Вечером 11 августа строевые офицеры в беседе с Главнокомандующим еще раз обрисовали положение фронтовых частей, «бывших всецело в строевом, хозяйственном и техническом отношении на попечении англичан, и указали, что с уходом последних они останутся без всего, так как наш штаб не позаботился о своевременном оборудовании и подготовке их к самостоятельной жизни, обнаружив полное бездействие в этом отношении и предоставив все англичанам». Миллер, с большим вниманием выслушав командиров, объяснил, что не может принять на себя всю ответственность за предыдущую деятельность штаба, так как высшее командование находилось не в его руках. Он обещал исправить положение и позаботиться о духовном и материальном благополучии войск.
12 августа на объединенном заседании союзного и русского командования Миллер подтвердил свое решение остаться на Севере. Он заявил, что действительно сможет продержаться недолго, но и это короткое время, возможно, станет поворотным пунктом в судьбе России, и что, если потребуется, он будет продолжать борьбу до последней капли крови. Предложение Роулинсона о немедленной переброске русской армии на Мурман и эвакуации до 10 000 населения Области также были отвергнуты. Айронсайд резко заявил, что оставление русской армии в Области – чистейшая авантюра, поскольку за благонадежность русских частей нельзя было ручаться, да и в техническом отношении они совершенно не были подготовлены для самостоятельных боевых действий. С ним был согласен начальник союзной контрразведки полковник К. Торнхилл, заявивший: «Вашему Главнокомандующему надо было иметь гораздо более мужества, чтобы уйти из Архангельска, чем [чтобы] остаться в нем».
Категорически отвергнув эвакуацию русской армии вместе с союзниками или переброску всех сил на Мурман, всю ответственность за судьбу Области и оставшихся войск генерал Миллер взял на себя. Англичанам он сообщил, что предполагает провести несколько наступательных операций для прикрытия их эвакуации, а те, в свою очередь, обещали широкую поддержку техническими и материальными средствами. В те же самые дни, когда шло совещание по поводу эвакуации, на Двине заканчивалось наступление, начатое 10 августа. Оно увенчалось полным успехом: вся живая сила большевиков в этом районе была разгромлена, взято в плен 3 000 человек, вся артиллерия (18 орудий различного калибра) и множество пулеметов стали трофеями белых, получили повреждения три канонерские лодки большевиков. Потери русско-британских отрядов составили 145 убитых и раненых. Дорога на Котлас была свободна, разъезды безо всякого сопротивления доходили вдоль Двины до самой Тотьмы. Русский фронт ликовал, но… ему еще предстояло узнать, что вся эта операция нужна была союзникам лишь для того, чтобы отойти к Архангельску и эвакуироваться без напора противника.
Двинская операция была первым успехом после вступления Евгения Карловича 6 августа в должность Главнокомандующего войсками Северного фронта (Марушевский отчислялся в распоряжение Миллера; начальником Штаба Главнокомандующего назначался генерал М. Ф. Квецинский). 11 августа Миллер установил разделение фронта на районы: 1) Мурманский; 2) Двинский; 3) Пинежско-Мезенский; 4) Печорский. Командующим русскими войсками в указанных районах он присвоил права командиров корпусов с непосредственным подчинением ему, хотя пока они все еще оставались в оперативном подчинении союзному командованию.
В 20-х числах августа Миллер собрал офицеров гарнизона и объявил о своем решении продолжить борьбу в Северной Области. Он обещал принять все меры к спасению офицеров в случае худшего варианта развития событий и последним покинуть Область. Речь Миллера была встречена мрачно, офицеры с резкой критикой отнеслись к новым чинам Штаба, особенно Квецинскому. Стали ходить слухи даже о военном перевороте. Резко отрицательное отношение у офицеров вызвал и уход союзников: англичане прямо обвинялись в предательстве. Если Миллер при первом известии об эвакуации союзников мог только спросить у Айронсайда: «Неужели Верховный Совет предал Белое дело в России?» – то начальник Оперативного отдела Штаба Главнокомандующего, Генерального Штаба полковник Л. В. Костанди выразил отношение русских офицеров к союзникам более полно. Он попросил о встрече с Айронсайдом и в его кабинете, отдав честь, положил на стол британский орден, которым ранее гордился как наградой за выдающиеся заслуги в весеннем наступлении на Мурмане. «За две минуты он высказал… все, что думает о союзниках и их поведении. Потом снова отдал честь и вышел вон. Долго я сидел в полном молчании, глядя на отвергнутый орден, которым в свое время была отмечена беспримерная доблесть», – вспоминал Айронсайд. Свой поступок Костанди объяснял так: «…считаю ниже достоинства русского гражданина и офицера носить орден страны, представители которой вынуждаются своим правительством изменить данному им[и] слову и своим союзникам» (в свое время Айронсайд обещал оставаться на Севере столько, сколько будет нужно для упрочения положения белых). Однако Миллер, слывший большим дипломатом и склонный всегда искать компромиссы, отметил по этому поводу: «Не могу одобрить такое демонстративное выступление, так как выражение таким способом своего неудовольствия Английским правительством не могу считать соответствующим интересам России вообще. …Нам оставили средства для борьбы англичане, а не кто другой».
Перед последним этапом эвакуации английское командование действительно сдавало русскому интенданству богатые склады снаряжения и обмундирования. Но в то же время, руководствуясь своими пессимистическими прогнозами относительно скорого прихода в Область большевиков, англичане очень много военного имущества просто уничтожили. Оружие, снаряды, автомобили топились в Двине, аэропланы сжигались. Айронсайд признавал, что было затоплено два монитора и испорчено большое количество восьмидюймовых гаубиц. По докладу главного интенданта Временному Правительству, «ценность потопленного в Двине исчислялась в сотни тысяч фунтов стерлингов».
Перед своей эвакуацией англичане продолжали всеми доступными средствами убеждать и русское командование, и правительство прекратить борьбу, распустить солдат по деревням, а офицеров и желающих жителей вывезти из Области. В русских частях на Двине английским командованием проводился опрос для выявления желающих эвакуироваться, на улицах Архангельска вывешивались объявления, где населению предлагалась единственная мера спасения – записываться на огромные пароходы, прибывшие из Англии. «Бог помог: Северная Область не запятнала себя дезертирством… Она нашла в себе силы молчанием ответить на соблазнительные, шкурные зазывания английского командования», – писал Миллер в эмиграции. Мало того, русские войска под его командованием сделали все возможное для успешной эвакуации союзников, стабилизировав фронт перед их уходом. Наконец, 25 сентября 1919 года в своем оперативном приказе Миллер отменил подчинение союзному командованию командующих Мурманского и бывших Железнодорожного, Селецкого, Двинского и Пинежского районов.
26-е и ночь на 27 сентября были последними часами погрузки на суда и ухода из Архангельска английских войск, и в 4 часа утра 27-го вереница кораблей потянулась с рейда. До этого из Области уехали дипломатические представители, французы, американцы, итальянцы. По различным источникам, вместе с союзниками эвакуировались от 5 до 6 тысяч русских граждан и 1 845 русских военнослужащих.
В связи с уходом союзных войск Миллер, воспользовавшись исключительными правами Главнокомандующего, принял энергичные меры к очищению Архангельска от большевицких элементов, выслав до 1 200 человек на Иоканьгу, изолированный остров на Мурмане. Эта мера произвела сильное впечатление на население города, убедившееся в твердости оставшейся власти. Для усиления боеспособности Архангельского гарнизона все, имевшие право носить оружие, были призваны в Национальное Ополчение, возросшее до 2 000 человек. Кроме того, из штабных офицеров и чиновников была сформирована особая офицерская рота. 27 сентября, в день ухода союзников, Миллер объявил своим приказом осадное положение, отменив его через неделю и выразив благодарность населению за порядок и дисциплину, «проявленные в критический момент существования Области».
Перед окончательным уходом союзников Миллер счел нужным попрощаться с Айронсайдом и рано утром 27 сентября прибыл к нему на яхту со своим адъютантом. Впоследствии английский генерал вспоминал: «Он беседовал со мной и адмиралом… минут двадцать, но все мы чувствовали некоторую неловкость и натянутость в разговоре. Миллер благодарил адмирала и меня за то, что мы сделали для России, просил передать слова признательности лорду Роулинсону и британскому правительству. Затем я благодарил его за то, что он сделал для обеспечения безопасности нашей эвакуации. Я говорил Миллеру, что никогда не забуду его верности Отечеству и любезности по отношению ко мне… Я желал ему удачи в предстоящей кампании. В ответ на это он кивал». Затем Миллер с адъютантом сошли на берег. Айронсайд надеялся, что генерал обернется для прощального приветствия, но «он ни разу не оглянулся, глядя прямо перед собой, и вскоре они скрылись между домами. Да, это был очень гордый и отважный человек».
Через некоторое время адмиральская яхта снялась с якоря и медленно пошла по Северной Двине, нагоняя ушедшие вперед суда с английскими войсками. Генерал Миллер и его войска остались в одиночестве. Начался новый период в истории Северной Области.
Решимость продолжать борьбу с большевиками не мешала Миллеру оценивать состояние Области как крайне опасное. «С уходом союзников для Области создается весьма тяжелое положение, – телеграфировал он русскому посланнику в Белграде В. Н. Штрандману, – ввиду сравнительной малочисленности русских войск по отношению к большому протяжению линии фронта и неблагоприятного впечатления, производимого на молодые формирования оставлением союзников, в которых они видели надежную опору». Миллер просил содействия Штрандмана для задержки в Области Сербского батальона, присутствие которого он считал важным моральным фактором, – ведь, кроме них, никаких союзных контингентов не оставалось. При личном участии Королевича Александра просьба генерала была удовлетворена, и сербы поступили в его распоряжение как Главнокомандующ