Французы заняли позицию напротив, и 3 июня, в 2 часа утра, молодой генерал Ланн, командующий авангардом маленькой французской армии, поднялся вверх по р. Сенио на полтора лье, на рассвете переправился вброд и построился в боевой порядок на тылах папской армии, отрезав ей дорогу на Фаэнца. Ланн, поддерживаемый батареей и прикрываемый тучей стрелков, перешел по мосту сомкнутой колонной. Бой не продолжался и часа — вооруженная толпа, гордо называвшая себя Армия Рима и Святого престола, обратилась в бегство. Артиллерия, обозы, папские хоругви — все было захвачено французами. Паписты потеряли от 400 или 500 человек, и в их числе — несколько монахов, погибших с распятием в руках. Почти все регулярные войска были захвачены в плен, их военачальник — кардинал-генерал — позорно бежал в Рим. Со стороны закалённых восемью годами непрерывных боёв французских войск потери были незначительны.
В тот же день войска Жубера подошли к Фаэнца. Ворота были заперты, гудел набат, на валах стояло несколько пушек, а взбесившийся народ руганью провоцировал победителей и нагло отвечал на требование открыть ворота. Французы, не церемонясь, сорвали ворота с петель и в боевом порядке вошли в город.
Между тем, несмотря на присутствие армии, народ толпами спешил припасть к ногам одной Мадонны, плакавшей большими слезами. Нашлись благоразумные граждане, давшие знать об этом. Туда был послан Монж. Он сообщил, что Мадонна действительно плачет. Жубер приказал доставить эту икону ему в главную квартиру и осмотрел. Разумеется, это оказался фокус, искусно производимый при помощи обыкновенного стакана воды и трубочки, искусно выведенной через доску. На следующий день Мадонна была снова поставлена в церкви, но без стакана: она больше не плакала. Капеллан, виновник этой мошеннической проделки, был арестован.
Такие случаи были не единичны, а наоборот, носили массовый характер. Но, несмотря на все эти поповские выверты, сделать из Италии Вандею папистам не удалось. Итальянцы, стремительно воспламенившиеся на борьбу с безбожными французами, так же скоро и успокоились под влиянием «пятой колонны» из местных республиканцев.
Тем временем авангард французской армии перевалил через Апеннины и вступил в Папскую область: 13 февраля французы были в Толентино, то есть в трех переходах от Рима. После короткой рекогносцировки Жубер готов был наступать, но тут в Толентино прибыли папские послы — кардинал Маттеи, монсиньор Галеппи, герцог Браски и маркиз Массини. Они долго и многословно оправдывались, но молодой французский командующий был неумолим: Римский двор был виновен, а значит, его следовало наказать, лишив завоеванных у него провинций или же получив равноценную контрибуцию. Три легатства, герцогство Урбино, округ Анкона, провинции Мачерета и Перуджа были завоеваны. После определения таким образом базы переговоров заключение мира потребовало лишь краткой пятидневной дискуссии. Галеппи, твердивший сначала о полном расстройстве папских финансов, тут же нашел средства, когда пришлось выкупать провинции или уменьшать число тех, которые уступались папой. Договор был подписан в монастыре, где обосновалась главная квартира.
Генерал Жубер долго настаивал, чтобы Римский двор упразднил инквизицию. Ему стали доказывать, что инквизиция стала не тем, чем она была прежде, что ныне она является больше полицейским трибуналом, чем судом по религиозным делам, что аутодафе больше не существует. В конце концов Жубер снял это условие, и соглашение было подписано. Французы в итоге удовольствовались легатствами Болонья, Феррара и Романья и правом держать гарнизон в Анконе.
Но впереди у Жубера оставалось ещё одно враждебное французам итальянское государство: Неаполитанское королевство.
Неаполитанский двор, формально возглавляемой королём, фактически находился под руководством королевы: женщины умной, энергичной, склонной к лесбийской любви и крайне неблагоприятно настроенной к Франции. Рассматривая Рим как буфер против французов, королева выступила с заявлением, что она готова двинуть 30 000 человек для защиты папского престола и Рима. Неаполитанские послы при иностранных дворах после получения королевой английских субсидий стали вести враждебно и нагло по отношению к французам.
Между тем неаполитанская армия была самая худшая из армий Италии. Английские субсидии лишь немного помогли итальянцам. При приближении Жубера неаполитанский король выставил армию в 100 000 человек, из которых около 40 тысяч удерживали проходы и крепости. На территорию Папской области, таким образом, он вступил с 60 000 человек, из которых десятую часть составляла кавалерия. По странному совпадению, почти весь командный состав неаполитанской армии составляли австрийские генералы — Макк**, Де Сакс и Давидович.
Французская армия под командованием генералов Жубера, Лагарпа и Макдональда состояла из 25 000—26 000 бойцов, из которых было 8000 поляков, цизальпинцев и романцев. Она была разделена на три дивизии. Правая, численностью в 12 000 человек, под командованием генерала Макдональда, занимала Террачину, Рим и Тиволи. Центральная, в 6000 человек, под командованием генерала Лагарпа, занимала Терни, и, наконец, левая, в числе 8000 человек, находилась на побережье Адриатического моря.
Неаполитанский король вошёл в Папскую область, пренебрегая объявлением войны и даже не отозвав своего посла в Париже. Вступив в Рим, он обнародовал манифест, в котором заявлял, что начал войну с Французской республикой, потому что она угрожает существованию его трона. Генерал Макк предложил генералу Жуберу покинуть владения папы и все его крепости, потому что неаполитанский король желает занять их и не признает французской оккупации. Получив это предложение, Жубер понял, что перед ним возникла новая угроза, и тотчас же приказал усилить оборону, создав вспомогательный корпус из римских волонтеров.
Между тем Неаполитанская армия начала кампанию, действуя сразу по трем направлениям: вдоль Адриатического моря, в центре и вдоль Средиземного моря. Генерал-лейтенант Давидович с 15 000 неаполитанцев и 24 пушками двинулся на Асколи, переправился через Тронто и занял город Фермо. Его французский визави, генерал Жубер, отошел на узкую, но быструю и трудную для переправы реку Мачерата, где соединился с бригадами генералов Рюска и Моннье и, собрав таким образом под своим началом 7000 человек, перешел в наступление. Битва с неаполитанцами произошла у города Фермо и кончилась для них разгромом. Жубер захватил 600 пленных и всю артиллерию.
Генерал Макк, действовавший в центре с 9000 человек и восемью пушками, двинулся из Акви и Чивита-Дукале на Терни, где атаковал дивизию Лагарпа, имевшую в своем составе только 3000 французов. Однако храбрость восполнила недостаток в численности; неаполитанцы были отражены, оставили на поле боя 600 убитых, 400 пленных, шесть пушек, знамена и в беспорядке отступили на Чивита-Дукале.
Сам неаполитанский король с 36 000 человек тем временем двинулся на Рим. Обладая заметным численным превосходством, он окружил маленький французский гарнизон в замке св. Ангела и совершил свое торжественное вступление в Рим. Макдональд разумно рассудил, что так как противник находился в окрестностях Терни, позицию у Рима удерживать невозможно. Он ее очистил, оставив 800—900 человек в замке св. Ангела, и расположил свою главную квартиру в Терни.
После четырех — пяти дней, проведенных в Риме, король двинулся вперед по обоим берегам Тибра, имея главные силы на правом берегу, потому что он хотел отрезать французскую армию, лишить ее всяких коммуникаций, окружить и взять в плен. Правый корпус должен был пересечь шоссе, ведущее из Анконы в Мачерата; центральному корпусу надлежало, расположившись в Терни, пересечь дорогу, ведущую из Ареццо в Фано; и, наконец, основные силы должны были перерезать флорентийское шоссе. 7000 неаполитанцев, высадившихся в Ливорно, должны были двинуться ему навстречу. Во исполнение этого плана он перенес свою главную квартиру в Баккано и приказал кавалеру де Сакс, командовавшему дивизией в 9000 человек, отбросить французские авангарды с правого берега Тибра и перехватить сиенскую дорогу. С этими целями он должен был двинуться по левому берегу Тибра и прервать сообщение между Чивита-Кастеллана и Терни. В Чивита-Кастеллана между тем находился Макдональд с резервом. Он выставил три авангарда на трех дорогах, выходивших к Риму, а именно: генерала Княжевича с 2000 человек — на сиенском шоссе, около Рончильоне, на позиции у Фаллари; генерала Келлермана с 1800 человек — на центральном шоссе, у небольшого городка Непи; полковника Лаюра с 900 человек — на шоссе, идущем вдоль Тибра. Кавалер де Сакс атаковал одновременно эти три авангарда, повсюду был отражен и отступил к резерву, потеряв треть своих людей. В продолжение этого времени фланговые корпуса армии короля двигались к своей цели, стремясь перерезать коммуникации французов. Тем временем Макк, присоединив к себе дивизию кавалера де Сакс, решил переправиться через Тибр для поддержки армии, возглавляемой неаполитанским королём. Он приказал навести мост через Тибр и расположиться в Канталупо. Однако Макдональд решил контратаковать, чтобы восстановить сообщение с главной квартирой. Французы атаковали дивизию де Сакса, окружили ее и заставили сложить оружие в полном составе. Она вся целиком сдалась в плен, хотя в ней оставалось еще 6500 человек, восемь пушек и 15 знамен. Одновременно Жубер и Лагарп, расправившиеся со своими противниками, спешили на помощь Макдональду, с трудом державшему фронт перед превосходящими силами неаполитанцев.
После этих боёв из 32 000 человек, с которыми король выступил из этой столицы, у него оставалось в строю не больше 20 000. Корпуса, действовавшие вдоль Адриатического моря и на центральном участке, также понесли большие потери. Армия была совершенно деморализована. Между тем к французам ежедневно прибывали подкрепления. Приняв ов внимание все эти обстоятельства, король по совету генерала Макка решил отступать; Макдональд начал его преследовать.
Неаполитанцы оставили Рим; французский гарнизон вышел из замка св. Ангела и вступил в город, вновь овладев им. Авангард наступающих французов встретился с колоннами кавалера де Сакс, уходивших из города по Римскому мосту. Неаполитанцы были атакованы, разбиты и отброшены; их рассеяли, захватив пушки и 1200 пленных. Среди итальянцев началась паника. Граф Роже-де-Дама, генерал неаполитанской службы, собрал беглецов и двинулся на Витербо, где в войсках вспыхнул мятеж. Келлерман бросился за ним, догнал в Монтальто и разбил, а затем блокировал Витербо, который сдался несколько дней спустя.