Планы вооруженной борьбы против коммунизма удалось реализовать только в Испании, где в июле 1936 года вспыхнула Гражданская война. Участие в ней чинов Обще-Воинского Союза на стороне националистов Миллер объявил продолжением Белой борьбы. 25 декабря 1936 года им был опубликован циркуляр о порядке приема в армию Ф. Франко, причем добровольцы должны были иметь подписанные Миллером удостоверения о благонадежности. Когда 1 апреля 1939 года «Национальная Испания» победила, генерал Франко в своем приказе воздал должное русским белым добровольцам, но председатель РОВС генерал Миллер об этом уже не смог узнать. 22 сентября 1937 года он был похищен советской разведкой с помощью своего ближайшего сотрудника генерала Н. В. Скоблина и его жены певицы Н. В. Плевицкой. Вероятно, расчет советских спецслужб строился на том, чтобы убрать неподкупного Миллера и посадить на его место своего агента: тогда вся военная эмиграция оказалась бы в руках чекистов. РОВС был бы добит страшнейшей провокацией, если бы не записка, оставленная Миллером в день похищения.
В этот роковой для себя день, 22 сентября 1937 года, уходя на деловое свидание из управления РОВС на улице Колизе, он вручил генералу П. В. Кусонскому запечатанный конверт со словами: «Вот что, Павел Васильевич, сохраните это. Вы подумаете, может быть, что я сошел с ума… Но если что-нибудь случится, вскройте тогда это письмо». Пакет Кусонский вскрыл только в 11 часов вечера, после того, как исчезновение Миллера было обнаружено чинами Общества Северян, которые напрасно прождали своего всегда аккуратного председателя с 8-ми до 9 часов 20 минут вечера в помещении РОВС, где было назначено очередное заседание. Записка Миллера гласила: «У меня сегодня в 12.30 часов дня свидание с генералом Скоблиным на углу улиц Жасмэн и Раффэ. Он должен отвезти меня на свидание с германским офицером, военным атташе при лимитрофных государствах, Штроманом и с г[осподином] Вернером, прикомандированным к здешнему германскому посольству. Оба хорошо говорят по-русски. Свидание устраивается по инициативе Скоблина. Возможно, что это ловушка, а потому на всякий случай оставляю эту записку. 22 сентября 1937 г. Генерал-лейтенант Миллер». Допрошенный Скоблин пытался отрицать свое свидание с Миллером в этот день, был изобличен, однако сумел ускользнуть…
В 2 часа 30 минут 23 сентября соратники Миллера заявили в полицейском участке об исчезновении генерала и бегстве Скоблина. Немедленно была поставлена на ноги вся парижская полиция… но было уже поздно.
Французскому следствию удалось реконструировать точную картину и хронологию похищения. Встреча Скоблина и Миллера произошла недалеко от того места, где советское посольство арендовало несколько домов для своих сотрудников и других советских служащих; из окна ближайшего дома человек, знавший Скоблина и Миллера, видел их, стоявших у входа в пустующее здание советской школы, а также третьего человека, стоявшего спиной к свидетелю. Через 10 минут после того, как все трое вошли в здание школы, серый закрытый грузовик с дипломатическим номером припарковался перед зданием. Этот же автомобиль 3 часа спустя прибыл в Гавр и остановился у дока, рядом с советским торговым судном «Мария Ульянова». Из грузовика был вытащен и перенесен на судно массивный деревянный ящик размерами в человеческий рост. Вскоре «Мария Ульянова» снялась с якоря и ушла в открытое море, не известив предварительно администрацию порта. Однако официальная французская версия во имя соображений «высшей политики» обошла роль советского посольства и сделала упор на участие в похищении Скоблина и Плевицкой. Оба они были осуждены – Скоблин заочно, а Плевицкая скончалась в тюрьме в 1940 году.
По чудом сохранившемуся свидетельству самого Миллера, сразу после похищения он был связан, усыплен хлороформом и в бессознательном состоянии отвезен на советский пароход, где очнулся лишь 44 часа спустя – на полпути между Францией и Ленинградом.
По свидетельству одного из участников похищения, уже здесь Евгений Карлович показал свою силу духа: на пароходе он дрожал от холода, т. к. был одет в летний костюм, и, приняв предложенную ему теплую рубашку, сказал: «Я очень Вам благодарен за одежду, без которой я бы дрожал от холода, а они могли бы подумать, что я дрожу от страха». И далее, в ответ на советы дать ложные показания и тем купить себе спасение, Миллер говорил: «Я врать не буду. Так как мои противники – большевики, троцкисты и сталинисты ненавистны мне в одинаковой степени, то я, как Царский генерал, не позволю себе играть на руку одной из этих банд убийц».
29 сентября 1937 года, ровно через неделю после похищения, состоялся первый допрос Миллера во Внутренней тюрьме на Большой Лубянке. Генерала поместили в наиболее строго охраняемую одиночную камеру № 110. Он, вероятно, еще надеясь, что ему удастся дать знать о себе в Париж, пишет два письма – сначала 29 сентября жене «Тате», затем начальнику Канцелярии РОВС генералу Кусонскому. Из писем видно, что больше всего Евгения Карловича беспокоили состояние его жены, которой он не мог сообщить, что жив и здоров («Прошу тебя поскольку возможно, взять себя в руки, успокоиться, и будем жить надеждой, что наша разлука когда-нибудь кончится…»), а также заботы РОВС (в письме Кусонскому – сведения о незаконченных благотворительных делах и тревога, чтобы это «не забылось, не затерялось»; письмо заканчивается словами: «Будущее в руке Божией. Может быть, когда-нибудь и увидимся еще в Париже»). 4 ноября 1937 года Миллер пишет начальнику тюрьмы заявление с просьбой хотя бы кратко известить жену, что он жив, и тем успокоить ее, но просьба эта была напрасной.
Всю осень 1937 года следователем Н. П. Власовым велись допросы Миллера. 27 декабря в одиночную камеру № 110 явился лично Нарком внутренних дел Н. И. Ежов. На следующий день Миллер направляет ему заявление и прилагает 18-страничную записку о повстанческом движении в СССР, которую следователь еще 10 октября посчитал недостаточной и которую Миллер с тех пор дополнил некоторыми сведениями. Из содержания записки Миллера «Повстанческая работа в Советской России» можно было сделать вывод, что ни РОВС, ни сам генерал Миллер не имели ровно никакого отношения к организации и руководству антисоветскими выступлениями внутри страны. Для советских спецслужб такие данные не представляли никакой ценности, поэтому следователь Власов и вернул их Миллеру сразу.
Миллер никого не предал из своих соратников, и ничего конкретного о работе РОВС чекисты из уст Миллера не узнали. Они, видимо, добивались от него согласия выступить с призывом к эмиграции отказаться от борьбы с большевиками и с этой целью внушали ему легенду о том, что похищенный ими генерал Кутепов жив. В ответ на это Миллер 10 октября 1937 года в письме Ежову выдвинул контрпредложения: Кутепову и ему как лицам, «мнения которых для чинов РОВСа и для других офицерских и общественных организаций несомненно авторитетны», дать возможность объехать хотя бы часть страны и убедиться, что население СССР не враждебно к Советской власти, что оно довольно установившимся порядком и что материальное и моральное положение народа в СССР действительно улучшается. «Нужны по крайней мере 2 голоса – Кутепова и мой, чтобы эмиграция… по крайней мере прислушалась и задумалась бы о дальнейшем», – писал генерал. Но что могли ответить на это Миллеру убийцы Кутепова и сотен тысяч других русских людей?! Без ответа остались и постоянные просьбы Евгения Карловича об отправке жене весточки из неволи.
Миллер еще надеялся хоть на какое-то человеческое отношение со стороны своих врагов, не понимая до конца, к кому же в руки он попал. В письме от 30 марта 1938 года он просит Ежова разрешить ему побывать в церкви, чтобы «отговеть на ближайшей неделе» и «в течение одной недели во время Великого поста», ссылаясь на… декларации советского правительства и даже на Ленина, провозглашавших свободу вероисповедания. Не дождавшись ответа на это письмо, 16 апреля 1938 года Миллер вновь пишет Ежову: «…решаюсь дополнительно просить Вашего разрешения на передачу Его Высокопреосвященству Митрополиту Московскому приложенного при сем письма». Но послание Миллера Владыке Сергию (Страгородскому) с просьбой о передаче в тюрьму Евангелия на русском языке и «Истории Церкви» и со словами «болезненно ощущаю невозможность посещения церкви» также не было передано адресату. Никакого духовного утешения в последние месяцы своей жизни Евгений Карлович не получил.
Последний по времени документ, написанный Миллером, датирован 27 июля 1938 года. Письмо Ежову полно тревоги о своей жене: «Меня берет ужас от неизвестности, как отразится на ней мое исчезновение. 41 год мы прожили вместе!» Миллер взывал к чувству милосердия Народного Комиссара, напоминая, сколько раз уже пытался получить разрешение послать письмо Наталии Николаевне, просил «прекратить те нравственные мучения, кои с каждым днем становятся невыносимее». «Неужели Советская власть… захочет сделать из меня средневекового Шильонского узника или второе издание “Железной маски” времен Людовика ХIV?» – спрашивал Миллер Ежова.
Но судьбу генерала решил уже другой Нарком внутренних дел – Л. П. Берия, причем в экстренном порядке и в течение нескольких часов. 11 мая 1939 года в 23 часа 05 минут по приговору Военной Коллегии Верховного Суда СССР Евгений Карлович Миллер был расстрелян, а в 23 часа 30 минут тело его сожжено. «Дело», заведенное на него в НКВД, тогда же было уничтожено, как будто бы и не было вовсе в Москве генерала Миллера. Но несколько документов уцелели: письма Миллера и последние скорбные бумаги, относящиеся к нему, оказались присоединенными к совершенно другому делу. Это и сохранило их для истории.
С момента похищения и до своей смерти Евгений Карлович проявил необычайную выдержку, силу воли и несокрушимую крепость духа. Вера в Бога и преданность Церкви выражена словами генерала: «Я не покончу самоубийством прежде всего потому, что мне это запрещает моя религия». Поставив себя уже за черту жизни, генерал Миллер продолжал числить себя на прежнем посту, убежденный, что даже в безнадежности своего положения он может служить светлым извечным идеалам: «Я докажу всему миру и моим солдатам, что есть честь и доблесть в русской груди. Смерть будет моей последней службой Родине и Царю. Подло я не умру». Он отдал свою жизнь «За Веру, Царя и Отечество».