В начале 1918 года партизанский отряд был расформирован. С частью своих партизан Шкуро, уже объявленный «злейшим врагом советской власти», сумел через Дагестан пробраться в район Кисловодска. Там он на время затаился. Своей открытой враждебности к новой власти он не скрывал, хотя за это можно было запросто поплатиться жизнью. Тем временем на Юге России уже зачиналась Гражданская война. Казачий полковник был арестован, но ему удалось во Владикавказе бежать из тюрьмы.
Шкуро начал собирать вокруг себя верных людей, укрывшись в горных лесах у станицы Бекешевской. Здесь 25 мая 1918 года он зачитал приказ № 1 по созданному им отряду, который состоял из семи офицеров и шести казаков, имевших на вооружении 4 винтовки, 2 револьвера и 2 бинокля. Так на Кубани начиналась партизанская война, вспыхнула первая искра восстания казачества против власти большевиков в районе Кисловодска.
Отряд «волков-партизан» рос быстро: красный террор бросил в его ряды не только кубанских и терских казаков. Против власти Советов восстала вся станица Суворовская, которая поставила в строй три конные и две пластунские сотни. Руководил выступлением есаул Русанов, который стал верным соратником Шкуро на всю Гражданскую войну. Примеру Суворовской последовала соседняя станица Воровсколесская. Вскоре запылал весь Баталпашинский отдел Кубанского казачьего войска.
Советская власть ответила карательными мерами и жестокими расправами над казачьим населением Северного Кавказа. Кисловодское ЧК взяло в заложницы жену Шкуро и, угрожая расправой над ней, предложило полковнику сдаться. Тот отправил в Кисловодск ответное письмо:
«Если большевики убьют мою жену, то клянусь, что вырежу в свою очередь все семьи комиссаров, какие мне попадутся в руки. Относительно же моей сдачи передайте им, что тысячи казаков доверили мне свои жизни, и я не брошу их и оружия не положу…»
Жене Шкуро удалось совершить побег, и до конца октября она скрывалась в горах близ Нальчика. Тем временем белоказачий полковник организовал нападение на Кисловодск, но в той ситуации город удержать не смог. Местный красногвардейский гарнизон был разгромлен, а из тюрьмы освобождено несколько сотен заложников, которым грозил расстрел.
В самое короткое время партизанский отряд А. Г. Шкуро вырос численно почти до десяти тысяч человек. Он представлял собой дивизию из трех конных полков (кубанских 1-го и 2-го Хоперских и терского 1-го Волгского), пластунской бригады из трех батальонов (один был из терских казаков), конного Горского (черкесского) дивизиона.
Белый партизан А. Г. Шкуро действовал с размахом. Значение своих побед летом 1918 года он видел в том, что его казаки, пока еще малочисленные и плохо вооруженные, «били красную армию, страшную только для беззащитных». Его победные дела стимулировали восстание в Лабинском отделе, центром которого стала станица Прочноокопская. Отдел выставил пять тысяч повстанцев. Шкуринцы вели бои на территории как Кубанского, так и Терского казачьих войск. Искусство конных рейдов мировой войны «полнилось» в годы войны Гражданской.
Соединение «партизанских» войск с деникинской Добровольческой армией состоялось в городе Ставрополе, который Шкуро занял 7 июля. Красногвардейский гарнизон бежал из города. В нем формируется Ставропольский офицерский полк. На первых порах генерал-лейтенант А. И. Деникин присылает в помощь партизанам-кубанцам только бронепоезд с командой из кубанских казачьих офицеров.
Шкуро сдает командование дивизией генералу С. Г. Улагаю, а сам формирует Отдельную Кубанскую партизанскую бригаду, основой которой стали бойцы его отряда старого формирования. Бригада стала частью Добровольческой армии. Ее командир заявил, что в борьбе с большевиками он будет опираться на свое «партизанское прошлое». Деникин доверял такому человеку.
Белый партизан начал действовать против городов Ессентуки и Кисловодск, где скопились большие силы красных, теснимых Добровольческой армией. Продолжались казачьи восстания. Станицы по нескольку раз переходили из рук в руки. Гражданская война на Северном Кавказе достигла пика своего накала. Войска Шкуро подвергают разгрому Минераловодскую группу противника. 15 сентября берется город Кисловодск, захватываются 3 тысячи пленных, два орудия, 2500 винтовок и до 200 тысяч патронов.
Красные войска отбивают у белых Ставрополь и Кисловодск, но ненадолго. Деникин присылает на помощь Шкуро 1-ю Кубанскую дивизию генерала Покровского, а с ней боеприпасы, которые подходили у «партизан» к концу: 100 тысяч патронов и 500 снарядов. Последовал новый удар войск Шкуро, и красные полки, охваченные эпидемией тифа, в беспорядке отступили в пустынные астраханские степи с их леденящими ветрами. Была освобождена Терская область и ее столица город Владикавказ.
В конце октября Кубанская рада присвоила Андрею Григорьевичу Шкуро генерал-майорский чин. Главнокомандующий генерал-лейтенант Деникин, который на войне не терпел своевольства, был вынужден согласиться с таким производством. При этом он оговорился, что Шкуро за свою недисциплинированность заслуживает не повышения в чине, а разжалования.
Кубанская рада, славившая казачьего героя, пожаловала белого партизана орденом Спасения Кубани высшей, 1-й степени, что вполне соответствовало делам и поступкам награжденного. 9 ноября 1918 года А. Г. Шкуро становится начальником Кавказской конной дивизии.
Накануне нового, 1919 года в боевых сводках штаба Добровольческой армии появились слова: «9-я армия красных уничтожена». Но в горах Восточного Кавказа продолжались бои с ее остатками и отрядами «большевизированных» горцев, преимущественно ингушей и чеченцев, объединенных в красную 12-ю армию. Особенно жестокие бои велись в Баталпашинском отделе. Горские народы признали власть генерала Деникина только к началу марта 1919 года, но мира в горах не наступило.
Добровольческая армия объединяется с Донской армией в Вооруженные силы Юга России. Красная Армия перешла в наступление. Чтобы сдержать ее натиск, в Донецкий каменноугольный бассейн с Кавказа перебрасываются белые войска, в том числе кубанцы Шкуро. Его дивизия теперь именуется 1-й Кавказской казачьей дивизией. Апрель и май 1919 года прошел в ожесточенных боях, которые велись чаще всего вдоль линий железных дорог.
Дивизия Шкуро, пополненная пулеметными тачанками, демонстрировала искусство маневрирования, заняв важный город Юзовку. Ее командир за победы в Донецком каменноугольном бассейне производится в генерал-лейтенанты. Этот чин Андрей Григорьевич получил уже от главнокомандующего, тоже генерал-лейтенанта А. И. Деникина. Теперь у Деникина сомнений в правильности повышения в чине героя армейской «партизанщины» не находилось: он видел, кто «делает погоду» на фронте и бесстрашно рискует своей головой.
Новопроизведенный генерал-лейтенант назначается командующим 3-м конным корпусом в составе двух дивизий – 1-й Кавказской и 1-й Терской. Шкуро получает также на усиление 2-ю Кубанскую казачью дивизию и 1-ю Терскую пластунскую бригаду. В ходе боев за Донбасс его корпусу противостояла «армия батьки Махно». Она была разгромлена в 3-дневных боях в Северной Таврии. В итоге белые казаки занимают махновскую столицу Гуляй-Поле.
Затем 3-й конный корпус захватывает важный железнодорожный узел Синельниково (тыловая база красных) и город Екатеринослав. В храмах пели «Многая лета партизану Земли Русской воину Андрею». 20 июня 1919 года, во время парада в освобожденном Царицыне, главнокомандующий ВСЮР Деникин объявил так называемую «Московскую директиву».
Корпус А. Г. Шкуро перебрасывается на главное направление, оказывая содействие наступавшему 1-му армейскому корпусу генерала Кутепова. В корпусе остаются прежние две дивизии, пластунская пехота заменяется отдельными стрелковыми батальонами из пленных красноармейцев.
Партизан Шкуро запрашивает у ставки главнокомандующего разрешение совершить глубокий рейд по красным тылам, но Деникин требует неукоснительного исполнения плана наступления на Москву. 29 августа конница Шкуро, отправившись в рейд, с налета берет Воронеж, но вместо дальнейшего продвижения вперед ей ставится задача обеспечить выход из тылов противника мамантовского 4-го Донского корпуса. Воронеж оставляется красным. В сентябре идут сильные бои, и советская 8-я армия отступает перед белоказаками.
17 октября конница Шкуро вторично берет Воронеж, который был опоясан линиями окопов и колючей проволоки, четыре красных бронепоезда вели перекрестный огонь. В город первым ворвались шкуринский Волчий дивизион и терский Горско-Моздокский полк. Было захвачено около 13 тысяч пленных, 35 орудий и огромные склады с оружием и обмундированием. Теперь почти вся железнодорожная линия Воронеж – Лиски находилась в руках белоказаков.
Деникин прислал генерал-лейтенанту А. Г. Шкуро приветственную телеграмму, в которой говорилось: «…Прошу передать доблестным частям ген(ерала) Мамантова и ген(ерала) Шкуро мою искреннюю благодарность за их последнюю боевую работу, закончившуюся разгромом частей 8-й советской армии и захватом важного Лискинского железнодорожного узла…»
Победы «вскружили» головы белому командованию. Шкуро стал разрешать массовые отпуска своих казаков домой, чего в той ситуации делать было никак нельзя. С учетом боевых потерь его корпус уменьшился почти до трех тысяч шашек. Подобная ситуация наблюдалась и у донцов. Тем временем красные перешли в контрнаступление, и свежий 15-тысячный конный корпус бывшего драгуна С. М. Буденного оказался перед сильно ослабленным корпусом Шкуро.
Завязались бои. У Шкуро забирают 1-ю Терскую казачью дивизию, которая уходила в белый тыл на борьбу с «армией» Махно. Одновременно вместо надежного тыла Кубань становится центром «кубанского сепаратизма», что пагубно сказывалось на казачьих войсках, находившихся на фронте, которые стали проявлять нежелание идти на Москву. Вокруг Воронежа в начале октября завязались бои с красной конницей Буденного.
Шкуро писал в «Записках белого партизана»: «Начался ряд боев вокруг Воронежа с инициативой на стороне Буденного. Вначале он обнаружил достаточную безграмотность – атаковал меня одновременно во многих пунктах малыми отрядами. Уступая ему охотно эти пункты, я обрушивался затем превосходными силами своего резерва на небольшие отряды и уничтожал их…