Между тем Крыленко, опасаясь возможного сопротивления, заранее распалял «праведный гнев» своих приспешников против «мятежника» Духонина. Утром 20 ноября (3 декабря) советский эшелон прибыл на Могилёвский вокзал. Никакого сопротивления оказано не было. Матросы арестовали Духонина, но когда они вели его к вагону Крыленко, все их тайные страхи вышли наружу взрывом слепой беспричинной ярости. Обезумевшая толпа буквально растерзала Духонина у самых дверей вагона нового «Главковерха», а Крыленко, напуганный результатами своей же агитации, побоялся вмешаться в этот самосуд, сделав вид, что ничего не видел и не слышал.
Потом, разумеется, эта дикая расправа была представлена «выражением праведного гнева народа» и была поставлена в заслугу как подстрекателям, так и исполнителям. В течение Гражданской войны в стане красных бытовала гнусная присказка «отправить в штаб к Духонину», что означало убить, расстрелять. И можно не сомневаться, что в тот трагический день матросы не собирались ограничиться лишь одной жертвой, а намеревались „«отправить в штаб к Духонину» в первую очередь его начальника Штаба генерала Дитерихса, которого усиленно искали, но так и не нашли.
Михаилу Константиновичу удалось в самый последний момент укрыться во французской военной миссии, и затем, переодевшись во французскую форму, выехать в составе этой миссии в Киев. Там Дитерихс присоединился к Штабу завершавшего формирование Чешско-Словацкого корпуса, и приказом по корпусу от 26 января 1918 года был назначен начальником его Штаба.
К концу мая 1918 года, когда по Транссибирской магистрали началось повсеместное выступление чехословацких частей, генерал Дитерихс находился уже во Владивостоке. Там он возглавлял «Владивостокскую группу Чехо-войск», составлявшую до 14 000 человек. Эта группа первой прибыла во Владивосток и теперь ожидала транспортов для отправки на Западный фронт. Она находилась в совершенно ином положении, нежели остальные войска, задержанные местными Советами в Поволжье, на Урале и в Сибири. Здесь на рейде стояли корабли Антанты; ещё 5 апреля Япония, под предлогом защиты интересов своих подданных, высадила в порту небольшой десант. Большевицкий Совет во Владивостоке продолжал функционировать, но должен был действовать с постоянной оглядкой на союзников, и в городе сохранялось положение неустойчивого равновесия. Всей полнотой власти над чешскими войсками обладала «Владивостокская коллегия» из находившихся в городе представителей Отделения Чешско-Словацкого Национального Совета в России. Михаилу Константиновичу в этих обстоятельствах не оставалось ничего другого, как только проявлять лояльность по отношению к чешскому политическому руководству и представителям союзников.
Когда до Владивостока докатились вести, что по всей магистрали развернулись боевые действия между чехами и большевиками, члены «Владивостокской коллегии» отнеслись к этому крайне неодобрительно и предложили своё посредничество в улаживании конфликта. Соответственно, и сосредоточенные во Владивостоке легионеры в общем выступлении поначалу никакого участия не принимали. Дело дошло до того, что 16 июня 1918 года, когда по всей Сибири уже три недели шли ожесточённые бои, руководители Владивостокской группы послали капитану Гайде, сражавшемуся под Мариинском, следующую телеграмму:
«Вновь настойчиво напоминаем, что единственной нашей целью является возможно скорее отправиться на французский фронт, поэтому надлежит соблюдать полнейший нейтралитет в русских делах. Старайтесь договориться с местными советами на мало-мальски приемлемых для нас условиях. Одновременно телеграфируем “Центросибири”, чтобы гарантировали ваше продвижение на основании договора, заключённого между Советом Народных Комиссаров и Отделением Народной Рады от 26-го марта, согласно которого проследовали первые 12 поездов. Если добьёмся договорённости, мы требуем в ваших собственных интересах и для достижения нашей единственной цели, чтобы вы немедленно прекратили своё выступление и продолжали продвигаться во Владивосток.
Члены Отделения Народной Рады: Гоуска, Шпачек, доктор Гирса, генерал Дитерихс».
Гайда воспринял эту телеграмму как измену общему делу, и его твёрдая позиция в конце концов подействовала отрезвляюще на Владивостокскую коллегию. Между тем члены местного Совета, пользуясь бездействием чешских войск, активно вывозили оружие и боеприпасы со складов Владивостокской крепости. Повели большевики и агитацию в рядах самих чешских полков, призывая их покидать свои части и вступать в Красную Гвардию (к концу июня перебежчиков набралось уже 200 человек, и из них был сформирован батальон). Всё это вместе привело к тому, что, когда 26 июня в город прибыл курьер от Гайды с приказом немедленно выступать ему навстречу, «Владивостокская коллегия» после консультации с союзными консулами решила подчиниться этому приказу. Руки у Дитерихса были, наконец, развязаны.
29 июня 1918 года генерал направил Владивостокскому Совету Рабочих и Солдатских Депутатов ультиматум о разоружении в течение часа всех красных войск в городе. Одновременно с объявлением ультиматума Владивосток был окружён чешскими войсками, и когда срок ультиматума истёк, они арестовали Совет, почти не встречая сопротивления, разоружили местный гарнизон в 1 200 человек и взяли под свой контроль склады крепости. Выступление во Владивостоке совпало с общим переломом в настроениях союзников. 29 июня союзные крейсера на рейде активно содействовали чехам, задержав и разоружив красные миноносцы. Японцы начали высадку крупных сухопутных сил, вскоре к ним присоединились англичане, французы и американцы.
Между тем Дитерихс перешёл 1 июля в решительное наступление по нескольким направлениям: на северо-запад против Никольска-Уссурийского и на северо-восток - против Сучанских и Шкотовских угольных шахт. 3 и 4 июля южнее Никольска-Уссурийского произошло серьёзное сражение. Большевицкий отряд силою в 3 600 человек при трёх орудиях и двух бронепоездах был наголову разбит 2 000 чехов с девятью пулемётами и одним орудием; здесь же был разгромлен и батальон чехов-дезертиров. 5 июля чешская колонна вступила в Никольск-Уссурийский, а на другой день встретилась на станции Пограничной с белыми отрядами генерала Д. Л. Хорвата и Атамана И. П. Калмыкова, наступавшими из полосы отчуждения Китайско-Восточной железной дороги.
Красные отступали по Амурской железной дороге на Хабаровск, энергично преследуемые чехами. В районе Спасска большевики подготовили сильные позиции, но 16 июля и они были взяты, а советские отряды поспешно бежали дальше на север - к станции Уссури. Здесь к ним подошли значительные подкрепления из Хабаровска, и попытка чехов 1 августа форсировать слабыми силами реку Уссури не удалась. Им пришлось временно закрепиться на достигнутых рубежах. Мог ли предполагать Дитерихс, планируя все эти операции, что четыре года спустя именно здесь, на реке Уссури и под Спасском, ему придётся дать красным свой последний бой?
Тем временем хабаровское направление было усилено отрядом Атамана Калмыкова, а затем и войсками союзников, которые полностью взяли на себя заботу об Уссурийском фронте. Дитерихс отозвал оттуда чешские части, передав командование японскому полковнику Иранаки. 23 августа союзные силы наголову разгромили красных у разъезда Краевского и, преследуя их, 4 сентября освободили Хабаровск.
В начале сентября в освобождённом Забайкалья, на станции Оловянной, произошла встреча штабов Гайды, Дитерихса, Семёнова и представителей японского командования. После короткой встречи пути их снова разошлись. Гайда поехал на восток принимать части бывшей группы Дитерихса, а Михаил Константинович - на запад, в Челябинск, куда его срочно вызывали, вновь на должность начальника Штаба Чешско-Словацкого корпуса.
Между тем в командовании корпусом произошли перестановки. 28 августа 1918 года его командующим был назначен Я. Сыровой, произведённый из поручиков сразу в генералы. Бывший разведчик Русской Армии с 1914 года, потерявший глаз в 1917-м в сражении под Зборовом, Сыровой в дни выступления против большевиков показал себя не самым активным из командиров и на столь высокий пост был вознесён, возможно, потому, что был достаточно покладист и устраивал всех, включая и чешских политиков. Ему суждено было в будущем дважды сыграть роковую роль: в 1920 году, когда он выдал на расправу большевикам адмирала А. В. Колчака, и в 1938 году, когда, будучи Главнокомандующим чехословацкой армией, он «повторил свой подвиг», выдав собственную страну на расправу Гитлеру.
По соглашению между русским и чешским руководством командующий чехами одновременно являлся в оперативном отношении Главнокомандующим всеми войсками противо-большевицкого фронта на Урале и в Поволжья. Разумеется, Сыровой по своей подготовке совершенно не был способен командовать армиями и фронтами. Поэтому вся работа автоматически ложилась на плечи начальника Штаба Чешско-Словацкого корпуса генерала Дитерихса.
Пока же Сыровой и Дитерихс отправились на Уфимское Государственное Совещание, призванное образовать на Востоке России единую государственную власть. 18 сентября 1918 года было достигнуто соглашение о создании Директории, а 24 сентября Верховным Главнокомандующим всеми сухопутными и морскими вооружёнными силами России был назначен генерал В. Г. Болдырев. Сразу же после своего назначения он обсуждал с генералами Сыровым и Дитерихсом условия подчинения ему Чешского корпуса. Позднее Болдырев вспоминал:
«Я предлагал Дитерихсу принять то или иное участие в работе. Он отказался, заявив, что не хотел бы отрываться от чехов.
За время нашего совещания Дитерихс усиленно подчёркивал свою близость к чехам. Подчёркивание это было настолько ярким, что вызвало даже мой невольный вопрос: считает ли он себя русским генералом, - на что Дитерихс ответил: “Я прежде всего чешский доброволец”».
А вот каким увидел Дитерихса в это же время полковник К. В. Сахаров:
«Работая вместе с Дитерихсом и под его начальством с 1915 года, я хорошо знал его раньше; и теперь прямо не узнал: генерал постарел, исхудал, осунулся, не было в глазах прежней чистой твёрдости и уверенности, а ко всему он был одет в неуклюжую и невоенную чешскую форму, без погон, с одним ремнём через плечо и со щитком на левом рукаве...