Однако события на политической арене Западной Европы, вопреки ожиданиям, развивались слишком стремительно, и эта мера, направленная на спасение Ордена от надвигающейся опасности, оказалась, по сути, бесплодной. Объявление об этом экстраординарном решении пришло слишком поздно, в особенности после того как Мальта была покинута своими рыцарями. Всего неделю спустя, 7 июня 1798 г., на рейде Мальты появилась передовая эскадра французского революционного флота, шедшего на завоевание Египта. Возглавлявший экспедицию генерал Наполеон Бонапарт потребовал разрешения на высадку войск для пополнения запаса свежею водой. Но это требование было только предлогом. Наполеон сам позднее писал в своих мемуарах, что «…решающим для судьбы Ордена явилось то, что он отдался под покровительство Императора Павла – врага Франции…Россия стремилась к господству над этим островом, имеющим столь большое значение в силу своего положения, удобства и безопасности его порта и мощи укреплений. Ища покровительства на Севере, Орден не принял во внимание и поставил под угрозу интересы держав Юга…» Несмотря на отказ орденских рыцарей, войска все же были высажены. В исторической и популярной литературе уже стали штампом расхожие утверждения вроде: «Трусливый Гомпеш сдал великолепно укрепленный и вооруженный остров Мальту французам без боя» или, в крайнем случае: «Гомпеш, несмотря на то, что в его распоряжении находился сильный и хорошо укрепленный гарнизон, после незначительного сопротивления, 12 июня сдал крепость французам, а сам бежал с острова». Между тем сохранилось немало иных свидетельств о сдаче Мальты «без единого выстрела», свидетельств очевидцев, в т.ч. и самого Наполеона Бонапарта. Согласно этим свидетельствам, Великий магистр Гомпеш был человек пожилой, больной и нерешительный, отнюдь не воин, а профессиональный дипломат, не имевший боевого опыта. Бальи, командоры, сенешалы и другие должностные лица Ордена были старики, не участвовавшие в войнах. Хотя в крепости Ла Валетты имелось 1200 пушек, 40 000 ружей и 1 миллион фунтов пороха, Мальта располагала для своей обороны отнюдь не «сильным, хорошо обученным гарнизоном», а всего 800 или 900 рыцарей, мало пригодных к военным действиям и разобщенных между собой, подобно тому, как были разобщены обычаи и интересы тех наций, к которым они принадлежали; 1800 солдат – итальянцев, немцев, французов, испанцев (большей частью дезертиров или авантюристов, с тайной радостью отнесшихся к возможности соединить свои силы с судьбой самого знаменитого полководца Европы) и 800 ополченцев. Эти ополченцы давно уже чувствовали себя оскорбленными высокомерием рыцарей-дворян и не испытывали привязанности к Ордену. К тому же сама организация ополчения находилась в небрежении, ибо Орден давно уже не опасался вторжения турок, а, напротив, боялся установления гегемонии коренных жителей Мальты. Хотя фортификационные сооружения были обширны (осматривая мощные орденские форты после сдачи, французский генерал Каффарелли даже пошутил: «Хорошо, что внутри были люди, чтобы открыть нам ворота!»), но моральный фактор сводил их к нулю.
Для сравнения, французская эскадра адмирала Брюэйса (бывшего графа и офицера королевского флота!), напавшая на Мальту, насчитывала в своем составе 13 линейных кораблей (один 120-пушечный, три 80-пушечных и девять 74-пушечных), два взятых в Венеции 64-пушечных корабля, четыре 40-рушечных фрегата, десять корветов и посыльных кораблей, служивших для охраны. На борту эскадра имела французскую армию вторжения, состоявшую из 15 пехотных полубригад трехбатальонного состава, по 9 рот в каждом батальоне), 7 кавалерийских полков, 16 артиллерийских рот, 4 рот артиллерийского обоза, 8 рот инженеров, саперов и минеров. Артиллерия имела боеприпасов втрое против нормы, 12 000 запасных ружей и т.п. Общая численность французской армии вторжения (предназначенной для завоевания отнюдь не только крошечной Мальты, а огромного Египта!) превышала число жителей орденской столицы Ла Валетты и составляла 32 3000 штыков и сабель (23 400 пехотинцев, 4000 кавалеристов, 3000 артиллеристов, 1000 солдат и офицеров других родов войск).
Когда 8 июня передовой конвой французов появился перед о. Гоцо, Великий Магистр, предчувствуя опасности, угрожавшие Ордену, собрал Большой совет и заявил: «Французская эскадра сосредотачивается в пределах видимости с наших берегов. На что нам решиться?». Мнения разделились. Одни считали необходимым дать сигнал тревоги, загородить вход в порт цепью, взяться поголовно за оружие, объявить остров на военном положении в надежде, что это произведет впечатление на французского главнокомандующего, и тем отвести угрозу. Другие, напротив, демагогически утверждали, что «назначение Ордена – вести войну с турками и потому не следует высказывать какого-либо недоверия при приближении христианского (?!) флота». Пока продолжалась дискуссия, подошел весь «христианский» флот Наполеона и встал на якорь у входа в порт, на расстоянии пушечного выстрела. Члены совета, считавшие необходимым обороняться, снова стали с жаром доказывать, насколько неосторожно будет отдаться связанными по рукам и ногам на милость войск республики, с которой у ордена нет дипломатических отношений, и что, если нежно погибнуть, то лучше сделать это с оружием в руках, а не в результате собственной трусости. «Партия мира» доказывала бессмысленность сопротивления при столь очевидном неравенстве сил и недостатке продовольствия на острове. И все же большинство членов Большого Совета высказались за применение оружия. Великий магистр дал сигнал тревоги. Крепостные ворота заперли, зажгли печи для каления ядер, распределили обязанности между командирами. Все ополченцы взялись за оружие и отправились на батареи. Командор Боредон де Рансижат (принадлежавший к овернскому «языку») протестовал против этих мер. Он заявил, что, будучи французом, никогда не поднимет оружия против Франции, и вручил Великому Магистру соответствующий «манифест». Несколько других рыцарей-французов присоединились к этому мнению. Их арестовали и заключили в тюрьму. В то же время другой рыцарь-француз, принц Камилл де Роган, возглавил мальтийское ополчение, имея в качестве подчиненного бальи де Клюньи, также француза. Француз-командор де Месгриньи возглавил оборону о. Гоцо, рыцарь-француз де Вален – о. Комино. Т.о. несправедливо огульно обвинять всех рыцарей-французов в нежелании оборонять Мальту от «своих». Французские республиканцы были для них не более «своими», чем советские красноармейцы для бойцов белого Русского Корпуса на Балканах во вторую мировую войну. А вот испанские рыцари почти поголовно саботировали оборону, забаррикадировавшись в своем «оберже» (казарме). В свете этого поведения и отношения испанцев к Мальтийскому Ордену становится понятнее, почему «Его Католическое Величество» король Испанский Карл IV де Бурбон сразу после захвата Мальты Бонапартом первым делом конфисковал в своем королевстве владения Державного Мальтийского Ордена, упразднив его и заменив своим собственным, «карманным», Орденом «Сан-Хуан». Рыцари прочих «наций» распределились по батареям и башням, окружавшим остров.
В 10 часов вечера 9 июня французский флагман «Ориан» дал сигнал к бою. Генерал Ренье с марсельским конвоем двинулся на о. Гоцо. 10 июня на рассвете сам Наполеон высадился с трехтысячным десантом между городом и бухтой Св. Павла. Как только десантные шлюпы подршли на расстояние выстрела к мальтийским башням и батареям, те открыли огонь. На него отвечали 24-фунтовые пушки французских канонерок. Орденская пехота противодействовала десанту. В дело вступили стрелки. Целый час потребовался французам, чтобы после ожесточенной перестрелки взять штурмом батареи и башни и выбить мальтийцев из города. Генерал Барагэ д`Илье овладел крепостью и бухтами Св. Павла и Мальты. Преодолев сопротивление обороняющихся, он захватил батареи, башни и всю южную часть острова, взяв 150 пленных и потеряв убитыми и ранеными до 30 человек. Генерал Дезэ захватил все батареи Марса-Сирокко. К полудню столица Мальты была окружена со всех сторон. Крепость вела огонь по французским войскам, подходившим слишком близко. Генерал Вобуа почти без сопротивления овладел крепостью Читта Нотабиле. Генерал Ренье захватил о. Гоцо, который оборонял 2000-тысячный гарнизон, состоявший из местных жителей, и взял в плен всех защищавших остров орденских рыцарей. В час дня французские шлюпы начали выгрузку 12 артиллерийских орудий и всего необходимого для оборудования трех мортирных платформ. В операции участвовали также 6 бомбард и 12 канонерок, вооруженных 24-фунтовыми пушками. Несколько фрегатов вплотную подошли к порту. Вечером 11 июня французы уже могли бомбардировать город 24 мортирами, одновременно с пяти направлений. Около половины пятого осажденные сделали вылазку. Французы отбросили их, взяв несколько пленных. При первых пушечных выстрелах в городе, за стенами которого укрылась большая часть жителей острова с семьями и скотом, вспыхнула паника. Жителей, желавших выйти из города, французы загоняли обратно. В течение всего 10 июня смута в городе все усиливалась. При получении каждого нового известия о взятии французами орденских батарей и башен жители устраивали беспорядки. Подготовка французов к бомбардировке возбудила ропот среди ополченцев, не желавших быть свидетелями сожжения своих домашних очагов. Несколько рыцарей было убито толпой на улицах. Гомпеш приказал освободить из тюрьмы главного «пораженца» – командора Боредона де Рансижата - и направил его, вместе со своим секретарем Дубле, на борт «Ориана», с полномочиями на заключение договора о сдаче крепости французам. Те члены Совета, которые особенно энергично призывали к сопротивлению, теперь настаивали на скорейшем заключении мира, ибо являлись в первую очередь мишенью для народного возмущения… И все-таки, сдача Мальты не была, как мы видим, совершенно бескровной, а значит – бесславной! Хотя времена изменились, и не нашлось среди рыцарей Святого Иоанна нового Пьера д`Обюссона, способного воскликнуть, как при обороне Родоса от турок в 1480 г.: «Лучше умрем здесь, нежели отступим! Можем ли мы когда славней за веру умереть?».