В 1940–1941 годах была разработана и введена в действие система оперативных готовностей флота, целесообразность которой оправдалась в начале Великой Отечественной войны.
К началу войны Черноморский флот располагал развитой системой базирования – главная база Севастополь, военно-морские базы Одесса, Николаев, Новороссийск, Батуми. Военно-морские базы были надёжно прикрыты со стороны моря береговой артиллерией, однако сухопутного фронта обороны они не имели. Но, как отмечал Ф.С. Октябрьский, «наши военно-морские базы перед войной были немощны, за исключением главной базы (ГБ) – Севастополя. Да и севастопольская имела много минусов, недостатков, недоделок…» (Октябрьская Р.Ф. Штормовые годы. К.: Политиздат Украины, 1989. С. 51).
Следует отметить, что румынский флот, как вероятный противник, имел 4 эсминца, 3 миноносца, 3 канонерских лодки, 2 минных заградителя и ряд вспомогательных судов. Военно-морские силы Болгарии состояли из 4 старых миноносцев, 2 сторожевых кораблей и нескольких сторожевых и речных катеров. Немецких кораблей в то время на Чёрном море не было. Поэтому задача по борьбе с флотами противников перед Черноморским флотом не могла стоять как первоочередная. Начавшаяся война поставила перед ним совершенно другие проблемы.
Верховное главнокомандование фашистской Германии придавало большое значение захвату черноморского побережья СССР. Это вызывалось необходимостью решения ряда военно-политических и экономических проблем, среди которых важнейшими для гитлеровцев являлись удержание нефтеносных районов Румынии, последующий захват Крыма и кавказского побережья для обеспечения доступа к кавказской нефти и, наконец, подготовка к реализации идеи фюрера – поход через Иран на Индию.
Овладение военно-морскими базами Черноморского флота со стороны суши должно было, по мнению германского верховного главнокомандования, исключить для советских кораблей возможность противодействовать приморскому флангу немецко-фашистской армии, кроме того, помешать использованию морских коммуникаций для снабжения советских сухопутных войск и в то же время благоприятствовать снабжению морским путём южной группировки германских и румынских войск.
Директивами главного командования сухопутных войск Германии овладение Крымом являлось одной из первоочередных задач немецко-фашистских войск на южном участке советско-германского фронта. Гитлеровцы рассматривали Чёрное море как единственно надёжную и ближайшую коммуникацию между европейской частью Советского Союза и Англией. Опасаясь, что в результате потери Черноморским флотом своих баз его боевые корабли и наиболее ценные суда торгового флота (особенно танкеры) могут уйти через проливы в английские порты Средиземного моря, они считали необходимым не допустить этого.
Гитлеровское руководство предполагало, что захват северного побережья Черного моря и в первую очередь Крымского полуострова с находившимися на нём военно-морскими базами может способствовать вовлечению Турции в войну с СССР на стороне Германии.
К началу войны гитлеровцы не имели на Чёрном море своих боевых кораблей и рассчитывали на боевое применение флотов Румынии и Болгарии. В мае – июне 1941 г. в соответствии с разработанным планом в Румынию и Болгарию были доставлены материальная часть для береговой артиллерии, 2000 морских мин, тральное имущество, оборудование для строившихся румынских подводных лодок, торпедные катера для Болгарии. Военно-морские силы фашистских государств имели пассивные задачи чисто оборонительного характера. Содействие флота приморскому флангу немецко-фашистской армии при её наступлении и взаимодействие с ней при захвате военно-морских баз Черноморского флота предусмотрены не были. Этот серьёзный просчёт в немецко-фашистском плане войны сказался на темпах продвижения приморских флангов германской и румынской армий, что сыграло определённую роль в провале гитлеровской ставки на блицкриг.
Командование противника, учитывая соотношение военно-морских сил, для борьбы с превосходством советского Черноморского флота решило массировано применять авиацию. Для этого к началу войны на румынских аэродромах германское командование сосредоточило из состава своего люфтваффе (die Luftwaffe) 1195 самолётов, из которых 420 были бомбардировщики. Эти самолёты намечалось использовать не только для поддержки действий сухопутных войск, но и для нанесения ударов по военно-морским базам, кораблям, для постановки мин на входных фарватерах советских военно-морских баз. На территории Румынии и Болгарии прокладывались вторые железнодорожные пути, расширялась сеть аэродромов и посадочных площадок.
Чтобы лишить советский Черноморский флот мест базирования и обезопасить тылы южного крыла своих армий, Гитлер потребовал уничтожения советских военно-морских баз: «Для Германии решающее значение имеет скорейшая ликвидация русских военно-морских баз на побережье Черного моря». Захват военно-морских баз и портов позволил бы фашистской Германии впоследствии использовать их для бесперебойного снабжения и питания южного крыла своих войск (Ванеев Г.И. Черноморцы в Великой Отечественной войне. М.: Воениздат, 1978. С. 5).
В середине июня 1941 года в северо-западном районе Черного моря проводилось большое двухстороннее учение сил флота и войск Одесского военного округа. Задачей учения была отработка действий войск и флота по высадке и отражению морского десанта. Отрабатывались также вопросы маскировки и мероприятия по организации МПВО (местной противовоздушной обороны). Прибывший на флот заместитель народного комиссара Военно-морского флота начальник Главного морского штаба адмирал И.С. Исаков сообщил о концентрации немецких войск около наших границ и о возможности проведения любой провокации. Однако учения закончились благополучно и 19–20 июня корабли стали сосредоточиваться в главной базе. Ввиду напряжённой обстановки на границе Военный совет флота согласно указаниям наркома ВМФ оставил флот в состоянии повышенной оперативной готовности. Корабли и военные объекты продолжали сохранять светомаскировку.
В час ночи 22 июня в адрес Военного совета Черноморского флота поступила телеграмма наркома ВМФ адмирала Н.Г. Кузнецова о ведении на флоте оперативной готовности № 1. С этого времени началось оповещение командования флота, кораблей, частей Береговой обороны и руководителей города Севастополя и переход флота на оперативную готовность № 1. Главная база, город стали медленно погружаться в темноту. Корабли, части береговой обороны, ПВО и авиация принимали боезапас, топливо, продовольствие и другие виды снабжения. К 2 часам 30 минутам все разнородные силы Черноморского флота перешли на оперативную готовность № 1.
Около 3 часов 22 июня посты службы наблюдения и связи (СНиС) и посты воздушного наблюдения, оповещения и связи (ВНОС), находившиеся в районах Евпатории и мыса Сарыч, доложили о пролёте самолётов курсом на Севастополь. Начальник штаба флота приказал дать сигнал «Воздушная тревога» и быть готовыми к открытию огня по воздушным целям. Вскоре появилось несколько самолётов, шедших на небольшой высоте со стороны моря. Контр-адмирал И.Д. Елисеев отдал приказ об открытии огня по неизвестным самолётам и сразу же донёс о налёте наркому ВМФ. Над базой вспыхнули лучи прожекторов и сразу же раздались первые залпы зенитных орудий. Огонь открыли батареи зенитной артиллерии ПВО, кораблей флота. Огонь зенитной артиллерии был довольно интенсивный, но налёт авиации противника продолжался.
Вскоре после появления самолётов противника раздалось два мощных взрыва: один в районе Приморского бульвара и второй в центральной части города. Командующий флотом доложил наркому, что город бомбят. Как выяснилось впоследствии, с самолётов сбрасывали не бомбы, а мины на парашютах. Поступали донесения о том, что противник сбрасывает что-то на парашютах. Думали, что это десант, что также не подтвердилось.
Немецкое командование рассчитывало внезапной ночной постановкой неконтактных мин запереть корабли флота в бухтах главной базы, а затем уничтожить их ударами бомбардировочной авиации.
Несмотря на интенсивный огонь зенитной артиллерии, налёт авиации противника продолжался. Было сбито два самолёта. Остальные, сбросив свой смертельный груз куда попало, ушли на свои аэродромы. В результате налёта были повреждены жилой дом, школа, здание санатория. Были убитые и раненые.
После отражения этого первого налёта авиации противника штаб флота получил донесение командования Дунайской флотилии о том, что с 4 часов с румынского берега из районов Галац, Исакча вёлся артиллерийский огонь по городу и порту Рени. Одновременно интенсивному обстрелу подвергся Измаил и находившиеся в этой базе корабли флотилии. Береговая артиллерия и корабли Дунайской флотилии открыли ответный огонь по вражеским батареям и заставили их замолчать.
Так началась война на Чёрном море.
В период борьбы за Крымский полуостров Черноморский флот и Азовская военная флотилия выполняли целый ряд задач, связанных в основном с решением проблем сухопутных войск: морские перевозки войск, боевой техники и грузов, высадка морских и воздушных десантов, артиллерийская и авиационная поддержка наземных войск, прикрытие от ударов авиации противника с воздуха, эвакуация своих войск из Одессы и с Керченского полуострова. В трудные дни борьбы за Крым флот помогал приморским группировкам сухопутных войск, выделяя для их усиления значительные формирования морской пехоты, которая сыграла видную роль при обороне военно-морских баз с суши.
Одной из первых задач для Черноморского флота явилась, в соответствии с распоряжением наркома ВМФ Н.Г. Кузнецова, постановка оборонительного минного заграждения в районе Севастополя. Постановка началась 23 июня и закончилась 25 июня. В районе Одессы минное заграждение было выставлено в соответствии с решением командующего флотом. Постановка минного заграждения осуществлялась крейсерами, эсминцами и надводными заградителями. Обеспечивалась постановка заграждения в районе главной базы воздушной разведкой, базовыми корабельными и дальними дозорами, некоторые из которых неслись подводными лодками. Прикрытие постановки мин осуществлялось кораблями эскадры, стоявшей в главной базе в трёхчасовой готовности к походу, авиацией, дежурившей на аэродромах, и артиллерией береговой обороны.