Верховный Правитель тут же повелел подготовить приказ: всех принимавших участие в беспорядках или причастных к ним лиц предать военно-полевому суду, а всем освобождённым арестованным добровольно явиться к караульному начальнику областной тюрьмы, коменданту города или в милицию. Большинство, в том числе почти все арестованные эсеры, действительно вернулись в тюремные камеры. Наиболее активные мятежники были расстреляны, остальные подверглись тюремному заключению. Общее число жертв этого восстания по одним данным превышало 1 000, по другим - доходило до 2 000 человек. Со стороны правительственных войск потери не превышали 20-25 солдат и офицеров; среди них оказалось 3 или 4 чеха.
Поздно вечером того же дня Колчак получил от Вологодского записку, в которой сообщалось о предании военно-полевому суду членов Учредительного Собрания, не имевших никакого отношения к восстанию, если не считать их временной отлучки из открытой мятежниками тюрьмы. Адмирал тут же дал по телефону распоряжение начальнику гарнизона, чтобы этих людей под суд не отдавать.
Утром выяснилось, что шестнадцать «учредиловцев», половину из которых составляли социалисты, всё же ночью были расстреляны. Двоих из них, эсера Девятова и меньшевика Кириенко, присоединили к сорока четырём подлежащим военно-полевому суду большевикам, и всех ликвидировал сопровождавший их офицерский конвой. Офицеры - участники расстрела - были преданы суду, но часть их была по суду оправдана, часть же понесла наказание условно.
Впоследствии адмиралу очень активно вменяли в вину этот эпизод члены Чрезвычайной Следственной Комиссии при эсеро-меньшевицком Иркутском Политцентре, тем более что один из них - К. Попов - едва не оказался в числе расстрелянных. Колчак вполне резонно отвечал, что данное дело не входило в его личную компетенцию: «Это дело следствия, а я сам не давал каких-либо распоряжений по этому поводу. Каким образом я мог приказать следователю арестовать то или иное лицо? » Запрещал Колчак и телесные наказания, но, несмотря на это, следствие в Иркутске стремилось обвинить его во множестве конкретных, возможно даже реальных правонарушений, к которым лично Верховный Правитель отношения не имел.
Вслед за омским восстанием 26 декабря выступили канские рабочие и присоединившиеся к ним четыре роты солдат. Они захватили управления военного начальника и полиции Канска, почту, вокзал и склад с оружием, разоружили железнодорожную охрану. 27 декабря железнодорожники захватили станцию Иланскую к востоку от Красноярска и разоружили роту, посланную на подавление мятежа. 6 февраля рабочие Енисейска и местные солдаты заняли правительственные учреждения, арестовав чиновников города, прервали работу почты и телеграфа, освободили из тюрьмы политических заключённых. Потерпев поражение, канские, иланские и енисейские повстанцы ушли в тайгу, к партизанам (активное партизанское движение в крае началось ещё в ноябре 1918 года). По словам одного из белых офицеров, «вся Енисейская губерния и часть Иркутской буквально горели в огне партизанщины». Местами наиболее активного партизанского движения стала территория между реками Енисей и Кан, объявленная Степно-Баджейской партизанской республикой со своей «партизанской армией» под командованием А. Д. Кравченко и П. Е. Щетинкина, и окрестности села Тасеево - богатый хлебный район, связанный с рабочими золотых приисков енисейской тайги. Здесь была организована Тасеевская партизанская республика.
Уже в конце января 1919 года в Омске вновь была пресечена попытка вооружённого восстания. Все эти мятежи отвлекали войска с фронта, и зачастую для их подавления приходилось обращаться к иностранным подразделениям. Кроме того, карательные экспедиции (так назывались они и в официальных колчаковских документах) нередко действовали не только против партизан, но и против мирного населения, что лишь настраивало крестьян против власти Верховного Правителя и способствовало усилению влияния большевиков. Хотя необходимо отметить, что и партизаны действовали не только против войсковых соединений, а зачастую вели себя как разбойники, грабя и убивая мирных жителей, пуская под откос пассажирские поезда.
Помимо восстаний, огромный вред приносила и инертность значительной части населения, равнодушно смотревшей на происходящее и стремившейся жить по принципу «моя хата с краю». До прихода к власти Колчака сибирский и, отчасти, уральский крестьянин не познали ещё, что такое аграрная политика большевиков. Не испытав прелестей продразвёрстки и других форм грабежа, сибиряк искренне полагал, что большевики отдадут землю именно ему. Именно поэтому многие крестьяне не хотели защищать колчаковский режим, так до конца и не поняв сути его аграрной политики и считая Всероссийское Правительство лишь «реставратором старых порядков».
Охарактеризовав внутриполитическую ситуацию, попытаемся рассмотреть, как влияли на неё личные качества Верховного Правителя. На всю его деятельность прежде всего накладывало отпечаток то, что он был человеком военным. Пути борьбы с недостатками в работе аппарата управления в целом Колчак видел в постепенном сосредоточении всех важнейших направлений работы в собственных руках. Для этого при Ставке Главнокомандующего стали создаваться всё новые и новые службы, что, естественно, упорядочению работы не способствовало. Как писал Управляющий делами Совета министров Г. К. Гинс, «адмирал - Верховный Главнокомандующий поглотил адмирала - Верховного Правителя, вместе с его Советом министров...» Впрочем, нужно отметить, что такая ситуация возникла далеко не сразу, первоначально Колчак был более тесно связан с Советом министров, больше опирался на него.
Одним из самых важных вопросов для Всероссийского Правительства было его международное признание. На Парижской мирной конференции 7 мая 1919 года глава британского кабинета Д. Ллойд-Джордж выразил надежду, что скоро правительство Колчака переберётся в Москву. Считая своевременным признание новой всероссийской власти, английский премьер тем не менее хотел выговорить у Верховного Правителя ряд условий и получил в этом поддержку президента США В. Вильсона, добавившего, что от омского Правительства надо потребовать принятия и проведения программы демократических реформ. Настроения в пользу признания Колчака поддерживались даже некоторыми бывшими руководителями свергнутой Директории: так, Авксентьев выражал готовность служить адмиралу, который, естественно, приветствовал такое решение. В то же время без «условий» не обошлось и здесь: вместе с лидером «Лиги Республиканской России» А. Ф. Керенским эти политические банкроты просили Вильсона потребовать демократизации режима Колчака.
3 июня в Омск поступила обширная телеграфная нота из Парижа за подписью глав пяти союзных держав. В ноте говорилось о непримиримом отношении союзников к Советской власти, обещались материальная поддержка омскому Правительству и содействие реальному превращению его во всероссийское в том случае, если оно возьмёт на себя ряд обязательств: созыв после взятия Москвы Учредительного Собрания, избранного на демократических основаниях, а при невозможности проведения свободных выборов - оставление прежнего (на 1917 год) его состава; обеспечение в Сибири гражданских свобод (свободного избрания муниципалитетов, земств и других общественных организаций, свободы вероисповедания); невосстановление помещичьего землевладения и сословных привилегий; признание независимости Финляндии и Польши, урегулирование отношений с прибалтийскими государствами, Закавказьем и Закаспийской областью и признание их de facto; признание прежних русских долгов. Фактически эти требования были ничей иным, как вмешательством во внутренние дела России. Но выхода у Всероссийского Правительства в тот момент не было. В ответ, подготовленный министром иностранных дел И. И. Сукиным, адмирал внёс две поправки: во-первых, отразить в письме несогласие с восстановлением в правах Учредительного Собрания 1917 года, поскольку в его состав входили большевики, и, во-вторых, - разъяснить, что он не останется на своём посту ни на один день позже, «чем того требуют интересы России». Ни присланную союзническую ноту, ни ответ на неё Верховный Правитель не счёл необходимым довести до сведения Совета министров, почитая своё решение по этому вопросу исчерпывающим и окончательным.
Несмотря на некоторые недомолвки и неясности в ответе, он вполне удовлетворил «дружественные державы», обещавшие по-прежнему оказывать союзническую помощь. Единственное пожелание с их стороны состояло в том, чтобы Колчак, Вологодский и другие члены правительства почаще выступали в печати с рекламой своей «демократической» программы. Однако подлинного единодушия на Западе не было. Консервативные круги считали необходимым не только оказывать материальную поддержку омскому Правительству, но и признать его de facto и de jure; напротив, среди либеральной общественности, встревоженной «чинимыми в Сибири актами беззакония и произвола», господствовала противоположная точка зрения. В Англии её разделяли лейбористы, требовавшие разрыва отношений с Омском. Учитывая серьёзные выступления против поддержки Колчака, правительства стран Антанты стали скрывать истинные размеры оказываемой ему военной помощи. Главным же, что требовалось для признания сибирского Правительства, были победы его армий.
Омская дипломатия добивается военной помощи и на Востоке - от Японии. Улучшению отношений японцев к Колчаку способствовали боевые успехи его войск, а также относительная реабилитация Семёнова и назначение Атамана помощником командующего Приамурским военным округом. О переориентации японской политики свидетельствовала и отставка ещё в январе бывшего харбинского недоброжелателя Колчака, генерала Накашимы. Для признания Всероссийского Правительства, Японии было достаточно лишь подтверждения им всех долгов и международных обязательств прежних правительств. Получив необходимые заверения, японцы стали торопить западных партнёров с признанием адмирала.
Близкими союзниками до недавнего времени были чехословаки, и Верховный Правитель даже предоставил им ряд льгот, в том числе право приобретать недвижимость в Туркестанском крае вопреки запрету на такого рода привилегии для других иностранцев. Первые разочарования в чехословацких легионерах появились у Колчака после самовольного оставления ими боевых позиций; далее его всё больше раздражало нежелание чехов воевать, склонность их начальства к сближению с эсерами и меньшевиками, вызывающее всеобщее возмущение мародёрство войск.