Миллер проявлял немалую заботу о состоянии духа нижних чинов, об их питании, досуге, быте. Он добился большой разницы окладов солдат и офицеров на фронте и в тылу. В Коммерческом собрании города Архангельска был открыт русский солдатский клуб, где читались лекции и давались концерты и спектакли. Известно, что Миллер за такие труды пользовался большой личной популярностью среди белых солдат-северян.
Командующий Северной армией Е.-Л. К. Миллер был сторонником наступательных действий по линиям железных дорог на юг, по речным долинам. Союзное британское командование выступало за позиционную войну, отклоняя все предложения о проведении наступательных операций на мурманском направлении и вдоль реки Северная Двина.
Английский генерал Айронсайд по этому поводу высказывался так: «Наступать мы, конечно, не могли, русские войска были ненадежны, а нас было очень мало». Марушевский же в свою очередь писал, что все предложения белого командования о наступлении «отклонялись союзниками по мотивам недостаточности войск и ненадежности населения, сочувствующего большевикам».
Получив права генерал-губернатора, Миллер сразу же занялся установлением контактов с адмиралом А. В. Колчаком. 30 апреля Временное правительство Северной области приняло решение о своем подчинении Верховному правителю России. Собственно говоря, в условиях Гражданской войны в России такое решение должно было состояться.
Для установления непосредственной связи в начале марте был послан Сибирский экспедиционный отряд есаула Н. Н. Мензелинцева (два русских и один английский офицер, 19 солдат, в том числе два британца), которые на оленях проделали путь до Чердыни в полторы тысячи верст за 40 суток. В день отряд покрывал 70–80 верст тяжелого пути. Мензелинцев, прибыв в Омск, сделал личный доклад адмиралу Колчаку. Позднее этот путь из Архангельска в Сибирь повторил отряд небольшой численности генерала В. А. Кислицына.
Напряженная военно-организаторская работа Миллера «не прошла мимо» Временного правительства Северной области. Своим решением оно присвоило ему 30 мая 1919 года очередное воинское звание генерала от кавалерии. Но царский генерал такого высокого производства не принял, продолжая именоваться генерал-лейтенантом.
Тем временем на Северном фронте порой творилось что-то малопонятное Миллеру. Когда белые на реке Пинеге перешли в наступление и отбили у красных несколько деревень, в британском Йоркширском полку начались митинги: солдаты английской короны не пожелали идти в бой.
В мае из штаба адмирала Колчака пришло указание строить оперативные планы на соединение войск в Архангельске с Сибирской армией, после чего «армиями будет организовано наступление на Москву». Как известно, такого соединения не получилось из-за внутреннего брожения в русских частях Северной армии, хотя ее противник был слабым. В конце мая к белым хлынул поток дезертиров из Красной Армии, их полки оказались сильно разбавлены пленными. Колчаковские войска, взяв Пермь, не смогли пробиться к Вятке, чтобы выйти на линию Северной Двины.
Верховный правитель адмирал Колчак указом от 10 июня 1919 года назначил генерал-лейтенанта Е.-Л. К. Миллера «главнокомандующим всеми сухопутными и морскими вооруженными силами России, действующими против большевиков на Северном фронте». Но фактически вступление Миллера в эту должность откладывалось до лучших времен: Временное правительство Северной области еще не ушло в отставку.
Тем временем плохих новостей, приходивших в Архангельск, становилось все больше. Армии Колчака отступали. На Двинском фронте взбунтовался так называемый Дайеровский батальон Славяно-британского легиона, из которого более 200 солдат перешло на сторону красных. 11 участников восстания были расстреляны белыми. Остальная часть батальона была отведена в тыл и превращена в рабочие команды. Считается, что в этом восстании был виноват сам Миллер. В качестве эксперимента он составил батальон, которым командовали английские офицеры, из пленных красноармейцев и арестантов-большевиков из тюрем Архангельска.
Новое восстание солдат произошло на Онеге. В итоге оборвалась связь Архангельска по суше с Мурманском. То есть и до того «плохо склеенный» Северный фронт рвался на части. С каждой наступательной операцией фронт все дальше удалялся от своих баз – портовых городов. Союзники же все больше и больше упорствовали в своем нежелании наступать. Втайне от белых они стали готовиться к эвакуации своих войск с российского Севера, считая, что тем без них не удержать фронт с Архангельском и Мурманском. В действительности так и оказалось.
Союзники-англичане так оценивали положение на Северном фронте в середине лета 1919 года: «Северная Россия не давала надежд на самостоятельные результаты, а с неудачей генерала Колчака все военные действия на этом участке были обречены на бесплодность, и даже более того – положение там было обескураживающим».
Союзное командование Антанты уже планировало эвакуацию своих войск с Русского Севера, а лучшую часть русской Северной армии, тысяч десять, перевезти на своих кораблях к Юденичу и Деникину. Миллер же был убежден, что ликвидация Северной области равнозначна измене Белому делу. И что это будет сильным моральным ударом для других белых армий.
Миллер брал всю ответственность за судьбу белой Северной армии на себя. Чтобы прикрыть эвакуацию союзников, он проводит наступательную операцию на Северной Двине, начавшуюся 10 августа. Она увенчалась полным успехом: противник здесь понес полное поражение, потеряв только пленными 3 тысячи человек и всю артиллерию в числе 18 орудий разных калибров. Три канонерки красных получили серьезные повреждения. Потери русско-британских отрядов генерала Садлер-Джексона, внезапно атаковавших неприятеля, составили всего 145 человек убитыми и ранеными. Наступление Красной Армии на Архангельск было приостановлено.
6 августа Миллер вступил в должность главнокомандующего войсками Северного фронта. Начальником его штаба стал генерал М. Ф. Квецинский, прибывший из Англии. Со своими обязанностями он в силу многих лет не справлялся и ситуацией на фронте не владел. Тем временем союзники заканчивали последние приготовления к эвакуации. В 4 часа утра 27 сентября караван их судов начал вытягиваться с архангельского рейда. Вместе с войсками Антанты Северную область покидало от 5 до 6 тысяч беженцев и 1845 русских военнослужащих, большей частью из состава Славяно-британских легионов.
Затем, 12 октября, иностранные экспедиционные войска эвакуировались из Мурманска. Здесь тоже с ними покинуло Отечество немалое число беженцев.
Эвакуацией войск Антанты руководил прибывший по такому случаю из Лондона фельдмаршал Г. С. Роулинсон, командовавший в Первой мировой войне армией. После успешного решения эвакуационных дел он вскоре получил должность командующего британскими войсками в Индии.
Экспедиционные войска Антанты уходили с Русского Севера не без большого урона. Так, общие потери англичан составили 106 офицеров и 877 нижних чинов, в том числе убитыми 41 офицер и 286 нижних чинов. Американцы потеряли только убитыми в боях 109 человек, умершими от ран, болезней и случайных причин – 135 человек.
Покидая Архангельск, союзники старой России по Антанте по-своему распорядились с тем военным имуществом, которое они увезти с собой не могли. Немалое число его, в том числе «лишние» артиллерийские орудия, снаряды и патроны, были уничтожены. Или, говоря иначе, утоплены в водах Северной Двины и Белого моря. Уничтожение таким образом запасов оружия делалось из соображения, чтобы оно не досталось красным.
Миллер и его войска остались без союзников и без всякой материальной помощи. Главнокомандующий стал принимать крайние меры для защиты Архангельска. 1200 человек из числа «большевистских элементов» высылается на Мурман, в Иоканьгу. Городское ополчение доводится до двух тысяч человек. Из штабных офицеров и военных чиновников формируется офицерская рота. В день ухода союзников в Архангельске объявляется осадное положение.
Обстановка на Севере накалялась. 15 сентября на острове Мудьюг произошло восстание заключенных, воспользовавшихся малочисленностью охраны. При подавлении его было убито 11 человек, 13 – расстреляны по приговору военного суда. Бежало 53 человека, большинство из которых вновь арестовали. Лишь небольшой группе мудьюгских узников удалось добраться до расположения красных войск на Пинеге.
На Пинеге произошло восстание в 8-м Северном стрелковом полку. Жертвами восставших солдат оказались несколько офицеров, часть которых, оказавшись в безвыходном положении, покончила с собой, взорвав себя ручными гранатами. Восстание в полку было сурово подавлено верхне-пинежскими белыми партизанами-крестьянами.
В конце сентября красные войска начали наступление на Двинском рубеже. Чтобы переломить ход событий, Миллер назначает командующим Северной армией генерал-майора И. А. Данилова. Тому удается в октябре на железнодорожном участке Северного фронта (на вологодском направлении) провести ряд удачных операций в районах Мезени, Печоры и Пинеги. Но это был лишь временный успех. Начавшаяся снежная зима с ее морозами на время приостановила активные боевые действия.
О той последней наступательной операции белой Северной армии в конце 1919 года генерал-лейтенант Е.-Л. К. Миллер писал в апреле 1926 года в Париже следующее:
«…Северная область не запятнала себя дезертирством, изменой святому делу борьбы за освобождение России; она нашла в себе силы молчанием ответить на соблазнительные, шкурные зазывания английского командования. Слабые духом под разными предлогами уехали, а оставшиеся сомкнули ряды и в энергичном наступлении нашли выход своим сомнениям.
В критические для большевиков октябрьские дни, когда генерал Юденич, заняв Красное Село и Лигово, был в 10 верстах от Петербурга, когда войска генерала Деникина заняв Воронеж, Орел и Брянск, казалось через две недели должны долететь до Москвы, северные стрелки на всем фронте от финляндской границы до Урала успешно продвигались вперед: на Мурманском фронте уже недалеко был Петрозаводск и Андреевский флаг развевался на Онежском озере, на железнодорожном фронте был взят ряд укрепленных позиций, в течение целого года запиравших дальнейшее продвижение на юг, на Двине отбиты были демонстративные атаки большевиков, весь Пинежский район перешел к Северной области в результате местного восстания и нашего продвижения, Яренский уезд Вологодской губернии налетом партизан под руководством наших офицеров избавился от советских властей и присоединился к Северной области, на далекой Печоре комиссары и небольшие отряды Красных бежали и уверенность населения в возможности спокойно работать была настолько велика, что в Усть-Ухте снова приступили к работам по изысканию и добычи нефти; свыше 25 тысяч пленных и немало оружия явились трофеями этого наступления, большинство пленных тут же высказывали свою полную готовность и радость вступить в ряды наших войск, чтобы драться с ненавистными большевиками, обещавшими им мир и пославшими их под пули своих же соотечественников.