Все эти перестановки, конечно, не могли изменить положения несчастной армии, поспешно отходившей к Иртышу. А здесь её поджидала новая опасность: из-за сильной оттепели Иртыш, вопреки обыкновению, никак не хотел замерзать. Он отрезал пути отхода белым войскам - единственной переправой через реку оставался железнодорожный мост у станции Куломзино.
В эти дни в Штаб Каппеля вернулся, едва оправившись от тифа, подполковник Вырыпаев. Вот какую безрадостную картину увидел он из штабного вагона, стоявшего на станции Куломзино:
«Начало темнеть. Западный берег Иртыша был занят десятками тысяч всевозможных повозок, сгрудившихся на берегу непроходимой мощной реки, по которой густо шли разной величины, угловатые льдины...
Каппель указал на бесчисленные обозные повозки сражавшихся с врагом наших частей; вокруг этих повозок сновали плохо одетые люди, разводившие костры, на которых готовили свою незатейливую пищу. Каппель тихо сказал: “Если река не замёрзнет, то часы этих повозок сочтены. Фронт совсем недалеко, а враг наседает... Переправы другой нет”».
Мороз грянул лишь в ночь на 10 ноября. Иртыш стал, и отступающая армия сумела перебраться на другой берег. Но об обороне города никто уже всерьёз не думал. Омск был оставлен 14 ноября чрезвычайно поспешно, и в нём были брошены огромные запасы военного имущества, необходимого для армии. Это произвело на войска очень тяжёлое впечатление.
Но ещё более тяжёлые последствия имело то обстоятельство, что Транссибирская железнодорожная магистраль в тот момент находилась под контролем союзного Чешско-Словацкого корпуса. Накануне сдачи Омска был опубликован меморандум - обращение чешского командования к союзным державам, в котором чехи объявляли, что снимают с себя все обязательства перед Россией и будут организовывать эвакуацию по железной дороге лишь сообразуясь с нуждами собственных войск. Своё заявление чешское командование тут же и начало претворять в жизнь, пропуская на восток только свои эшелоны и многочисленные составы с «благоприобретенным имуществом» и задерживая западнее станции Тайга все русские поезда.
Эти действия «союзников» превратили неудачи на фронте в катастрофу для всего Белого движения в Сибири, поскольку зимой, в малонаселённых местах, среди тайги и бездорожья, единственной надёжной коммуникационной линией для войск оставалась Транссибирская магистраль, и от её бесперебойной работы зависела боеспособность армии. Теперь же русская армия оказалась разом отрезанной от тыла и лишилась возможности своевременно получать боеприпасы и эвакуировать раненых.
В дополнение к перечисленным бедам, к началу декабря выявилась также и ненадёжность в моральном отношении полков 1-й армии, пополнявшихся в Ново-Николаевске, Томске, Красноярске и других городах Сибири. Боеспособность войск быстро падала, люди теряли веру в возможность дальнейшего сопротивления. В частях раздавались заявления, что пора-де кончать войну, что большевики тоже люди, и с ними тоже можно договориться или, по крайней мере, выторговать себе жизнь. Подобные химеры захватили не только рядовой состав армии, но проникли и в среду его руководства, вызывая многочисленные случаи неподчинения начальству и даже открытые бунты.
В этой обстановке генерал Сахаров продолжал разрабатывать уже совершенно нереальные планы нового перехода в наступление, да кроме того ещё и затеял сворачивание всех действующих на фронте частей: корпуса сводились в дивизии, дивизии в полки и т. д. Мера эта была совершенно правильна, но в условиях беспрерывного отступления практически неисполнима. Наконец, планом свернуть 1-ю армию в корпус, с последующим подчинением его командующему 2-й армией Войцеховскому, Сахаров чувствительно задел самолюбие командующего 1-й армией генерала Пепеляева и спровоцировал его на открытое выступление. 9 декабря на станции Тайга генерал А. Н. Пепеляев вместе со своим братом премьер-министром В. Н. Пепеляевым арестовал Главнокомандующего, обвинив его в преступном оставлении Омска, и потребовал у Колчака суда над Сахаровым. После двух дней переговоров Колчак был вынужден согласиться снять Сахарова с поста Главнокомандующего и назначить над ним следствие.
Этот поступок генерала Пепеляева показал всей армии пример грубого нарушения дисциплины и был чреват самыми тяжёлыми последствиями. В сложившейся обстановке лишь Каппель обладал достаточно высоким авторитетом, чтобы все остальные высшие руководители армии безоговорочно подчинились его приказам. Поэтому ему пришлось, хотя и против своего желания, возглавить отступающие войска: 12 декабря генерал-лейтенант В. О. Каппель был назначен Главнокомандующим армиями Восточного фронта.
Генерал оценивал положение гораздо реалистичнее своего предшественника: он осознал, по точному замечанию начальника Камской дивизии генерала Пучкова, «что невозможны никакие наступательные операции с расстроенными частями, без огнеприпасов и налаженного снабжения, что необходим спешный отвод в глубокий тыл большинства частей и полная реорганизация их в спокойной обстановке, при условии успешного задержания красных на каком-либо удобном рубеже».
В соответствии с этим Каппель 15 декабря предписал отвести 2-ю и 3-ю армии за 60-вёрстную полосу Томской (Щегловской) тайги. Отдохнувшие части 1-й армии при этом должны были закрыть немногие выходы из тайги и обеспечить остальным войскам столь необходимый им отдых. Однако и этот приказ исполнен не был: 17 декабря в Томске части 1-й армии восстали против своего командующего генерала Пепеляева. Дурной пример начальника принёс свои страшные плоды.
1-я армия распалась и открыла дорогу красным. В результате тайга стала ловушкой для белых армий. Стараясь как можно быстрее преодолеть её, части перемешивались во многокилометровых пробках, и пришлось в конце концов бросить все обозы и большую часть артиллерии. А при выходе из тайги войска уже ждало новое известие: на их пути восстал гарнизон Красноярска во главе с командующим Средне-Сибирским корпусом генералом Б. М. Зиневичем.
Попав под влияние местных эсеров, Зиневич разослал по всем направлениям телеграммы о том, что он подчиняется новой «Земской» власти и «объявляет войну гражданской войне», вступил по телеграфу в переговоры с приближающимися красными частями, а Каппелю и его войскам предложил немедленно сложить оружие. Впрочем, вскоре сам генерал Зиневич был арестован собственными подчинёнными, выдан красным и расстрелян. Но своё каиново дело он совершить успел. Перед Каппелем теперь вставала уже задача не остановить красных на каком-либо рубеже, а пробиться мимо Красноярска на восток.
В первые дни восстания в Сибири летом 1918 года полковник Зиневич был ближайшим помощником А. Н. Пепеляева, а затем одним из главных героев освобождения Перми в декабре того же года. Среди подчинённых ему частей тогда отличились и Енисейские стрелковый и казачий полки, составлявшие теперь гарнизон Красноярска. Таким образом, все эти люди (как, впрочем, и сам генерал Пепеляев), вольно или невольно, собственными руками губили то дело, ради которого два года отдавали свои силы. Увы, среди всеобщего разброда и помрачения умов лишь очень немногие ясно понимали горькую истину: спастись можно только одним способом — продолжая вопреки всему сражаться до конца. И совершенно закономерно, что руководителем этих последних оставшихся верными бойцов сама жизнь выдвинула Владимира Оскаровича Каппеля.
4 января 1920 года, в тот день, когда адмирал Колчак, отрезанный от своих войск и опрометчиво доверившийся слову «союзников», подписал указ о сложении с себя звания Верховного Правителя, войска 2-й армии сосредотачивались на станции Минино перед Красноярском. Здесь же находился и поезд Штаба фронта с генералом Каппелем и его начальником Штаба генералом Богословским. На следующий день была предпринята попытка разбить восставших и пробиться через город силой, но она сорвалась. Тогда командование решило бросить всё имущество и поезда, а войскам на санях прорываться на восток севернее Красноярска. Рано утром 6 января колонна начала выдвигаться по просёлочной дороге в сторону деревни Дрокино. Но на деревенской околице шедшая в авангарде Уфимская стрелковая дивизия была внезапно обстреляна.
Как потом оказалось, деревня Дрокино была занята подошедшим авангардом регулярной Красной Армии. Его силы были слишком малы, чтобы перерезать дорогу белой колонне, но и белые стрелки находились не в том состоянии, чтобы суметь выбить красных из деревни одним решительным ударом. В результате бой вылился в многочасовую перестрелку. Вскоре прибавился ещё и обстрел со стороны Красноярска. Но две наиболее боеспособные дивизии белых, Уфимская и Камская, приняли удар на себя и, прикрывая общее отступление, дали возможность пройти всем тем, кто не хотел сдаваться.
Под перекрёстным огнём по ровному заснеженному полю между предместьями города и деревней нестройно поползли многочисленные санные обозы вперемежку с частями. В то же время огромное количество отчаявшихся солдат, иногда даже целые части, бросали оружие и шли в Красноярск сдаваться. Потери оказались огромны, по некоторым данным, после Красноярска в строю осталось меньше половины армии.
Как только завязался бой, генерал Каппель лично возглавил небольшую группу кавалеристов своего конвоя (по оценке очевидцев - не более чем в 30 человек) и с нею решил атаковать во фланг засевших в Дрокино красных. Но лошади завязли в глубоком снегу, отряд уклонился от курса, заблудился и вышел в расположение своих войск лишь поздно вечером и далеко за Красноярском, так что в течение всего дня судьба Владимира Оскаровича оставалась для его подчинённых неизвестной. Не имея, таким образом, Главнокомандующего, Штаб фронта опоздал с выходом из вагонов и вместе с начальником Штаба генералом Богословским попал в плен к красным. Руководство прорывом в этой обстановке взял на себя командующий 2-й армией генерал Войцеховский. Он до последнего момента оставался в поезде, организуя и направляя вперёд все не желавшие сдаваться части. Наконец, уже в темноте, Войцеховский лично возглавил последнюю колонну из чинов своего Штаба и с нею завершил прорыв.