29 августа за «попытку вооруженного восстания против Временного Правительства» генералы Деникин, Марков и генерал-квартирмейстер Штаба фронта генерал М. И. Орлов были арестованы по приказанию комиссара Юго-Западного фронта и заключены в Бердичевскую тюрьму. Почти месяц Деникин и Марков находились в Бердичеве, испытав за это время немало унижений и ожидая скорой расправы «военно-революционного» суда, которая чуть не произошла при переводе их в город Старый Быхов Могилевской губернии, где находились под стражей остальные «Корниловцы». Путь генералов бывшей Русской Армии по Бердичеву до вокзала 26 сентября 1917 года был ужасен. Разнузданная озверевшая толпа превзошла самое себя в гнусностях и издевательствах, так что прибыли они в Быхов забросанные грязью, некоторые с кровоподтеками. «Марков! Голову выше! Шагай бодрее!» – кричали «товарищи». Но Марков не терял присутствия духа – он, не переставая, резко отвечал на брань и окрики солдат. От самосуда генералов спасла только охрана из роты юнкеров 2-й Житомирской школы прапорщиков.
В Быховском заключении находились вместе с Корниловым около двадцати арестованных генералов и офицеров. Записи, сделанные в это время Сергеем Леонидовичем, говорят о настроении узников: «Зачем нас судят, когда участь наша предрешена! Пусть бы уж сразу расстреляли… Люди жестоки, и в борьбе политических страстей забывают человека. Я не вор, не убийца, не изменник. Мы инако мыслим, но каждый ведь любит свою Родину, как умеет, как может: теперь насмарку идет 39-летняя упорная работа. И в лучшем случае придется все начинать сначала… Военное дело, которому целиком отдал себя, приняло формы, при которых остается лишь одно: взять винтовку и встать в ряды тех, кто готов еще умереть за Родину».
Быховские узники были освобождены распоряжением последнего Верховного Главнокомандующего генерала Н. Н. Духонина, поскольку дальнейшее пребывание в Быхове грозило им расправой, которой вскоре подвергся сам Духонин. Утром 19 ноября генералы Деникин, А. С. Лукомский, И. П. Романовский и Марков отбыли на Дон (Корнилов двинулся ночью во главе Текинского конного полка), где в это время уже находился генерал М. В. Алексеев. Ехали по одному или по два, переодетыми. Марков искусно играл роль денщика при «прапорщике» Романовском. Деникин записал свои впечатления от встречи с Романовским и Марковым в Харькове: «Марков – денщик Романовского – в дружбе с “товарищами”, бегает за кипятком для “своего офицера” и ведет беседы самоуверенным тоном, с митинговым пошибом, ежеминутно сбиваясь на культурную речь. Какой-то молодой поручик, возвращающийся из отпуска в Кавказскую армию, посылает его за папиросами и потом мнет нерешительно бумажку в руке: дать на чай или обидится?»
В Добровольческой Армии генерал Марков развернулся во всю ширь своей натуры. Если поля сражений Японской и Первой мировой войн принесли ему заслуженную боевую славу, то в 1-м Кубанском походе имя Маркова стало поистине легендарным, рассказы о его безрассудной храбрости, блестящем исполнении военных задач любой сложности передавались из уст в уста. «Белый Витязь», «Бог войны», «Ангел-хранитель» – это только некоторые из эпитетов, которых он был удостоен. «Легко быть смелым и честным, помня, что смерть лучше позорного существования в оплеванной и униженной России», – этому своему выбору Сергей Леонидович остался верен до смерти. И хотя он погиб в самом начале Гражданской войны, его имя стало одним из символов Белого движения. По словам Деникина, «в его ярко индивидуальной личности нашел отражение пафос добровольчества, свободного от темного налета наших внутренних немощей, от разъедающего влияния политической борьбы. Марков всецело и безраздельно принадлежал армии. Судьба позволила ему избегнуть политического омута, который засасывал других.
…И когда в горячие минуты боя слышался его обычный приказ “Друзья, в атаку, вперед!” – то части, которыми он командовал, люди, которых он вел на подвиг и смерть, шли без колебаний, без сомнений. …Суровая и простая обстановка первых походов и в воинах, и в вождях создавала такую же упрощенную, быть может, военную психологию Добровольчества; одним из ярких представителей ее был Марков. “За Родину!” Страна порабощена большевиками, их надо разбить и свергнуть, чтобы дать ей гражданский мир и залечить тяжелые раны, нанесенные войной и революцией. В этом заключалась вся огромная, трудная и благодарная задача Добровольчества. …Конечно, Маркова, как человека вполне интеллигентного, не могли не интересовать вопросы государственного бытия России. Но напрасно было бы искать в нем определенной политической физиономии – никакой политический штамп к нему не подойдет. Он любил Родину, честно служил ей – вот и все».
24 декабря 1917 года Марков был назначен начальником Штаба Командующего Добровольческими войсками, а с января 1918-го принял должность начальника Штаба 1-й Добровольческой дивизии. На него легла обязанность по срочному завершению формирования частей и приведению их в боевую готовность. «Он требовал минимальную численность штабов и при том соответствия их численности частей. Он боролся с “канцелярщиной” и требовал дела. Он был грозой “штабной психологии”, за что его не любили одни, но полюбили и оценили все рядовые добровольцы, чувствуя в нем близкого им по духу начальника». Сергей Леонидович часто навещал добровольческие части, стараясь вселить уверенность в победе и в возрождении России. С Михайловско-Константиновской юнкерской батареей он встречал Новый год (вспомним, что в Константиновском артиллерийском училище он учился, в Михайловском артиллерийском – преподавал). «Он пришел в помещение батареи, где еще не были вполне закончены приготовления к встрече:
– Не смущайтесь! – сказал он юнкерам. – Я могу быть полезным и при накрывании стола.
Первый тост генерал Марков поднял за гибнущую Родину, за Ее ИМПЕРАТОРА, за Добровольческую армию, которая принесет всем освобождение. Этим тостом генерал Марков предложил закончить официальную часть. Затем за глинтвейном началась общая беседа. Между прочим, он высказал свою наболевшую мысль, что в этот черный период русской истории Россия не достойна еще иметь Царя, но когда наступит мир, он не может себе представить Родину республикой.
Двухчасовая беседа закончилась такими словами генерала Маркова:
– Сегодня для многих последняя застольная беседа. Многих из собравшихся здесь не будет между нами к следующей встрече. Вот почему не будем ничего желать себе – нам ничего не надо, кроме одного: “Да здравствует Россия!”»
В момент выхода Корнилова из Ростова, 9 февраля 1918 года, в начале 1-го Кубанского похода Добровольческой Армии, Марков находился в Заречной, откуда ушел по льду левым берегом Дона к станице Ольгинской. Здесь 12 февраля, при реорганизации армии, он получил в командование Офицерский полк, в состав которого вошли три Офицерских батальона разного состава, Кавказский кавалерийский дивизион и Морская рота. В итоге в полку четырехротного состава (примерно по 200 человек в роте) на положении рядовых оказались почти все офицеры (в 1-м Кубанском походе количество офицеров вдвое превышало количество нижних чинов). «Не много же вас здесь! По правде говоря, из трехсоттысячного офицерского корпуса я ожидал увидеть больше. Но не огорчайтесь! Я глубоко убежден, что даже с такими малыми силами мы совершим великие дела. Не спрашивайте меня, куда и зачем мы идем – я все равно скажу, что идем мы к черту на рога и за синей птицей. Теперь скажу только, что приказом Верховного главнокомандующего, имя которого хорошо известно всей России, я назначен командиром офицерского полка, который сводится из ваших трех батальонов, роты моряков и Кавказского дивизиона. Командиры батальонов переходят на положение ротных командиров, ротные командиры на положение взводных. Но и тут вы, господа, не огорчайтесь: ведь и я с должности начальника штаба фронта фактически перешел на батальон», – сказал своим «рядовым офицерам» Марков при формировании полка в Ольгинской. Затем он продолжал: «Штаб мой будет состоять из меня, моего помощника, полковника Тимановского, и доктора Родичева, он же и казначей. А если кто пожелает устроиться в штаб, так пусть обратится ко мне, а я уж с ним побеседую»; «Вижу, что у многих нет погон. Чтобы завтра же надели. Сделайте хотя бы из юбок ваших хозяек».
С этого дня, 12 февраля 1918 года, в месте расположения штаба полка стал развеваться полковой флажок: черный, с белым Андреевским крестом, цветов формы обмундирования, принятой для полка.
Речь Маркова вызвала восхищение. За короткий ростовский период некоторым офицерам приходилось слышать о нем как о начальнике беспощадном, жестоком, резком, грубом: недаром он всегда с плеткой в руке! Но теперь судили иначе: он энергичен, распорядителен. Штаб полка – всего три человека да несколько конных ординарцев, что говорило о непосредственном руководстве им боем. Свою зависимость от командира полка отныне чувствовал каждый офицер.
Деникин писал о характере Сергея Леонидовича и отношении к нему в войсках: «У Маркова была одна особенность – прямота, откровенность и резкость в обращении, с которыми он обрушивался на тех, кто, по его мнению, не проявлял достаточного знания, энергии или мужества. Отсюда – двойственность отношений: пока он был в штабе, войска относились к нему или сдержанно (в бригаде), или даже нетерпимо (в ростовский период Добровольческой армии). Но стоило Маркову уйти в строй, и отношение к нему становилось любовным (стрелки) и даже восторженным (добровольцы). Войска обладали своей собственной психологией: они не допускали резкости и осуждения со стороны Маркова – штабного офицера, но свой Марков – в обычной меховой куртке, с закинутой на затылок фуражкой, помахивающий неизменной нагайкой, в стрелковой цепи, под жарким огнем противника – мог быть сколько угодно резок, мог кричать, ругать, его слова возбуждали в одних радость, в других горечь, но всегда искреннее желание быть достойным признания своего начальника».