На этот раз сражение было подготовлено куда тщательнее, чем под Челябинском. Атаман Сибирского Казачьего Войска генерал П. П. Иванов-Ринов объявил «сполох» и сумел поднять по станицам всё население до 50-летнего возраста. Из них был сформирован конный Сибирский казачий корпус, который вместе с пластунскими частями составил Степную группу генерала Лебедева. Эта группа совместно с Уральской группой генерала В. Д. Косьмина была заранее скрытно сосредоточена южнее железной дороги Курган - Петропавловск — Омск с задачей выйти во фланг и тыл 5-й армии красных.
Однако ожесточённое сражение пошло не совсем так, как было задумано. На второй его день красные нашли в полевой сумке убитого ординарца копию приказа Дитерихса и своевременно успели перебросить силы на атакуемый фланг. Роковую роль сыграло здесь также и то, что возглавивший Сибирский казачий корпус генерал Иванов-Ринов не обладал ни талантом, ни дерзостью, необходимыми для настоящего кавалерийского начальника. Он не решился смело прорвать фронт и уйти в рейд по красным тылам, а вместо этого после нескольких мелких тактических успехов вывел казаков «на отдых». Узнав об этом, Колчак отрешил Иванова-Ринова от командования корпусом, но было уже поздно - советские войска успели выйти из-под удара. Столь же медленно развивалось наступление и на участках 1-й и 2-й армий, ещё не успевших до конца оправиться от июньских и июльских поражений. Получилось, что основную тяжесть наступления пришлось принять на себя 3-й армии генерала Сахарова, а вместо охвата флангов удался мощный прорыв вдоль полотна железной дороги на Курган. Под ударами группировок Войцеховского, Каппеля и Косьмина красный фронт начал быстро подаваться назад.
После месяца ожесточённых боев белые войска нанесли противостоящим им 5-й и 3-й армиям советского Восточного фронта, которым командовал В. А. Ольдерогге, тяжёлое поражение, и ко 2 октября вышли обратно к реке Тобол. Но здесь стало ясно, что наступательный порыв иссяк. Части понесли тяжёлые потери, которые не успевали замещаться текущими пополнениями, и для форсирования реки уже не было сил.
Вот когда сказалось отсутствие трёх Сибирских дивизий, бездарно погубленных под Челябинском. Теперь же для пополнения рядов приходилось выбрасывать на фронт мелкие части: Морской учебный батальон, сформированный из корабельных команд Камской речной боевой флотилии, формирующуюся Образцовую Егерскую бригаду (побатальонно), Особую дивизию, первоначально предназначавшуюся для установления в районе Каспия связи между левым флангом армий адмирала Колчака и правофланговыми частями Вооружённых Сил Юга России генерала Деникина. Командующий 3-й армией Сахаров, по его признанию, бросил в бой всё, до собственного конвоя включительно. Когда не хватило и этого, то адмирал Колчак отправил в «командировку» на фронт и свой личный конвой, который принял участие в одном из боев. Но, разумеется, это был лишь красивый жест, армии требовалась Помощь в гораздо большем размере.
Выяснилась также полная ненадёжность поступающих пополнений. Мобилизованные сибирские крестьяне прибывали на фронт уже распропагандированными большевицкими агитаторами и во многих случаях в первом же бою переходили на сторону красных. Подобные пополнения не столько усиливали, сколько ослабляли войска.
Поэтому неудивительно, что Колчак и Дитерихс, столкнувшись с таким явлением, поневоле обратили особое внимание на привлечение в армию добровольцев. Для этой цели было создано «Управление добровольческих формирований» под руководством генерала В. В. Голицына. В начале сентября это управление вместе с инициативной группой, возглавляемой протоиереем отцом Петром Рождественским и профессором Д. В. Болдыревым, выдвинули идею создания «Дружин Святого Креста и Зелёного Знамени», которые состояли бы из глубоко верующих людей, воспринимавших большевиков как разрушителей Веры и Церкви. В разработанном «Положении о дружинах Святого Креста» говорилось: «Каждый вступающий в дружину Св[ятого] Креста, кроме обычной присяги, даёт перед Крестом и Евангелием обет верности Христу и друг другу и в знак служения делу Христову налагает поверх платья восьмиконечный Крест». Впрочем, как это видно из названия, некоторые дружины могли быть созданы и из мусульман; главным критерием здесь была именно глубокая вера, противопоставляемая воинствующему атеизму красных.
Дитерихс активно поддержал эту идею, поскольку она была ему внутренне близка. Развернулась усиленная агитация в церквах, среди верующих, и в результате к 23 сентября первая дружина Святого Креста была сформирована в городе Омске и после торжественного молебна выехала на фронт. Всего же до середины ноября в дружины Святого Креста вступило около 6 000 человек. Это была последняя попытка пополнить части морально устойчивым элементом, но она запоздала и из-за нерадивости генерала Голицына не достигла того размаха, на который рассчитывало командование.
В отличие от белых, командующий красным Восточным фронтом Ольдерогге имел реальную возможность быстро пополнить свои части. В дни Тобольского сражения Дитерихс писал: «Как бы ни было нам тяжело, но мы должны проявить максимальное упорство, дабы противник не мог взять ни одного человека с Восточного фронта, а наоборот, вёз свои дивизии на нас. Если за октябрь месяц большевики не усилятся против Деникина, то он к середине октября займёт Москву». Эта задача была почти выполнена: красные отменили все намечавшиеся перевозки на Южный фронт, и теперь все их многочисленные резервы были брошены против поредевших армий адмирала Колчака, так что когда после двухнедельного затишья и перегруппировки 14 октября 1919 года советские войска перешли в наступление, сил, чтобы остановить его, у Белого командования уже не было.
В течение последующей недели ожесточённых боев генерал Дитерихс всё ещё надеялся парировать удар и удержать красных на линии Тобола, либо на каком-нибудь промежуточном рубеже. Но к 24 октября он осознал, что наличных средств для этого явно недостаточно и дальнейшее упорное сопротивление приведёт лишь к перемалыванию в неравных боях лучших кадров.
Чтобы избежать этого, Дитерихс задумал новый манёвр. В своей директиве от 25 октября 1919 года он предписывал генералу Лохвицкому принять на себя управление 1-й и 2-й армиями, Тобольской группой и Тыловым округом фронта. Одновременно выделялись две сильные группы резервов. Ближайшая, в Омске, под командованием генерала Войцеховского создавалась из 13-й Сибирской и Морской дивизий, а также Красноуфимской бригады. Вторую группу в районе Ново-Николаевска - Томска должен был возглавить командовавший 1-й армией генерал А. Н. Пепеляев; в неё включалось большинство частей его армии. Переброшенные в места своего первоначального формирования, они должны были быстро пополниться, в то время как части на фронте предполагалось планомерно отвести на какой-либо заранее намеченный рубеж, с которого уже всеми силами можно было бы вновь перейти в наступление, или, по крайней мере, остановить красных до весны. Как видим, намечалось повторение Тобольского манёвра, только в больших масштабах.
Однако этот план не учитывал политических последствий отступления, в частности, Дитерихс не предполагал удерживать столицу Белой Сибири - Омск. Это обстоятельство и стало для него роковым. Верховный Правитель настаивал на безусловной защите Омска, и в этом вопросе его поддержал командующий 3-й армией генерал Сахаров. В результате генерал Дитерихс был смещён со своего поста, и Главнокомандующим армиями Восточного фронта вместо него был назначен Сахаров.
Обстоятельства смещения генерала Дитерихса, подробно описанные в донесении английского военного представителя майора Моринса со слов его агента, не оставляют сомнения в том, что Сахаров просто затеял интригу против своего начальника. Рассказ же об этом настолько колоритен, что его стоит привести целиком:
«4 ноября в 1 час дня были приняты Верховным Правителем генералы Дитерихс и Сахаров. Верховный был в необыкновенно нервном настроении и во время разговора с Дитерихсом и Сахаровым сломал несколько карандашей и чернильницу, пролив чернила на свой письменный стол. Верховный крайне немилостиво разговаривал с Дитерихсом, ставя ему в упрёк, что всё время его командования связано с исключительной неудачей и что он в настоящее время убедился в полной его неспособности. Не дав Дитерихсу [сказать] ни слова в своё оправдание, Верховный начал ему припоминать его уверения, ни на чём не основанные, о выступлении чехословаков с его назначением, отставки всех более или менее опытных генералов, что ему даже со стороны союзников пришлось неоднократно выслушивать о наивных начинаниях и приказах, исходящих от Дитерихса, что отступление армии и этим возможная сдача Омска - исключительная вина Дитерихса. Верховный также говорил о генерале Гайда, при чём бросалось в глаза следующее: когда Дитерихс в своё оправдание начал говорить, что он получил тяжёлое наследие от Гайды, который совершенно разложил свою армию, а он всё-таки в сравнительно короткий срок установил боевую способность её, и что отступление лишь следствие превосходства в численности красных, - Колчак здесь потерял совершенно всякое самообладание, стал топать ногами и буквально стал кричать, что это обычный приём самооправдания: конечно, всегда во всём другие виноваты. “Я вижу лишь одно, что генерал Гайда всё-таки во всём был прав. Вы оклеветали его из зависти, оклеветали Пепеляева, что они совместно хотят учинить переворот, да... переворот необходим... так продолжать невозможно... я знаю... Омск... мне скажете, что решительное сражение дадите между Омском и Ново-Николаевском... опять начинается та же история, что перед Екатеринбургом, Тюменью, Петропавловском и Ишимом. Омск немыслимо сдать. С потерей Омска - всё потеряно. (Обращается к генералу Сахарову) Как ваше мнение?” Сахаров в позе Наполеона (рассказал агент) стал развивать свой план обороны Омска с рытьём окопов и проволочных заграждений в 6 вёрстах от Омска, говорил с такой уверенностью и притом в духе Верховного, что тот сразу принял сторону Сахарова, забыв все его промахи в Челябинске, Кургане и под конец под Петропавловском и Ишимом. Утвердил план Сахарова и, обращаясь к Дитерихсу, сказал: “Пора кончить, Михаил Константинович, с вашей теорией, пора перейти к делу, и я приказываю защищать Омск до последней возможности”.