Наибольшую неприязнь Колчака вызывали два высших представителя Чехословакии в Сибири - генерал Я. Сыровой и гражданский комиссар Б. Павлу. А тут ещё неожиданно разгневал Верховного Главнокомандующего и Гайда, выступивший с резкой критикой действий Ставки. Первый конфликт закончился примирением, но вскоре командующий Сибирской Армией был устранён со службы.
Говоря о союзнической помощи, нельзя не отметить, что оказывалась она далеко не безвозмездно. Она осуществлялась через займы или непосредственно под залог части золотого запаса Российской Империи, оказавшегося в руках Всероссийского Правительства. Общая номинальная стоимость запаса превышала 650 миллионов рублей, а на оплату поставок из-за рубежа Правительством было израсходовано около 242 миллионов.
Но, конечно, самым главным фактором, определявшим и внутреннюю, и внешнюю политику адмирала Колчака, оставалась непрекращающаяся война.
А дела на фронте шли с переменным успехом. Данные о численности армий Верховного Правителя в 1919 году несколько различаются между собой, совпадая лишь в указаниях на огромную разницу между числом бойцов и общей численностью едоков. Связано это было с тем, что в результате мобилизаций чрезвычайно разбухли тыловые учреждения и части. В декабре 1918 года численность боевого состава армий, по разным подсчётам, колебалась в пределах 100-120 тысяч человек, а к марту 1919-го она увеличилась до 150-170 тысяч. Помимо этого, в Сибири и на Дальнем Востоке находилось до 25 тысяч чехословаков, 36 тысяч японцев, 4-5 тысяч американцев, 1-2 тысячи англичан и канадцев, более 1 тысячи французов, а также формирования поляков, сербов, итальянцев, румын. Но практически все иностранцы находились в тылу, не принимая активного участия в боевых действиях.
Поскольку Колчак всегда продолжал чувствовать себя военным моряком, он, естественно, не мог не думать и о создании военно-морских сил, тем более что в его распоряжении было значительное количество морских офицеров, оказавшихся в Сибири после революции и развала флота. В течение 1918-1919 годов были сформированы три речные боевые флотилии - Камская, Обь-Иртышская и Енисейская, которые успешно взаимодействовали с сухопутными войсками, вели борьбу с флотилиями противника. Было сформировано также два подразделения морской пехоты - Отдельная бригада морских стрелков и Морской учебный батальон.
Противник же в декабре 1918 года имел в строю на Восточном фронте 750 тысяч человек, а к лету 1919 года - около одного миллиона.
В конце декабря 1918 года войска адмирала Колчака одержали крупную победу под Пермью, взятой на Рождество. Эта победа, принёсшая значительные трофеи, имела и огромное моральное значение; не могли омрачить её даже последующие неудачи на западном и южном участках фронта - оставление Уфы, Бирска, Оренбурга. «За разгром армий противника Русскими Армиями под управлением Верховного Правителя и Верховного Главнокомандующего адмирала А. В. Колчака, на основании параграфа 1 статьи 8-ой Георгиевского статута», Георгиевская Дума при Штабе Сибирской Армии поднесла адмиралу орден Святого Георгия III-й степени. «Принимая эту высокую воинскую награду, - писал Александр Васильевич в приказе, - я уверен, что доблестная возрождённая Русская армия не ослабеет в своём порыве и до конца доведёт дело освобождения России от врагов и поможет ей снова стать могучей и сильной в среде великих держав мира».
Ещё в те годы было сломано немало копий вокруг вопроса, правомерны ли награждения орденом Святого Георгия, практиковавшиеся на Востоке и Севере России, за отличия в Гражданской войне. На наш взгляд, для А. В. Колчака и многих, очень многих офицеров и солдат Белых Армий эта война вовсе не была междоусобной, а считалась продолжением Великой войны, поскольку большевики расценивались как ставленники немцев. В силу этого награждение Георгиевскими наградами в Гражданскую войну было для Верховного Правителя вполне правомерным.
Военные успехи зимой 1918/1919 года и весной 1919-го стали пиком успехов армии Колчака, причём они непосредственно связывались с личностью адмирала, четыре раза выезжавшего на фронт и во время продолжительных пребываний там стремившегося вникать в нужды офицеров и солдат. Конечно, это ещё больше укрепляло его авторитет.
В начале января 1919 года к Верховному Правителю приехал священник, посланный Святителем Тихоном, Патриархом Московским и всея России. Священник привёз миниатюрную фотографию образа Святителя Николая Чудотворца с Никольских ворот Московского Кремля и благословение Патриарха «на борьбу с атеистической временной властью над страдающим народом Руси». По свидетельству личного адъютанта адмирала, Колчак сказал тогда: «Я знаю, что есть меч государства, пинцет хирурга, нож бандита... А теперь я знаю, я чувствую, что самый сильный - меч духовный, который и будет непобедимой силой в Крестовом походе против чудовищного насилия!»
После крупных успехов белых под Пермью и неудач под Уфой и Оренбургом положение на фронте стабилизировалось. Та и другая стороны готовились к решительному удару. И в начале марта 1919 года войска Колчака, упредив красных, перешли в наступление и стали быстро продвигаться к Волге. Но уже к концу апреля наступательный потенциал был исчерпан, а большевики под руководством М. В. Фрунзе начали энергичное контрнаступление. Изменение стратегической обстановки и отход белых на новые рубежи были связаны с неустойчивостью и прямым предательством некоторых частей, в том числе печально известного Украинского «куреня» имени Тараса Шевченко. Почти всё лето армии Верховного Правителя терпят неудачи, они несут значительные людские и материальные потери.
19 июля по приказу Верховного Главнокомандующего войска перешли на продовольственное и фуражное самообеспечение за счёт местных ресурсов, оплачиваемых из казённых средств. Однако приказ платить за всё, приобретённое или изъятое у населения, выполнялся не всегда, что, естественно, вызывало озлобление.
Отступление продолжалось. Оказались израсходованными последние стратегические резервы. Только снятие большого количества красных полков и дивизий с Восточного на Южный и Петроградский фронты и срочные меры, предпринятые Колчаком и его сотрудниками, позволили задержать красных в сентябре - октябре во время боев на реке Тобол. На отдельных участках фронта колчаковским войскам удавалось достигать временных успехов, но с конца октября стремительное отступление возобновляется. 4 ноября противником был захвачен Ишим, 14 ноября - Омск, 22 декабря - Томск.
Колчак выехал из своей столицы 12 ноября, за два дня до её падения. Во время отступления между ним и командованием чехословацких частей, за которыми стоял французский генерал Жанен, произошёл конфликт, вызванный захватом бывшими союзниками двадцати тысяч железнодорожных вагонов. Помимо личного состава и имущества Чехо-Словацкого корпуса, вывозилось огромное количество «военной добычи», награбленной в России. Эти эшелоны забивали, железнодорожные пути, замедляя или совсем останавливая эвакуацию русских беженцев и войск. Зачастую же чехи просто отбирали паровозы у санитарных и беженских эшелонов.
8 декабря на станции Тайга братья Пепеляевы - командующий 1-й армией (из войск переформированной Сибирской) генерал А. Н. Пепеляев и сменивший Вологодского на посту председателя Совета министров В. Н. Пепеляев - потребовали у Колчака срочного созыва Земского Собора и кадровых перестановок в военном и морском ведомствах, угрожая Верховному Правителю арестом. На следующий день братьями был предъявлен ультиматум, согласно которому адмирал должен был объявить о созыве Сибирского Земского Собора в срок до 24 часов 9 декабря. Однако ультиматум выполнен не был. Относительной нормализации обстановки способствовало назначение Главнокомандующим войсками фронта генерала В. О. Каппеля. Генерал М. К. Дитерихс на аналогичное предложение ответил, что вступит в командование только в случае, если Колчак уедет за границу...
14 декабря после упорных боев был оставлен Ново-Николаевск, а вскоре, в результате измены, потерян Красноярск. Положение отступающих войск, а вместе с ними и Верховного Правителя, становилось просто катастрофическим.
27 декабря два поезда Верховного Правителя (его собственный и поезд с золотым запасом) были задержаны чехами в Нижнеудинске, за Красноярском. Под видом охраны от нападения «союзники» фактически взяли Верховного Правителя в заложники. Колчаку была вручена телеграмма генерала Жанена с требованием оставаться на месте до выяснения обстановки. К тому времени вспыхнуло восстание в Черемхове, на пути к Иркутску, а за ним и в самом Иркутске.
Мятежники требовали от чехов выдачи Колчака, В. Н. Пепеляева (который находился с ним в одном эшелоне) и золотого запаса взамен предоставления возможности свободной эвакуации из Сибири. В это же время шли переговоры между возглавившим иркутское восстание «Политическим Центром» (коалиция эсеров и социал-демократов при негласном участии большевиков), Жаненом и Советом министров о сдаче последним власти Политцентру. 3 января 1920 года Совет министров посылает Колчаку телеграмму с требованием об отречении от власти и передаче её А. И. Деникину. Адмиралу ничего не оставалось, как выполнить это требование, издав на следующий день свой последний указ.
Теперь речь шла только о спасении жизни, что дало бы возможность продолжать борьбу. Рассматривался вариант отступления в Монголию. Колчак счёл этот план приемлемым только при добровольном согласии солдат конвоя, но те покинули адмирала. Неожиданная измена конвоя так потрясла его, что он поседел за одну ночь. Фактически предали своего Верховного Главнокомандующего, отказав ему в помощи, и приближённые офицеры... Ещё раньше союзники предложили вывезти в своём эшелоне одного Колчака, без сопровождающих лиц. Но от этого предложения категорически отказался уже адмирал.
И генерал Жанен просто-напросто предал Александра Васильевича, заявив: «Мы психологически не можем принять на себя ответственность за безопасность следования адмирала... После того, как я предлагал ему передать золотой запас под мою личную ответственность и он отказал мне в доверии, я ничего уже не могу сделать».