В это время Борис Семёнович вернулся к своим исследованиям в области спиртометрии. Первым делом ученый обратил внимание академии наук, что даже те спиртометры, что были одобрены Королевской контрольной комиссией Германии, имеют большие погрешности, не говоря уже о конструкциях, активно использующихся без какого-либо контроля со стороны высших инстанций. А уже через полтора года Борис Семёнович представил собственный проект спиртометра академии наук. Закончил же свою работу над конструкцией Якоби только в 1871 году, результаты были опубликованы им в труде «Об устройстве тождественных между собой ареометров, в особенности же металлических алкоголометров со шкалой и прибавочными тяжестями, и о влиянии явлений волосности на показания алкоголометров».
Разработка нового спиртометра затянулась из-за событий, отвлекших Бориса Семёновича от исследований на долгих пять лет. Дело в том, что 26 января 1865 года скончался напарник и близкий друг Якоби Э. Х. Ленц. В этом же году на ученого возлагается множество новых обязанностей: он становится директором физического кабинета академии наук, ординарным академиком по физике, членом комитета Пулковской обсерватории. Кроме того, его избирают в комиссию по составлению правил присуждения Ломоносовских премий и вменяют в обязанность работу над всеми поступающими в академию научными предложениями, просьбами, записками и т. п. А 23 мая 1865 года ушел из жизни А. Я. Купфер, и все работы, которые академик проводил в сфере метрической системы мер, также поручаются Якоби. Начиная с этого времени именно он занимался обсуждением проблем единообразия мер, весов, электрических единиц как в академии наук, так и на международных форумах. Так, в 1867 году в Париже проходила всемирная выставка, на которой учреждался Международный комитет о мерах и весах. Борис Семёнович был командирован академией в качестве члена комитета, где представил свой доклад о выгодах, которые принесет внедрение метрической системы. Они сформулированы в четырех «основных положениях»:
«1. Десятичная система, согласная со всемирно принятою системою исчисления, удобнее всякой другой для выражения складных чисел и частей единиц мер, весов и монет.
2. Метрическая система может быть введена везде по причине научной точности ее основных начал, единообразия, господствующего во всех частях ее, простоты и удобства ее применения в науках, искусствах, промышленности и торговле.
3. Точность орудий и методов, служащих к изготовлению, по основным образцам, мер весов доведена до такого совершенства, что верность этих мер и весов удовлетворяет потребностям промышленности и торговли, а также требованиям науки, при настоящем состоянии последней.
4. Так как всякое сбережение труда как материального, так и умственного, тождественно с умножением богатства, то введение метрической системы, стоящей в этом отношении на одном ряду с машинами и орудиями, железными дорогами, телеграфами, таблицами логарифмов, представляется особенно желательными с точки зрения экономической».
В Париже ученый был избран президентом комиссии о мерах и весах – части комитета. 15 июня он представил комитету доклад о результатах работы комиссии, в котором вновь утверждалась необходимость повсеместного введения метрической системы мер и весов. Например, Якоби утверждал, что «метрическая система единиц позволит промышленникам и торговцам сократить число служащих, которое в настоящее время необходимо для производства встречающихся вычислений». Метрическая система, по предложению ученого, должна была использоваться всеми научными обществами в их изданиях и войти в программу школьного образования. Также подчеркивался интернациональный характер предложенной системы: над ее разработкой трудились ученые из многих стран.
Однако стоит сразу отметить, что принята метрическая система в России только в 1918 году Советом Народных Комиссаров РСФСР. Борис Семёнович достаточно наивно предполагал, что для ее введения нужно только время и просвещение народа. На самом же деле феодальный строй крепко держался за принятые устои, а просвещенной интеллигенции так и не удалось сломить сопротивление русского царизма.
На выставке также было уделено много внимания достижениям в области гальванопластики. Якоби было предложено выступить с публичной лекцией на тему его изобретения. Кроме того, международное жюри присудило ученому Гран-при и Большую золотую медаль, а также подтвердило его первенство в данной разработке. Самого же Бориса Семёновича чрезвычайно заинтересовала работа Фекье по получению железа путем гальванического осаждения. Изобретатель отказался раскрыть секреты своего метода, однако нашего ученого это не остановило: познакомившись с Е. И. Клейном, также демонстрировавшим свои образцы гальванопластических изделий на выставке, Якоби стал поддерживать его в исследовании гальванического осаждения железа. В итоге Клейн добился результатов, намного превосходивших труды Фекье. Борис Семёнович сам представил физико-математическому отделению академии полученные Клейном образцы гальванопластических изделий из железа, а также подготовил сообщения «О некоторых свойствах железа, осажденного гальваническим путем» и «О гальваническом осаждении железа при действии сильного электромагнитного соленоида».
В Парижском архиве того времени хранились эталоны мер и весов под девизом «Для всех времен и для всех народов!». Данные прототипы считались непогрешимыми, и академия наук поручила Якоби сравнить хранившийся в Петербурге эталон килограмма с парижским. Ученый использовал эту возможность для ознакомления с прототипами метрической системы мер и весов, хранившихся во Франции, и пришел к выводу, что их точность далека от необходимой науке и технике, а значит, необходимо изготовить новые эталоны высокой точности и передать на хранение каждому государству.
8 апреля 1869 года Якоби предложил академии проявить инициативу в данном вопросе и созвать Международную комиссию новых прототипов метрической системы мер и весов. Физико-математическое отделение поддержало Бориса Семёновича, но прежде рекомендовало ему обсудить предложение с учеными Франции, Англии и Германии. Ученый провел три месяца в командировке и добился своей цели: 18 ноября 1869 года он представил Петербургской академии наук доклад об успешных результатах переговоров.
Однако не все шло гладко в реализации запланированного. Якоби и сам отмечал в своем докладе, что ни в постановлении Парижской академии наук, ни в заявлениях французского правительства ни слова не говорилось о том, что инициатива преобразований принадлежит Петербургской академии наук. 15 декабря 1869 года К. С. Веселовский, непременный секретарь Петербургской академии наук, сообщил академикам о полученном российским правительством предложении из Франции прислать делегацию из русских ученых для разрешения вопроса о «точном изготовлении вторых эталонов с имеющихся в Парижском архиве». Так как суть дела сводилась к копированию уже существующих прототипов, которые изначально и подверглись критике Бориса Семёновича, академия собрала комиссию в составе Б. С. Якоби, Г. К. Вильда и О. В. Струве для обсуждения данного предложения.
Переговоры с Францией закончились только 13 января 1870 года. Среди прочего в заключении комиссии были такие слова: «Комиссия, принимая во внимание значение цели, которую предположено достигнуть, не нашла нужным поднимать вопрос, касающийся удовлетворения национального самолюбия, которое хотели получить, замалчивая в приглашении инициативу в этом деле нашей академии. Не поднимая вопроса об этом замалчивании, комиссия сделала уступку французским ученым, которым принадлежит создание метрической системы. Однако эта уступка не может помешать критике выражений, в которых изложено приглашение. Их двусмысленность и возможность различной интерпретации не могли не обеспокоить комиссию, которая сочла нужным выработать точную программу, буквальное выполнение которой она считала непременным условием принятия приглашения французского правительства». Париж принял все условия и заключения комиссии, поэтому было решено рекомендовать русскому правительству согласиться на предложение Франции. Президент Петербургской академии наук Ф. П. Литке так писал министру народного просвещения: «если бы задача Международной комиссии ограничивалась одним снятием копий с основного метра, то академия наук не сочла бы даже согласным с достоинством России посылать особых уполномоченных для участия в трудах подобной комиссии… Однако в результате официальных переговоров русских и французских академиков достигнута договоренность, что задачей комиссии будет создать совокупными трудами знатнейших представителей науки из всех стран новый основной метр и зависящие от него единицы веса и емкости, такие, которые соответствовали бы нынешним требованиям науки и могли бы быть приняты для ученого употребления всеми образованными нациями».
8 августа 1870 года начала свою работу Международная комиссия метрических мер, среди членов которой были русские академики Б. С. Якоби, Г. И. Вильд и О. В. Струве. Работа продолжалась весь месяц, о ее итогах М. А. Шателен писал следующее: «На этих собраниях русские академики Вильд, Струве и особенно Якоби, по воспоминаниям одного из участников, доминировали над остальными членами. Торжество русской академии было полное: не только был достигнут результат, которого она добивалась, но были приняты все ее рекомендации. Этот результат был достигнут главным образом благодаря трудам Б. С. Якоби, который получил за них ряд благодарностей и адресов от разных стран, в том числе и от Франции. Французское правительство поднесло ему роскошную севрскую вазу с соответствующей надписью. Ваза эта долгое время хранилась в разных местах, но мне в бытность президентом Главной палаты мер и весов удалось достать ее, и теперь она находится в Менделеевском музее Всесоюзного метрологического института, в который была преобразована Главная палата мер и весов».
В это время состояние здоровья нашего ученого начало ухудшаться. Последующие работы Международная комиссия проводила уже без его участия, однако Борис Семёнович, даже ведя преимущественно домашний образ жизни, всячески способствовал внедрению метрической системы. 5 июня 1871 года Русское техническое общество Первого Всероссийского съезда фабрикантов, заводчиков и лиц, интересующихся отечественной промышленностью, провело заседание, на котором Якоби выступил с речью о преимуществах новой системы мер. А 25 января 1872 года академия получила записку от ученого с его идеями относительно более точного изготовления образцовых мер длины с помощью гальванопластики. Кроме того, Борис Семёнович продолжал свои гальванические и электромагнитные наблюдения, а также занялся описанием своих прежних изобретений в области спиртометрии.