К тревогам о судьбе корпуса у его командующего в это время прибавились ещё и личные переживания. С начала Гражданской войны жена Владимира Оскаровича с детьми проживала в Перми у своих родителей. По данным, появившимся позднее в эмигрантской литературе, летом 1918 года, когда стало известно, что Каппель возглавил отряд Народной Армии, его жена была взята местными комиссарами в заложники и увезена вглубь России. Весть об этом Владимиру Оскаровичу принесли старики Строльманы, которые после освобождения Перми перебрались вместе с внуками к зятю в город Курган. Каппель, конечно, был очень рад увидеть своих детей живыми и невредимыми, но с этого времени его не покидала тревога за судьбу жены.
Хватало и служебных волнений. Уже в апреле из частей формирующегося корпуса был выделен отряд в полторы тысячи человек при четырёх орудиях под командованием полковника Н. П. Сахарова для подавления большевицкого восстания в городе Кустанае. Отряду удалось освободить этот город лишь 10 апреля, после двух дней упорных боев. Одновременно из состава 1-й Самарской дивизии один полк с батареей и кавалерийским эскадроном был отправлен в командировку в Сибирь для борьбы с партизанами, где он и находился в течение четырёх последующих месяцев.
Лишь в середине апреля дело с пополнениями для корпуса сдвинулось, наконец, с мёртвой точки, однако вместо мобилизованных Каппелю прислали военнопленных красноармейцев, захваченных во время весеннего наступления. Вообще говоря, пополнение частей за счёт военнопленных было в годы Гражданской войны обычным явлением, но одно дело, когда за счёт пленных пополняют лишь текущую убыль (когда таких людей попадает по два-три человека в роту, они постоянно находятся на виду у старых добровольцев и постепенно в ходе боев переучиваются, воспринимая дух своей новой части); здесь же части больше чем на три четверти оказались разбавленными бывшими красноармейцами, а старые добровольческие кадры совершенно растворились в сырой и подчас враждебной массе и больше уже не могли определять лицо части. И всё же Каппель пошёл на этот шаг, надеясь, что силой своего личного влияния в короткий срок сумеет перевоспитать этих людей. Ведь пленные были теми же насильно мобилизованными крестьянами, чьи головы изрядно затуманила красная пропаганда, но которые в основной массе своей должны были скоро осознать гибельность большевицких идей, опасность этих кровавых экспериментов лично для себя и своего уклада жизни. Надо было только найти к ним правильный подход, а также вовремя выявить в их среде затаившихся большевицких агентов и агитаторов. Для этого нужно было только время, но именно его-то Каппелю и не дали.
23 апреля 1919 года перешла в контрнаступление красная Южная группа Восточного фронта под командованием М. В. Фрунзе. Белые оказались в критическом положении. На помощь большевикам пришла измена: когда на фронт был прислан «национальный» Украинский курень (полк) имени Тараса Шевченко, он в первую же ночь в полном составе перешёл на сторону красных, прихватив с собою офицеров и обстреляв по дороге соседние части. В образовавшуюся брешь немедленно хлынули красные войска, и начался отход, вскоре распространившийся на весь левый фланг Западной Армии. И тогда, чтобы заполнить брешь, на фронт в спешном порядке был вызван корпус Каппеля.
Очевидцы вспоминают, что генерал Каппель был чрезвычайно подавлен этим известием. Он прекрасно понимал, что бросить в бой столь сырые части нельзя, - это неминуемо приведёт к беде. Им был составлен и послан в Ставку подробный доклад, но командование настаивало на своём.
Первой, 6 мая, вышла на фронт 3-я Симбирская дивизия, и сразу же, не успев закончить сосредоточение, ей пришлось вступить в бой. Вот тут-то и сказались все просчёты и ошибки: в первых же боях значительная часть 10-го Бугульминского полка, перебив своих офицеров и немногих оставшихся старых добровольцев, перешла к красным. Наступление захлебнулось. Приехавший в эти дни на фронт Верховный Правитель, по свидетельству генерала Петрова, «несколько истерическим голосом» сказал Каппелю, «что не ожидал этого, но просит не падать духом». Однако и в дальнейшем такие же случаи, хотя и в значительно меньших масштабах, повторились в других полках корпуса. Вследствие нерадивости высшего командного состава корпус, едва успев попасть на фронт, был погублен чуть ли не наполовину.
Правда, Каппель быстро навёл порядок в частях, но ни о каких ударных функциях корпуса уже не приходилось и говорить. Полки едва ли достигали даже трети штатного состава, а вся 1-я Самарская дивизия фактически представляла из себя лишь один полк, усиленный артиллерией. Волжская кавалерийская бригада также вначале действовала отдельно, а вместо неё корпусу была придана 3-я Оренбургская казачья бригада. Кроме того, генералу Каппелю были временно подчинены два полка 12-й Уральской стрелковой дивизии, и всё это соединение получило официальное название «Средней группы Западной Армии». С этой группой Каппель, ведя упорные арьергардные бои, медленно отступил за реку Белая, где части его корпуса заняли позиции значительно южнее Уфы, а приданные части были выведены в армейский резерв.
Во время боев за Уфу 7-9 июня, вопреки всем известным советским легендам, войска Волжского корпуса ни с одним бойцом 25-й Чапаевской дивизии не сталкивались; они дрались против советской 24-й стрелковой дивизии, причём действовали наиболее удачно среди всех белых частей, защищавших линию реки Белой. По свидетельству самих советских историков, трижды за это время, 9-го, 12-до и 13-14 июня, части 24-й дивизии делали попытки форсировать Белую - и трижды с огромными потерями откатывались на свой берег. Вырыпаев вспоминает, как в одном из этих боев Каппель лично возглавил атаку своего последнего резерва - Уржумского стрелкового полка, силою... в 80 штыков. По свидетельству Вырыпаева, «весть о появлении Каппеля прошла по рядам нашей пехоты как электрический ток». В результате дружной атаки многократно превосходящие силы красных были сброшены в реку, было взято 200 пленных и 27 пулемётов. Передавая этот эпизод, мемуарист сам удивлялся тому, как можно было со столь ничтожными силами достичь победы. После боя он специально расспрашивал об этом солдат, и выяснилось, что большинство из них просто «слепо верило, что в тяжёлую для них минуту Каппель явится сам, а если так, то должна быть и победа».
В результате Волжская группа Каппеля дольше всех задержалась на линии реки Белой: лишь 16 июня покинула она свои позиции и начала медленный, с арьергардными боями отход в Уральские горные проходы. Упорные бои там длились до середины июля.
К этому времени Волжский корпус был уже преобразован в Волжскую группу, в которую, кроме собственно частей корпуса, входил ряд других частей и соединений. 14 июля 1919 года это положение было закреплено официально во время новой реорганизации, при которой все войска Сибирской и Западной Армий были преобразованы в три номерные неотдельные армии и включены в состав новообразованного Восточного фронта. Западная Армия стала именоваться 3-й, и в её составе Волжская группа приняла участие в наступлении под Челябинском 25 июля - 4 августа.
Планируя эту операцию в обход только что назначенного Главнокомандующего армиями Восточного фронта генерала М. К. Дитерихса, командующий 3-й армией генерал К. В. Сахаров предполагал заманить в ловушку советскую 5-ю армию, одновременно нанеся удары: севернее города - войсками Уфимской группы генерала Войцеховского, а с юга - Волжской группой генерала Каппеля. Эти группы должны были перейти в наступление 25 июля и сомкнуть вокруг красных кольцо окружения, но у Каппеля произошла досадная заминка. Его группа была с самого начала относительно малочисленной, и кроме 1-го Волжского корпуса в её состав вновь была включена 12-я Уральская стрелковая дивизия генерала Р. Бангерского. В момент выхода на исходный рубеж атаки Уральцы на марше были в свою очередь внезапно атакованы красными, смешались и отступили. Войска быстро оправились, но всё же наступление Волжской группы началось на два дня позже, 27 июля, и не достигло ожидаемого размаха. Челябинская операция закончилась неудачей; белые вынуждены были оставить Урал и отступить вглубь Сибири.
Новая и на этот раз весьма успешная попытка перейти в наступление была предпринята 2 сентября под Петропавловском. Волжская группа Каппеля действовала в центре вдоль железной дороги, справа от неё наступала Уральская группа генерала Косьмина, а слева - Уфимская группа генерала Войцеховского. И хотя согласно планам главные удары предполагалось наносить именно по флангам, первый успех в этом наступлении выпал на долю Волжан: 4-5 сентября в районе деревни Теплодубровной части входящей в её состав Ижевской стрелковой дивизии генерала В. М. Молчанова окружили и почти полностью уничтожили 2-ю бригаду 26-й стрелковой дивизии красных. Войска 3-й армии нанесли противостоящим им большевикам тяжёлое поражение и к 2 октября вышли на линию реки Тобол. За успешное руководство войсками во время этого наступления генералы Сахаров, Войцеховский, Косьмин и Каппель были награждены адмиралом Колчаком орденами Святого Георгия III-й степени.
Но блестящее наступление на Тоболе стало для армий Верховного Правителя лебединой песней. Все резервы были исчерпаны, и контрудар противника, последовавший 14 октября, отразить белые оказались уже не в состоянии. Началось их безостановочное отступление, которому суждено было завершиться четыре месяца спустя лишь за Байкалом.
Генерал Дитерихс понимал, что с поредевшими и уставшими войсками немедленно остановить наступление красных невозможно, а потому все надежды возлагал на подготовку свежих сил в глубоком тылу. Но реализация этого плана фактически означала отказ от упорной обороны Омска, что вызвало резкие возражения Верховного Правителя, настаивавшего на безусловной защите своей столицы. В результате Колчак 4 ноября сместил Дитерихса, заменив его К. В. Сахаровым, вместо которого командующим «Московской группой армий» (так с 12 октября именовались объединённые 3-я армия и Степная группа) 5 ноября 1919 года был назначен генерал Каппель, передавший, в свою очередь, командование Волжской группой генералу Имшенецкому. По-видимому, в конце ноября Владимир Оскарович был произведён в генерал-лейтенанты.