Собственные трудности Северного фронта совпали с получением печальных известий о поражениях на других Белых фронтах, которые вызвали большую тревогу у населения и сильно подействовали на моральное состояние войск, так что Миллеру как Главнокомандующему пришлось выступить в печати с пространными объяснениями сложившегося положения. Может быть, к этому времени относится и свидетельство о явлении в Архангельске Божией Матери с Младенцем Иисусом. Группа гимназистов от 10 до 13 лет видела, как невысоко над горизонтом Пресвятая Богородица простирала руки ладонями вниз, благословляя город. Богомладенец, сидящий на Ее коленях, крестообразно осенил Архангельск, благословив Белые войска, – возможно, на жертвенность и мученичество. Об этом был составлен протокол, засвидетельствованный архангельским духовенством, в том числе Епископом Пинежским, викарием Архангельской Епархии, Павлом (Павловским).
В декабре 1919 года всякая боевая деятельность на Северном фронте прекратилась из-за снежных заносов. В тылу же бурлила политическая жизнь и происходили события, наносившие прямой вред фронту.
Миллер как генерал-губернатор и Главнокомандующий всеми русскими вооруженными силами сосредоточил в своих руках огромную власть. Однако в Правительстве после ухода союзников произошел значительный сдвиг влево: введенные в его состав представители земско-городских организаций принадлежали к партии эсеров, и, обладая правом решающего голоса, мешали принятию нужных Главнокомандующему решений. «Министр без портфеля», Председатель губернской земской управы эсер П. П. Скоморохов выступал с критикой действий власти, завершая свои речи предложением мира с большевиками, и эти предательски-соглашательские идеи становились достоянием солдатской массы.
В интересах Области и защиты ее от большевиков Главнокомандующий мог бы установить открытую военную диктатуру, устранив Правительство и сосредоточив всю полноту власти в своих руках. К этому его прямо подталкивала полученная еще 10 сентября радиограмма из Омска об утверждении 29 августа Верховным Правителем Колчаком «Положения об управлении Северным краем» и присвоении Миллеру прав Главного Начальника края. Но Евгений Карлович посчитал, что предусматривавшееся «Положением» упразднение Правительства повлекло бы за собой внутренние осложнения в Области в момент ухода союзников, и не стал проводить в жизнь решений Верховного Правителя. Это согласуется со свидетельствами о том, что генерал всегда стремился «уловить пульс общественно-политической жизни» и «найти линию компромисса». С другой стороны, те же, кто одобрял Миллера за это, считали его все-таки «скорее администратором, чем Главнокомандующим».
В январе 1920 года, когда ясно обозначились катастрофы на всех других Белых фронтах, в Северной Области усилилась агитация большевиков, в своих прокламациях угрожавших, что они могут «в любой момент сбросить с вашего пятачка пинком ноги в море» русские войска. Специальные обращения к офицерам с подписями некоторых бывших царских генералов уверяли, что у большевиков офицеры восстановлены в прежних правах, получают отличное вознаграждение, а их семьи обеспечены пайком. И эти призывы производили довольно сильное впечатление. Агитацию за прекращение войны развернули и эсеры, смыкаясь в этом с большевиками и разваливая фронт. Вновь начались волнения и измены в полках, ранее считавшихся надежными.
В связи с возможным падением Северного фронта среди командного состава остро встал вопрос об эвакуации армии. В том, что он оказался плохо разработанным и большинство защитников Области в конце концов было брошено на произвол судьбы, прямая вина Главнокомандующего генерала Миллера. Он полностью доверился своему начальнику Штаба Квецинскому, который не смог ни грамотно разработать, ни тем более успешно провести эвакуацию войск. Намеченный Квецинским план сухопутного отступления на Мурман носил крайне несерьезный характер и вызывал насмешки и негодование у фронтового командования.
С морским транспортом дело обстояло совсем плохо, поскольку ледоколы были все время заняты перевозкой продовольствия. На растерянные вопросы Правительства, как же эвакуироваться, адмирал Л. Л. Иванов посоветовал запастись валенками, указывая, что он своевременно предупреждал обо всем. Было неблагополучно и на Мурмане. После ухода союзников Начальник Мурманского края В. В. Ермолов совсем потерял голову: в администрации царили хаос и неразбериха, а он считал нужным забрасывать Главнокомандующего телеграммами с резкой критикой Временного Правительства и угрозой поднять бунт и отделиться. Миллер спокойно складывал телеграммы в ящики письменного стола, считая их очередной истерикой, хотя было известно, что Ермолов высказывается за образование на Мурмане отдельного штата под покровительством англичан.
Миллер был полон решимости продолжать борьбу и в 1920 году, но возможности обороны он ставил в прямую зависимость от поставок в Область боевого снаряжения, подчеркивая в своих январских телеграммах русскому послу в Лондоне Е. В. Саблину, что «без получения дополнительного снаряжения борьба невозможна», так как разведка указывает на значительное усиление красных войск, и что английские поставки – «вопросы первостепенной важности, решающей судьбу области». Однако переговоры закончились безрезультатно: 13 февраля 1920 года Саблин сообщил о своей уверенности в том, что «достать снаряжение не удастся» в связи с новой, примиренческой политикой Англии по отношению к большевикам.
В начале февраля 1920 года в Архангельске открылось Губернское Земское Собрание, оппозиционно настроенное и к генералу Миллеру, и к остаткам прежнего Правительства и призывавшее население к заключению мира с большевиками и выдаче им офицеров, после чего большевики якобы признают Северную Область самостоятельным государством. Фронтовые начальники на собранном Миллером совещании высказались за арест и предание суду зачинщиков-демагогов, пригрозив в противном случае своей отставкой. Но этим же вечером было получено донесение с Двинского фронта, что большевики начали наступление, а 7 февраля на Железнодорожном фронте восстал один из лучших полков – 3-й Северный.
Эти события произвели страшное впечатление на Миллера и на Земское Собрание. Главнокомандующий был вынужден пойти на уступки, в результате чего сформировалось объединенное, из различных групп и политических партий, правительство, названное «Правительством Спасения». Оно выпустило воззвание к населению с призывом к борьбе, хотя в это время думать можно было уже только об эвакуации. На фронте разложение перекидывалось от одного полка к другому, и они отходили к Архангельску. За несколько дней, с 8 по 16 февраля, перестали существовать Онежский, Селецкий, Двинский фронты.
Тем не менее 16 февраля на заседании Городской Думы и общественных организаций Миллер выступил с речью, заверяя, что на фронте положение серьезное, но не безнадежное, и призвал думцев ехать на фронт для воодушевления солдат. При этом он скрыл от аудитории, что накануне уже были начаты радиопереговоры с большевиками о сдаче Северной Области. Обратился Миллер и к английскому правительству с просьбой о посредничестве, приказа же об эвакуации он пока не отдавал, хотя 15 февраля во всех тыловых учреждениях Архангельска уже поднялась паника. Фронтовые офицеры, прослышав о частичной эвакуации штаба, выражали беспокойство о судьбе своих семей, на что Миллер ответил: «Пусть господа офицеры не беспокоятся, я беру на себя заботу об их семьях».
Главнокомандующий прекрасно осознавал свои обязательства перед офицерами и солдатами-добровольцами, но не сумел проявить в эти последние дни Белого Севера ни распорядительности, ни мужества. Уход из Архангельска был назначен на 19 февраля, а пока на прибывший утром 18-го ледокол «Козьма Минин» тайком были погружены Штаб и моряки с семействами. Утром 19-го погрузка шла на яхту «Ярославна», но об этом не были осведомлены даже все воинские учреждения Архангельска. Утром 19 февраля 1920 года «Ярославна» и «Минин» отошли от пристани…
Миллер позорно бежал, с ним выехало всего около 650 человек. В Белом море «Минина» нагнал оставленный в порту и захваченный там вышедшими из подполья большевиками ледокол «Канада», который открыл было огонь по беглецам, но после недолгого боя повернул назад. В жизни Евгения Карловича перевернулась самая яркая страница, которая могла бы стать и самой славной и доблестной, если бы не это постыдное оставление солдат своего фронта на растерзание большевикам. В свое оправдание он писал на борту ледокола: «Может быть, другой, более опытный, более предусмотрительный и государственно развитый руководитель мог бы сделать лучше и больше… [Я] сделал, что мог и как умел, и в одном только чувствую угрызение совести, что в критический момент я оказался не с теми, кто всем рискует на фронте, а на пароходе, отвезшем меня, правда вопреки моим намерениям, не в Мурманск, а в Норвегию, за что меня вправе будут упрекать те, кто с таким трудом ныне пробивается в Финляндию». Трудно сказать, намеревался ли он в самом деле следовать в Мурманск, а тем, кто в снегах без дорог отходил в Финляндию, было не легче от его угрызений совести. Бегство Главнокомандующего офицеры приняли близко к сердцу, среди них было даже несколько самоубийств. От Печоры до Мурмана войска распадались, подчас арестовывая и выдавая большевикам своих начальников, сдаваясь на милость победителя, хотя на самом деле милости ожидать не приходилось. «Штабы предали фронт», – подводило офицерство итог борьбы на Севере.
Красный комиссар Н. Н. Кузьмин считал столь легкую ликвидацию Северного фронта «удивительно счастливой». По его мнению, белые могли бы без особых затруднений выполнить план эвакуации и дойти до Мурманских позиций благодаря плохому состоянию советских войск, обессиленных тяжелой зимой. Расстояние между ними и отступающими измерялось десятками верст. Но не было лица и центра, которые бы координировали эвакуацию отдельных участков Белого фронта. После бегства Штаба и Главнокомандующего его бойцы пали духом и во всем видели измену. Из многотысячной армии удалось уйти в Норвегию и Финляндию лишь немногим более 1 200 военнослужащих.