К концу мобилизационного периода из запаса на флот поступило 4611 старшин и сержантов, 16 902 рядовых, что на 1390 человек превышало штатные потребности флота. За 26 дней мобилизации из запаса прибыл 1561 офицер.
Однако основная часть поступившего из запаса личного состава имели недостаточную военную и специальную подготовку. Поэтому сразу же по прибытии в военно-морские базы организовывалась боевая подготовка формируемых и развертываемых частей. Исключение составляли ВВС, где ко времени объявления мобилизации младший и рядовой состав запаса на 60 % находился в частях, куда его вызвали для переподготовки. Общая численность личного состава Черноморского флота на 15 августа 1941 г. составляла 101 337 человек, в том числе корабельного состава 42 808 человек, береговой обороны — 36 101 человек, ВВС флота — 16 690 человек (на 1 августа), сухопутных частей — 5738 человек.
Из прибывшего из запаса личного состава комплектовались не только те части, формирование которых предусматривалось планом развертывания, но и не учтенные этим планом (зенитные части, дивизионы катерных тральщиков, лоцманские пункты и др.). К 10 июля на флоте сформировали и укомплектовали личным составом шесть новых зенитных дивизионов, роту ВНОС, десять береговых батарей, пулеметную роту, минометный дивизион и ряд других подразделений. По указанию наркома ВМФ с 5 июля начались подготовительные работы по формированию Азовской военной флотилии.
Большую работу в период мобилизации и развертывания флота выполнили органы тыла. В частности организовали укрытие в подземные хранилища 1300 вагонов боезапаса, находившегося на незащищенных складах и под открытым небом в Сухарной балке и бухте Голландия, изыскали недостающее вооружение и снаряжение для вновь формируемых частей; обеспечили ремонт материальной части соединений, ведущих боевые действия. Однако работы по рассредоточению боезапаса и топлива шли медленно из-за отсутствия погрузочно-разгрузочных средств и недостатка в транспорте и рабочей силе. Военно-морские базы не имели своих мастерских для ремонта оружия и боевой техники.
По мобилизации Черноморский флот за первый месяц войны получил 84 судна и катера от гражданских наркоматов, а также 105 пограничных катеров (из них 46 типа МО) и две эскадрильи НКВД (6-я бомбардировочная и 7-я разведывательная).
За счет отмобилизованных судов прежде всего резко увеличили состав тральных сил. Так, по состоянию на 1 августа тральные силы флота выглядели следующим образом:
— 1-й дивизион тральщиков ОВР Главной базы в составе (бортовые номера) Т-401 (11), Т-402 (12), Т-403 (13), Т-404 (14), Т-405 (15) и Т-412 (16);
— 2-й дивизион тральщиков ОВР Главной базы в составе Т-406 (21), Т-407 (22), Т-408 (23), Т-409 (24), Т-410 (25), Т-411 (26) и Т-413 (27);
— 3-й дивизион тральщиков ОВР Главной базы в составе Т-481 «Пионер» (31), Т-482 «Земляк» (32), Т-483 «Тракторист» (33), Т-504 «Работник» (34), Т-505 «Судком» (35), Т-506 «Местком» (36), Т-507 «Делегат» (37), Т-517 «Райкомвод» (38), «Доротея» (39);
— 4-й дивизион тральщиков Одесской ВМБ в составе Т-484 «Хенкин» (41), Т-485 «Каховка» (42), Т-486 «Советская Россия» (43), Т-487 «Очаковский канал» (44), Т-501 «Сиваш» (45), Т-502 «Маныч» (46);
— 5-й дивизион тральщиков Одесской ВМБ в составе Т-491 «Кизилташ» (51), Т-492 «Белобережье» (52), Т-493 «Хаджибей» (53), Т-494 «Сары-Камыш» (54), Т-495 «Конка» (55), Т-497 «Егурча» (56), Т-503 «Байкал» (57);
— 6-й дивизион тральщиков Новороссийской ВМБ в составе «Зоря» (61), Т-489 «Хоста» (62), Т-511 «Червонный казак» (63), Т-512 «Валерий Чкалов» (64), Т-513 «Норд» (65), Т-514 «Ост» (66), Т-515 «Геленджик» (67), Т-516 «Майкоп» (68);
— 7-й, 8-й и 9-й дивизионы катерных тральщиков.
Также увеличилось количество сторожевых кораблей. В частности, из мобилизованных шаланд сформировали 10-й дивизион сторожевых кораблей Одесской ВМБ в составе «Кубань» (101), «Петраш» (102) и 11-й дивизион Новороссийской ВМБ в составе «Рион» (111), «Дон» (112), «Буг» (113), «Днестр» (114). За счет пограничников флот пополнился морскими охотниками типа МО — их стало 70 единиц.
В ходе военных действий изменялась структура Черноморского флота и количественный состав его соединений и частей. Так, на 3 июля 1942 г., то есть фактически с падением Севастополя, в составе флота имелись:
Эскадра кораблей с базированием на Поти:
— линейный корабль «Парижская коммуна» (с 31.05.43 г. «Севастополь»), крейсера «Красный Кавказ» (ремонт) и «Красный Крым» (в Батуми, нуждается в ремонте);
— 1-й дивизион эсминцев в составе «Железняков» (ремонт), «Незаможник», «Шквал», «Шторм» (в Батуми);
— 2-й дивизион эсминцев в составе «Бодрый», «Бойкий», «Беспощадный» (все в ремонте);
— Отряд легких сил в составе крейсеров «Молотов» и «Ворошилов» (в Батуми), 3-го дивизиона эсминцев: «Харьков» (ремонт), «Сообразительный», «Способный» (ремонт).
Первая бригада подводных лодок (базировалась на Поти):
— 1-й дивизион в составе Л-4, Л-5 (ремонт), Л-6 (ремонт), Л-23, Л-24;
— 2-й дивизион в составе Д-4 (в Туапсе), Д-5, С-31 (ремонт), С-33 (ремонт);
— 3-й дивизион в составе Щ-205, Щ-207 (ремонт), Щ-208, Щ-209 (все в Батуми);
— 4-й дивизион в составе Щ-213, Щ-214, Щ-215, Щ-216 (все в Батуми).
Вторая бригада подводных лодок имела в своем составе:
— 6-й дивизион в составе А-2 (в Туапсе), А-3 (в Поти), А-4 (в Очемчири), А-5 (в Поти);
— 7-й дивизион в составе М-31 (в Туапсе) и ремонтирующихся М-32, М-33, М-60, М-62;
— 8-й дивизион в составе М-111, М-112, М-113, М-117, М-118, М-120 и ремонтирующихся М-35, М-36.
Первая бригада торпедных катеров в составе 38 единиц, из которых 11 находились в ремонте.
Вторая бригада торпедных катеров в составе 17 единиц, из которых 5 находились в ремонте.
Отряд заградителей в составе минных заградителей «Коминтерн» и «Сызрань» (ремонт).
Гидрографические суда флота в составе 28 единиц, из них 9 в ремонте.
— 1-й дивизион тральщиков в составе Т-401, Т-403 (ремонт), Т-404, Т-412;
— 2-й дивизион тральщиков в составе Т-406, Т-407, Т-408 (ремонт), Т-409 (ремонт), Т-410, Т-411;
— 3-й дивизион тральщиков в составе «Пионер» (ремонт), «Земляк», «Судком» (ремонт), «Райкомвод», «Доротея».
— 1-й дивизион сторожевых катеров в составе 8 единиц, из них 5 в ремонте;
— 2-й дивизион сторожевых катеров в составе 8 единиц, из них 6 в ремонте;
— 3-й дивизион сторожевых катеров в составе 16 единиц;
— 9-й дивизион сторожевых катеров в составе 8 единиц, из них 2 в ремонте;
— 12-й дивизион сторожевых катеров в составе 10 единиц.
Новороссийская военно-морская база включала:
— 10-й отдельный дивизион подводных лодок: Щ-203 (Новороссийск) и находящиеся в ремонте — в Поти М-51 и М-52, в Новороссийске М-54 и М-55, в Туапсе Щ-201 и Щ-202;
— охрану водного района в составе 6-го дивизиона тральщиков («Ост», «Киров», «Крапивницкий», «Скумбрия», «Новороссийск», «Азов», Ш № 10 и находящиеся в ремонте «Геленджик», «Червонный казак», «Норд», «Хоста», «Заря», «Судак», «Спартак», «Димитров», «Майкоп»); 10-го дивизиона сторожевых кораблей (сторожевые корабли «Кубань» и «Петраш» (ремонт)); 4-й дивизион сторожевых катеров (6 катеров типа МО-4, из которых два в ремонте);
— 31-я 152-мм четырехорудийная батарея (м. Мысхако);
— 714-я 130-мм трехорудийная батарея (Геленджик, м. Тонкий);
— 394-я 100-мм четырехорудийная батарея (м. Пенай);
— 464-я 102-мм четырехорудийная батарея (р-он Благовещенской);
— 534-я 152-мм четырехорудийная батарея (р-он Джемате);
— 535-я 152-мм четырехорудийная батарея (1,5 км от Павловки);
— 62-й зенитный артиллерийский полк в составе 24-го ЗАД: 218-я 85-мм четырехорудийная батарея (р-он выс. 44), 73-я 85-мм четырехорудийная батарея (р-он городского кладбища), 74-я 85-мм четырехорудийная батарея (р-он лагерей); 70-го ЗАД: 263-я 85-мм трехорудийная батарея (кладбище на окраине Анапы), 364-я 85-мм трехорудийная батарея (Александровка, Анапа), 852-я 76-мм трехорудийная батарея (Курортный парк); 71-го ЗАД: 55-я 85-мм четырехорудийная батарея (р-он стадиона), 56-я 85-мм четырехорудийная батарея (на бронепоезде), 76-я 85-мм четырехорудийная батарея (у заводов «Пролетарий» и «Октябрь»); 353-й 37-мм батареи (три взвода по два 37-мм зенитных автомата у элеватора, к востоку от поселка Стандарт, у электростанции); прожекторного батальона (32 прожектора в районе Новороссийска);
— 134-й отдельный ЗАД в составе 631-й 76-мм четырехорудийной батареи (у м. Пенай), 632-й 76-мм четырехорудийной батареи (у завода «Октябрь»), 633-й 76-мм четырехорудийной батареи (у радиостанции), 634-й 76-мм трехорудийной батареи (Лесной причал), 40-й 76-мм четырехорудийной батареи (у городской купальни);
— 36-й отдельный ЗАД в составе 361-й 76-мм трехорудийной батареи (1,5 км от военного городка в Анапе), 362-й 76-мм трехорудийной батареи (1 км западнее Супсек), 365-й 76-мм трехорудийной батареи (Геленджик), пулеметной роты (один пулемет М-4 и семь — М-1, аэродром);
— 142-й отдельный батальон морской пехоты (ст. Анапская);
— 323-й батальон морской пехоты (Супсек);
— 10-й батальон ВНОС (на подступах к Новороссийску).
Туапсинская военно-морская база включала:
— охрану рейдов в составе 5-го дивизиона сторожевых катеров (12 катеров типа МО-4, из них 6 в ремонте), 7-го дивизиона сторожевых катеров (12 катеров типа КМ, из которых 4 в ремонте); буксира; трех катерных тральщиков, сторожевого катера «Комсомолка»;
— 4-й дивизион тральщиков в составе тральщика «Сиваш» и находящихся в ремонте тральщиков «Каховка», «Маныч» и минного заградителя «Лукомский»;
— отдельная железнодорожная 180-мм четырехорудийной батарея (Туапсе),
— 23-я 152-мм четырехорудийная батарея (м. Кодош);
— 475-я 130-мм четырехорудийная батарея (дача Квитки);
— 11-я 45-мм четырехорудийная батарея (порт Туапсе);
— 626-я 75-мм четырехорудийная батарея (Сочи);