В роковой день 31 августа 1986 года пароход «Адмирал Нахимов», прибыв из Ялты, пришвартовался у пассажирского 34-го причала в Новороссийске. Судно простояло в порту до вечера и, в 22 часа, приняв пассажиров, отошло от причальной стенки. На борту, по официальной версии, находилось 1243 человека: 346 членов экипажа и 897 пассажиров.
Во время разворота судна в акватории порта, капитан Марков запросил по УКВ у поста регулирования движения судов (ПРДС) информацию об обстановке на створах и на рейде. Пост ответил, что на пути судна и на рейде движения в настоящее время нет, единственное судно, которое подходит со стороны Босфора, — сухогруз «Петр Васев», следующий в порт под выгрузку канадского ячменя (он предупрежден о выходе пассажирского парохода и обещал пропустить его на выходе из бухты). Пароход прошел ворота порта, вышел на курс 154,2 и стал следовать по направлению к буям Пенайских банок, которые находились на выходе из бухты. Постепенно набирая обороты, «Адмирал Нахимов» шел со средней скоростью около 9 узлов.
Сухогруз «Петр Васев» приближался к порту Новороссийск со скоростью 11,5 узла. В 21 час 30 минут на мостик поднялся капитан В. И. Ткаченко и принял управление на себя. На мостике в это время также находился третий помощник капитана П. Зубюк. Ткаченко передал станции Новороссийск-17 (ПРДС) и Новороссийск-5 (портнадзор) информацию о судозаходе и подтвердил, что уступит дорогу «Адмиралу Нахимову». Позже Ткаченко подтвердил ту же информацию вахтенному второму помощнику капитана парохода А. Чудновскому. «Адмирал Нахимов» и «Петр Васев» вели переговоры по УКВ и договорились разойтись на выходе правыми бортами.
В 23 часа капитан парохода В. Марков, задав обороты и курс судна 160 градусов, покинул мостик, оставив старшим вахтенного второго помощника, А. Чудновского. Кроме него на мостике парохода находились матросы Е. Смирнов, Ю. Вышаренко, Р. Фахретдинов.
Александр Чудновский постоянно вел визуальное наблюдение за приближающимся по правому борту сухогрузом. Минут через пять, обнаружив опасное сближение судов, Чудновский вышел на связь с «Петром Васевым», еще раз уточнил порядок расхождения и получил подтверждение, что «Петр Васев» пропускает пароход «Адмирал Нахимов».
Третий помощник капитана П. Зубюк, наблюдая огни парохода визуально, неоднократно говорил капитану, что машина переведена в маневренный режим, а пеленг на «Адмирала Нахимова» практически не меняется, что говорит об угрозе столкновения. Свои доклады Зубюк одновременно записывал в бортовой журнал. И уже после столкновения капитан Ткаченко стер показания в бортжурнале, вписал новые и нажал на Зубюка, чтобы тот согласился с измененными данными, но тот отказался. Ткаченко, передоверившись показаниям САРП, который на мониторе показывал благополучное расхождение, на замечания своего помощника не обращал внимания. Лишь под действием настойчивых просьб с «Адмирала Нахимова» он поднял глаза и увидел, что его судно на полном ходу идет прямо на пассажирский пароход. Через некоторое время Ткаченко стал отдавать команды в машинное отделение — сначала «средний вперед», «малый вперед», «стоп» и сразу «полный назад». Несмотря на то что гребной винт уже работал на задний ход, сухогруз сохранял прежние параметры движения, следуя на опасное сближение с пароходом «Адмирал Нахимов».
На мостике «Адмирала Нахимова» А. Чудновский приказал изменить курс судна сначала на 5 градусов влево, потом еще на 5 градусов, потом еще на 10 градусов, таким образом пытаясь уклониться от надвигающегося на него «Петра Васева». Чудновский отдал команду «Лево на борт!», одновременно по УКВ прокричал «Петру Васеву»: «Работать немедленно назад!» Рулевой только успел переложить руль лево на борт, как произошло столкновение. Это случилось в 23 часа 12 минут.
Услышав три гудка и предположив, что подавать их может только «Петр Васев», капитан Марков посмотрел в иллюминатор, но судна справа не увидел. Однако, предчувствуя недоброе, решил подняться на мостик и выяснить обстановку. Удар сухогруза застал его по пути наверх. Оказавшись на мостике, капитан Марков отдал команду «Лево на борт!» с целью выбросить судно на мелководье, однако рулевой доложил, что судно не слушается. Пароход обесточился. Капитан, не имея возможности передать общесудовой сигнал тревоги и сигнал «SOS» по радио, приказал голосом объявлять по судну «шлюпочную тревогу».
«Петр Васев», успев погасить скорость лишь до 5 узлов, вошел в середину правого борта парохода под углом 110°. В подводной части балкер вошел своей выступающей частью, бульбом, в корпус «Адмирала Нахимова» на несколько метров в районе переборки между машинным и котельным отделением. «Адмирал Нахимов» продолжал по инерции двигаться вперед, разворачивая сухогруз и тем самым увеличивая размер пробоины в правом борту, которая, по оценке экспертов, после расцепления судов составила около 80 квадратных метров.
Пароход стал валиться на правый борт. Людей охватила паника. Через короткий промежуток времени запустился аварийный дизель-генератор (АДГ) на шлюпочной палубе — заработало аварийное освещение, которое работало всего две минуты. Эти минуты стали спасительными для многих пассажиров.
«Адмирал Нахимов» тонул толчками. Крен на правый борт уже был около 45 градусов. Люди хватались за леера и за все, за что только можно было ухватиться. Кто-то перелезал на левый борт и по нему сползал в воду. Многие оказались заблокированными в каютах. С тонущего парохода матросам удалось сбросить большинство надувных спасательных плотов, которые стали единственными средствами спасения для утопающих. Через семь минут после столкновения, имея крен на правый борт около 60 градусов, «Адмирал Нахимов» полностью ушел под воду.
Второй помощник капитана Александр Чудновский, который управлял судном в момент столкновения, вынес себе смертный приговор сам: понимая, что судно обречено, он спустился в свою каюту и закрыл дверь на ключ.
В это время из порта навстречу «Петру Васеву» шел лоцманский катер «ЛК-90» с лоцманом М. Карповым для проводки сухогруза к причалу. Увидев накренившийся на правый борт пароход, капитан катера О. Лях прокричал в эфир: «„Нахимов «лег на борт!» В 23 часа 35 минут «ЛК-90» подошел к месту катастрофы и приступил к спасению людей, одновременно передав по радио, что понадобятся буксиры и спасательные катера.
О столкновении судов было немедленно доложено капитану порта Г. Л. Попову, который тут же по телефону отдал указание всем плавсредствам следовать в район аварии для спасения людей. Первыми снялись буксиры портофлота, рейдовые катера, малые пассажирские катера, пассажирские суда на подводных крыльях «Комета». Одновременно команда сниматься и следовать в район катастрофы поступила на пограничные катера.
«ЛК-90» к тому времени принял на борт со значительным перегрузом около 118 человек. Часть пассажиров позже были пересажены на другие подоспевшие суда.
Сигнал тревоги прозвучал и в Новороссийском высшем инженерно-морском училище. Курсанты немедленно вышли в море на ялах, едва выгребая против ветра.
Всего в спасательной операции приняло участие 64 плавединицы.
Команда спасать людей была отдана и сухогрузу «Петр Васев». Капитан Ткаченко приказал следовать в район аварии малым ходом. Ветер к тому времени разогнал волну до высоты в 2 метра. Пострадавших людей ветром и течением стало относить прямо на сухогруз и через некоторое время по обоим бортам плавало несколько десятков человек. Ткаченко приказал спустить на воду весельную шлюпку и мотобот, а также опустить парадный трап для приема пострадавших на борт. Однако парадный трап заклинило и его спустить не удалось. Всего за ночь экипажем сухогруза было поднято 36 уцелевших пассажиров и один погибший.
Пострадавших людей доставляли на 34-й причал, к морвокзалу, где уже находились бригады «скорой помощи» и милиция. Каждый прибывший проходил регистрацию. Однако у многих спасенных людей в море остались родственники, друзья. Люди толпились возле стеклянной стены морвокзала, не отрывая взглядов от места катастрофы.
При крушении «Адмирала Нахимова» погибло 423 из 1234 человек. Найти и поднять на поверхность удалось не всех. 64 человека навсегда остались под водой.
Из Москвы была направлена правительственная комиссия во главе с первым зампредом Совета министров СССР Гейдаром Алиевым. Украинскую группу возглавлял секретарь ЦК Компартии Украины Яков Погребняк. Для расследования причин катастрофы из Москвы прибыла группа из пятидесяти человек, в том числе несколько следователей прокуратуры и заместителей председателя КГБ, замминистра внутренних дел, министры морского флота, транспорта и торговли, ответственные работники ЦК и других ведомств.
1 сентября 1986 года на месте катастрофы начали работали водолазы. Чтобы проникнуть внутрь парохода, в борту пришлось вырезать отверстия. Судно легло на грунт почти полностью на правый борт. Продольные коридоры превратились в узкие лазы, поперечные — в шахты. Повсюду была разбросана мебель, в коридорах образовались целые завалы из ковровых покрытий, мебели и человеческих тел. Большинство дверей кают заклинило.
В 1987 году, к первой годовщине трагедии, на мысе Дооб был сооружен памятный знак в память погибшего парохода и его пассажиров. Ежегодно 31 августа на место катастрофы приходит катер с родственниками погибших. Они опускают на воду венок и бросают цветы.
10 сентября, работая в помещениях затонувшего судна, погиб военный водолаз. 19 сентября попал в завал и не смог самостоятельно выбраться второй водолаз. После этого поисковые работы на затонувшем пароходе «Адмирал Нахимов» решением правительственной комиссии было решено прекратить.
В 2006 году, в двадцатую годовщину гибели судна, на борту затонувшего судна закреплен освященный деревянный крест и служителем Свято-Успенского храма Новороссийска отцом Алексеем было совершено заупокойное богослужение. Отец Алексей стал первым и единственным в мире священником, совершившим поминальную службу под водой