л вынужден, будучи протестантом, бежать от преследований своего протестантского же сюзерена в Прагу, под защиту католического (!) Великого Приора Богемского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. В отместку маркграф отнял у Ордена Святого Иоанна Иерусалимского владения Фридланд и Шенкендорф, на которые впоследствие тщетно претендовало Великое Приорство Богемское. Иоаннитам становилось все труднее сохранять свою власть над коммендами, расположенными за пределами Бранденбургской марки. В 1544 году комтурство Цахан, принадлежавшее Ордену Святого Иоанна с 1318 г., пришлось продать герцогу Барниму Померанскому. Сохранить во владении Орденскую комменду в Брауншвейге удалось лишь согласившись на введение там кондоминиума (совместного управления) герренмейстера и членов семейства герцогов Брауншвейгских. В Мекленбурге иоаннитам не осталось ничего другого, как в 1593 году уступить тамошнюю богатую комменду герцогам Шверинским, номинально признавших себя «ленниками (вассалами) Ордена Святого Иоанна». На все возражения Великого Приора Германского, пребывавшего в Гейтерсгейме, бранденбургские иоанниты неизменно отвечали, что в столь беспокойные времена лишь поддержка сильной власти светских государей сможет обеспечить Ордену иоаннитов гарантию на будущее, и поэтому ссориться с ними не следует.
В правление курфюрста Бранденбургского Иоганна Сигизмунда его сын Иоганн Георг, избранный в 1616 году герренмейстером иоаннитов, получил от Императора Рудольфа II Габсбурга в лен герцогство Егерндорфское в Силезии, отошедшее, после пресечения бранденбургско-франконской линии, к Курмарку. Герренмейстер, перешедший в Силезии в протестантизм в его уже не лютеранской, а реформатской разновидности, принял участие в положившем начало Тридцатилетней войне богемском восстании против Габсбургов и в неудачной для протестантов Белогорской битве под Прагой в 1620 году. После того, как католическая армия полководца «Священной Римской Империи германской нации» графа Тилли нанесла сокрушительное поражение протестантам, победоносные Габсбурги объявили мятежного герренмейстера иоаннитов изменником и отняли у него герцогство Егернсдорф, а у возглавляемой им ветви Ордена Святого Иоанна – владения Одерберг и Бейтен. Герренмейстеру Иоганну Георгу грозило низложение, но смерть от последствий ранения спасла его от этого позора. Курфюрст Бранденбургский Георг Вильгельм, чьи земли были страшно опустошены в ходе Тридцатилетней войны, в отличие от своих предшественников, решил не назначать герренмейстером «своих собственных» иоаннитов принца из дома Гогенцоллернов. Он сделал главой иоаннитского Бальяжа Бранденбургского своего государственного министра графа Адама фон Шварценберга. Хотя последний и был католиком, он, тем не менее, проявил редкую для того времени терпимость к иноверию и, храня верность своим предвыборным обещаниям, сохранил конституцию подчиненной ему части Ордена Святого Иоанна в полной неприкосновенности. Герренмейстер бранденбургских иоаннитов граф фон Шварценберг, стремясь к улучшению отношений между своим бальяжем и Верховным Приорством Германским, сообщил в Гейтерсгейм (резиденцию германского Великого Приора) о своем избрании (чего не делали его предшественники, хотя это и полагалось по Уставу). С одной стороны, Великий Приор Германский в высшей степени одобрительно отнесся к подобному выражению лояльности со стороны Бранденбургского бальяжа; с другой стороны, он не замедлил потребовать причитавшихся Великому Приорству денег, которые, однако, получил не сразу и не в полном объеме. В 1640 году герренмейстер Шварценберг, с одобрения Великого Приора, назначил своего сына коадъютором. Однако «Великий Курфюрст» Бранденбургский Фридрих Вильгельм, взявший в свои руки бразды правления в год смерти Шварценберга, отказался утвердить его сына в должности герренмейстера. Вестфальский мир, которым в 1648 году завершилась кровопролитная Тридцатилетняя война, до предела истощившая Германию и всю тогдашнюю Европу, ознаменовался для Бранденбургского бaльяжа значительными территориальными потерями. Бранденбургские иоанниты лишились мекленбургских комменд Миров и Немеров. Им пришлось уступить померанскую комменду Вильденбрух победоносным шведам. Многочисленные владения и «орденские дома» оказались разоренными в ходе военных действий. Резко сократилась и численность членов Ордена. Тем не менее, в параграфе 3 статьи 12 Оснабрюкского мирного договора, было особо оговорено право покровительства (jus patronatus) курфюрстов Бранденбургских «над Орденом иоаннитов» (причем именно в такой общей формулировке, без каких-либо региональных ограничений, хотя в подписании мира участвовали католический римско-германский Император из династии Габсбургов, папский Святейший престол и сам «основной» католический Державный Орден Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты!). Курфюрст отклонил предложенный ему титул герренмейстера, пост которого на протяжении одиннадцати лет оставался вакантным. Наконец, в 1652 году курфюрст назначил герренмейстером князя Иоганна Морица фон Нассау-Зигена, опытного военачальника, оказавшегося не менее опытным хозяйственником, превратившим Орденские командорства Бранденбурга в образцовые хозяйства.
В последние годы правления курфюрста должность герренмейстера оставалась вакантной в течение еще десяти лет, пока ее не занял Фридрих князь Вальдекский. После его смерти герренмейстерами избирались поочередно сыновья «Великого Курфюрста» от первого брака, Карл и Альбрехт Бранденбургские. С тех пор герренмейстерами Бранденбургского бальяжа по сей день становятся исключительно принцы дома Гогенцоллернов. Фридрих Ш, большой любитель роскоши, специально разработал пышный церемониал введения герренмейстеров в должность. Сделавшись в 1701 году первым прусским королем, Фридрих сразу после коронации учредил в Кенигсберге орден Черного Орла. Первым кавалером нового прусского королевского ордена стал герренмейстер бранденбургских иоаннитов. Герренмейстер маркграф Карл в 1689 году стал шефом сформированного в 1676 году лейб-гвардейского полка курфюрстины Бранденбургской, получившего новые знамена пурпурного цвета с восьмиконечным белым иоаннитским (мальтийским) крестом, золотыми монограммами «МС» («Markgraf Carl») между лучами креста, княжеской шапкой над крестом и двумя пальмовыми ветвями по бокам креста. Основанному в 1702 году пехотному полку маркграфа Альбрехта (прусский №19) были пожалованы аналогичные красные знамена с белым иоаннитским крестом. При жизни шефа полка воротники офицерских мундиров, барабаны и обшлага музыкантов были также украшены иоаннитскими крестами. Все это лишний раз подчеркивало безоговорочное подчинение бранденбургских иоаннитов светской власти династии Гогенцоллернов и их окончательное превращение из рудиментарной структуры духовно-рыцарского братства в династический орден прусской короны.
В правление «солдатского короля» Фридриха Вильгельма I в Берлине было начато строительство нового орденского замка. В первые годы правления Фридриха Великого иоаннитам королевским указом 1745 году было высочайше дозволено увенчать свой Орденский крест прусской королевской короной «в знак признания их испытанной верности прусскому королевскому дому». Заметим в скобках, что столь тесной связи с прусским королевским домом, как у иоаннитов, у Тевтонского (Немецкого) Ордена – вопреки измышлениям позднейших фальсификаторов истории! – не существовало никогда! Комменды и герренмейстер бранденбургских иоаннитов верно несли военную службу королю Пруссии в Силезских войнах и в Семилетней войне. Тем не менее, после гибели комтура бранденбургских иоаннитов принца Луи Фердинанда Прусского от палаша наполеоновского кирасира в бою с французами под Заальфельдом и разгрома прусских армий под клмандованием двух других иоаннитских комтуров - герцога Брауншвейгского и князя фон Гогенлоэ – Наполеоном I Бонапартом под Иеной и Ауэрштедтом в роковом для Пруссии 1806 году, в условиях острейшей нехватки финансовых средств, король Фридрих Вильгельм Ш был вынужден 30 октября 1810 года распорядиться о секуляризации всех владений церкви, монашеских и духовно-рыцарских Орденов. Тем самым Орден иоаннитов лишился источников к существованию в Бранденбургской марке. Королевским эдиктом от 23 января 1811 года полномочия герренмейстера и капитула иоаннитов перешли к прусской короне и были аннулированы. Учрежденный вместо упраздненного Бальяжа Бранденбургского 23 мая 1812 года «Королевский прусский Орден иоаннитов» (Koeniglich Preussischer Johanniter Orden) стал простым объединением бывших членов Бранденбургского бальяжа, как физических лиц, чем-то в роде «закрытого клуба ветеранов», не занимавшегося никакой практической деятельностью. Во главе «Королевского прусского Ордена иоаннитов» стоял принц дома Гогенцоллернов, в течение последующих 40 лет носивший титул «Гроссмейстера» («Великого Магистра»). На протяжении всего периода существования «Королевского прусского Ордена» иоаннитский крест оставался формально включенным в систему прусских государственных наград, занимая в наградной иерархии место после ордена Красного Орла, хотя реально новых награждений им не проводилось.
По прошествии сорока лет Орден иоаннитов был восстановлен в Пруссии как рыцарский (но уже не духовно-рыцарский) институт, вернувшийся к своим первоначальным целям христианской благотворительности и милосердия – помощи больным и убогим. Вскоре прусский Орден иоаннитов (по старой памяти, именовавшийся также «Бранденбургским бальяжем») содержал уже десятки больниц и странноприимных домов. Его главой снова стал не «гроссмейстер», а герренмейстер, а верховным протектором – прусский король (являвшийся с 1871 года, года объединения Германии, также германским Императором). Члены прусского Ордена иоаннитов подразделялись на:
коммендаторов и почетных коммендаторов, входивших, наряду с «Капитаном Ордена (орденсгауптманом)», то есть старейшим из рыцарей Ордена (Ordenshauptmann), и орденскими чиновниками, в Орденский Капитул под председательством герренмейстера;