований в отдельную армию, получившую название Юго-Западной. Командующим армией был назначен наиболее авторитетный для казаков военный деятель – генерал-лейтенант Дутов. Юго-Западная Армия была образована 17 октября, главным образом из частей Оренбургского Казачьего Войска, впрочем, в ее состав вошли также Уральские и Астраханские казачьи части, хотя в одно время с Юго-Западной существовала и Уральская Армия. Штаб Юго-Западной Армии осуществлял лишь общее руководство операциями Уральцев. По данным на 28 декабря 1918 года, Армия насчитывала 10 892 штыка и 22 449 сабель, причем из этого числа 2 158 штыков и 631 сабля находились в резерве Верховного Главнокомандующего.
Общей задачей Армии было сдерживать наступление красных, причем на бузулукском направлении предполагалась пассивная оборона на укрепленных позициях (на самом деле их не было) до окончания формирования Оренбургской казачьей сводной дивизии, после чего, вероятно, предполагалось наступление. Уральская группа должна была обороняться на саратовском направлении и прикрывать Уральскую область, а также войти в связь с Астраханским Казачьим Войском и войсками полковника Л. Ф. Бичерахова, действовавшими на западном берегу Каспийского моря. Лишь Ташкентская группа полковника Ф. Е. Махина после перегруппировки должна была перейти в решительное наступление и взять город Актюбинск, приготовившись «к безостановочному продвижению на Ташкент». Однако боевое счастье изменило Дутову. 29 октября пал Бузулук, а со второй половины ноября красные повели наступление на Оренбург.
18 ноября к власти пришел адмирал А. В. Колчак. По некоторым данным, в качестве возможных претендентов на пост Верховного Правителя сторонники свержения Директории называли Дутова, генерала Болдырева и Атамана Семенова, в частности, за кандидатуру Дутова выступал Войсковой Атаман Сибирского Казачьего Войска генерал П. П. Иванов-Ринов.
Одним из первых военных и политических лидеров на Востоке России, уже 20 ноября, признал верховную власть Колчака Атаман Дутов, что во многом повлияло на выбор других. Были и недовольные переворотом. Сразу после омских событий в Оренбурге было получено воззвание эсеров с протестом против низложения Директории и с призывом объединиться в борьбе против Колчака. Причина обращения оппозиционеров к Дутову понятна – оренбургский Атаман и командующий войсками Юго-Западной Армии располагал в то время довольно крупными вооруженными силами и мог не только морально, но и вполне реально воздействовать на других политических деятелей. Как впоследствии отмечал его помощник генерал И. Г. Акулинин, «поддержка атаманом Дутовым той или другой стороны в те дни имела первенствующее значение». Однако, поскольку Дутов уже признал верховную власть Колчака, на его содействие эсеры рассчитывать не могли.
23 ноября 1918 года Атаман Г. М. Семенов направил премьер-министру П. В. Вологодскому, Верховному уполномоченному Директории на Дальнем Востоке генералу Д. Л. Хорвату и Атаману Дутову телеграмму, в которой указал, что в качестве кандидатур на пост Верховного Правителя приемлет только генералов Деникина, Хорвата или Дутова. Выдвижение кандидатуры Александра Ильича было инициативой самого Семенова, Дутов об этом не знал, однако такая инициатива его в какой-то степени компрометировала перед верховной властью. 1 декабря Дутов направил Семенову письмо, в котором призвал признать Колчака.
С приходом Колчака к власти социалисты предприняли ряд безуспешных попыток реванша. Одной из наиболее опасных для Белого движения можно назвать заговор против Атамана Дутова в Оренбурге, в числе организаторов которого были представители нескольких разноплановых и достаточно влиятельных политических сил: член ЦК Партии социалистов-революционеров (ПСР) В. А. Чайкин, башкирский лидер А.-З. Валидов, казахский лидер М. Чокаев, член ПСР, командующий Актюбинской группой, полковник Ф. Е. Махин и Атаман 1-го военного округа Оренбургского Войска полковник К. Л. Каргин. Захватив власть, заговорщики могли расколоть антибольшевицкий лагерь на Востоке России и тем самым привести к падению всего Восточного фронта.
Свержение Дутова для оппозиции могло стать символом скорой победы и над самим Колчаком. А.-З. Валидов, судя по его воспоминаниям, ненавидел Колчака больше, чем многие эсеры, и открыто называл его своим врагом. Противоречия резко усилились после обнародования 21 ноября приказа Верховного Правителя о ликвидации казахского и башкирского правительств и о роспуске башкиро-казахского корпуса. 22 ноября в командование корпусом вступил сам Валидов. По мнению помощника Дутова, генерала Акулинина, башкирский лидер вел постоянные переговоры по прямому проводу с членами Учредительного Собрания в Уфе. Для координации подпольной работы в Оренбург прибыл Чайкин. Валидов позднее писал о событиях тех дней: «Единственное, что можно было сделать для победы демократии – это, договорившись с верными демократической идее уральскими и оренбургскими казаками, отстранить генерала Дутова».
6 ноября и 25 ноября Валидов лично инспектировал верные ему части на фронте, где и встретился с будущими заговорщиками полковниками Махиным и Каргиным. Оба отличались левыми взглядами, причем первый был членом партии эсеров, а второй до революции некоторое время находился под негласным надзором полиции.
Таким образом, заговор стал складываться как минимум с 25 ноября. Такого же мнения придерживался и М. Чокаев, утверждавший, что «…переворот этот мог быть задуман только после прихода к власти адмирала Колчака». Однако высказывание Валидова о том, что план заговора «готовился в течение нескольких месяцев», противоречит предыдущей цитате. В этом случае начало формирования заговора можно отнести к периоду августа – сентября 1918 года – времени наиболее острого противостояния между самарским правительством и Дутовым, приход же к власти Колчака лишь усилил консолидацию левой антиколчаковской и антидутовской оппозиции.
Приказ об аресте бывших членов Комуча и их союзников был отдан адмиралом Колчаком 30 ноября. В ночь с 1 на 2 декабря заговорщики провели свое единственное совещание в Оренбурге в здании Караван-Сарая – резиденции башкирского правительства. На совещании, по воспоминаниям одного из его участников, присутствовали Валидов, Чокаев, Махин, Каргин и Чайкин, по мнению же генерала Акулинина, там были также члены башкирского правительства, местные социалистические лидеры и несколько офицеров башкирских полков. Впрочем, к последнему свидетельству следует относиться достаточно осторожно, так как Акулинин не мог в точности знать состав присутствовавших. На совещании заговорщики утвердили состав будущего объединенного правительства трех стран (Казахстан, Башкурдистан, Казачье государство). Махин должен был стать Главнокомандующим, Каргин – Войсковым Атаманом Оренбургского Казачьего Войска (вместо Дутова), Башкурдистан представлял бы Валидов, Казахстан – представитель Алаш-Орды в Оренбурге С. Кадирбаев и Чокаев (должен был получить пост министра внешних связей), Чайкину также предполагалось предоставить должность в этом правительстве. Во время совещания в Оренбурге были расквартированы четыре башкирских стрелковых полка (1-й, 2-й, 4-й и 5-й), Атаманский дивизион Оренбургского Казачьего Войска, 1-й Оренбургский казачий запасный полк, в котором обучались молодые казаки, конвойная сотня и караульная рота, а также артиллерийские и технические части. При опоре на башкирские части у заговорщиков были основания рассчитывать на победу.
Однако поручик А.-А. Велиев (Ахметгали), татарский купец из Челябинска, донес о тайном совещании коменданту Оренбурга капитану А. Заваруеву. Тот, в свою очередь, предупредил об этом Главного начальника Оренбургского Военного Округа генерала Акулинина. Сразу же были приведены в боевую готовность Атаманский дивизион и запасный полк, установлено наблюдение за Караван-Сараем и казармами башкирских частей, в распоряжение коменданта города вызваны русские офицеры, служившие в башкирских полках. В течение ночи заговорщики собирали верные части на железнодорожной станции Оренбург, находившейся в их руках. Однако, поняв, что инициатива перешла к сторонникам Дутова, Валидов в полдень 2 декабря выехал из города, захватив все имевшиеся в наличии вагоны. Попытка заговора не удалась. Дутов сумел удержать войска под своим контролем, разрушив планы социалистов.
Атаман достаточно жестко боролся не только с реальной оппозицией, но и вообще с любыми угрозами своей власти. В начале 1919 года произошел его конфликт с членом Войскового правительства полковником В. Г. Рудаковым, в котором Дутов проявил себя далеко не с лучшей стороны. С середины ноября 1918 по март 1919 года Рудаков, входивший в состав правительства и бывший специалистом по снабжению, находился в командировке в Омске, а затем на Дальнем Востоке. Еще до его возвращения Дутов на заседании Войскового правительства поднял вопрос о деятельности Рудакова. 17 февраля 1919 года Атаман выступил перед депутатами 3-го очередного Войскового Круга в Троицке с речью, в которой заявил, что Рудаков «выехал в Читу и вел с Атаманом Семеновым переговоры, не имея на это никаких полномочий. Потом он отправился во Владивосток также без разрешения. Состоя уполномоченным по продовольствию, Полковник Рудаков не сдал отчетов, а между тем денежные обороты по продовольственным операциям превышают десятки миллионов рублей и имеются данные о разных злоупотреблениях». Кроме того, Рудаков, как утверждал Александр Ильич, превысил полномочия, действуя у Семенова от имени самого Дутова, а затем не подчинился приказу последнего вернуться в Войско и самовольно уехал во Владивосток, откуда прислал телеграмму о сложении с себя полномочий члена правительства. По решению Атамана Рудаков был выведен из состава Войскового правительства, снят со всех должностей и должен был быть доставлен в Троицк для расследования и предания суду. Круг после выступления Дутова принял решение просить Колчака о немедленной высылке Рудакова в Войско.