Акт о капитуляции был подписан на борту «Ориана» 12 июня в 2 часа ночи. В 8 часов утра того же дня все порты и форты Мальты, а также две галеры, две шебеки и два 64-пушечных линейных корабля ордена (один из которых стоял на рейде, а второй находился на стапелях) были переданы французским войскам. Наполеон взял на эти суда матросов, прежде служивших Ордену. Из 2000 солдат, служивших ранее Ордену, был составлен т.н. «мальтийский легион», включенный в состав французской армии. На службу к Наполеону поступили также гренадеры гвардии Великого Магистра и несколько мальтийских рыцарей, давших убедить себя в том, что Наполеон плывет в Египет сражаться с мусульманами, по примеру средневековых крестоносцев. (Заметим в скобках, что сия «крестоносная миссия» не мешала Бонапарту одновременно призывать под свои знамена ближневосточных иудеев, утверждая, будто он идет восстанавливать Израильское царство и Храм Соломонов!). Трофеи, в т.ч. штандарт Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, были отправлены в Париж с генералом Барагэ д`Илье. Найденная в казнохранилище серебряная посуда, из которой госпитальеры кормили больных (стоимостью в миллион ливров) по прибытии Бонапарта в Каир была перечеканена в монету. Взятые французами на борт «Ориана» серебряные статуи 12 апостолов из собора Святого Иоанна затонули вместе с флагманом в морском сражении при Абкуире. 17 июня Великий Магистр Гомпеш отплыл в Триест. На Мальте остался 4000-тысячный французский гарнизон во главе с генералом Вобуа. Все мальтийские рыцари-французы и итальянцы – получили паспорта для въезда во Францию и Италию (находившуюся также под властью французов). По условиям капитуляции, все остальные рыцари эвакуировались с острова.
Несмотря на все последующие усилия Павла I с целью вернуть России Мальту, сделать это не удалось.
Сдача французам Мальты в 1798 г., потеря почти всего достояния Ордена Святого Иоанна и его казны, как и позорный акт о капитуляции были вменены в вину Фердинанду фон Гомпешу лично, хотя вряд ли было справедливо превращать его в единственного «козла отпущения». Многие рыцари Ордена, принадлежавшие к его различным приорствам и лангам (“языкам”) отправились в поисках убежища во владения своего Протектора — в Россию.
Вот краткая хронология событий тех месяцев, которые развивались довольно стремительно.
27 августа 1798 г. Великое Приорство Российское, заручившись поддержкой около 100 зарубежных кавалеров, пребывавших в России, издало Манифест, которым низложило фон Гомпеша и обратилась к Павлу I с просьбой взять Орден под свою защиту.
В изданном 10 сентября Императорском Указе содержалась ратификация актов Великого Приорства Российского и заявление, что он принимает “весь благомыслящий корпус под Наше верховное правление и Императорским Нашим словом обещаем не только сохранить его во всех установлениях, привилегиях и почестях, но и употребить все старания, от нас зависящие, к восстановлению его в то почтительное состояние, в коем он находясь, споспешествовал пользе всего Христианства вообще и каждого благоразумного государства частно”. Там же указывается, что Петербург впредь “будет являться главным местом проведения ассамблей Ордена” и приглашение всем Языкам и Приорствам, равно как всем членам Ордена “выразить согласие с этим постановлением”.
27 октября 1798 г. собравшиеся в Санкт-Петербурге мальтийские рыцари, члены Великого Приорства Российского и другие рыцари Ордена, находящиеся в российской столице, составили Прокламацию, в которой провозгласили Императора-Протектора Великим Магистром. Однако Павел I не спешил с принятием этого титула. Он хотел заручиться поддержкой духовного главы Ордена — Папы Пия VI.
7 ноября 1798 г. в Санкт-Петербурге состоялось заседание Великого Приорства Российского. Присутствовавшие рыцари признали Гомпеша виновным "в глупейшей беспечности" и недостойным более носить высокий титул Магистра Ордена. На заседании было принято Воззвание, в котором, в частности, говорилось:
“Мы, бальи, Кавалеры Большого Креста, Командоры и Рыцари Великого Российского Приорства, и прочие члены ордена Св. Иоанна Иерусалимского, собравшиеся в Санкт-Петербурге, главном местопребывании нашего Ордена, как от нашего имени, так и от имени других “языков” Великого Приорства вообще и всех членов, в частности, присоединяющихся к нашим твердым принципам, провозглашаем Его Императорское Величество, Императора и Самодержца всея России Павла I Великим Магистром Ордена Св. Иоанна Иерусалимского.
Следуя этому Воззванию и в соответствии с нашими законами и установлениями, мы берем на себя священно и торжественно обязательство в повиновении, покорности и верности Его Императорскому Величеству, Его Высокопреосвященству Великому Магистру”.
Фердинанд фон Гомпеш был смещен со своего поста, но, как говорилось выше, лишь в 1799 г., под прямым давлением «римского» (австрийского) Императора Франца, он отказался от своего звания.
5 ноября 1798 г. Папа написал в Петербург графу Джулио Литта из монастыря Кассини близ Флоренции, что он пришел в ужас: “узнав, что Великий Магистр, ради спасения собственных интересов, проявил недостойную слабость, принеся в жертву весь Орден”. И далее ссылаясь на “Декларацию” Павла, он писал: “мы будем сотрудничать с любой властью, которая необходима, так как в дополнение к напечатанному акту, подписанному Императором, все остальные языки и приории, вместе и по отдельности, приглашаем присоединиться к вышеназванному акту, чтобы Орден мог быть восстановлен в своем былом величии”. Папа не знал еще о решении капитула Великого Российского Приорства, поэтому заключил письмо следующими словами: “Мы хотели бы узнать, сколько рыцарей из других приорий присоединились к благородному порыву Императора, и какую резолюцию они могут принять в подтверждение этого и в пример другим”.
Только узнав о содержании этого письма, Павел решился на принятие титула Великого Магистра, решив, что формальное согласие Папы имеется. 13/24 ноября Император принял этот титул. «Мы принимаем титул Великого Магистра этого Ордена, и в связи с этим возобновляем личные обещания, которые Мы делали ранее в качестве Протектора, а именно — на вечно сохранить неприкосновенными все учреждения и привилегии этого знаменитого Ордена, как в отношении свободного отправления религиозных и различных контактов с этим связанным, которые вытекают отсюда для Рыцарей католического вероисповедания, так и в смысле юрисдикции Ордена, местопребывание которого Мы назначаем в Нашей Императорской Резиденции; сообщаем также о том, что Мы не прекратим в будущем употреблять Наше влияние для роста Ордена...»
Церемония состоялась в Зимнем Дворце и на Павла I были возложены все знаки достоинства Гроссмейстера (Великого Магистра), хотя формального посвящения его в рыцари Ордена так и не произошло. Посредством дипломатических нот этот факт был доведен до сведения иностранных государств.
С тех пор мальтийский крест прочно вошел в символику русской армии – начиная со штандартов и знамен и кончая полковыми знаками.
Почти все светские правительства Западной Европы, кроме Франции и Испании, проводившей в тот период откровенно профранцузскую политику, признали нового Гроссмейстера. В пользу этого признания свидетельствует и тот факт, что данное международное решение получило инаугурацию ни кем иным, как «первейшим из первых» среди коронованных особ Европы – «Императором Священной Римской Империи Германской Нации и Апостолическим Королем Венгрии» Францем, протектором Великого Приорства Богемского; «римский цесарь» пошел еще дальше в своем признании законности нового Гроссмейстера Мальтийского Ордена, повелев конфисковать у Гомпеша священные реликвии Ордена, которые прежний Гроссмейстер сохранил, найдя убежище в Австрии.
Что же нам известно о святынях Мальтийского Ордена?
Среди реликвий Ордена были: корона Гросcмейстера, крест, сделанный по образцу Cвятого Истинного Креста в золотой оправе, украшенный драгоценными каменьями, десница (правая рука) Святого Иоанна Крестителя, помещенная в особом ковчеге, украшенном самоцветными камнями, маленькая икона Богоматери Филермской в золотой рамке с бриллиантами, а также медальон, с вделанным в него шипом из тернового венца Спасителя, который, согласно орденской традиции, принадлежал Гроссмейстеру Ла Валетту.
Почти двести лет назад, в августе 1799 г., депутация мальтийских рыцарей была принята в Петергофе Всероссийским Императором Павлом I, Великим Магистром Державного Мальтийского Ордена. Рыцари просили его принять святыни Ордена в знак благодарности за оказанные русским Императором благодеяния и заботу. Павел решил отметить это событие с особой торжественностью.
В сентябре двор перебрался на осеннее время в Гатчину, на 12 октября было назначено бракосочетание Великой Княжны Елены Павловны. На этот же день были назначены и торжества перенесения орденских святынь.
В 10 часов утра из Гатчинского дворца по направлению к Ингенбургу, где находились представители Мальтийского Ордена, выехал Императорский кортеж. После встречи депутации и краткого молебна, все повернули обратно во дворец. Во главе крестного хода торжественно шествовало духовенство, за которым в золотой карете ехал граф Джулио Литта, везший на красной бархатной подушке золотой ковчег с частью десной руки Иоанна Крестителя. За графом следовали мальтийские рыцари, везшие небольшую икону Божией Матери Филермской и частицу Креста, на котором был распят Спаситель. Рядом с каретой Джулио Литта в парадном облачении Великого Магистра шел Император, которого сопровождали родовые Командоры и рыцари Великого Российского Приорства.
По прибытии к дворцу Павел I сам взял золотой ковчег и внес его в дворцовую церковь, где святыня была положена на отведенное для нее место.