Поскольку Колчак всегда продолжал чувствовать себя военным моряком, он, естественно, не мог не думать и о создании военно-морских сил, тем более что в его распоряжении было значительное количество морских офицеров, оказавшихся в Сибири после революции и развала флота. В течение 1918–1919 годов были сформированы три речные боевые флотилии – Камская, Обь-Иртышская и Енисейская, которые успешно взаимодействовали с сухопутными войсками, вели борьбу с флотилиями противника. Было сформировано также два подразделения морской пехоты – Отдельная бригада морских стрелков и Морской учебный батальон.
Противник же в декабре 1918 года имел в строю на Восточном фронте 750 тысяч человек, а к лету 1919 года – около одного миллиона.
В конце декабря 1918 года войска адмирала Колчака одержали крупную победу под Пермью, взятой на Рождество. Эта победа, принесшая значительные трофеи, имела и огромное моральное значение; не могли омрачить ее даже последующие неудачи на западном и южном участках фронта – оставление Уфы, Бирска, Оренбурга. «За разгром армий противника Русскими Армиями под управлением Верховного Правителя и Верховного Главнокомандующего адмирала А. В. Колчака, на основании параграфа 1 статьи 8-ой Георгиевского статута», Георгиевская Дума при Штабе Сибирской Армии поднесла адмиралу орден Святого Георгия III-й степени. «Принимая эту высокую воинскую награду, – писал Александр Васильевич в приказе, – я уверен, что доблестная возрожденная Русская армия не ослабеет в своем порыве и до конца доведет дело освобождения России от врагов и поможет ей снова стать могучей и сильной в среде великих держав мира».
Еще в те годы было сломано немало копий вокруг вопроса, правомерны ли награждения орденом Святого Георгия, практиковавшиеся на Востоке и Севере России, за отличия в Гражданской войне. На наш взгляд, для А. В. Колчака и многих, очень многих офицеров и солдат Белых Армий эта война вовсе не была междоусобной, а считалась продолжением Великой войны, поскольку большевики расценивались как ставленники немцев. В силу этого награждение Георгиевскими наградами в Гражданскую войну было для Верховного Правителя вполне правомерным.
Военные успехи зимой 1918/1919 года и весной 1919-го стали пиком успехов армии Колчака, причем они непосредственно связывались с личностью адмирала, четыре раза выезжавшего на фронт и во время продолжительных пребываний там стремившегося вникать в нужды офицеров и солдат. Конечно, это еще больше укрепляло его авторитет.
В начале января 1919 года к Верховному Правителю приехал священник, посланный Святителем Тихоном, Патриархом Московским и всея России. Священник привез миниатюрную фотографию образа Святителя Николая Чудотворца с Никольских ворот Московского Кремля и благословение Патриарха «на борьбу с атеистической временной властью над страдающим народом Руси». По свидетельству личного адъютанта адмирала, Колчак сказал тогда: «Я знаю, что есть меч государства, пинцет хирурга, нож бандита… А теперь я знаю, я чувствую, что самый сильный – меч духовный, который и будет непобедимой силой в Крестовом походе против чудовищного насилия!»
После крупных успехов белых под Пермью и неудач под Уфой и Оренбургом положение на фронте стабилизировалось. Та и другая стороны готовились к решительному удару. И в начале марта 1919 года войска Колчака, упредив красных, перешли в наступление и стали быстро продвигаться к Волге. Но уже к концу апреля наступательный потенциал был исчерпан, а большевики под руководством М. В. Фрунзе начали энергичное контрнаступление. Изменение стратегической обстановки и отход белых на новые рубежи были связаны с неустойчивостью и прямым предательством некоторых частей, в том числе печально известного Украинского «куреня» имени Тараса Шевченко. Почти все лето армии Верховного Правителя терпят неудачи, они несут значительные людские и материальные потери.
19 июля по приказу Верховного Главнокомандующего войска перешли на продовольственное и фуражное самообеспечение за счет местных ресурсов, оплачиваемых из казенных средств. Однако приказ платить за все, приобретенное или изъятое у населения, выполнялся не всегда, что, естественно, вызывало озлобление.
Отступление продолжалось. Оказались израсходованными последние стратегические резервы. Только снятие большого количества красных полков и дивизий с Восточного на Южный и Петроградский фронты и срочные меры, предпринятые Колчаком и его сотрудниками, позволили задержать красных в сентябре – октябре во время боев на реке Тобол. На отдельных участках фронта колчаковским войскам удавалось достигать временных успехов, но с конца октября стремительное отступление возобновляется. 4 ноября противником был захвачен Ишим, 14 ноября – Омск, 22 декабря – Томск.
Колчак выехал из своей столицы 12 ноября, за два дня до ее падения. Во время отступления между ним и командованием чехословацких частей, за которыми стоял французский генерал Жанен, произошел конфликт, вызванный захватом бывшими союзниками двадцати тысяч железнодорожных вагонов. Помимо личного состава и имущества Чехо-Словацкого корпуса, вывозилось огромное количество «военной добычи», награбленной в России. Эти эшелоны забивали железнодорожные пути, замедляя или совсем останавливая эвакуацию русских беженцев и войск. Зачастую же чехи просто отбирали паровозы у санитарных и беженских эшелонов.
8 декабря на станции Тайга братья Пепеляевы – командующий 1-й армией (из войск переформированной Сибирской) генерал А. Н. Пепеляев и сменивший Вологодского на посту председателя Совета министров В. Н. Пепеляев – потребовали у Колчака срочного созыва Земского Собора и кадровых перестановок в военном и морском ведомствах, угрожая Верховному Правителю арестом. На следующий день братьями был предъявлен ультиматум, согласно которому адмирал должен был объявить о созыве Сибирского Земского Собора в срок до 24 часов 9 декабря. Однако ультиматум выполнен не был. Относительной нормализации обстановки способствовало назначение Главнокомандующим войсками фронта генерала В. О. Каппеля. Генерал М. К. Дитерихс на аналогичное предложение ответил, что вступит в командование только в случае, если Колчак уедет за границу…
14 декабря после упорных боев был оставлен Новониколаевск, а вскоре, в результате измены, потерян Красноярск. Положение отступающих войск, а вместе с ними и Верховного Правителя, становилось просто катастрофическим.
27 декабря два поезда Верховного Правителя (его собственный и поезд с золотым запасом) были задержаны чехами в Нижнеудинске, за Красноярском. Под видом охраны от нападения «союзники» фактически взяли Верховного Правителя в заложники. Колчаку была вручена телеграмма генерала Жанена с требованием оставаться на месте до выяснения обстановки. К тому времени вспыхнуло восстание в Черемхове, на пути к Иркутску, а за ним и в самом Иркутске.
Мятежники требовали от чехов выдачи Колчака, В. Н. Пепеляева (который находился с ним в одном эшелоне) и золотого запаса взамен предоставления возможности свободной эвакуации из Сибири. В это же время шли переговоры между возглавившим иркутское восстание «Политическим Центром» (коалиция эсеров и социал-демократов при негласном участии большевиков), Жаненом и Советом министров о сдаче последним власти Политцентру. 3 января 1920 года Совет министров посылает Колчаку телеграмму с требованием об отречении от власти и передаче ее А. И. Деникину. Адмиралу ничего не оставалось, как выполнить это требование, издав на следующий день свой последний указ.
Теперь речь шла только о спасении жизни, что дало бы возможность продолжать борьбу. Рассматривался вариант отступления в Монголию. Колчак счел этот план приемлемым только при добровольном согласии солдат конвоя, но те покинули адмирала. Неожиданная измена конвоя так потрясла его, что он поседел за одну ночь. Фактически предали своего Верховного Главнокомандующего, отказав ему в помощи, и приближенные офицеры… Еще раньше союзники предложили вывезти в своем эшелоне одного Колчака, без сопровождающих лиц. Но от этого предложения категорически отказался уже адмирал.
И генерал Жанен просто-напросто предал Александра Васильевича, заявив: «Мы психологически не можем принять на себя ответственность за безопасность следования адмирала… После того, как я предлагал ему передать золотой запас под мою личную ответственность и он отказал мне в доверии, я ничего уже не могу сделать».
Эшелон Верховного, разукрашенный флагами союзных держав, приближался к Иркутску. На станции Черемхово к охранявшим Колчака чехам присоединилась охрана из революционных рабочих. Вечером 15 января поезд прибыл в Иркутск, где Колчак, Пепеляев, Тимирева и 113 человек, еще остававшихся в эшелоне, были заключены в Иркутскую губернскую тюрьму.
С 21 января по 6 февраля Колчака допрашивали члены следственной комиссии, назначенной Политцентром. Всего прошло девять заседаний. Реальных обвинений Колчаку члены комиссии выдвинуть не могли, и значительная часть протоколов посвящена выяснению обстоятельств дореволюционной биографии Колчака; лишь в самом конце вопросы стали касаться карательных операций и репрессий, проводившихся в период возглавления им Всероссийского Правительства. Опубликованные в СССР в 1925 году протоколы допроса, уже начиная с 1930-х годов, стали изыматься из библиотек и оказались практически недоступными читателям: даже «отредактированные» и, как доказано сейчас, искаженные – они не могли скрыть благородный облик адмирала, невольно показывая его вовсе не таким, как требовала советская пропаганда и верно служившая ей историография.
По самой распространенной версии, 7 февраля адмирал Александр Васильевич Колчак и Виктор Николаевич Пепеляев были убиты около устья реки Ушаковки при впадении ее в Ангару. Существуют, впрочем, и свидетельства в пользу того, что убийство было совершено либо в тюремных камерах, либо во дворе тюрьмы. Когда председатель следственной комиссии С. И. Чудновский, войдя в камеру Колчака, объявил ему «приговор» – постановление Иркутского Военно-Революционного Комитета, адмирал якобы не смог сдержать восклицания: «Как! Без суда?» Для него – цивилизованного человека – было непостижимо, как можно отправлять на смерть без какого-либо разбирательства и без доказательства вины. В бытность свою Верховным Правителем он сам старался не допускать ничего подобного и сурово наказывал виновных. Чудновский отказал Колчаку в последней просьбе – проститься с А. В. Тимиревой. На просьбу же передать супруге, которая уже находилась в Париже, что он благословляет своего сына, Чудновский ответил только: «Если не забуду – сообщим». Можно только представить себе, как звучало бы благословение, переданное палачом-чекистом…