Осмотр саксонской армии показал, что к войне она была совершенно не подготовлена: офицеры не могли ездить верхом на конях, а артиллеристы не знали, что такое конные упряжки для орудий; орудия были чуть ли не столетнего образца, а возраст офицеров перешагнул все предельные рамки. Они могли ещё кое-как пройти шагом на параде, но для походов не годились. Кавалеристы выглядели лучше, но у них были плохие кони. В организационном и тактическом отношении армия отстала на целое столетие. В позитив можно было записать лишь доброе отношение саксонцев к своему командующему, достаточно высокий боевой дух и выносливость солдат.
Ко всему прочему, Бернадот со своей саксонской армией оказался на самом выдвинутом в сторону противника участке, и в случае начала военных действий он не имел никакого представления ни о планах верховного командования на эту кампанию, ни о роли, которая ему была в ней предназначена. Дело было в том, что начальник генштаба Бертье целых 3 недели не высылал ему никаких приказов или инструкций. Всё было похоже на то, чтобы дискредитировать маршала и сделать из него мальчика для битья.
Уже на следующий день пребывания в Дрездене он написал письмо Наполеону, в котором излил всю горечь и недовольство. Он прямо заявил, что саксонская армия, если её оставить в качестве самостоятельной единицы, никакой пользы французскому оружию не принесёт. Он предлагал использовать её части вместе с более крупными французскими или влить саксонские бригады в состав французских дивизий и просил императора освободить его от командования армией. Своё мнение по этому поводу он повторил ещё в четырёх письмах, в них он жаловался на Бертье, на отсутствие информации, на своё пошатнувшееся здоровье, но всё было напрасно.
25 марта обычной почтой (!) пришли наконец указания из генштаба. Бертье кратко и сухо проинформировал Бернадота лишь ...о путях отхода и оставлении в Дрездене 3-тысячного саксонского гарнизона! На следующий день начгенштаба потребовал от него отчёта о своих силах, включающих в себя польский корпус и дивизии Дюпа и Брюйера. Разозлённый Бернадот написал Бертье, что гарнизон Дрездена как минимум должен быть раз в 7 сильнее, и что он первый раз слышит о том, что командует ещё польским корпусом Йозефа Понятовского, дислоцированным где-то под Данцигом, и какими-то французскими дивизиями. И ещё одно отчаянное письмо пошло к Наполеону, в котором он описал все свои злоключения и закончил его словами: а Я заклинаю Ваше Величество дать мне отставку, если, конечно, В.В. не предпочтёт направить меня в далёкую экспедицию, где мои недруги уже не смогут повредить мне».
Не предпочёл. Его Величество решил оставить его с небоеспособной армией и поставить перед ним заранее невыполнимые боевые задачи. Со стороны это решение, вероятно, выглядело как умышленный план уничтожить маршала. Маршал трижды повторил свою просьбу в апреле, а пока в ожидании ответа занимался реорганизацией и спешным обучением саксонской армии.
В это время в Дрезден прибыл шведский майор Лягранж (вероятно, французского происхождения), знакомец Бернадота по любекским событиям и соучастник государственного переворота и ареста короля Густава IV Адольфа. Он, по свидетельству Венкера-Вильдберга и Хёйера, привёз маршалу известие о восхождении на престол короля Карла XIII и предложение фельдмаршала Клингспура о заключении перемирия. Основываясь на добрых известиях о поведении маршала в Любеке, высшее шведское руководство решило обратиться с мирным предложением именно к Понте-Корво.
Князь тепло принял Лягранжа и написал письмо Клингспуру, в котором заверил шведского коллегу в получении благоприятного ответа на его предложение от своего императора, после чего шведский эмиссар был препровождён в штаб-квартиру Наполеона. Одновременно маршал-князь написал письмо к генералу Гратьену, командующему французской армией на балтийском побережье, призвав его немедленно прекратить военные действия со шведами. Наполеон, по мнению Хёйера, не выразил никакого неодобрения по поводу самостоятельных действий своего маршала, в то время как Венкер-Вильдберг пишет, что они вызвали у императора раздражение, поскольку-де они нарушали его планы разделить Швецию между Данией и Россией. При этом немецкий историк считает, что Понте-Корво фактически спас суверенитет Швеции.
В начале апреля ситуация в штабе Бертье наконец прояснилась. 12 апреля в Дрезден поступило сообщение о том, что 6 апреля Австрия объявила войну Франции, и Бернадот должен был, отконвоировав саксонского курфюрста в более безопасный Лейпциг и оставив в Дрездене гарнизон, отходить с саксонской армией на юго-запад к Дунаю, в район между Донаувюртом и Инголь- штадтом. Наличных сил у него вместе с французами было около 17 ООО человек, из которых саксонцев было лишь 13 ООО, а не 20 ООО, как значилось в бумагах Бертье. Бернадоту, как бы в насмешку, оставили польский корпус, но какой от него был толк, если он находился на другом театре военных действий? Всё равно что на Луне!
16 апреля он отправил очередной рапорт на увольнение и выступил из Дрездена. 24 числа армия прибыла в Веймар. Этот короткий поход показал, что саксонцы были не так уж и плохи, но 20 апреля, когда саксонцы были в Гере, Понте-Корво всё равно написал ещё один рапорт, но отправить его не успел, потому что пришло наконец письмо от Наполеона, датированное 19 апреля. Император находился в Ингольштадте и писал: «Дорогой месье свояк! Все Ваши письма получил. Начавшуюся войну мне предстоит вести при согласовании с Россией. В этой комбинации Вы играете особую роль. Найдите в этом доказательство моего к Вам уважения и оценки Вас в том назначении, которое я Вам дал». И всё: ни слова о жалобах маршала, ни единого упоминания об его возможной отставке и о третировании маршала со стороны Бертье. Какую особую роль должен был сыграть Понте-Корво в этой кампании, император тоже не пояснил. Т. Хёйер считатет, что Наполеон сделал намёк на то, что с помощью русских Бернадот мог бы стать герцогом Варшавским. Поняв этот намёк именно таким образом, Бернадот якобы смирился со своим положением и о своей отставке уже больше не помышлял.
В письме наконец прояснялись статус саксонской армии и её ближайшие задачи. Армию преобразовывали в 9-й корпус, который, по данным генштаба, должен был включать 3 дивизии (на самом деле дивизий было две). Корпусу придавались всё те же две мистические польские дивизии и гарнизоны Данцига и Глогау, так что у Понте-Корво набиралось — на бумаге — до 50 ООО человек. Но поляки стояли под Варшавой и идти пополнять 9-й корпус пока не собирались. Гарнизоны упомянутых городов тоже оставались на своих местах, так что на деле маршалу приходилось рассчитывать только на саксонцев, которых едва набиралось на 2 дивизии — 16 302 человека при 26 орудиях. Наполеон только что прибыл к армии и в обстановке ещё не разобрался, а начштаба армии Бертье делал вид, что с 9-м корпусом всё в порядке.
Наполеон приказал идти корпусу в Богемию, но уже на другой день изменил приказ и направил его вдоль баварско-богемской границы к Регенсбургу, где он должен был соединиться с главной французской армией. Приказы и контрприказы, отменявшие первые, следовали от Бертье один за другим. Начальник генштаба приказывал вторгнуться в Богемию, и когда Бернадот был уже у богемской границы, отменял его, а через несколько дней возобновлял снова. В конце концов, обогнув Регенсбург, Понте-Корво 13 мая появился под Линцем. Здесь он соединился с вюртембергским миникорпусом генерала Вандамма и вместе с ним вступил в бои с противником, в которых саксонцы проявили и храбрость, и стойкость.
Согласно первоначальному замыслу Наполеона, Бернадот должен был войти в южную часть Богемии (Чехии), но 21—22 мая под Асперном-Эсслингом произошли кровавые столкновения с австрийцами, и Наполеон впервые потерпел здесь поражение. Исход кампании находился под вопросом, и вместо Богемии 9-й корпус был передвинут для прикрытия переправы через Дунай на линии Линц—Эннс—Штейер. Бернадот, оставив Вандамма, должен был пойти в направлении Будвейса, но, ввиду тяжёлых горных условий, этот приказ выполнить отказался, о чём 28 мая и доложил Наполеону. Бертье при этом полагал, что князь располагал силами, насчитывавшими до 32 ООО человек, хотя у него не было и половины этой цифры.
У Линца Бернадот простоял до конца мая, а потом, передав позиции баварскому корпусу Лефевра, переместился на восток к Санкт-Пёльтену, где простоял до 27 июня. 6 июня 1809 года император вызвал Бернадота в замок Шёнбрунн (Вена) и обласкал его. Наполеон находился в прекрасном настроении — с ним находилась Мария Валевская! Император сочувственно отнёсся к положению 9-го корпуса и предложил реорганизовать его по французскому уставу. Саксонцев свели в усиленные батальоны, избавились от непригодных старых и больных солдат и офицеров, отправив их домой, а для усиления корпуса придал изрядно потрёпанную французскую дивизию генерала Дюпа, которую Бернадот усилил тремя саксонскими батальонами.
В середине июня австрийская армия вторглась в беззащитную Саксонию, и это самым тяжёлым образом сказалось на настроениях и боевом духе саксонцев в 9-м корпусе. В то время как они без дела стояли на Дунае, их страна подверглась грабежам и насилию. Бернадот предложил передислоцировать корпус в Саксонию, но Наполеон попросил его подождать до решающих событий.
Решающее событие произошло 5—6 июля под деревней Ваграм. В жизни маршала оно тоже сыграло немалую роль, а потому остановимся на нём более подробно. Согласно полученной от Бертье диспозиции, 9-й корпус 4 июля должен был выдвинуться в район укреплённого французами в рукаве Дуная острова Лёбау. Вечером того же дня Бернадот вместе со всей французской армией стал переправляться с Лёбау на северный берег реки, оставив на острове два своих батальона. Это было первое ослабление корпуса, но далеко не последнее. Переправа осуществлялась по нескольким понтонным мостам, построенным по проекту самого императора, продемонстрировавшему, как пишет Хёйер, высокое инженерное искусство и полководческую основательность автора.